| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 1,713,571 | G→T | 22.2% | H97N (CAC→AAC) | anmK ← | anhydro‑N‑acetylmuramic acid kinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP009273 | 1,713,571 | 0 | G | T | 22.2% | 526.7 / 104.0 | 207 | H97N (CAC→AAC) | anmK | anhydro‑N‑acetylmuramic acid kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (90/71); new base T (21/25); total (111/96) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.43e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.57e-01 | |||||||||||
Only 100 of 211 total aligned reads displayed.
TGCGCCTTGTCCTCCCAAGGCAATATCGCGACGGCGAAAATCACCGACAACCGTAATTCCGGTGCGTGCCACAATTTGATTGTTATCGCCAATCTGTAAAGTGTGTGGTGCCACGCCCGTCGGTTCATGCCAGACGGTTTGACCGTGACAACCGATCGCAACTATATCTCTTGCCTGCAGATTTTGTTCCTTAAGCAAGGCATTGACCGCATCAGCAAAAAGTTGCCCGAGTTGAGTATCAAGCTGTCCAAACTGCGAAAGTGTAAGCTGCTGGCCCTGGCAAATATCCAGTAC > CP009273/1713425‑1713718 | cgcCTTGTCCTCCCAAGGCAATATCGCGACGGCGAAAATCACCGACAACCGTAATTCCGGTGCGTGCCACAATTTGATTGTTATCGCCAATCTGTAAAGTGTGTGGTGCCACGCCCGTCGGTTCATGCCAGACGGTTTGACCGTTACa < 1:2388944/148‑1 (MQ=255) gcCTTGTCCTCCCAAGGCAATATCGCGACGGCGAAAATCACCGACAACCGTAATTCCGGTGCGTGCCACAATTTGATTGTTATCGCCAATCTGTAAAGTGTGTGGTGCCACGCCCGTCGGTTCATGCCAGACGGTTTGACCGTGACaa < 2:772594/148‑1 (MQ=255) cTTGTCCTCCCAAGGCAATATCGCGACGGCGAAAATCACCGACAACCGTAATTCCGGTGCGTGCCACAATTTGATTGTTATCGCCAATCTGTAAAGTGTGTGGTGCCACGCCCGTCGGTTCATGCCAGACGGTTTGACCGTTACAAcc < 1:1867762/148‑1 (MQ=255) cTTGTCCTCCCAAGGCAATATCGCGACGGCGAAAATCACCGACAACCGTAATTCCGGTGCGTGCCACAATTTGATTGTTATCGCCAATCTGTAAAGTGTGTGGTGCCACGCCCGTCGGTTCATGCCAGACGGTTTGACCGTGACAAcc 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aCGGTTTGACCGTTACAACCGATCGCAACTATATCTCTTGCCTGCAGATTTTGTTCCTTAAGCAAGGCATTGACCGCATCAGCAAAAAGTTGCCCGAGTTGAGTATCAAGCTGTCCAAACTGCGAAAGTGTAAGCTGCTGGCCCTGGc > 1:1791522/1‑148 (MQ=255) ggTTTGACCGTGACAACCGATCGCAACTATATCTCGTGCCTGCAGATTTTGTTCCTTAAGCAAGGCATTGACCGCATCAGCAAAAAGTTGCCCGAGTTGAGTATCAAGCTGTCCAAACTGCGAAAGTGTAAGCTGCTGGCCCTGGCaa < 2:1662742/148‑1 (MQ=255) tttGACCGTGACAACCGATCGCAACTATATCTCTTGCCTGCAGATTTTGTTCCTTAAGCAAGGCATTGACCGCATCAGCAAAAAGTTGCCCGAGTTGAGTATCAAGCTGTCCAAACTGCGAAAGTGTAAGCTGCTGGCCCTGGCAAat < 2:2405087/148‑1 (MQ=255) tttGACCGTGACAACCGATCGCAACTATATCTCTTGCCTGCAGATTTTGTTCCTTAAGCAAGGCATTGACCGCATCAGCAAAAAGTTGCCCGAGTTGAGTATCAAGCTGTCCAAACTGCGAAAGTGTAAGCTGCTGGCCCTGGCAAat < 1:207757/148‑1 (MQ=255) tttGACCGTGACAACCGATCGCAACTATATCTCTTGCCTGCAGATTTTGTTCCTTAAGCAAGGCATTGACCGCATCAGCAAAAAGTTGCCCGAGTTGAGTATCAAGCTGTCCAAACTGCGAAAGTGTAAGCTGCTGGCCCTGGCAAat > 1:200062/1‑148 (MQ=255) tttGACCGTGACAACCGATCGCAACTATATCTCTGGCCTGCAGATTTTGTTCCTTAAGCAAGGCATTGACCGCATCAGCAAAAAGTTGCCCGAGTTGAGTATCAAGCTGTCCAAACTGCGAAAGTGTAAGCTGCTGGCCCTGGCAAat > 1:524900/1‑148 (MQ=255) tGACCGTGACAACCGATCGCAACTATATCTCTTGCCTGCAGATTTTGTTCCTTAAGCAAGGCATTGACCGCATCAGCAAAAAGTTGCCCGAGTTGAGTATCAAGCTGTCCAAACTGCGAAAGTGTAAGCTGCTGGCCCTGGCAAatat < 2:2519467/148‑1 (MQ=255) tGACCGTGACAACCGATCGCAACTATATCTCTTGCCTGCAGATTTTGTTCCTTAAGCAAGGCATTGACCGCATCAGCAAAAAGTTGCCCGAGTTGAGTATCAAGCTGTCCAAACTGCGAAAGTGTAAGCTGCTGGCCCTGGCAAatat < 1:677216/148‑1 (MQ=255) aCCGTTACAACCGATCGCAACTATATCTCTTGCCTGCAGATTTTGTTCCTTAAGCAAGGCATTGACCGCATCAGCAAAAAGTTGCCCGAGTTGAGTATCAAGCTGTCCAAACTGCGAAAGTGTAAGCTGCTGGCCCTGGCAAATATcc < 2:396156/148‑1 (MQ=255) gACAACCGATCGCAACTATATCTCTTGCCTGCAGATTTTGTTCCTTAAGCAAGGCATTGACCGCATCAGCAAAAAGTTGCCCGAGTTGAGTATCAAGCTGTCCAAACTGCGAAAGTGTAAGCTGCTGGCCCTGGCAAATATCCAGTAc > 2:480969/1‑148 (MQ=255) gACAACCGATCGCAACTATATCTCTTGCCTGCAGATTTTGTTCCTTAAGCAAGGCATTGACCGCATCAGCAAAAAGTTGCCCGAGTTGAGTATCAAGCTGTCCAAACTGCGAAAGTGTAAGCTGCTGGCCCTGGCAAATATCCAGTAc > 2:3406038/1‑148 (MQ=255) | TGCGCCTTGTCCTCCCAAGGCAATATCGCGACGGCGAAAATCACCGACAACCGTAATTCCGGTGCGTGCCACAATTTGATTGTTATCGCCAATCTGTAAAGTGTGTGGTGCCACGCCCGTCGGTTCATGCCAGACGGTTTGACCGTGACAACCGATCGCAACTATATCTCTTGCCTGCAGATTTTGTTCCTTAAGCAAGGCATTGACCGCATCAGCAAAAAGTTGCCCGAGTTGAGTATCAAGCTGTCCAAACTGCGAAAGTGTAAGCTGCTGGCCCTGGCAAATATCCAGTAC > CP009273/1713425‑1713718 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |