Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 2,222,684 | G→C | 14.2% | intergenic (+140/+233) | yohP → / ← dusC | uncharacterized protein/tRNA‑dihydrouridine synthase C |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 2,222,684 | 0 | G | C | 14.2% | 178.3 / 6.6 | 84 | intergenic (+140/+233) | yohP/dusC | uncharacterized protein/tRNA‑dihydrouridine synthase C |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (18/53); new base C (3/10); total (21/63) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
TTTTAAAATTAATTAATGTCATCAGGTCCGAAAATAACGAGAATATTTCAGTCTCTCATCCTGTTGCGCTCCTGTCATGTGCATTGCTTCATATAATCACTGGCGCAAGGAGCGC‑GCAGGGGGCGGCCAA‑TCGCCGCCGCCCCCTGCACCCCCGGGCTCTGG‑CGAACAAAATCGCCGCTGCGCGGTGCCCTCGGCTTATCCCTTACGGCTACCGGGTCGGGCGCGAGGTAACATCCCTGTAAAACGCGCCCTCAGCCCACATCCATGTGGGCTGCCCCGGCCTTCAGGGAAC > CP009273/2222539‑2222830 | ttttAAAATTAATTAATGTCATCAGGTCCGAAAATAACGAGAATATTTCAGTCTCTCATCCTGTTGCGCTCCTGTCATGTGCATTGCTTCATATAATCACTGGCGCAAGGAGCGC‑GGCGGGGGCGGGCCA‑ACGCCCCCCCCCCCCGcc > 2:3510468/1‑147 (MQ=255) ttttAAAATTAATTAATGTCATCAGGTCCGAAAATAACGAGAATATTTCAGTCTCTCATCCTGTTGCGCTCCTGTCATGTGCATTGCTTCATATAATCACTGGCGCAAGGAGCGC‑GCAGGGGGCGGCCAA‑TCGCCGCCGCCCCCTGCa < 2:96169/148‑1 (MQ=255) ttttAAAATTAATTAATGTCATCAGGTCCGAAAATAACGAGAATATTTCAGTCTCTCATCCTGTTGCGCTCCTGTCATGTGCATTGCTTCATATAATCACTGGCGCAAGGAGCGC‑GCAGGGGGCGGCCAA‑TCGCCGCCGCCCCCTGCa < 2:1507388/148‑1 (MQ=255) aattaattAATGTCATCAGGTCCGAAAATAACGAGAATATTTCAGTCTCTCATCCTGTTGCGCTCCTGTCATGTGCATTGCTTCATATAATCACTGGCGCAAGGAGCGC‑GGGGGGGGGGGGCGC‑CCCCCGCccccccccccccccccc > 1:769841/1‑147 (MQ=255) taattcatGTCATCAGGTCCGAAAATAACGAGAATATTTCAGTCTCTCATCCTGTTGCGCTCCTGTCATGTGCATTGCTTCATATAATCACTGGCGCAAGGAGCGC‑GCCGGGGGGGGGCCA‑ACCCCCCCCCCCCCCGCAACCCCCGGc > 2:586804/1‑148 (MQ=37) taattaatGTCATCAGGTCCGAAAATAACGAGAATATTTCAGTCTCTCATCGTGTTGCGCTCCTGTCATGTGCATTGCTTAATATAATCAGTGGCGAATGGCGCGC‑GCTGGGGGGGGCCAA‑TCGCCGCCGCCCCCTGCACCCCCGGGc < 1:1762710/148‑1 (MQ=37) taattaatGTCATCAGGTCCGAAAATAACGAGAATATTTCAGTCTCTCATCCTGTTGCGCTCCTGTCATGTGCATTGCTTCATATAATCACTGGCGCAAGGAGCGCGGCCGGGGGGGCCCAA‑AACCCGCC‑CCCCCCCCAcccccccgc > 2:586936/1‑144 (MQ=255) taattaatGTCATCAGGTCCGAAAATAACGAGAATATTTCAGTCTCTCATCCTGTTGCGCTCCTGTCATGTGCATTGCTTCATATAATCACTGGCGCAAGGAGCGC‑GGAGGGGGGGGGCCA‑ACGCCGCCCCCCCCAGCACCCCCCGGc > 2:2377490/1‑148 (MQ=37) aattaatGTCATCAGGTCAGAAAATAACGAGAATATTTCAGTCTCTCATCCTGTTGCGCTCCTGTCTTGTGCATTGCTTCATATAATCACTGGCGCAAGGAGCGC‑GCAGGGGGCGGCCAA‑TCGCCGCCGCCCCCTGCACCCCCGGGct < 2:447818/148‑1 (MQ=255) ttaatGTCATCAGGTCCGAAAATAACGAGAATATTTCAGTCTCTCATCCTGTTGCGCTCCTGTCATGTGCATTGCTTCATATAATCACTGGCGCAAGGAGCGC‑GGCCGGGGGGGCCCA‑CCGCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCGGccca > 2:3194148/1‑145 (MQ=255) taatGTCATCAGGTCCGAAAATAACGAGAATATTTCAGTCTCTCATCCTGTTGCGCTCCTGTCATGTGCATTGCTTCATATAATCACTGGCGCAAGGAGCGCGGCGGGGGGGGGCCCA‑AC‑CCGCCCCCCCCCCCCCCCCCCGGcccgg > 2:1181408/1‑144 (MQ=255) gAAAATAACGAGAATATTTCAGTCTCTCATCCTGTTGCGCTCCTGTCATGTGCATTGCTTCATATAATCACTGGCGCAAGGAGCGC‑GCAGGGGGGGGCCCA‑AAGCCCCCCCCCCCGGCACCCCCCGGCGCTGGCCGAACaaaaacccg > 2:2269311/1‑143 (MQ=25) aaaaTAACGAGAATTTTTCTGTCTCTCATCGTGTTGCGGTCGTGTCTTGTGCTTTGCTTCATATAATCCGGGGCGCATGGAGCGC‑GCTGGGGGCGGCAAA‑GCGCCGCCGCCCCCTGCACCCCCGGGCTCGGG‑CGAACAAAATcgccgc < 2:2438892/148‑1 (MQ=18) tAACGATAATATTTCTGTCTCTCAGCGTGTTGCGCTCCGTTCTTGTGCATTGCTTCATATAATCACGGGCGCATGGAGCGC‑GCTGGGGGCGGCAAA‑TCGCCGCCGCCCCCGGCACCCCCGGGCTCTGG‑CGAACAAAATCGCCGCTgcg < 1:2943635/148‑1 (MQ=18) ctagaTTATTTCAGTCTCTCATCGTTTTGCGCTCCTGTCATGTGAATTGCTTCATATAATCACGGGCGCATGGAGCGC‑GCTGGGGGCGGCCAA‑CCGCCGCCGCCCCCTGCACCCCCGGGCTCTGG‑CGAACAAAATCGCCGCTGCGCgg < 1:550048/146‑1 (MQ=18) ttatTTCAGTCTCTCATCGTGTTGCGCTCGTGACTTGTGCATTGCTACAAATACTCACTGGCGCACGGAGCGC‑GCCGGGGGCGGCAAA‑GCGCCGCCCCCCCGGGCACCCCCGGGCTCTGG‑CGAACAAAATCGCCGCTGCGCGGTGccc < 2:1231759/147‑1 (MQ=17) atttttCGGTCTCTCATCCGGTGGCGCCCCTGTCTTGTGATTGGCTTCATATAACCCCGGGCGCCGGGCGCGC‑GCGGGGGGCGCCCAC‑GCGCCGCCGCCCCCTCCACCCCCGGGCTCTGG‑CGAACAAAATCGCCGCTGCGCGGTGccc < 1:2880536/145‑1 (MQ=12) tCAGTCTCTCATCCTGTTGCGCTCCTGTCATGTGCATTGCTTCATATAATCACTGGCGCAAGGAGCGC‑GCAGGGGGCGGCCAA‑TCGCCGCCGCCCCCTGCACCCCCGGGCTCTGG‑CGAACAAAATCGCCGCTGCGCGGTGCCCTCGGc < 2:2498367/148‑1 (MQ=255) tctctcTTCCTGTTGCGCTCCTGTCTTGTGCTTTGCTTAATATAATCACGGGCGCACGGCGCGC‑GCGGGGGGCGGCCAA‑TCGCCGCCGCCCCCTGCACCCCCGGGCTCTGG‑CGAACAAAATCGCCGCTGCGCGGTGCCCTCGGCTTAt < 1:2297444/148‑1 (MQ=18) tctctcATCCTGTGGCGCTCCTGTAATGTGCATTGCTTCATATAATCACTGGCGCAAGGAGCGC‑GCAGGGGGCGGCCAA‑TCGCCGCCGCCCCCTGCACCCCCGGGCTCTGG‑CGAACAAAATCGCCGCTGCGCGGTGCCCTCGGCTTAt < 2:2157372/148‑1 (MQ=255) ttGTTGCGCTCCTGTCTTTTGATTTTATTAATATAAACCCTGGCGAATGGAGCGC‑GCTGGGGGGGGCAAA‑TCGCCGCCGCCCCCTGCACCCCCGGGCTCTGG‑CGAACAAAATCGCCGCTGCGCGGTGCCCTCGGCTTATCCCTTACgg < 1:1098902/147‑1 (MQ=14) gtGTTGCGCTCGTGTATGGTGCTTTGCTTCATATACTCCGTGGCGCATGGAGCGC‑GCGGGGGGCGGCAAA‑TCGCCGCCGCCCCCGGCACCCCCGGGCTCTGG‑CGAACAAAATCGCCGCTGCGCGGTGCCCTCGGCTTATCCCTTACgg < 1:1101035/147‑1 (MQ=14) cTGTTGCGCTCCTGTCATGTGCATTGCTTCATATAATCACGGGCGCAAGGAGCGC‑GCAGGGGGCGGCCAA‑TCGCCGCCGCCCCCTGCACCCCCGGGCTCTGG‑CGAACAAAATCGCCGCTGCGCGGTGCCCTCGGCTTATCCCTTACgg < 2:2976614/148‑1 (MQ=255) tCCTTTCATGTGATTTGTTTAATATAATCACGGGCCCATGGCGGGC‑GCCGGGGGCGCCAAT‑TCGCCGCCGCCCCCGGCACCCCCGGGCTCTGG‑CGAACAAAATCGCCGCTGCGCGGTGCCCTCGGCTTATCCCTTACGGCTACCGGGt < 1:1089472/148‑1 (MQ=14) tCCTGTCATGTGCATTGCTTCATATAATCCCGGGCGCAAGGAGCGC‑GCAGGGGGCGGCCAA‑TCGCCGCCGCCCCCTGCACCCCCGGGCTCTGG‑CGAACAAAATCGCCGCTGCGCGGTGCCCTCGGCTTATCCCTTACGGCTACCGGGt < 2:1127335/148‑1 (MQ=255) gccTGTCTTGTGATTTGCTACATATAATCCCGGGCGCACGGAGCGC‑GCGGGGGGCGCCCAA‑GCGCCGCCGCCCCGGGCACCCCCGGGCTCTGG‑CGAACAAAATCGCCGCTGCGCGGTGCCCTCGGCTTATCCCTTACGGCTACCGGGt < 1:3126102/147‑1 (MQ=14) aTGTGATTTGCTTCATATAATCACTGGCGCAAGGCGCGC‑GCCGGGGGCGGCCAA‑TCGCCGCCGCCCCCTGCACCCCCGGGCTCTGG‑CGAACAAAATCGCCGCTGCGCGGTGCCCTCGGCTTATCCCTTACGGCTACCGGGTCGGgcgc < 1:2061552/148‑1 (MQ=255) gtgCTTTGCTTCATATACCCCCGGGCGCACGGCGCGG‑GCGGGGGGCGCCCAA‑GCCCCCCCCCCCCCGCCACCCCCGGGCTCTGG‑CGAACAAAATCGCCGCTGCGCGGTGCCCTCGGCTTATCCCTTACGGCTACCGGGTCGGGCGCGa < 1:344157/148‑1 (MQ=11) tgattggCTTCATATAATCACTGGCGCAAGGAGCGC‑GCCGGGGGCGGCCAA‑TCGCCGCCGCCCCCTGCACCCCCGGGCTCTGG‑CGAACAAAATCGCCGCTGCGCGGTGCCCTCGGCTTATCCCTTACGGCTACCGGGTCGGGCGCGAg < 2:913748/142‑1 (MQ=255) tgCATTGCTTCATATAATCACTGGCGCAAGGAGCGC‑GCAGGGGGCGGCCAA‑TCGCCGCCGCCCCCTGCACCCCCGGGCTCTGG‑CGAACAAAATCGCCGCTGCGCGGTGCCCTCGGCTTATCCCTTACGGCTACCGGGTCGGGCGCGAg < 2:1752164/148‑1 (MQ=255) tgCATTGCTTCATATAATCACTGGCGCAAGGAGCGC‑GCAGGGGGCGGCCAA‑TCGCCGCCGCCCCCTGCACCCCCGGGCTCTGG‑CGAACAAAATAGCCGCTGCGCGGTGCCCTCGGCTTATCCCTTACGGCTACCGGGTCGGGCGCGAg < 2:208604/148‑1 (MQ=255) tgCATTGCTTCATATAATCACTGGCGCAAGGAGCGC‑GCAGGGGGCGGCCAA‑TCGCCGCCGCCCCCTGCACCCCCGGGCTCTGG‑CGAACAAAATAGCCGCTGCGCGGTGCCCTCGGCTTATCCCTTACGGCTACCGGGTCGGGCGCGAg < 2:208479/148‑1 (MQ=255) tgCATTGCTTCATATAAGCACTGGCGCAAGGAGCGC‑GCAGGGGGCGGCCAA‑TCGCCGCCGCCCCCTGCACCCCCGGGCTCTGG‑CGAACAAAATAGCCGCTGCGCGGTGCCCTCGGCTTATCCCTTACGGCTACCGGGTCGGGCGCGAg < 2:1575436/148‑1 (MQ=255) gctttGTTTCATATAACCACGGGCGCAAGGCGCGC‑GCGGGGGGCGGCCAA‑GCGCCGCCGCCCCCGGCACCCCCGGGCTCGGG‑CGAACAAAATCGCCGCTGCGCGGTGCCCTCGGCTTATCCCTTACGGCTACCGGGTCGGGCGCGAgg < 1:2539247/145‑1 (MQ=11) cATTGCTTCATATAATCACTGGCGCAAGGAGCGC‑GCAGGGGGCGGCCAA‑TCGCCGCCGCCCCCTGCACCCCCGGGCTCTGG‑CGAACAAAATCGCCGCTGCGCGGTGCCCTCGGCTTATCCCTTACGGCTACCGGGTCGGGCGCGAGGt < 2:3033949/148‑1 (MQ=255) cATTGCTACATATAATCCCGGGCGCACGGAGCGC‑GCTGGGGGCGGCCAA‑TCGCCGCCGCCCCCTGCACCCCCGGGCTCTGG‑CGAACAAAATCGCCGCTGCGCGGTGCCCTCGGCTTATCCCTTACGGCTACCGGGTCGGGCGCGAGGt < 1:573539/148‑1 (MQ=14) ttGCTTCATATAATCACTGGCGCAAGGAGCGC‑GCCGGGGGCGGCCAA‑TCGCCGCCGCCCCCTGCACCCCCGGGCTCTGG‑CGAACAAAATCGCCGCTGCGCGGTGCCCTCGGCTTATCCCTTACGGCTACCGGGTCGGGCGCGAGGTaa < 2:376907/148‑1 (MQ=255) ttGCTTCATATAATCACTGGCGCAAGGAGCGC‑GCAGGGGGCGGCCAA‑TCGCCGCCGCCCCCTGCACCCCCGGGCTCTGG‑CGAACAAAATCGCCGCTGCGCGGTGCCCTCGGCTTATCCCTTACGGCTACCGGGTCGGGCGCGAGGTaa < 2:2173661/148‑1 (MQ=255) 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gcgcAAGGAGCGC‑GCCGGGGGCGGCCAA‑TCGCCGCCGCCCCCTGCACCCCCGGGCTCTGG‑CGAACAAAATCGCCGCTGCGCGGTGCCCTCGGCTTATCCCTTACGGCTACCGGGTCGGGCGCGAGGTAACATCCCTGTAAAACGCGcc < 2:3068007/148‑1 (MQ=17) cgcATGGAGCGC‑GCAGGGGGCGGCCAA‑GCGCCGCCGCCCCCTGCACCCCCGGGCTCTGG‑CGAACAAAATCGCCGCTGCGCGGTGCCCTCGGCTTATCCCTTACGGCTACCGGGTCGGGCGCGAGGTAACATCCCTGTAAAACGCGccc < 2:1231974/148‑1 (MQ=17) cgcAAGGAGCGC‑GCTGGGGGCGGCCAA‑TCGCCGCCGCCCCCTGCACCCCCGGGCTCTGG‑CGAACAAAATCGCCGCTGCGCGGTGCCCTCGGCTTATCCCTTACGGCTACCGGGTCGGGCGCGAGGTAACATCCCTGTAAAACGCGccc < 2:1231828/148‑1 (MQ=17) gcAAGGAGCGC‑GCCGGGGGCGGCCAA‑GCGCCGCCGCCCCCTGCACCCCCGGGCTCTGG‑CGAACAAAATCGCCGCTGCGCGGTGCCCTCGGCTTATCCCTTACGGCTACCGGGTCGGGCGCGAGGTAACATCCCTGTAAAACGCGCCCt < 2:1559211/148‑1 (MQ=17) gcAAGGAGCGC‑GCAGGGGGCGGCCAA‑TCGCCGCCGCCCCCTGCACCCCCGGGCTCTGG‑CGAACAAAATCGCCGCTGCGCGGTGCCCTCGGCTTATCCCTTACGGCTACCGGGTCGGGCGCGAGGTAACATCCCTGTAAAACGCGCCCt < 2:1559105/148‑1 (MQ=32) aGGCGCGC‑GCCGGGGGCGCCCAA‑GCGCCGCCGCCCCCTGCACCCCCGGGCTCTGG‑CGAACAAAATAGCCGCTGCGCGGTGCCCTCGGCTTATCCCTTACGGCTACCGGGTCGGGCGCGAGGTAACATCCCTGTAAAACGCGCCCTCAg < 1:325848/148‑1 (MQ=11) aGGAGCGC‑GCTGGGGGCGGCCAA‑TCGCCGCCGCCCCCTGCACCCCCGGGCTCTGG‑CGAACAAAATCGCCGCTGCGCGGTGCCCTCGGCTTATCCCTTACGGCTACCGGGTCGGGCGCGAGGTAACATCCCTGTAAAACGCGCCCTCAg < 1:1477968/148‑1 (MQ=17) ggAGCGC‑GCTGGGGGCGGCCAA‑TCGCCGCCGCCCCCTGCACCCCCGGGCTCTGG‑CGAACAAAATCGCCGCTGCGCGGTGCCCTCGGCTTATCCCTTACGGCTACCGGGTCGGGCGCGAGGTAACATCCCTGTAAAACGCGCCCTCAGc < 1:3526890/148‑1 (MQ=17) c‑gcCGGGGGGGGCCAA‑GCGCCGCCGCCCCCGCCACCCCCGGGCTCTGG‑CGAACAAAATCGCCGCTGCGCGGTGCCCTCGGCTTATCCCTTACGGCTACCGGGTCGGGCGCGAGGTAACATCCCTGTAAAACGCGCCCTCAGCCCACAt < 1:1277387/148‑1 (MQ=11) ctgggggCGGCCAA‑TCGCCGCCGCCCCCTGCACCCCCGGGCTCTGG‑CGAACAAAATCGCCGCTGCGCGGTGCCCTCGGCTTATCCCTTACGGCTACCGTGTCGGGCGCGAGGTAACATCCCTGTAAAACGCGCCCTCAGCCCACATcc < 2:10219/146‑1 (MQ=17) cAGGGGGCGGCCAC‑TCGCCGCCGCCCCCTGCACCCCCGGGCTCTGG‑CGAACAAAATCGCCGCTGCGCGGTGCCCTCGGCTTATCCCTTACGGCTACCGGGTCGGGCGCGAGGTAACATCCCTGTAAAACGCGCCCTCAGCCCACATcc < 2:68837/148‑1 (MQ=17) gggggCGGCCAA‑TCGCCGCCGCCCCCTGCACCCCCGGGCTCTGG‑CGAACAAAATCGCCGCTGCGCGGTGCCCTCGGCTTATCCCTTACGGCTACCGGGTCGGGCGCGAGGTAACATCCCTGTAAAACGCGCCCTCAGCCCACATCCAt > 2:2520230/1‑148 (MQ=32) gggggCGGCCAA‑TCGCCGCCGCCCCCTGCACCCCCGGGCTCTGG‑CGAACAAAATCGCCGCTGCGCGGTGCCCTCGGCTTATCCCTTACGGCTACCGGGTCGGGCGCGAGGTAACATCCCTGTAAAACGCGCCCTCAGCCCACATCCAt < 2:1305148/148‑1 (MQ=32) gggggCGCCAAC‑GCGCCGCCGCCCCCGCCACCCCCGGGCTCTGG‑CGAACAAAATCGCCGCTGCGCGGTGCCCTCGGCTTATCCCTTACGGCTACCGGGTCGGGCGCGAGGTAACATCCCTGTAAAACGCGCCCTCAGCCCACATCCAt < 1:3312036/148‑1 (MQ=11) gggggcccAA‑GCCCCGCCGCCCCCGGCACCCCCGGGCTCGGG‑CGAACAAAATCGCCGCTGCGCGGTGCCCTCGGCTTATCCCTTACGGCTACCGGGTCGGGCGCGAGGTAACATCCCTGTAAAACGCGCCCTCAGCCCACATCCAtgt < 1:3033189/142‑1 (MQ=11) gggCGCCCAC‑GCCCCCCCCCCCCCACCACCCCCGGGCTCTGG‑CGAAAAAAATCGCCGCTGCGCGGTGCCCTCGGCTTATCCCTTACGGCTACCGGGTCGGGCGCGAGGTAACATCCCTGTAAAACGCGCCCTCAGCCCACATCCAtgt < 1:1509586/148‑1 (MQ=11) ggcggcCAA‑TCGCCGCCGCCCCCTGCACCCCCGGGCTCTGG‑CGAACAAAATCGCCGCTGCGCGGTGCCCTCGGCTTATCCCTTACGGCTACCGGGTCGGGCGCGAGGTAACATCCCTGTAAAACGCGCCCTCAGCCCACATCCAtgtg > 1:2242750/1‑148 (MQ=32) gcCAA‑TCGCCGCCGCCCCCTGCACCCCCGGGCTCTGG‑CGAACAAAATCGCCGCTGCGCGGTGCCCGCGGCTTATCCCTTACGGCTACCGGGTCGGGCGCGAGGTAACATCCCTGTAAAACGCGCCCTCAGCCCACATCCATGTGGGCt > 1:3516679/1‑148 (MQ=17) ta‑TCGCCGCGCCCCCCTCCACCCCCGGGCTGTGG‑CGAACAAAATCGCCGCTGCGCGGTGCCCTCGGCTTATCCCTTACGGCTACCGGGTCGGGCGCGAGGTAACATCCCTGTAAAACGCGCCCTCAGCCCACATCCATGTGGGCTGcc < 1:1335190/147‑1 (MQ=255) actccccgcccccCCCTCCACCCCCGGGCGCTGG‑CGAACAAAATCGCCGCTGCGCGGTGCCCTCGGCTTATCCCTTACGGCTACCGGGTCGGGCGCGAGGTAACATCCCTGTAAAACGCGCCCTCAGCCCACATCCATGTGGGCTGcc < 1:933846/143‑1 (MQ=255) 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ccgccgccCCCTGCACCCCCGGGCTCTGG‑CGAACAAAATCGCCGCTGCGCGGTGCCCTCGGCTTATCCCTTACGGCTACCGGGTCGGGCGCGAGGTAACATCCCTGTAAAACGCGCCCTCAGCCCACATCCATGTGGGCTGCCCCGGc > 2:1870126/1‑148 (MQ=32) cgccgccCCCTGCACCCCCGGGCTCTGG‑CGAACAAAATCGCCGCTGCGCGGTGCCCTCGGCTTATCCCTTACGGCTACCGGGTCGGGCGCGAGGTAACATCCCTGTAAAACGCGCCCTCAGCCCACATCCATGTGGGCTGCCCCGGcc < 2:2870396/148‑1 (MQ=32) cgccgccCCCTGCACCCCCGGGCTCTGG‑CGAACAAAATCGCCGCTGCGCGGTGCCCTCGGCTTATCCCTTACGGCTACCGGGTCGGGCGCGAGGTAACATCCCTGTAAAACGCGCCCTCAGCCCACATCCATGTGGGCTGCCCCGGcc < 1:2894197/148‑1 (MQ=32) gcccccCCCTGCACCCCCGGGCTCTGG‑CGAACAAAATCGCCGCTGCGCGGTGCCCTCGGCTTATCCCTTACGGCTACCGGGTCGGGCGCGAGGTAACATCCCTGTAAAACGCGCCCTCAGCCCACATCCATGTGGGCTGCCCCGGCCt < 1:1325431/148‑1 (MQ=17) cccccccGCCACCCCCGGGCTCTGG‑CGAACAAAATCGCCGCTGCGCGGTGCCCTCGGCTTATCCCTTACGGCTACCGGGTCGGGCGCGAGGTAACATCCCTGTAAAACGCGCCCTCAGCCCACATCCATGTGGGCTGCCCCGGCCTTc < 1:937171/146‑1 (MQ=12) ccccTGCACCCCCGGGCTCTGG‑CGAACAAAATCGCCGCTGCGCGGTGCCCTCGGCTTATCCCTTACGGCTACCGGGTCGGGCGCGAGGTAACATCCCTGTAAAACGCGCCCTCAGCCCACATCCATGTGGGCTGCCCCGGCCTTCAgg < 2:2974282/148‑1 (MQ=32) ccccTGCACCCCCGGGCTCGGG‑CGAACAAAATCGCCGCTGCGCGGTGCCCTCGGCTTATCCCTTACGGCTACCGGGTCGGGCGCGAGGTAACATCCCTGTAAAACGCGCCCTCAGCCCACATCCAGGTGGGCTGCCCCGGCCTTCAgg < 2:3281679/148‑1 (MQ=17) ccTGCACCCCCGGGCTCTGG‑CGAACAAAATCGCCGCTGCGCGGTGCCCTCGGCTTATCCCTTACGGCTACCGGGTCGGGCGCGAGGTAACATCCCTGTAAAACGCGCCCTCAGCCCACATCCATGTGGGCTGCCCCGGCCTTCAGGGa < 1:2310278/148‑1 (MQ=32) ccTGCACCCCCGGGCTCTGG‑CGAACAAAATCGCCGCTGCGCGGTGCCCTCGGCTTATCCCTTACGGCTACCGGGTCGGGCGCGAGGTAACATCCCTGTAAAACGCGCCCTCAGCCCACATCCATGTGGGCTGCCCCGGCCGTCCGGGa > 1:1741669/1‑148 (MQ=17) cTGCACCCCCGGGCTCTGG‑CGAACAAAATCGCCGCTGCGCGGTGCCCTCGGCTTATCCCTTACGGCTACCGGGTCGGGCGCGAGGTAACATCCCTGTAAAACGCGCCCTCAGCCCACCTCCATGTGGGCTGCCCCGGCCTTCAgggta > 1:1401098/1‑146 (MQ=17) cTGCACCCCCGGGCTCTGG‑CGAACAAAATCGCCGCTGCGCGGTGCCCTCGGCTTATCCCTTACGGCTACCGGGTCGGGCGCGAGGTAACATCCCTGTAAAACGCGCCCTCAGCCCACATCCATGTGGGCTGCCCCGGCCTTCAGGGac > 2:3019260/1‑147 (MQ=17) cTGCACCCCCGGGCTCTGG‑CGAACAAAATCGCCGCTGCGCGGTGCCCTCGGCTTATCCCTTACGGCTACCGGGTCGGGCGCGAGGTAACATCCCTGTAAAACGCGCCCTCAGCCCACATCCATGTGGGCTGCCCCGGCCTTCAGGGaa < 1:1759634/148‑1 (MQ=32) cTGCACCCCCGGGCTCTGG‑CGAACAAAATCGCCGCTGCGCGGTGCCCTCGGCTTATCCCTTACGGCTACCGGGTCGGGCGCGAGGTAACATCCCTGTAAAACGCGCCCTCAGCCCACATCCATGTGGGCTGCCCCGGCCTTCAGGGaa > 2:3019259/1‑148 (MQ=32) cTGCACCCCCGGGCTCTGG‑CGAACAAAATCGCCGCTGCGCGGTGCCCTCGGCTTATCCCTTACGGCTACCGGGTCGGGCGCGAGGTAACATCCCTGTAAAACGCGCCCTCAGCCCACATCCATGTGGGCTGCCCCGGCCTTCAGGGaa > 2:1243117/1‑148 (MQ=32) cTGCACCCCCGGGCTCTGG‑CGAACAAAATCGCCGCTGCGCGGTGCCCTCGGCTTATCCCTTACGGCTACCGGGTCGGGCGCGAGGTAACAACCCTGTAAAAAGCGCCCTCAGCCCACCACCATTTGGGCTGCCCCCGCCTTCAGGGaa > 1:1120106/1‑148 (MQ=11) tGCACCCCCGGGCTCTGG‑CGAACAAAATCGCCGCTGCGCGGTGCCCTCGGCTTATCCCTTACGGCTACCGGGTCGGGCGCGAGGTAACATCCCTGTAAAACGCGCCCTCAGCCCACATCCATGTGGGCTGCCCCGGCCTTCAGGGAAc > 1:2358638/1‑148 (MQ=32) tGCACCCCCGGGCTCTGG‑CGAACAAAATCGCCGCTGCGCGGTGCCCTCGGCTTATCCCTTACGGCTACCGGGGCGGGCGCGAGGTAACATCCCTGTAAAACGCGCCCTCAGCCCACATCCATGGGGGCTGCCCCGGCCTTCCGGGAAc > 1:567134/1‑148 (MQ=12) | TTTTAAAATTAATTAATGTCATCAGGTCCGAAAATAACGAGAATATTTCAGTCTCTCATCCTGTTGCGCTCCTGTCATGTGCATTGCTTCATATAATCACTGGCGCAAGGAGCGC‑GCAGGGGGCGGCCAA‑TCGCCGCCGCCCCCTGCACCCCCGGGCTCTGG‑CGAACAAAATCGCCGCTGCGCGGTGCCCTCGGCTTATCCCTTACGGCTACCGGGTCGGGCGCGAGGTAACATCCCTGTAAAACGCGCCCTCAGCCCACATCCATGTGGGCTGCCCCGGCCTTCAGGGAAC > CP009273/2222539‑2222830 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |