| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 2,263,137 | C→A | 100% | intergenic (+91/‑321) | lpxT → / → mepS | lipid A 1‑diphosphate synthase; undecaprenyl pyrophosphate:lipid A 1‑phosphate phosphotransferase/murein DD‑endopeptidase, space‑maker hydrolase, mutational suppressor of prc thermosensitivity, outer membrane lipoprotein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,263,137 | 0 | C | A | 98.3% | 717.9 / 3.1 | 229 | intergenic (+91/‑321) | lpxT/mepS | lipid A 1‑diphosphate synthase; undecaprenyl pyrophosphate:lipid A 1‑phosphate phosphotransferase/murein DD‑endopeptidase, space‑maker hydrolase, mutational suppressor of prc thermosensitivity, outer membrane lipoprotein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (3/1); new base A (111/114); total (114/115) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.70e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.66e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 238 total aligned reads displayed.
TCACCTTTTTTGACAAATCACTACCAGGAAAAAACAAACATTTCCAAAACAAATAACTCACAGTAATTAACATCATCAGGGTTATTTTTATAGTGAGGATAATCCTGATGATGCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATCATTCTCTAAGTAAATGAATGGATTGCATGCGTTTCACTCAATTGTACTTTAATTGACCAACCCCGCTTATTAACTTTCTGTATCACTTTTTCTTATAAAAAATCATGTAAAACCGCTCGCCAAGACCGCACCAATCGGGTAATC > CP009273/2262991‑2263281 | cACCTTTTTTGACAAATCACTACCAGGAAAAAACAAACATTTCCAAAACAAATAACTCACAGTAATTAACATCATCAGGGTTATTTTTATAGTGAGGATAATCCTGATGATGCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAaataat > 1:352126/1‑148 (MQ=255) ccTTTTTTGACAAATCACTACCAGGAAAAAACAAACATTTCCAAAACAAATAACTCACAGTAATTAACATCATCAGGGTTATTTTTATAGTGAGGATAATCCTGATGATGCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATAATtc > 1:509384/1‑148 (MQ=255) cTTTTTTGACAAATCACTACCAGGAAAAAACAAACATTTCCAAAACAAATAACTCACAGTAATTAACATCATCAGGGTTATTTTTATAGTGAGGATAATCCTGATGATGCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATAATtct < 2:2770056/148‑1 (MQ=255) ttttttGACAAATCACTACCAGGAAAAAACAAACATTTCCAAAACAAATAACTCACAGTAATTAACATCATCAGGGTTATTTTTATAGTGAGGATAATCCTGATGATGCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATAATtctc > 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |