| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 1,675,261 | T→A | 5.7% | L10* (TTA→TAA) | folM → | dihydromonapterin reductase, NADPH‑dependent; dihydrofolate reductase isozyme |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,675,261 | 0 | T | A | 5.7% | 699.8 / 25.2 | 227 | L10* (TTA→TAA) | folM | dihydromonapterin reductase, NADPH‑dependent; dihydrofolate reductase isozyme |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (106/107); new base A (7/6); total (114/113) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.47e-01 | |||||||||||
Only 100 of 252 total aligned reads displayed.
ATGTACTGAACCGTCAGGAAATGGTGCTGATTGGCATGCTGTTAATTGCCTCAGTTCCGGCGACCTGGATGCTGGTGGGATAACGTTCATCCCATCGTTGGATAGCAAAGGAGATAACGATGGGTAAAACCCAGCCCTTGCCAATATTAATTACTGGCGGAGGTCGTCGCATCGGCCTCGCCCTCGCATGGCATTTCATTAATCAAAAGCAACCGGTGATTGTCAGCTATCGGACACACTATCCAGCCATTGATGGACTGATTAATGCAGGTGCGCAGTGTATTCAGGCTGATTT > CP009273/1675114‑1675408 | tGTACTGAACCGTCAGGAAATGGTGCTGATTGGCATGCTGTTAATTGCCTCAGTTCCGGCGACCTGGATGCTGGTGGGATAACGTTCATCCCATCGTTGGATAGCAAAGGAGATAACGATGGGTAAAACCCAGCCCTTGCCAATatta < 2:2168753/148‑1 (MQ=255) gTACTGAACCGTCAGGAAATGGTGCTGATTGGCATGCTGTTAATTGCCTCAGTTCCGGCGACCTGGATGCTGGTGGGATAACGTTCATCCCATCGTTGGATAGCAAAGGAGATAACGATGGGTAAAACCCAGCCCTTGCCAATattaa < 2:3488674/148‑1 (MQ=255) aCTGAACCGTCAGGAAATGGTGCTGATTGGCATGCTGTTAATTGCCTCAGTTCCGGCGACCTGGATGCTGGTGGGATAACGTTCATCCCATCGTTGGATAGCAAAGGAGATAACGATGGGTAAAACCCAGCCCTTGCCAATattaatt < 2:1622210/148‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |