| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 2,400,858 | C→A | 100% | intergenic (‑738/‑182) | lrhA ← / → alaA | transcriptional repressor of flagellar, motility and chemotaxis genes/valine‑pyruvate aminotransferase 2 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,400,858 | 0 | C | A | 95.7% | 849.1 / 25.2 | 281 | intergenic (‑738/‑182) | lrhA/alaA | transcriptional repressor of flagellar, motility and chemotaxis genes/valine‑pyruvate aminotransferase 2 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (9/3); new base A (119/150); total (128/153) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.21e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.62e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 281 total aligned reads displayed.
CGCAGTTAAACTCTCCGTAATGAGGAAATATCATCATCGCGTTTCATTAGTGAATTCTTAAATGAGGCATTTTCACACAATTATCTTACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGCATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGTTATTAACAGCACAATCGAGCCTTCCCCTCTGGCAAAATCTTATTCTGCAGACCTTCAAAACACCGTCCTGGGGGAGTACATTGTTCTAAGCTGACTTCCACGG > CP009273/2400713‑2401002 | gCAGTTAAACTCTCCGTAATGAGGAAATATCATCATCGCGTTTCATTAGTGAATTCTTAAATGAGGCATTTTCACACAATTATCTTACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATg > 1:2756628/1‑148 (MQ=255) gCAGTTAAACTCTCCGTAATGAGGAAATATCATCATCGCGTTTCATTAGTGAATTCTTAAATGAGGCATTTTCACACAATTATCTTACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATg < 1:2135237/148‑1 (MQ=255) cAGTTAAACTCTCCGTAATGAGGAAATATCATCATCGCGTTTCATTAGTGAATTCTTAAATGAGGCATTTTCACACAATTATCTTACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAGTTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGt < 2:1980039/148‑1 (MQ=255) gTTAAACTCTCCGTAATGAGGAAATATCATCATCGCGTTTCATTAGTGAATTCTTAAATGAGGCATTTTCACACAATTATCTTACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTaa < 2:145519/148‑1 (MQ=255) tAAACTCTCCGTAATGAGGAAATATCATCATCGCGTTTCATTAGTGAATTCTTAAATGAGGCATTTTCACACAATTATCTTACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAg > 1:1130472/1‑148 (MQ=255) aaaCTCTCCGTAATGAGGAAATATCATCATCGCGTTTCATTAGTGAATTCTTAAATGAGGCATTTTCACACAATTATCTTACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGc < 1:221233/148‑1 (MQ=255) ctctCCGTAATGAGGAAATATCATCATCGCGTTTCATTAGTGAATTCTTAAATGAGGCATTTTCACACAATTATCTTACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCata > 2:2849359/1‑148 (MQ=255) ctctCCGTAATGAGGAAATATCATCATCGCGTTTCATTAGTGAATTCTTAAATGAGGCATTTTCACACAATTATCTTACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCata < 1:1360369/148‑1 (MQ=255) ctctCCGTAATGAGGAAATATCATCATCGCGTTTCATTAGTGAATTCTTAAATGAGGCATTTTCACACAATTATCTTACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCata < 2:1680216/148‑1 (MQ=255) tctcCGTAATGAGGAAATATCATCATCGCGGTTCATTAGTGAATTCTTAAATGAGGCATTTTCACACAATTATCTTACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCatat < 2:2487712/148‑1 (MQ=255) gTAATGAGGAAATATCATCATCGCGTTTCATTAGTGAATTCTTAAATGAGGCATTTTCACACAATTATCTTACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACAcc < 2:464607/148‑1 (MQ=255) attattaaaTATCATCATATCGTTTCATTAGTTAATTATTAAATGATTAATTTTAACACAATTATCTTAAATAT‑AAAAAAACAAGAATTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAAAATTGAATGTAAAGCATATACACCTCa < 2:2201586/142‑1 (MQ=255) aTGAGGAAATATCATCATCGCGTTTCATTAGTGAATTCTTAAATGAGGCATTTTCACACAATTATCTTACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCa < 2:1384983/148‑1 (MQ=255) aTGAGGAAATATCATCATCGCGTTTCATTAGTGAATTCTTAAATGAGGCATTTTCACACAATTATCTTACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCa < 1:3241578/148‑1 (MQ=255) aTGAGGAAATATCATCATCGCGTTTCATTAGTGAATTCTTAAATGAGGCATTTTCACACAATTATCTTACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCa < 1:2034200/148‑1 (MQ=255) tGAGGAAATATCATCATCGCGTTTCATTAGTGAATTCTTAAATGAGGCATTTTCACACAATTATCTTACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCat > 1:874074/1‑148 (MQ=255) aaaTATCATCATCGCGTTTCATTAGTGAATTCTTAAATGAGGCATTTTCACACAATTATATTACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTAttt > 1:2329356/1‑148 (MQ=255) atatCATCATCGCGTTTCATTAGTGAATTCTTAAATGAGGCATTTTCACACAATTATCTTACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTg < 1:2375127/148‑1 (MQ=255) atatCATCATCGCGTTTCATTAGTGAATTCTTAAATGAGGCATTTTCACACAATTATCTTACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTg > 1:1439718/1‑148 (MQ=255) atatCATCATCGCGTTTCATTAGTGAATTCTTAAATGAGGCATTTTCACACAATTATCTTACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTg < 1:3021341/148‑1 (MQ=255) tcatcatcGCGTTTCATTAGTGAATTCTTAAATGAGGCATTTTCACTCAATTATCTTACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCa < 2:1539377/148‑1 (MQ=255) catcatcGCGTTTCATTAGTGAATTCTTAAATGAGGCATTTTCACACAATTATCTTACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCat > 1:1903402/1‑148 (MQ=255) catcatcGCGTTTCATTAGTGAATTCTTAAATGAGGCATTTTCACACAATTATCTTACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCat > 1:99190/1‑148 (MQ=255) atcatcGCGTTTCATTAGTGAATTCTTAAATGAGGCATTTTCACACAATTATCTTACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCatt > 1:955617/1‑148 (MQ=255) tcatcGCGTTTCATTAGTGAATTCTTAAATGAGGCATTTTCACACAATTATCTTACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCatta > 2:743516/1‑148 (MQ=255) tcatcGCGTTTCATTAGTGAATTCTTAAATGAGGCATTTTCACACAATTATCTTACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCatta > 1:525040/1‑148 (MQ=255) tcatcGCGTTTCATTAGTGAATTCTTAAATGAGGCATTTTCACACAATTATCTTACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTAGTTTGTCatta > 2:1814512/1‑148 (MQ=255) catcGCGTTTCATTAGTGAATTCTTAAATGAGGCATTTTCACACAATTATCTTACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCattat > 1:1077765/1‑148 (MQ=255) catcGCGTTTCATTAGTGAATTCTTAAATGAGGCATTTTCACACAATTATCTTACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCattat < 2:1062608/148‑1 (MQ=255) gcgTTTCATTAGTGAATTCTTAAATGAGGCATTTTCACACAATTATCTTACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAg < 2:1477864/148‑1 (MQ=255) cgTTTCATTAGTGAATTCTTAAATGAGGCATTTTCACACAATTATCTTACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGt > 2:3080814/1‑148 (MQ=255) cgTTTCATTAGTGAATTCTTAAATGAGGCATTTTCACACAATTATCTTACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGt > 2:476701/1‑148 (MQ=255) cgTTTCATTAGTGAATTCTTAAATGAGGCATTTTCACACAATTATCTTACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCACTATTAAGt < 2:2367078/148‑1 (MQ=255) tttCATTAGTGAATTCTTAAATGAGGCATTTTCACACAATTATCTTACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGtta < 2:1615103/148‑1 (MQ=255) tttCATTAGTGAATTCTTAAATGAGGCATTTTCACACAATTATCTTACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGtta < 2:3522299/148‑1 (MQ=255) ttCATTAGTGAATTCTTAAATGAGGCATTTTCACACAATTATCTTACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGttat < 1:1829980/148‑1 (MQ=255) tCATTAGTGAATTCTTAAATGAGGCATTTTCACACAATTATCTTACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGttatt > 1:1743538/1‑148 (MQ=255) ttAGTGAATTCTTAAATGAGGCATTTTCACACAATTATCTTACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGCATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGTTATTAAc < 2:3497563/148‑1 (MQ=255) tAGTGAATTCTTAAATGAGGCATTTTCACACAATTATCTTACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGTTATTAACa > 2:2654158/1‑148 (MQ=255) tAGTGAATTCTTAAATGAGGCATTTTCACACAATTATCTTACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGTTATTAACa < 2:2769833/148‑1 (MQ=255) tGAATTCTTAAATGAGGCATTTTCACACAATTATCTTACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGTTATTAACAGca > 1:1148417/1‑148 (MQ=255) aTTCTTAAATGAGGCATTTTCACACAATTATCTTACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGTTATTAACAGCACaa < 1:303772/148‑1 (MQ=255) tCTTAAATGAGGCATTTTCACACAATTATCTTACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAGTTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGTTATTAACAGCACAATc > 1:2936643/1‑148 (MQ=255) tCTTAAATGAGGCATTTTCACACAATTATCTTACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGTTATTAACAGCACAATc > 1:2568963/1‑148 (MQ=255) ttAAATGAGTCATTTTCACACAATTATCTTACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGTTATTAACAGCACAATCGa < 1:72214/148‑1 (MQ=255) ttAAATGAGGCATTTTCACACAATTATCTTACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGTTATTAACAGCACAATCGa < 1:2684019/148‑1 (MQ=255) ttAAATGAGGCATTTTCACACAATTATCTTACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGTTATTAACAGCACAATCGa > 2:1421017/1‑148 (MQ=255) tGAGGCATTTTCACACAATTATCTTACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGTTATTAACAGCACAATCGAGCCtt < 2:2130561/148‑1 (MQ=255) tGAGGCATTTTCACACAATTATCTTACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGTTATTAACAGCACAATCGAGCCtt < 2:2129710/148‑1 (MQ=255) gAGTCATTTTCACACAATTATCTTACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGTTATTAACAGCACAATCGAGCCTTc < 1:600405/148‑1 (MQ=255) aGGCATTTTCACACAATTATCTTACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGTTATTAACAGCACAATCGAGCCTTcc < 2:3272031/148‑1 (MQ=255) gtcATTTTAACACAATTATCTTACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCATAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGTTATTAACAGCAAAATCGAGCCTTccc < 2:3284001/146‑1 (MQ=255) ggCATTTTCACACAATTATCTTACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGTTATTAACAGCACAATCGAGCCTTccc > 1:2831311/1‑148 (MQ=255) ggCATTTTCACACAATTATCTTACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGTTATTAACAGCACAATCGAGCCTTccc < 1:135027/148‑1 (MQ=255) ggCATTTTCACACAATTATCTTACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGTTATTAACAGCACAATCGAGCCTTccc < 1:834032/148‑1 (MQ=255) ggCATTTTCACACAATTATCTTACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGTTATTAACAGCACAATCGAGCCTTccc < 1:246757/148‑1 (MQ=255) ggCATTTTCACACAATTATCTTACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTATGTCATTATTAAGTTATTAACAGCACAATCGAGCCTTccc > 2:260344/1‑148 (MQ=255) gCATTTTCACACAATTATCTTACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGTTATTAACAGCACAATCGAGCCTTcccc < 2:794539/148‑1 (MQ=255) cATTTTCACACAATTATCTTACAGAT‑AAAAAATCCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGTTATTAACAGCACAATCGAGCCTTCCCct < 2:1321575/148‑1 (MQ=255) cATTTTCACACAATTATCTTACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGTTATTAACAGCACAATCGAGCCTTCCCct < 1:2254555/148‑1 (MQ=255) cATTTTCACACAATTATCTTACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGTTATTAACAGCACAATCGAGCCTTCCCct < 2:602428/148‑1 (MQ=255) aTTTTCACACAATTATCTTACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGCATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGTTATTAACAGCACAATAGAGCCTTCCCctc < 1:1971413/148‑1 (MQ=255) aTTTTCACACAATTATCTTACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGTTATTAACAGCACAATCGAGCCTTCCCctc > 1:3144744/1‑148 (MQ=255) tttCACACAATTATCTTACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGTTATTAACAGCACAATCGAGCCTTCCCCTCTg < 2:2251181/148‑1 (MQ=255) cacaATTATCTTACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGTTATTAACAGCACAATCGAGCCTTCCCCTCTGGCaaa < 2:2410560/148‑1 (MQ=255) aTTATCTTACAGATAAAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGTTATTAACAGCACAATCGAGCCTTCCCCTCTGGCAAAATc > 1:1172063/1‑148 (MQ=255) aTTATCTTACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGTTATTAACAGCACAATCGAGCCTTCCCCTCTGGCAAAATCt > 2:556580/1‑148 (MQ=255) ttATCTTACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGTTATTAACAGCACAATCGTGCCTTCCCCTCTGGCAAAATCtt > 2:1725142/1‑148 (MQ=255) ttATCTTACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATACACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGTTATTAACAGCACAATCGAGCCTTCCCCTCTGGCAAAATCtt > 2:3565095/1‑148 (MQ=255) tATCTTACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGTTATTAACAGCACAATCGAGCCTTCCCCTCTGGCAAAATCTTa > 2:2566131/1‑148 (MQ=255) tATCTTACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGTTATTAACAGCACAATCGAGCCTTCCCCTCTGGCAAAATCTTa > 1:791972/1‑148 (MQ=255) aTCTTACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGTTATTAACAGCACAATCGAGCCTTCCCCTCTGGCAAAATCTTAt > 2:2794646/1‑148 (MQ=255) ttACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGTTATTAACAGCACAATCGAGCCTTCCCCTCTGGCAAAATCTTATTCt < 1:3205490/148‑1 (MQ=255) ttACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGTTATTAACAGCACAATCGAGCCTTCCCCTCTGGCAAAATCTTATTCt < 2:2128644/148‑1 (MQ=255) aCAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGTTATTAACAGCACAATCGAGCCTTCCCCTCTGGCAAAATCTTATTCTGc < 2:576437/148‑1 (MQ=255) aT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGTTATTAACAGCACAATCGAGCCTTCCCCTCTGGCAAAATCTTATTCTGCAGAc < 1:278215/148‑1 (MQ=255) aT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTACATAACATTGCATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGTTATTAACAGCACAATAGAGCCTTCCCCTCTGGCAAAATCTTATTCTGCAGAc > 2:406415/1‑148 (MQ=255) aT‑AAAAAAACCAGACTTACAATAAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGTTATTAACAGCACAATCGAGCCTTCCCCTCTGGCAAAATCTTATTCTGCAGAc > 2:757281/1‑148 (MQ=255) t‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGTTATTAACAGCACAATCGAGCCTTCCCCTCTGGCAAAGTCTTATTCTGCAGAca < 2:1195663/148‑2 (MQ=255) aaaaaaCCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGTTATTAACAGCACAATCGAGCCTTCCCCTCTGGCAAAATCTTATTCTGCAGACCtt < 1:2101075/148‑1 (MQ=255) aaaCCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGTTATTAACAGCACAATCGAGCCTTCCCCTCTGGCAAAATCTTATTCTGCAGACCTTCaa > 2:2329048/1‑148 (MQ=255) aCCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGTTATTAACAGCACAATCGAGCCTTCCCCTCTGGCAAAATCTTATTCTGCAGACCTTCaaaa < 2:369762/148‑1 (MQ=255) cAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGTTATTAACAGCACAATCGAGCCTTCCCCTCTGGCAAAATCTTATTCTGCAGACCTTCAAAaca < 2:1594049/148‑1 (MQ=255) gACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGTTATTAACAGCACAATCGAGCCTTCCCCTCTGGCAAAATCTTATTCTGCAGACCTTCAAAACAcc > 1:2606191/1‑148 (MQ=255) ttACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGTTATTAACAGCACAATCGAGCCTTCCCCTCTGGCAAAATCTTATTCTGCAGACCTTCAAAACACCGTc < 2:873038/148‑1 (MQ=255) ttAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGTTATTAACAGCACAATCGAGCCTTCCCCTCTGGCAAAATCTTATTCTGCAGACCTTCAAAACACCGTCCTgggg > 1:1641762/1‑148 (MQ=255) ataaTCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGTTATTAACAGCACAATCGAGCCTTCCCCTCTGGCAAAATCTTATTCTGCAGACCTTCAAAACACCGTCCTGGGGGAg > 1:351577/3‑148 (MQ=255) gAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGTTATTAACAGCACAATCGAGCCTTCCCCTCTGGCAAAATCTTATTCTGCAGACCTTCAAAACACCGTCCTGGGGGAGt > 2:1905474/1‑148 (MQ=255) tCAGAACAATTCACTATATAACATTAAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGTTATTAACAGCACAATCGAGCCTTCCCCTCTGGCAAAATCTTATTCTGCAGACCTTCAAAACACCGTCCTGGGGGAGTACa < 1:1558521/148‑1 (MQ=255) aaCAATTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGTTATTAACAGCACAATCGAGCCTTCCCCTCTGGCAAAATCTTATTCTGCAGACCTTCAAAACACCGTCCTGGGGGAGTACATTGt > 2:1104393/1‑148 (MQ=255) aTTCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGTTATTAACAGCACAATCGAGCCTTCCCCTCTGGCAAAATCTTATTCTGCAGACCTTCAAAACACCGTCCTGGGGGAGTACATTGTTCTa < 1:2674460/148‑1 (MQ=255) tCACTATATAACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGTTATTAACAGCACAATCGAGCCTTCCCCTCTGGCAAAATCTTATTCTGCAGACCTTCAAATCACCGTCCTGGGGGAGTACATTGTTCTaat > 2:3309529/1‑147 (MQ=255) tCACTATATAACATTGAATGTAAAGAATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGTTATTAACAGCACAATCGAGCCTTCCCCTCTGGCAAAATCTTATTCTGCAGACCTTCAAAACACCGTCCTGGGGGAGTACATTGTTCTAAg < 1:1239740/148‑1 (MQ=255) atataACATTGCATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGTTATTAACAGCACAATCGAGCCTTCCCCTCTGGCAAAATCTTATTCTGCAGACCTTCAAAACACCGTCCTGGGGGAGTACATTGTTCTAAGCTGAc > 2:654424/1‑148 (MQ=255) atataACATTGCATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGTTATTAACAGCACAATCGAGCCTTCCCCTCTGGCAAAATCTTATTCTGCAGACCTTCAAAACACCGTCCTGGGGGAGTACATTGTTCTAAGCTGAc > 2:657741/1‑148 (MQ=255) ataACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGTTATTAACAGCACAATCGAGCCTTCCCCTCTGGCAAAATCTTATTCTGCAGACCTTCAAAACACCGTCCTGGGGGAGTACATTGTTCTAAGCTGACtt > 2:3344417/1‑148 (MQ=255) ataACATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGTTATTAACAGCACAATCGAGCCTTCCCCTCTGGCAAAATCTTATTCTGCAGACCTTCAAAACACCGTCCTGGGGGAGTACATTGTTCTAAGCTGACtt > 2:2083431/1‑148 (MQ=255) aaCATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGTTATTAACAGCACAATCGAGCCTTCCCCTCTGGCAAAATCTTATTCTGCAGACCTTCAAAACACCGTCCTGGGGGAGTACATTGTTCTAAGCTGACTTcc > 2:3022755/1‑148 (MQ=255) aaCATTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGTTATTAACAGCACAATCGAGCCTTCCCCTCTGGCAAAATCTTATTCTGCAGACCTTCAAAACACCGTCCTGGGGGAGTACATTGTTCTAAGCTGACTTcc > 1:2899731/1‑148 (MQ=255) aTTGAATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGTTATTAGCAGCACAATCGAGCCTTCCCCTCTGGCAAAATCTTATTCTGCAGACCTTCAAAACACCGTCCTGGGGGAGTACATTGTTCTAAGCTGACTTCCACg < 1:342146/148‑1 (MQ=255) | CGCAGTTAAACTCTCCGTAATGAGGAAATATCATCATCGCGTTTCATTAGTGAATTCTTAAATGAGGCATTTTCACACAATTATCTTACAGAT‑AAAAAAACCAGACTTACAATTAAGAATCAGAACAATTCACTATATAACATTGCATGTAAAGCATATACACCTCATTATTTTGTCATTATTAAGTTATTAACAGCACAATCGAGCCTTCCCCTCTGGCAAAATCTTATTCTGCAGACCTTCAAAACACCGTCCTGGGGGAGTACATTGTTCTAAGCTGACTTCCACGG > CP009273/2400713‑2401002 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |