Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP009273 | 166,411 | T→A | 41.1% | G49G (GGT→GGA) | fhuC → | iron‑hydroxamate transporter subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 166,411 | 0 | T | A | 41.1% | 106.5 / 181.5 | 148 | G49G (GGT→GGA) | fhuC | iron‑hydroxamate transporter subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (38/49); new base A (25/35); total (64/84) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.66e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 150 total aligned reads displayed.
TATGCAGGAATACACGAATCATTCCGATACCACTTTTGCACTGCGTAATATCTCCTTTCGTGTGCCCGGGCGCACGCTTTTGCATCCGCTGTCGTTAACCTTTCCTGCCGGGAAAGTGACCGGTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGTAAATCCACTCTGCTCAAAATGCTTGGCCGTCATCAGCCGCCGTCGGAAGGGGAGATTCTTCTTGATGCCCAACCGCTGGAAAGCTGGAGCAGCAAAGCGTTTGCCCGCAAAGTGGCTTATTTGCCGCAGCAGCTTCCTCCGGCAGAA > CP009273/166264‑166558 | tATGCAGGAATACACGAATCATTCCGATACCACTTTTGCACTGCGTAATATCTCCTTTCGTGTGCCCGGGCGCACGCTTTTGCATCCGCTGTCGTTAACCTTTCCTGCCGGGAAAGTGACCGGTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGt > 2:281016/1‑148 (MQ=255) gCAGGAATACACGAATCATTCCGATACCACTTTTGCACTGCGTAATATCTCCTTTCGTGTGCCCGGGCGCACGCTTTTGCATCCGCTGTCGTTAACCTTTCCTGCCGGGAAAGTGACCGGTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGTaaa > 1:1724946/1‑148 (MQ=255) gCAGGAATACACGAATCATTCCGATACCACTTTTGCACTGCGTAATATCTCCTTTCGTGTGCCCGGGCGCACGCTTTTGCAGCCGCTGTCGTTAACCTTTCCTGCCGGGAATGTGACCGGTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGTaaa < 1:3287631/148‑1 (MQ=255) gAATACACGAATCATTCCGATACCACTTTTGCACTGCGTAATATCTCCTTTCGTGTGCCCGGGCGCACGCTTTTGCATCCGCTGTCGTTAACCTTTCCTGCCGGGAAAGTGACCGGTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGTAAATCCa > 2:1873845/1‑148 (MQ=255) gAATACACGAATCATTCCGATACCACTTTTGCACTGCGTAATATCTCCTTTCGTGTGCCCGGGCGCACGCTTTTGCATCCGCTGTCGTTAACCATTACTGCCGGGAAAGTGACCGGTCTGATTTGTCACAACGGTTCTGGTTAATccc > 1:928459/1‑147 (MQ=255) aaTACACGAATCATTCCGATACCACTTTTGCACTGCGTAATATCTCCTTTCGTGTGCCCGGGCGCACGCTTTTGCATCCGCTGTCGTTAACCTTTCCTGCCGGGAAAGTGACCGGTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGTAAATCCAc < 2:1694488/148‑1 (MQ=255) aaTACACGAATCATTCCGATACCACTTTTGCACTGCGTAATATCTCCTTTCGTGTGCCCGGGCGCACGCTTTTGCATCCGCTGTCGTTAACCTTTCCTGCCGGGAAAGTGACCGGTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGTAAATCCAc < 2:1694531/148‑1 (MQ=255) aTACACGAATCATTCCGATACCACTTTTGCACTGCGTAATATCTCCTTTCGTGTGCCCGGGCGCACGCTTTTGCATCCGCTGTCGTTAACCTTTCCTGCCGGGAAAGTGACCGGTCTGATTGGTCACAACGGGTCTGGTAAATCCAct > 1:3327984/1‑148 (MQ=255) tACACGAATCATTCCGATACCACTTTTGCACTGCGTAATATCTCCTTTCGTGTGCCCGGGCGCACGCTTTTGCATCCGCTGTCGTTAACCTTTCCTGCCGGGAAAGTGACCGGTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGAAAATCCActc > 2:374788/1‑148 (MQ=255) acacGAATCATTCCGATACCACTTTTGCACTGCGTAATATCTCCTTTCGTGTGCCCGGGCGCACGCTTTTGCATCCGCTGTCGTTAACCTTTCCTGCCGGGAAAGTGACCGGTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGTAAATCCActct > 2:3026965/1‑148 (MQ=255) acGAATCATTCCGATACCACTTTTGCACTGCGTAATATCTCCTTTCGTGTGCCCGGGCGCACGCTTTTGCATCCGCTGTCGTTAACCTTTCCTGCCGGGAAAGTGACCGGTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGTAAATCCACTCTGc > 1:288076/1‑148 (MQ=255) aaTCATTCCGATACCACTTTTGCACTGCGTAATATCTCCTTTCGTGTGCCCGGGCGCACGCTTTTGCATCCGCTGTCGTTAACCGTTCCTGCCGGGAAAGTTACCGGTCTGATTTGTCACAACGGTTCTGGTAAATCCACTCTGCTCa > 1:1541184/1‑148 (MQ=255) cATTCCGATACCACTTTTGCACTGCGTAATATCTCCTTTCGTGTGCCCGGGCGCACGCTTTTGCATCCGCTGTCGTTAACCTTTCCTGCCGGGAAAGTGACCGGTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGTAAATCCACTCTGCTCaaaa < 2:1883490/148‑1 (MQ=255) aTTCCGATACCACTTTTGCACTGCGTAATATCTCCTTTCGTGTGCCCGGGCGCACGCTTTTGCATCCGCTGTCGTTAACCTTTCCTGCCGGGAAAGTGACCGGTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGAAAATCCACTCTGCTCAAAAt > 2:498784/1‑148 (MQ=255) aTTCCCATACCACTTTTGCACTGCGTAATATCTCCTTTCCTCATCCCGGGCGCACGATTTTGAATACCCTGTCGTTAACCTTTCCTGAAGGTAAATTGACAGCTCTGATTTGTAACAAAGCTTATTGAAAATCAACTATGCtataaaa > 2:2292081/1‑142 (MQ=255) tCCGATACCACTTTTGCACTGCGTAATATCTCCTTTCGTGTGCCCGGGCGCACGCTTTTGCATCCGCTGTCGTTAACCTTTCCTGCCGGGAAAGTGACCGGTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGAAAATCCACTCTGCTCAAAATGc > 1:2686696/1‑148 (MQ=255) tCCGATACCACTTTTGCACTGCGTAATATCTCCTTTCGTGTGCCCGGGCGCACGCTTTTGCATCCGCTGTCGTTAACCTTTACTGCCGGGAAAGTGACCGGTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGCAAATCCACGCTGCTCAAAATGc > 1:2687186/1‑148 (MQ=255) ccGATACCACTTTTGCACTGCGTAATATCTCCTTTCGTGTGCCCGGGCGCACGCTTTTGCATCCGCTGTCGTTAACCTTTCCTGCCGGGAAAGTGACCGGTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGAAAATCCACTCTGCTCAAAATGCt < 1:2647895/148‑1 (MQ=255) cGATACCACTTTTGCACTGCGTAATATCTCCTTTCGTGTGCCCGGGCGCACGCTTTTGCATCCGCTGTCGTTAACCTTTCCTGCCGGGAAAGTGACCGGTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGTAAATCCACTCTGCTCAAAATGCtt < 2:2286179/148‑1 (MQ=255) 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ttGCACTGCGTAATATCTCCTTTCGTGTGCCCGGGCGCACGCTTTTGCATCCGCTGTCGTTAACCTTTCCTGCCGGGAAAGTGACCGGTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGTAAATCCACTCTGCTCAAAATGCTTGGCCGtcatca > 2:809492/1‑148 (MQ=255) gCACTGCGTAATATCTCCTTTCGTGTGCCCGGGCGCACGCTTTTGCATCCGCTGTCGTTAACCTTTCCTGCCGGGAAAGTGACCGGTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGAAAATCCACTCTGCTCAAAATGCTTGGCCGTCATCAgc < 1:2814405/148‑1 (MQ=255) cACTGCGTAATATCTCCTTTCGTGTGCCCGGGCGCACGCTTTTGCATCCGCTGTCGTTAACCTTTCCTGCCGGGAAAGTGACCGGTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGTAAATCCACTCTGCTCAAAATGCTTGGCCGTCATCAgcc > 2:2576018/1‑148 (MQ=255) gTAATATCTCCTTTCGTGTGCCCGGGCGCACGCTTTTGCATCCGCTGTCGTTAACCTTTCCTGCCGGGAAAGTGACCGGTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGAAAATCCACTCTGCTCAAAATGCTTGGCCGTCATCAGCCGCCGTc < 1:2964465/148‑1 (MQ=255) tAATATCTCCTTTCGTGTGCCCGGGCGCACGCTTTTGCATCCGCTGTCGTTAACCTTTCCTGCCGGGAAAGTGACCGGTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGTAAATCCACTCTGCTCAAAATGCTTGGCCGTCATCAGCCGCCGTCg > 2:3525097/1‑148 (MQ=255) 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tctcCTTTCGTGTGCCCGGGCGCACGCTTTTGCATCCGCTGTCGTTAACCTTTCCTGCCGGGAAAGTGACCGGTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGAAAATCCACTCTGCTCAAAATGCTTGGCCGTCATCAGCCGCCGTCGGAAgg < 2:1041802/148‑1 (MQ=255) ctcCTTTCGTGTGCCCGGGCGCACGCTTTTGCATCCGCTGTCGTTAACCTTTCCTGCCGGGAAAGTGACCGGTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGTAAATCCACTCTGCTCAAAATGCTTGGCCGTCATCAGCCGCCGTCGGAAggg < 1:225728/148‑1 (MQ=255) tcCTTTCGTGTGCCCGGGCGCACGCTTTTGCATCCGCTGTCGTTAACCTTTCCTGCCGGGAAAGTGACCGGTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGTAAATCCACTCTGCTCAAAATGCTTGGCCGTCATCAGCCGCCGTCGGAAgggg < 1:1813355/148‑1 (MQ=255) ccTTTCGTGTGCCCGGGCGCACGCTTTTGCATCCGCTGTCGTTAACCTTTCCTGCCGGGAAAGTGACCGGTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGTAAATCCACTCTGCTCAAAATGCTTGGCCGTCATCAGCCGCCGTCGGAAGGGga < 2:1935167/148‑1 (MQ=255) ccTTTCGTGTGCCCGGGCGCACGCTTTTGCATCCGCTGTCGTTAACCTTTCCTGCCGGGAAAGTGACCGGTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGTAAATACACTCTGCTCAAAATGCTTTGCCGTCATCAGCCGCCGTCGGAAGGGga > 1:401500/1‑148 (MQ=255) 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gtggGCCCGGGCGCACGCTTTTGCATCCGCTGTCGTTACCCTGTCCTGCCGGGAAAGTGACCGGTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGAAAATCCACTCTGCTCAAAATGCTTGGCCGTCATCAGCCGCCGTCGGAAGGGGAGAttct < 1:1031101/148‑1 (MQ=255) gtggGCCCGGGCGCACGCTTTGGCATCCGCTGTCGTTAACCTTTCCGGCCGGGAAAGTGACCGGTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGAAAATCCACTCTGCTCAAAATGCTTGGCCGTCATCAGCCGCCGTCGGAAGGGGAGAttct < 1:1031110/148‑1 (MQ=255) tgCCCGGGCGCACGCTTTTGCATCCGCTGTCGTTAACCTTTCCTGCCGGGAAAGTGACCGGTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGTAAATCCACTCTGCTCAAAATGCTTGGCCGTCATCAGCCGCCGTCGGAAGGGGAGATtcttct < 2:2938788/148‑1 (MQ=255) tgCCCGGGCGCACGCTTTTGCATCCGCTGTCGTTAACCTTTCCTGCCGGGAAAGTGACCGGTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGTAAATCCACTCTGCTCAAAATGCTTGGCCGTCATCAGCCGCCGTCGGAAGGGGAGATtcttct < 2:2938766/148‑1 (MQ=255) ggCGCACGCTTTTGCATCCGCTGTCGTTAACCTTTCCTGCCGGGAAAGTGACCGGTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGAAAATCCACTCTGCTCAAAATGCTTGGCCGTCATCAGCCGCCGTCGGAAGGGGAGATTCTTCTTGATGc > 1:3119367/1‑148 (MQ=255) 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tttCCTGCCGGGAAAGTGACCGGTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGAAAATCCACTCTGCTCAAAATGCTTGGCCGTCATCAGCCGCCGTCGGAAGGGGAGATTCTTCTTGATGCCCAACCGCTGGAAAGCTGGAGCAGCAAAGCGt < 1:1940665/148‑1 (MQ=255) ttCCTGCCGGGAAAGTGACCGGTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGTAAATCCACTCTGCTCAAAATGCTTGGCCGTCATCAGCCGCCGTCGGAAGGGGAGATTCTTCTTGATGCCCAACCGCTGGAAAGCTGGAGCAGCAAAGCGtt < 2:11190/148‑1 (MQ=255) ccTGCCGGGAAAGTGACCGGTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGAAAATCCACTCTGCTCAAAATGCTTGGCCGTCATCAGCCGCCGTCGGAAGGGGAGATTCTTCTTGATGCCCAACCGCTGGAAAGCTGGAGCAGCAAAGCGTTTg < 2:3455327/148‑1 (MQ=255) gAAAGTGACCGGTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGTAAATCCACTCTGCTCAAAATGCTTGGCCGTCATCAGCCGCCGTCGGAAGGGGAGATTCTTCTTGATGCCCAACCGCTGGAAAGCTGGAGCAGCAAAGCGTTTGCCCGCaaa > 1:3128450/1‑148 (MQ=255) aaGTGACCGGTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGAAAATCCACTCTGCTCAAAATGCTTGGCCGTCATCAGCCGCCGTCGGAAGGGGAGATTCTTCTTGATGCCCAACCGCTGGAAAGCTGGAGCAGCAAAGCGTTTGCCCGCAAAGt < 1:2083388/148‑1 (MQ=255) gTGACTGGTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGTAAATCCACTCTGCTCAAAATGCTTGGCCGTCATCAGCCGCCGTCGGAAGGGGAGATTCTTCTTGATGCCCAACCGCTGGAAAGCTGGAGCAGCAAAGCGTTTGCACGCAAAGTgg < 1:2394576/148‑1 (MQ=255) tGACCGGTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGAAAATCCACTCTGCTCAAAATGCTTGGCCGTCATCAGCCGCCGTCGGAAGGGGAGATTCTTCTTGATGCCCAACCGCTGGAAAGCTGGGGCAGCAAAGCGTTTGCCCGCAAAGTGGc < 2:953410/148‑1 (MQ=255) aCCGGTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGTAAATCCACTCTGCTCAAAATGCTTGGCCGTCATCAGCCGCCGTCGGAAGGGGAGATTCTTCTTGATGCCCAACCGCTGGAAAGCTGGAGCAGCAAAGCGTTTGCCCGCAAAGTGGCtt < 1:3525097/148‑1 (MQ=255) ccGGTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGAAAATCCACTCTGCTCAAAATGCTTGGCCGTCATCAGCCGCCGTCGGAAGGGGAGATTCTTCTTGATGCCCAACCGCTGGAAAGCTGGAGCAGCAAAGCGTTTGCCCGCAAAGTGGCTTa < 2:810365/148‑1 (MQ=255) cGGTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGTAAATCCACTCTGCTCAAAATGCTTGGCCGTCATCAGCCGCCGTCGGAAGGGGAGATTCTTCTTGATGCCCAACCGCTGGAAAGCTGGAGCAGCAAAGCGTTTGCCCGCAAAGTGGCTTAt > 1:3407096/1‑148 (MQ=255) tCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGTAAATCCACTCTGCTCAAAATGCTTGGCCGTCATCAGCCGCCGTCGGAAGGGGAGATTCTTCTTGATGCCCAACCGCTGGAAAGCTGGAGCAGCAAAGCGTTTGCCCGCAAAGTGGCTTATTTg < 1:1374243/148‑1 (MQ=255) cTGATTGGTCACAACGGTTCTGGTAAATCCACTCTGCTCAAACTGCTTGGCCGTCATCAGCCGCCGTCGGAAGGGGAGATTCTTCTTGATGCCCAACCGCTGGAAAGCTGGAGCAGCAAAGCGTTTGCCCGCAAAGTGGCTTATTTGc < 1:2116452/148‑1 (MQ=255) gTCACAACGGTTCTGGAAAATCCACTCTGCTCAAAATGCTTGGCCGTCATCAGCCGCCGTCGGAAGGGGAGATTCTTCTTGATGCCCAACCGCTGGAAAGCTGGAGCAGCAAAGCGTTTGCCCGCAAAGTGGCTTATTTGCCgcagca > 2:1264011/1‑148 (MQ=255) aaCGGTTCTGGTAAATCCACTCTGCTCAAAATGCTTGGCCGTCATCAGCCGCCGTCGGAAGGGGAGATTCTTCTTGATGCCCAACCGCTGGAAAGCTGGAGCAGCAAAGCGTTTGCCCGCAAAGTGGCTTATTTGCCGCAGCAGCTtc < 1:3026965/148‑1 (MQ=255) aaCGGTTCTGGTAAATCCACTCTGCTCAAAATGCTTGGCCGTCATCAGCCGCCGTCGGAAGGGGAGATTCTTCTTGATGCCCAACCGCTGGAAAGCTGGAGCAGCAAAGCGTTTGCCCGCAAAGTGGCTTATTTGCCGCAGCAGCTtc < 1:1873845/148‑1 (MQ=255) aaCGGTTCTGGAAAATCCACTCTGCTCAAAATGCTTGGCCGTCATCAGCCGCCGTCGGAAGGGGAGATTCTTCTTGATGCCCAACCGCTGGAAAGCTGGAGCAGCAAAGCGTTTGCCCGCAAAGTGGCTTATTTGCCGCAGCAGCTtc > 1:661681/1‑148 (MQ=255) cGGTTCTGGTAAATCCACTCTGCTCAAAATGCTTGGCCGTCATCAGCCGCCGTCGGAAGGGGAGATTCTTCTTGATGCCCAACCGCTGGAAAGCTGGAGCAGCAAAGCGTTTGCCCGCAAAGTGGCTTATTTGCCGCAGCAGCTtcct < 1:1149658/148‑1 (MQ=255) cGGTTCTGGAAAATCCACTCTGCTCAAAATGCTTGGCCGTCATCAGCCGCCGTCGGAAGGGGAGATTCTTCTTGATGCCCAACCGCTGGAAAGCTGGAGCAGCAAAGCGTTTGCCCGCAAAGTGGCTTATTTGCCGCAGCAGCTtcct < 1:2106220/148‑1 (MQ=255) ttCTGGAAAATCCACTCTGCTCAAAATGCTTGGCCGTCATCAGCCGCCGTCGGAAGGGGAGATTCTTCTTGATGCCCAACCGCTGGAAAGCTGGAGCAGCAAAGCGTTTGCCCGCAAAGTGGCTTATTTGCCGCAGCAGCTTCCTCCg > 1:1150564/1‑148 (MQ=255) cTGGTAAATCCACTCTGCTCAAAATGCTTGGCCGTCATCAGCCGCCGTCGGAAGGGGAGATTCTTCTTGATGCCCAACCGCTGGAAAGCTGGAGCAGCAAAGCGTTTGCCCGCAAAGTGGCTTATTTGCCGCAGCAGCTTCCTCCGGc < 2:1779665/148‑1 (MQ=255) tAAATCCACTCTGCTCAAAATGCTTGGCCGTCATCAGCCGCCGTCGGAAGGGGAGATTCTTCTTGATGCCCAACCGCTGGAAAGCTGGAGCAGCAAAGCGTTTGCCCGCAAAGTGGCTTATTTGCCGCAGCAGCTTCCTCCGGCAGaa > 2:145004/1‑148 (MQ=255) | TATGCAGGAATACACGAATCATTCCGATACCACTTTTGCACTGCGTAATATCTCCTTTCGTGTGCCCGGGCGCACGCTTTTGCATCCGCTGTCGTTAACCTTTCCTGCCGGGAAAGTGACCGGTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGTAAATCCACTCTGCTCAAAATGCTTGGCCGTCATCAGCCGCCGTCGGAAGGGGAGATTCTTCTTGATGCCCAACCGCTGGAAAGCTGGAGCAGCAAAGCGTTTGCCCGCAAAGTGGCTTATTTGCCGCAGCAGCTTCCTCCGGCAGAA > CP009273/166264‑166558 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |