Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 1,940,498 | G→T | 100% | intergenic (‑61/‑10) | yobI ← / → yebB | uncharacterized protein/DUF830 family protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 1,940,498 | 0 | G | T | 95.6% | 754.5 / 23.2 | 250 | intergenic (‑61/‑10) | yobI/yebB | uncharacterized protein/DUF830 family protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (5/6); new base T (139/100); total (144/106) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.35e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.91e-01 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 250 total aligned reads displayed.
GTATAATTTATTCTACAGGTTATATTGGAAGCAAATATTTTAATATTACATATTCAGTGAAGAAATGCGTAATAAAAATATACATTGCGCCTCCTGAAAAAATAAATTTTTTATGCTATTACGTATATTTGTATCTATTTCAATGGAATGACAACGTGAATATTAATTACCCTGCTGAATATGAAATTGGAGATATCGTCTTTACATGTATAGGTGCTGCCTTATTTGGTCAAATATCAGCTGCATCAAATTGCTGGAGTAATCACGTCGGGATCATTATCGGTCATAAC > CP009273/1940353‑1940642 | gTATAATTTATTCTACAGGTTATATTGGAAGCAAATATTTTAATATTACATATTCAGTGAAGAAATGCGTAATAAAAATATACATTGCGCCTCCTGAAAAAATAAATTTTTTATGCTATTAAGTATATTTGTATCTATTTCAATGTaa > 2:741252/1‑148 (MQ=255) aaTTTATTCTACAGGTTATATTGGAAGCAAATATTTTAATATTACATATTCAGTGAAGAAATGCGTAATAAAAATATACATTGCGCCTCCTGAAAAAATAAATTTTTTATGCTATTACGTATATTTGTATCTATTTCAATGTAATGAc > 1:1176271/1‑148 (MQ=255) aTTTATTCTACAGGTTATATTGGAAGCAAATATTTTAATATTACATATTCAGTGAAGAAATGCGTAATAAAAATATACATTGCGCCTCCTGAAAAAATAAATTTTTTATGCTATTACGTATATTTGTATCTATTTCAATGTAATGACa > 1:1455966/1‑148 (MQ=255) aTTTATTCTACAGGTTATATTGGAAGCAAATATTTTAATATTACATATTCAGTGAAGAAATGCGTAATAAAAATATACATTGCGCCTCCTGAAAAAATAAATTTTTTATGCTATTACGTATATTTGTATCTATTTCAATGTAATGACa < 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GTATAATTTATTCTACAGGTTATATTGGAAGCAAATATTTTAATATTACATATTCAGTGAAGAAATGCGTAATAAAAATATACATTGCGCCTCCTGAAAAAATAAATTTTTTATGCTATTACGTATATTTGTATCTATTTCAATGGAATGACAACGTGAATATTAATTACCCTGCTGAATATGAAATTGGAGATATCGTCTTTACATGTATAGGTGCTGCCTTATTTGGTCAAATATCAGCTGCATCAAATTGCTGGAGTAATCACGTCGGGATCATTATCGGTCATAAC > CP009273/1940353‑1940642 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |