| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 2,189,138 | C→A | 5.1% | R454S (CGC→AGC) | metG → | methionyl‑tRNA synthetase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,189,138 | 0 | C | A | 5.1% | 711.7 / 9.4 | 184 | R454S (CGC→AGC) | metG | methionyl‑tRNA synthetase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (69/105); new base A (5/5); total (74/110) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.26e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 186 total aligned reads displayed.
TTTGACGGCGTGCTGGCAAGCGAACTGGCTGACCCGCAGTTGTACAAAACCTTCACTGATGCCGCTGAAGTGATTGGTGAAGCGTGGGAAAGCCGTGAATTTGGTAAAGCCGTGCGCGAAATCATGGCGCTGGCTGATCTGGCTAACCGCTATGTCGATGAACAGGCTCCGTGGGTGGTGGCGAAACAGGAAGGCCGCGATGCCGACCTGCAGGCAATTTGCTCAATGGGCATCAACCTGTTCCGCGTGCTGATGACTTACCTGAAGCCGGTACTGCCGAAACTGACCGAGCGTG > CP009273/2188991‑2189285 | tttGACGGCGTGCTGGCAAGCGAACTGGCTGACCCGCAGTTGTACAAAACCTTCACTGATGCCGCTGAAGTGATTGGTGAAGCGTGGGAAAGCCGTGAATTTGGTAAAGCCGTGCGCGAAATCATGGCGCTGGCTGATCTGGCTAAcc > 1:463108/1‑148 (MQ=255) ttGACGGCGTGCTGGCAAGCGAACTGGCTGACCCGCAGTTGTACAAAACCTTCACTGATGCCGCTGAAGTGATTGGTGAAGCGTGGGAAAGCCGTGAATTTGGTAAAGCCGTGCGCGAAATCATGGCGCTGGCTGATCTGGCTAACCg < 2:2803727/148‑1 (MQ=255) gACGGCGTGCTGGCAAGCGAACTGGCTGACCCGCAGTTGTACAAAACCTTCACTGATGCCGCTGAAGTGATTGGTGAAGCGTGGGAAAGCCGTGAATTTGGTAAAGCCGTGCGCGAAATCATGGCGCTGGCTGATCTGGCTAACCGCt < 1:1232444/148‑1 (MQ=255) gACGGCGTGCTGGCAAGCGAACTGGCTGACCCGCAGTTGTACAAAACCTTCACTGATGCCGCTGAAGTGATTGGTGAAGCGTGGGAAAGCCGTGAATTTGGTAAAGCCGTGCGCGAAATCATGGCGCTGGCTGATCTGGCTAACCGCt < 1:50052/148‑1 (MQ=255) cGGCGTGCTGGCAAGCGAACTGGCTGACCCGCAGTTGTACAAAACCTTCACTGATGCCGCTGAAGTGATTGGTGAAGCGTGGGAAAGCCGTGAATTTGGTAAAGCCGTGCGCGAAATCATGGCGCTGGCTGATCTGGCTAACCGCTAt < 2:2720427/148‑1 (MQ=255) cGGCGTGCTGGCAAGCGAACTGGCTGACCCGCAGTTGTACAAAACCTTCACTGATGCCGCTGAAGTGATTGGTGAAGCGTGGGAAAGCCGTGAATTTGGTAAAGCCGTGCGCGAAATCATGGCGCTGGCTGATCTGGCTAACCGCTAt < 2:58595/148‑1 (MQ=255) gCGTGCTGGCAAGCGAACTGGCTGACCCGCAGTTGTACAAAACCTTCACTGATGCCGCTGAAGTGATTGGTGAAGCGTGGGAAAGCCGTGAATTTGGTAAAGCCGTGCGCGAAATCATGGCGCTGGCTGATCTGGCTAACCGCTATGt < 2:587111/148‑1 (MQ=255) gCGTGCTGGCAAGCGAACTGGCTGACCCGCAGTTGTACAAAAACTTCACTGATGCCGCTGAAGTGATTGGTGAAGCGTGGGAAAGCCGTGAATTTGGTAAAGACGTGCTCTAAATCATGGCGCTGGCTTATCTGTCTAAAAGCTAttt > 2:1714090/1‑146 (MQ=255) gTGCTGGCAAGCGAACTGGCTGACCCGCAGTTGTACAAAACCTTCACTGATGCCGCTGAAGTGATTGGTGAAGCGTGGGAAAGCCGTGAATTTGGTAAAGCCGTGCGCGAAATCATGGCGCTGGCTGATCTGGCTAACCGCTATGTCg < 2:3247038/148‑1 (MQ=255) 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aGCTAACTGGCTGACCCGCAGTTGTACAAAACCTTCACTGATGCCGCTGAAGTGATTGGTGACGCGTGGGAAAGCCGTGAATTTGGTAAAGCCGTGCGCGAAATCATGGCGCTGGCTGATCTGGCTAACCGCTATGTCGATGAACAgg > 2:2583730/1‑148 (MQ=255) aGCGAACTGGCTGACCCGCAGTTGTACAAAACCTTCACTGATGCCGCTGAAGTGATTGGTGAAGCGTGGGAAAGCCGTGAATTTGGTAAAGCCGTGCGCGAAATCATGGCGCTGGCTGATCTGGCTAACCGCTATGTCGATGAACAgg < 2:1482500/148‑1 (MQ=255) gCGAACTGGCTGACCCGCAGTTGTACAAAACCTTCACTGATGCCGCTGAAGTGATTGGTGAAGCGTGGGAAAGCCGTGAATTTGGTAAAGCCGTGCGCGAAATCATGGCGCTGGCTGATCTGGCTAACCGCTATGTCGATGAACAGGc < 2:2943600/148‑1 (MQ=255) cGAACTGGCTGACCCGCAGTTGTACAAAACCTTCACTGATGCCGCTGAAGTGATTGGTGAAGCGTGGGAAAGCCGTGAATTTGGTAAAGCCGTGCGCGAAATCATGGCGCTGGCTGATCTGGCTAACCGCTATGTCGATGAACAGGCt > 1:387035/1‑148 (MQ=255) cGAACTGGCTGACCCGCAGTTGTACAAAACCTTCACTGATGCCGCTGAAGTGATTGGTGAAGCGTGGGAAAGCCGTGAATTTGGTAAAGCCGTGCGCGAAATCATGGCGCTGGCTGATCTGGCTAACCGCTATGTCGATGAACAGGCt > 1:2992778/1‑148 (MQ=255) 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tGTACAAAACCTTCACTGATGCCGCTGAAGTGATTGGTGAAGCGTGGGAAAGCCGTGAATTTGGTAAAGCCGTGCGCGAAATCATGGCGCTGGCTGATCTGGCTAACCGCTATGTCGATGAACAGGCTCCGTGGGTGGTGGCGAAACa > 1:58929/1‑148 (MQ=255) aaCCTTCACTGATGCCGCTGAAGTGATTGGTGAAGCGTGGGAAAGCCGTGAATTTGGTAAAGCCGTGCGCGAAATCATGGCGCTGGCTGATCTGGCTAACCGCTATGTCGATGAACAGGCTCCGTGGGTGGTGGCGAAACAGGAAGGc < 2:847485/148‑1 (MQ=255) aaCCTTCACTGATGCCGCTGAAGTGATTGGTGAAGCGTGGGAAAGCCGTGAATTTGGTAAAGCCGTGCGCGAAATCATGGCGCTGGCTGATCTGGCTAACCGCTATGTCGATGAACAGGCTCCGTGGGTGGTGGCGAAACAGGAAGGc < 2:537234/148‑1 (MQ=255) aCCTTCACTGATGCCGCTGAAGTGATTGGTGAAGCGTGGGAAAGCCGTGAATTTGGTAAAGCCGTGCGCGAAATCATGGCGCTGGCTGATCTGGCTAACCGCTATGTCGATGAACAGGCTCCGTGGGTGGTGGCGAAACAGGAAGGcc > 2:3064081/1‑148 (MQ=255) ccTTCACTGATGCCGCTGAAGTGATTGGTGAAGCGTGGGAAAGCCGTGAATTTGGTAAAGCCGTGCGCGAAATCATGGCGCTGGCTGATCTGGCTAACCGCTATGTCGATGAACAGGCTCCGTGGGTGGTGGCGAAACAGGAAGGCcg < 2:745306/148‑1 (MQ=255) 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tGATGCCGCTGAAGTGATTGGTGAAGCGTGGGAAAGCCGTGAATTTGGTAAAGCCGTGCGCGAAATCATGGCGCTGGCTGATCTGGCTAACCGCTATGTCGATGAACAGGCTCCGTGGGTGGTGGCGAAACAGGAAGGCCGCGATGcc < 2:3435895/148‑1 (MQ=255) gATGCCGCTGTAGTTATTGGTGAAGCGTGGGAAAGCCGTGAATTTGGTAAAGCCGTGCGCGAAATCATGGCGCTGGCTGATCTGGCTAACCGCTATGTCGATGAACAGGCTCCGTGGGTGGTGGCGAAACAGGAAGGCCGCGATGCCg < 1:2717548/148‑1 (MQ=255) gATGCCGCTGAAGTGATTGGTGAAGCGTGGGAAAGCCGTGAATTTGGTAAAGCCGTGCGCGAAATCATGGCGCTGGCTGATCTGGCTAACCGCTATGTCGATGAACAGGCTCCGTGGGTGGTGGCGAAACAGGAAGGCCGCGATGCCg > 2:2853129/1‑148 (MQ=255) gATGCCGCTGAAGTGATTGGTGAAGCGTGGGAAAGCCGTGAATTTGGTAAAGCCGTGCGCGAAATCATGGCGCTGGCTGATCTGGCTAACCGCTATGTCGATGAACAGGCTCCGTGGGTGGTGGCGAAACAGGAAGGCCGCGATGCCg > 1:1008189/1‑148 (MQ=255) gATGCCGCTGAAGTGATTGGTGAAGCGTGGGAAAGCCGTGAATTTGGTAAAGCCGTGCGCGAAATCATGGCGCTGGCTGATCTGGCTAACCGCTATGTCGATGAACAGGCTCCGTGGGTGGTGGCGAAACAGGAAGGCCGCGATGCCg < 1:1371400/148‑1 (MQ=255) 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tGCGCGAAATCATGGCGCTGGCTGATCTGGCTAACCGCTATGTCGATGAACAGGCTCCGTGGGTGGTGGCGAAACAGGAAGGCCGCGATGCCGACCTGCAGGCAATTTGCTCAATGGGCATCAACCTGTTCCGCGTGCTGATGACTTa < 2:2730745/148‑1 (MQ=255) gcgcGAAATCATGGCGCTGGCTGATCTGGCTAACCGCTATGTCGATGAACAGGCTCCGTGGGTGGTGGCGAAACAGGAAGGCCGCGATGCCGACCTGCAGGCAATTTGCTCAATGGGCATCAACCTGTTCCGCGTGCTGATGACTTAc < 1:2395063/148‑1 (MQ=255) cgcgAAATCATGGCGCTGGCTGATCTGGCTAACCGCTATGTCGATGAACAGGCTCCGTGGGTGGTGGCGAAACAGGAAGGCCGCGATGCCGACCTGCAGGCAATTTGCTCAATGGGCATCAACCTGTTCCGCGTGCTGATGACTTAcc < 2:3278258/148‑1 (MQ=255) gAAATCATGGCGCTGGCTGATCTGGCTAACCGCTATGTCGATGAACAGGCTCCGTGGGTGGTGGCGAAACAGGAAGGCCGCGATGCCGACCTGCAGGCAATTTGCTCAATGGGCATCAACCTGTTCCGCGTGCTGATGACTTACCTGa < 1:3220783/148‑1 (MQ=255) tCATGGCGCTGGCTGATCTGGCTAACCGCTATGTCGATGAACAGGCTCCGTGGGTGGTGGCGAAACAGGAAGGCCGCGATGCCGACCTGCAGGCAATTTGCTCAATGGGCATCAACCTGTTCCGCGTGCTGATGACTTACCTGAAGcc > 2:532999/1‑148 (MQ=255) aTGGCGCTGGCTGATCTGGCTAACCGCTATGTCGATGAACAGGCTCCGTGGGTGGTGGCGAAACAGGAAGGCCGCGATGCCGACCTGCAGGCAATTTGCTCAATGGGCATCAACCTGTTCCGCGTGCTGATGACTTACCTGAAGCCgg < 1:2949659/148‑1 (MQ=255) tGGCGCTGGCTGATCTGGCTAACCGCTATGTCGATGAACAGGCTCCGTGGGTGGTGGCGAAACAGGAAGGCCGCGATGCCGACCTGCAGGCAATTTGCTCAATGGGCATCAACCTGTTCCGCGTGCTGATGACTTACCTGAAGCCGGt < 2:1972686/148‑1 (MQ=255) ggCTCTGGCTGATCTGGCTAACCGCTATGTCGATGAACAGGCTCCGTGGGTGGTGGCGAAACAGGAAGGCCGCGATGCCGACCTGCAGGCAATTTGCTCAATGGGCATCAACCTGTTCCGCGTGCTGATGACTTACCTGAAGCCGGTa > 1:1967042/1‑148 (MQ=255) ggCGCTGGCTGATCTGGCTAACCGCTATGTCGATGAACAGGCTCCGTGGGTGGTGGCGAAACAGGAAGGCCGCGATGCCGACCTGCAGGCAATTTGCTCAATGGGCATCAACCTGTTCCGCGTGCTGATGACTTACCTGAAGCCGGTa > 1:1997088/1‑148 (MQ=255) gcgcTGGCTGATCTGGCTAACCGCTATGTCGATGAACAGGCTCCGTGGGTGGTGGCGAAACAGGAAGGCCGCGATGCCGACCTGCAGGCAATTTGCTCAATGGGCATCAACCTGTTCCGCGTGCTGATGACTTACCTGAAGCCGGTAc > 2:2473886/1‑148 (MQ=255) gctggctgATCTGGCTAACCGCTATGTCGATGAACAGGCTCCGTGGGTGGTGGCGAAACATGAAGGCCGCGATGCCGACCTGCAGGCAATTTGCTCAATGGGCATCAACCTGTTCCGCGTGCTGATGACTTACCTGAAGCCGGTACTg < 1:1878129/148‑1 (MQ=255) tggctgATCTGGCTAACCGCTATGTCGATGAACAGGCTCCGTGGGTGGTGGCGAAACAGGAAGGCCGCGATGCCGACCTGCAGGCAATTTGCTCAATGGGCATCAACCTGTTCCGCGTGCTGATGACTTACCTGAAGCCGGTACTGcc < 1:2253280/148‑1 (MQ=255) ggctgATCTGGCTAACCGCTATGTCGATGAACAGGCTCCGTGGGTGGTGGCGAAACAGGAAGGCCGCGATGCCGACCTGCAGGCAATTTGCTCAATGGGCATCAACCTGTTCCGCGTGCTGATGACTTACCTGAAGCCGGTACTGCCg < 2:2720329/148‑1 (MQ=255) ctgATCTGGCTAACCGCTATGTCGATGAACAGGCTCCGTGGGTGGTGGCGAAACAGGAAGGCCGCGATGCCGACCTGCAGGCAATTTGCTCACTGGGCATCAACCTGTTCCGCGTGCTGATGACTTACCTGAAGCCGGTACTGCCGaa > 1:1971236/1‑148 (MQ=255) ctgATCTGGCTAACCGCTATGTCGATGAACAGGCTCCGTGGGTGGTGGCGAAACAGGAAGGCCGCGATGCCGACCTGCAGGCAATTTGCTCAATGGGCATCAACCTGTTCCGCGTGCTGATGACTTACCTGAAGCCGGTACTGCCGaa < 2:316186/148‑1 (MQ=255) tgATCTGGCTAACCGCTATGTCGATGAACAGGCTCCGTGGGTGGTGGCGAAACAGGAAGGCCGCGATGCCGACCTGCAGGCAATTTGCTCAATGGGCATCAACCTGTTCCGCGTGCTGATGACTTACCTGAAGCCGGTACTGCCGaaa < 1:532649/148‑1 (MQ=255) aTCTGGCTAACCGCTATGTCGATGAACAGGCTCCGTGGGTGGTGGCGAAACAGGAAGGCCGCGATGCCGACCTGCAGGCAATTTGCTCAATGGGCATCAACCTGTTCCGCGTGCTGATGACTTACCTGAAGCCGGTACTGCCGAAACt > 1:3409202/1‑148 (MQ=255) gCTAACCGCTATGTCGATGAACAGGCTCCGTGGGTGGTGGCGAAACAGGAAGGCCGCGATGCCGACCTGCAGGCAATTTGCTCAATGGGCATCAACCTGTTCCGCGTGCTGATGACTTACCTGAAGCCGGTACTGCCGAAACTGACCg < 1:1904799/148‑1 (MQ=255) tAACCGCTATGTCGATGAACAGGCTCCGTGGGTGGTGGCGAAACAGGAAGGCCGCGATGCCGACCTGCAGGCAATTTGCTCAATGGGCATCAACCTGTTCCGCGTGCTGATGACTTACCTGAAGCCGGTACTGCCGAAACTGACCGAg < 1:673596/148‑1 (MQ=255) tAACCGCTATGTCGATGAACAGGCTCCGTGGGTGGTGGCGAAACAGGAAGGCCGCGATGCCGACCTGCAGGCAATTTGCTCAATGGGCATCAACCTGTTCCGCGTGCTGATGACTTACCTGAAGCCGGTACTGCCGAAACTGACCGAg < 1:2460041/148‑1 (MQ=255) aCCGCTATGTCGATGAACAGGCTCCGTGGGTGGTGGCGAAACAGGAAGGCCGCGATGCCGACCTGCAGGCAATTTGCTCAATGGGCATCAACCTGTTCCGCGTGCTGATGACTTACCTGAAGCCGGTACTGCCGAAACTGACCGAGCg < 1:1162175/148‑1 (MQ=255) | TTTGACGGCGTGCTGGCAAGCGAACTGGCTGACCCGCAGTTGTACAAAACCTTCACTGATGCCGCTGAAGTGATTGGTGAAGCGTGGGAAAGCCGTGAATTTGGTAAAGCCGTGCGCGAAATCATGGCGCTGGCTGATCTGGCTAACCGCTATGTCGATGAACAGGCTCCGTGGGTGGTGGCGAAACAGGAAGGCCGCGATGCCGACCTGCAGGCAATTTGCTCAATGGGCATCAACCTGTTCCGCGTGCTGATGACTTACCTGAAGCCGGTACTGCCGAAACTGACCGAGCGTG > CP009273/2188991‑2189285 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |