| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 1,717,809 | G→A | 46.1% | V478I (GTC→ATC) | ydhK → | putative efflux protein (PET) component of YdhJK efflux pump |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,717,809 | 0 | G | A | 46.1% | 95.3 / 307.1 | 217 | V478I (GTC→ATC) | ydhK | putative efflux protein (PET) component of YdhJK efflux pump |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (66/51); new base A (51/49); total (117/100) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.95e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.46e-01 | |||||||||||
Only 100 of 217 total aligned reads displayed.
GTCTGATGGTCCAGATTAGCGATCTGTGGCAATTTTTACTGTTTCTCTTTCCACTGCTGGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGTCACTAATCCCCCGGTGTATGATTTTGCTGATTTTCTTAACGATAATCTGGCAAAAATCGTTGGCGTCGCGTTGGCGTGGTTAGCGTTCGCCATTCTGCGTCCAGGATCGGATGCTCGTAAAAGCCGCCGCCATATTCGCGCGC > CP009273/1717663‑1717953 | gTCTGATGGTCCAGATTAGCGATCTGTGGCAATTTTTACTGTTTCTCTTTCCACTGCTGGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGt < 2:3376507/148‑1 (MQ=255)gTCTGATGGTCCAGATTAGCGATCTGTGGCAATTTTTACTGTTTCTCTTTCCACTGCTGGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTGt < 2:1419669/148‑1 (MQ=255) tCTGATGGTCCAGATTAGCGATCTGTGGCAATTTTTACTGTTTCTCTTTCCACTGCTGGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTATc > 2:1019009/1‑148 (MQ=255) tCTGATGGTCCAGATTAGCGATCTGTGGCAATTTTTACTGTTTCTCTTTCCACTGCTGGCGACAATGCAGCTTCTTAAATTGCAGATGCCAAAATTTGCCGCATTGTGGGGGCAACTGATTGTTTTTATGGGTTCTTTTATCGCTATc < 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |