| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 2,077,698 | A→T | 20.3% | intergenic (+34/+9) | sbcB → / ← yeeD | exodeoxyribonuclease I; exonuclease I/putative TusA family sulfurtransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,077,698 | 0 | A | T | 20.3% | 415.6 / 103.4 | 187 | intergenic (+34/+9) | sbcB/yeeD | exodeoxyribonuclease I; exonuclease I/putative TusA family sulfurtransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (87/62); new base T (15/23); total (102/85) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.49e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.34e-01 | |||||||||||
Only 100 of 191 total aligned reads displayed.
TTTTTGCAGGGTTATGCTGATGAATTGCAGATGCTGGTACAACAATATGCCGATGACAAAGAGAAAGTGGCGCTGTTAAAAGCACTTTGGCAGTACGCGGAAGAGATTGTCTAATTTGAAGCCTCCGCCGCTGGTACGGCGGAGGACAATGTTGAGTCAGGCTTTTTGAACGGTGATGCTCCACGCTGCATCGCCAATCTGCTGATAATCGGTGATGGCATGTCCTTCTTCTGCCGCCCACTGTGGGATTGCTTCAGTTGCCTGGGTGCAATCAAACTCAATCACTAACTCATCG > CP009273/2077551‑2077845 | tttttGCAGGGTTATGCTGATGAATTGCAGATGCTGGTACAACAATATGCCGATGACAAAGAGAAAGTGGCGCTGTTAAAAGCACTTTGGCAGTACGCGGAAGAGATTGTCTAATTTGAAGCCTCCGCCGCTGGTACGGCGGAGGACa < 2:1415350/148‑1 (MQ=255)tttttGCAGGGTTATGCTGATGAATTGCAGATGCTGGTACAACAATATGCCGATGACAAAGAGAAAGTGGCGCTGTTAAAAGCACTTTGGCAGTACGCGGAAGAGATTGTATAATTTGAAGCCTCCGCCGCTGGTACGGCGGAGGACa < 2:2100/148‑1 (MQ=255) tttGCAGGGTTATGCTGATGAATTGCAGATGCTGGTACAACAATATGCCGATGACAAAGAGAAAGTGGCGCTGTTAACAGCACTTTGGCAGTACGCGGAAGAGATTGTCTAATTTGAAGCCTCCGCCGCTGGTACGGCGGAGGACTAt < 2:94676/148‑1 (MQ=255) ttGCAGGGTTATGCTGATGAATTGCAGATGCTGGTACAACAATATGCCGATGACAAAGAGAAAGTGGCGCTGTTAAAAGCACTTTGGCAGTACGCGGAAGAGATTGTCTAATTTGAAGCCTCCGCCGCTGGTACGGCGGAGGACAATg < 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tGCTGATGAATTGCAGATGCTGGTACAACAATATGCCGATGACAAAGAGAAAGTGGCGCTGTTAAAAGCACTTTGGCAGTACGCGGAAGAGATTGTCTAATTTGAAGCCTCCGCCGCTGGTACGGCGGAGGACAATGTTGAGTCAGGc > 1:2272058/1‑148 (MQ=255) tgatgaATTGCAGATGCTGGTACAACAATATGCCGATGACAAAGAGAAAGTGGCGCTGTTAAAAGCACTTTGGCAGTACGCGGAAGAGATTGTCTAATTTGAAGCCTCCGCCGCTGGTACGGCGGAGGACAATGTTGAGTCAGGCttt < 2:957778/148‑1 (MQ=255) gatgaATTGCAGATGCTGGTACAACAATATGCCGATGACAAAGAGAAAGTGGCGCTGTTAAAAGCACTTTGGCAGTACGCGGAAGAGATTGTCTAATTTGAAGCCTCCGCCGCTGGTACGGCGGAGGACAATGTTGAGTCAGGCtttt < 1:105632/148‑1 (MQ=255) atgaATTGCAGATGCTGGTACAACAATATGCCGATGACAAAGAGAAAGTGGCGCTGTTAAAAGCACTTTGGCAGTACGCGGAAGAGATTGTCTAATTTGAAGCCTCCGCCGCTGGTACGGCGGAGGACAATGTTGAGTCAGGCttttt > 1:3003957/1‑148 (MQ=255) atgaATTGCAGATGCTGGTACAACAATATGCCGATGACAAAGAGAAAGTGGCGCTGTTAAAAGCACTTTGGCAGTACGCGGAAGAGATTGTCTAATTTGAAGCCTCCGCCGCTGGTACGGCGGAGGACAATGTTGAGTCAGGCttttt > 1:3521761/1‑148 (MQ=255) 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aCAATGTTGAGTCAGGCTTTTTGAACGGTGATGCTCCACGCTGCATCGCCAATCTGCTGATAATCGGTGATGGCATGTCCTTCTTCTGCCGCCCACTGTGGGATTGCTTCAGTTGCCTGGGTGCAATCAAACTCAATCACTAACTCAt > 2:1629746/1‑148 (MQ=255) | TTTTTGCAGGGTTATGCTGATGAATTGCAGATGCTGGTACAACAATATGCCGATGACAAAGAGAAAGTGGCGCTGTTAAAAGCACTTTGGCAGTACGCGGAAGAGATTGTCTAATTTGAAGCCTCCGCCGCTGGTACGGCGGAGGACAATGTTGAGTCAGGCTTTTTGAACGGTGATGCTCCACGCTGCATCGCCAATCTGCTGATAATCGGTGATGGCATGTCCTTCTTCTGCCGCCCACTGTGGGATTGCTTCAGTTGCCTGGGTGCAATCAAACTCAATCACTAACTCATCG > CP009273/2077551‑2077845 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |