| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 1,764,150 | G→T | 100% | D274Y (GAT→TAT) | ydiK → | UPF0118 family inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,764,150 | 0 | G | T | 97.6% | 644.3 / 4.7 | 205 | D274Y (GAT→TAT) | ydiK | UPF0118 family inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (3/2); new base T (99/101); total (102/103) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.83e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 206 total aligned reads displayed.
GGCAGTGCTTGGCGGTATCGGCCTCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCGATACCACCTGGGGAACGGTATTGTTAGTGTGGAGCGGTGTGGTTGGCACGCTGGATAACGTCATCCGCCCAATGTTAATTCGCATGGGTGCCGATTTACCGCTGATCCTGATTCTCTCTGGCGTTATTGGTGGTTTGATTGCTTTC > CP009273/1764005‑1764296 | ggCAGTGCTTGGCGGTATCGGCCTCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCTAt > 1:533926/1‑148 (MQ=255) cAGTGCTTGGCGGTATCGGCCTCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCTATac > 2:2318597/1‑148 (MQ=255) ttGGCGGTATCGGCCTCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCTATACCACCTg < 2:2621029/148‑1 (MQ=255) tGGCGGTATCGGCCTCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCTATACCACCTgg > 1:2537029/1‑148 (MQ=255) tGGCGGTATCGGCCTCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCTATACCACCTgg > 2:1927207/1‑148 (MQ=255) ggCGGTATCGGCCTCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCTATACCACCTggg > 1:1468121/1‑148 (MQ=255) cGGTATCGGCCTCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCTATACCACCTGGGGa > 1:3541477/1‑148 (MQ=255) aTCGGCCTCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCTATACCACCTGGGGAACgg > 2:3282172/1‑148 (MQ=255) aTCGGCCTCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCTATACCACCTGGGGAACgg < 1:1036406/148‑1 (MQ=255) aTCGGCCTCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCTATACCACCTGGGGAACgg < 1:272169/148‑1 (MQ=255) tCGGCCTCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCTATACCACCTGGGGAACGGt > 2:2206961/1‑148 (MQ=255) tCGGCCTCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCTATACCACCTGGGGAACGGt < 2:582868/148‑1 (MQ=255) cGGCCTCTCCGTATCCGGCGTACCTTATTCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCTATTCCACCTGGGGAACGGTa < 2:3486752/148‑1 (MQ=255) cGGCCTCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCTATACCACCTGGGGAACGGTa > 1:2775394/1‑148 (MQ=255) tCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCTATACCACCTGGGGAACGGTATTGtt > 1:499805/1‑148 (MQ=255) tCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCTATACCACCTGGGGAACGGTATTGtt > 1:3298688/1‑148 (MQ=255) gCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACGGGACTGGCTATACCACCTGGGGAACGGTATTGTTAg < 2:3178956/148‑1 (MQ=255) ccGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCTATACCACCTGGGGAACGGTATTGTTAgt < 1:3268324/148‑1 (MQ=255) cGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCTATACCACCTGGGGAACGGTATTGTTAgtg > 2:2783499/1‑148 (MQ=255) tCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCTATACCACCTGGGGAACGGTATTGTTAGTGTGGa > 2:673695/1‑148 (MQ=255) tCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCGAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCTATACCACCTGGGGAACGGTATTGTTAGTGTGGa < 2:2749635/148‑1 (MQ=255) ccGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCTATACCACCTGGGGAACGGTATTGTTAGTGTGGAg < 2:302685/148‑1 (MQ=255) ccGGCGTACCTTATGCAACGTTGCGAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCTATACCACCTGGGGAACGGTATTGTTAGTGTGGAg < 2:703762/148‑1 (MQ=255) gCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCTATACCACCTGGGGAACGGTATTGTTAGTGTGGAGCgg < 1:358976/148‑1 (MQ=255) 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ccTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCTATACCACCTGGGGAACGGTATTGTTAGTGTGGAGCGGTGTgg < 2:1317378/148‑1 (MQ=255) ccTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCTATACCACCTGGGGAACGGTATTGTTAGTGTGGAGCGGTGTgg > 1:2034176/1‑148 (MQ=255) ccTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCGTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCTATACCACCTGGGGAACGGTATTGTTAGTGTGGAGCGGTGTgg < 2:847465/148‑1 (MQ=255) taaTGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCTATACCACCTGGGGACCGGTATGGTTAGTGAGGAGCGGAGTGGtt > 2:2082242/3‑148 (MQ=255) aTGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCTATACCACCTGGGGAACGGTATTGTTAGTGTGGAGCGGTGTGGTTgg > 1:1665077/1‑148 (MQ=255) 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ggTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCTATACCACCTGGGGAACGGTATTGTTAGTGTGGAGCGGTGTGGTTGGCACGCTGGATAACGTc < 1:951908/148‑1 (MQ=255) tgtTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCTATACCACCTGGGGAACGGTATTGTTAGTGTGGAGCGGTGTGGTTGGCACGCTGGATAACGTCAt > 1:801808/1‑148 (MQ=255) gtTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCTATACCACCTGGGGAACGGTATTGTTAGTGTGGAGCGGTGTGGTTGGCACGCTGGATAACGTCATc < 2:476424/148‑1 (MQ=255) aTGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCTATACCACCTGGGGAACGGTATTGTTAGTGTGGAGCGGTGTGGTTGGCACGCTGGATAACGTCATCCGcc > 2:2996057/1‑148 (MQ=255) aTGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCTATACCACCTGGGGAACGGTATTGTTAGTGTGGAGCGGTGTGGTTGGCACGCTGGATAACGTCATCCGcc > 1:3324862/1‑148 (MQ=255) aTGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCTATACCACCTGGGGAACGGTATTGTTAGTGTGGAGCGGTGTGGTTGGCACGCTGGATAACGTCATCCGcc < 2:1630184/148‑1 (MQ=255) tGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCTATACCACCTGGGGAACGGTATTGTTAGTGTGGAGCGGTGTGGTTGGCACGCTGGATAACGTCATCCGccc > 1:3018011/1‑148 (MQ=255) gATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCTATACCACCTGGGGAACGGTATTGTTAGTGTGGAGCGGTGTGGTTGGCACGCTGGATAACGTCATCCGCCCa > 2:2601543/1‑148 (MQ=255) gATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCTATACCACCTGGGGAACGGTATTGTTAGTGTGGAGCGGTGTGGTTGGCACGCTGGATAACGTCATCCGCCCa < 2:50661/148‑1 (MQ=255) aTCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCTATACCACCTGGGGAACGGTATTGTTAGTGTGGAGCGGTGTGGTTGGCACGCTGGATAACGTCATCCGCCCaa < 2:344919/148‑1 (MQ=255) tCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCTATACCACCTGGGGAACGGTATTGTTAGTGTGGAGCGGTGTGGTTGGCACGCTGGATAACGTCATCCGCCCAAt > 1:133077/1‑148 (MQ=255) tCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCTATACCACCTGGGGAACGGTATTGTTAGTGTGGAGCGGTGTGGTTGGCACGCTGGATAACGTCATCCGCCCAAt > 2:2524509/1‑148 (MQ=255) tCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCTATACCACCTGGGGAACGGTATTGTTAGTGTGGAGCGGTGTGGTTGGCACGCTGGATAACGTCATCCGCCCAAt > 1:2064855/1‑148 (MQ=255) cTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCTATACCACCTGGGGAACGGTATTGTTAGTGTGGAGCGGTGTGGTTGGCACGCTGGATAACGTCATCCGCCCAATGTTAAtt < 1:1157034/148‑1 (MQ=255) cTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCGATACCACCTGGGGAACGGTATTGTTAGTGTGGAGCGGTGTGGTTGGCACGCTGGATAACGTCATCCGCCCAATGTTAAtt > 2:2750636/1‑148 (MQ=255) 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tggCTATACCACCTGGGGTACGGTATTGTTAGTGTGGAGCGGTGTGGTTGGCACGCTGGATAACGTCATCCGCCCAATGTTAATTCGCATGGGTGACGATTTACAGCTGATCCTGATTCTCTCTGGCGTTATTGGTGgtttgttttat < 2:329543/148‑4 (MQ=255) | GGCAGTGCTTGGCGGTATCGGCCTCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCGATACCACCTGGGGAACGGTATTGTTAGTGTGGAGCGGTGTGGTTGGCACGCTGGATAACGTCATCCGCCCAATGTTAATTCGCATGGGTGCCGATTTACCGCTGATCCTGATTCTCTCTGGCGTTATTGGTGGTTTGATTGCTTTC > CP009273/1764005‑1764296 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |