Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 2,521,009 | C→A | 13.6% | V235V (GTC→GTA) | yfeH → | putative inorganic ion transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 2,521,009 | 0 | C | A | 13.6% | 647.6 / 51.6 | 207 | V235V (GTC→GTA) | yfeH | putative inorganic ion transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (97/81); new base A (14/15); total (111/96) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.53e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 209 total aligned reads displayed.
TGACTGGGTGTCGCGCAATAAAAAATGGATTGCGAAAACTGACCAGACGTCCATTCTGTTGGTGGTTTATACAGCGTTCAGCGAAGCCGTCGTTAATGGTATCTGGCATAAAGTTGGCTGGGGATCATTGCTGTTTATCGTGGTGGTCAGCTGCGTTCTTCTGGCTATCGTGATTGTAGTTAACGTCTTTATGGCACGCCGACTGAGCTTCAATAAGGCAGATGAAATTACTATCGTCTTTTGTGGTTCGAAAAAGAGTCTGGCAAATGGCATCCCGATGGCAAACATTCTGTT > CP009273/2520862‑2521155 | tGACTGGGTGTCGCGCAATAAAAAATGGATTGCGAAAACTGACCAGACGTCCATTCTGTTGGTGGTTTATACAGCGTTCAGCGAAGCCGTCGTTAATGGTATCTGGCATAAAGTTGGCTGGGGATCATTGCTGTTTATCGTGGTGGTc < 2:1635811/148‑1 (MQ=255) aCTGGGTGTCGCGCAATAAAAAATGGATTGCGAAAACTGACCAGACGTCCATTCTGTTGGTGGTTTATACAGCGTTCAGCGAAGCCGTCGTTAATGGTATCTGGCATAAAGTTGGCTGGGGATCATTGCTGTTTATCGTGGTGGTCAg < 1:991126/148‑1 (MQ=255) aCTGGGTGTCGCGCAATAAAAAATGGATTGCGAAAACTGACCAGACGTCCATTCTGTTGGTGGTTTATACAGCGTTCAGCGAAGCCGTCGTTAATGGTATCTGGCATAAAGTTGGCTGGGGATCATTGCTGTTTATCGTGGTGGTCAg < 1:2774774/148‑1 (MQ=255) aCTGGGTGTCGCGCAATAAAAAATGGATTGCGAAAACTGACCAGACGTCCATTCTGTTGGTGGTTTATACAGCGTTCAGCGAAGCCGTCGTTAATGGTATCTGGCATAAAGTTGGCTGGGGATCATTGCTGTTTATCGTGGTGGTCAg > 2:2392276/1‑148 (MQ=255) tgtCGCGCAATAAAAAATGGATTGCGAAAACTGACCAGACGTCCATTCTGTTGGTGGTTTATACAGCGTTCAGCGAAGCCGTCGTTAATGGTATCTGGCATAAAGTTGGCTGGGGATCATTGCTGTTTATCGTGGTGGTCAGCTGCGt < 2:2371441/148‑1 (MQ=255) tCGCGCAATAAAAAATGGATTGCGAAAACTGACCAGACGTCCATTCTGTTGGTGGTTTATACAGCGTTCAGCGAAGCCGTCGTTAATGGTATCTGGCATAAAGTTGGCTGGGGATCATTGCTGTTTATCGTGGTGGTCAGCTGCGttc > 1:514122/1‑148 (MQ=255) cgcAATAAAAAATGGATTGCGAAAACTGACCAGACGTCCATTCTGTTGGTGGTTTATACAGCGTTCAGCGAAGCCGTCGTTAATGGTATCTGGCATAAAGTTGGCTGGGGATCATTGCTGTTTATCGTGGTGGTCAGCTGCGttcttc < 2:6552/148‑1 (MQ=255) tAAAAAATGGATTGCGAAAACTGACCAGACGTCCATTCTGTTGGTGGTTTATACAGCGTTCAGCGAAGCCGTCGTTAATGGTATCTGGCATAAAGTTGGCTGGGGATCATTGCTGTTTATCGTGGTGGTCAGCTGCGTTCTTCTGGCt > 1:3438245/1‑148 (MQ=255) tAAAAAATGGATTGCGAAAACTGACCAGACGTCCATTCTGTTGGTGGTTTATACAGCGTTCAGCGAAGCCGTCGTTAATGGTATCTGGCATAAAGTTGGCTGGGGATCATTGCTGTTTATCGTGGTGGTCAGCTGCGTTCTTCTGGCt > 2:409897/1‑148 (MQ=255) aaaaaaTGGATTGCGAAAACTGACCAGACGTCCATTCTGTTGGTGGTTTATACAGCGTTCAGCGAAGCCGTCGTTAATGGTATCTGGCATAAAGTTGGCTGGGGATCATTGCTGTTTATCGTGGTGGTCAGCTGCGTTCTTCTGGCTa > 2:1805412/1‑148 (MQ=255) aaaaaTGGATTGCGAAAACTGACCAGACGTCCATTCTGTTGGTGGTTTATACAGCGTTCAGCGAAGCCGTCGTTAATGGTATCTGGCATAAAGTTGGCTGGGGATCATTGCTGTTTATCGTGGTGGTCAGCTGCGTTCTTCTGGCTAt < 1:3200957/148‑1 (MQ=255) aaaaaTGGATTGCGAAAACTGACCAGACGTCCATTCTGTTGGTGGTTTATACAGCGTTCAGCGAAGCCGTCGTTAATGGTATCTGGCATAAAGTTGGCTGGGGATCATTGCTGTTTATCGTGGTGGTCAGCTGCGTTCTTCTGGCTAt < 2:197095/148‑1 (MQ=255) aaaaTGGATTGCGAAAACTGACCAGACGTCCATTCTGTTGGTGGTTTATACAGCGTTCAGCGAAGCCGTCGTTAATGGTATCTGGCATAAAGTTGGCTGGGGATCATTGCTGTTTATCGTGGTGGTCAGCTGCGTTCTTCTGGCTATc > 2:1675152/1‑148 (MQ=255) aTGGATTGCGAAAACTGACCAGACGTCCATTCTGTTGGTGGTTTATACAGCGTTCAGCGAAGCCGTCGTTAATGGTATCTGGCATAAAGTTGGCTGGGGATCATTGCTGTTTATCGTGGTGGTCAGCTGCGTTCTTCTGGCTATCGTg > 1:3039321/1‑148 (MQ=255) 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gAAAACTGACCAGACGTCCATTCTGTTGGTGGTTTATACAGCGTTCAGCGAAGCCGTCGTTAATGGTATCTGGCATAAAGGTGGCTGGGGATCATTGCTGTTTATCGTGGTGGTCAGCTGCGTTCTTCTGGCTATCGTGATTGTAGtt > 1:2992014/1‑148 (MQ=255) aaaCTGACCAGACGTCCATTCTGTTGGTGGTTTATACAGCGTTCAGCGAAGCCGTCGTTAATGGTATCTGGCATAAAGTTGGCTGGGGATCATTGCTGTTTATCGTGGTGGTCAGCTGCGTTCTTCTGGCTATCGTGATTGTAGTTaa < 2:798342/148‑1 (MQ=255) aaaCTGACCAGACGTCCATTCTGTTGGTGGTTTATACAGCGTTCAGCGAAGCCGTCGTTAATGGTATCTGGCATAAAGTTGGCTGGGGATCATTGCTGTTTATCGTGGTGGTCAGCTGCGTTCTTCTGGCTATCGTGATTGTAGTTaa > 1:3016334/1‑148 (MQ=255) aaCTGACCAGACGTCCATTCTGTTGGTGGTTTATACAGCGTTCAGCGAAGCCGTCGTTAATGGTATCTGGCATAAAGTTGGCTGGGGATCATTGCTGTTTATCGTGGTGGTCAGCTGCGTTCTTCTGGCTATCGTGATTGTAGTTAAc > 1:242003/1‑148 (MQ=255) aaCTGACCAGACGTCCATTCTGTTGGTGGTTTATACAGCGTTCAGCGAAGCCGTCGTTAATGGTATCTGGCATAAAGTTGGCTGGGGATCATTGCTGTTTATCGTGGTGGTAAGCTGCGTTCTTCTGGCTATCGTGATTGTAGTTAAc > 2:1570062/1‑148 (MQ=255) aCTGACCAGACGTCCATTCTGTTGGTGGTTTATACAGCGTTCAGCGAAGCCGTCGTTAATGGTATCTGGCATAAAGTTGGCTGGGGATCATTGCTGTTTATCGTGGTGGTCAGCTGCGTTCTTCTGGCTATCGTGATTGTAGTTAACg > 1:2166102/1‑148 (MQ=255) cTGACCAGACGTCCATTCTGTTGGTGGTTTATACAGCGTTCAGCGAAGCCGTCGTTAATGGTATCTGGCATAAAGTTGGCTGGGGATCATTGCTGTTTATCGTGGTGGTCAGCTGCGTTCTTCTGGCTATCGTGATTGTAGTTAACGt > 2:477/1‑148 (MQ=255) ccAGACGTCCATTCTGTTGGTGGTTTATACAGCGTTCAGCGAAGCCGTCGTTAATGGTATCTGGCATAAAGTTGGCTGGGGATCATTGCTGTTTATCGTGGTGGTCAGCTGCGTTCTTCTGGCTATCGTGATTGTAGTTAACGTCttt < 2:1982374/148‑1 (MQ=255) ccAGACGTCCATTCTGTTGGTGGTTTATACAGCGTTCAGCGAAGCCGTCGTTAATGGTATCTGGCATAAAGTTGGCTGGGGATCATTGCTGTTTATCGTGGTGGTCAGCTGCGTTCTTCTGGCTATCGTGATTGTAGTTAACGTCttt < 2:2565113/148‑1 (MQ=255) ccAGACGTCCATTCTGTTGGTGGTTTATACAGCGTTCAGCGAAGCCGACGTTAATTGTATCTGGCATAAATTTGGCTGGGGATCATAGCAGTTTATCGTGGTGGTCAGCTTCGTTCTTCTGGCTATCGTGATTGTAGTTAACTTCttt > 2:2681701/1‑148 (MQ=255) 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ttGCTGTTTATCGTGGTGGTCAGCTGCGTTCTTCTGGCTATCGTGATTGTAGTTAACGTCTTTATGGCACGCCGACTGAGCTTCAATAAGGCAGATGAAATTACTATCGTCTTTTGTGGTTCGAAAAAGAGTCTGGCAAATGGCATcc < 1:3544343/148‑1 (MQ=255) tGCTGTTTATCGTGGTGGTCAGCTGCGTTCTTCTGGCTATCGTGATTGTAGTTAACGTCTTTATGGCACGCCGACTGAGCTTCAATAAGGCAGATGAAATTACTATCGTCTTTTGTGGTTCGAAAAAGAGTCTGGCAAATGGCATccc > 2:3097598/1‑148 (MQ=255) tGCTGTTTATCGTGGTGGTAAGCTGCGTTCTTCTGGCTATCGTGATTGTAGTTAACGTCTTTATGGCACGCCGACTGAGCTTCAATAAGGCAGATGAAATTACTATCGTCTTTTGTGGTTCGAAAAAGAGTCTGGCAAATGGCATccc > 2:3451525/1‑148 (MQ=255) gCTGTTTATCGTGGTGGTCAGCTGCGTTCTTCTGGCTATCGTGATTGTAGTTAACGTCTTTATGGCACGCCGACTGAGCTTCAATAAGGCAGATGAAATTACTATCGTCTTTTGTGGTTCGAAAAAGAGTCTGGCAAATGGCATCCCg < 1:477/148‑1 (MQ=255) tGTTTATCGTGGTGGTCAGCTGCGTTCTTCTGGCTATCGTGATTGTAGTTAACGTCTTTATGGCACGCCGACTGAGCTTCAATAAGGCAGATGAAATTACTATCGTCTTTTGTGGTTCGAAAAAGAGTCTGGCAAATGGCATCCCGAt < 1:899591/148‑1 (MQ=255) 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tCAGCTGCGTTCTTCTGGCTATCGTGATTGTAGTTAACGTCTTTATGGCACGCCGACTGAGCTTCAATAAGGCAGATGAAATTACTATCGTCTTTTGTGGTTCGAAAAAGAGTCTGGCAAATGGCATCCCGATGGCAAACATTCTGtt < 1:845476/148‑1 (MQ=255) | TGACTGGGTGTCGCGCAATAAAAAATGGATTGCGAAAACTGACCAGACGTCCATTCTGTTGGTGGTTTATACAGCGTTCAGCGAAGCCGTCGTTAATGGTATCTGGCATAAAGTTGGCTGGGGATCATTGCTGTTTATCGTGGTGGTCAGCTGCGTTCTTCTGGCTATCGTGATTGTAGTTAACGTCTTTATGGCACGCCGACTGAGCTTCAATAAGGCAGATGAAATTACTATCGTCTTTTGTGGTTCGAAAAAGAGTCTGGCAAATGGCATCCCGATGGCAAACATTCTGTT > CP009273/2520862‑2521155 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |