| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 2,543,355 | T→A | 19.4% | N184Y (AAC→TAC) | yfeX ← | porphyrinogen oxidase, cytoplasmic |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,543,355 | 0 | T | A | 19.4% | 541.2 / 114.5 | 225 | N184Y (AAC→TAC) | yfeX | porphyrinogen oxidase, cytoplasmic |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (106/75); new base A (30/14); total (136/89) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.03e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 227 total aligned reads displayed.
GCGAACAATCTTCAGCCCTTTGCCATCTTCTTTCAGATCAACGCGGGTGAGGTGAGAGGTTTCCGGACGTTCGTCGCCGTCGATCTCTTCGTTGGCCTCTTTGGTGCGCCCGATCACCATCTCCTGATCGTGAACGCTCATCCGGTTGAGCTGCTTCAGGTTGTGTTCCCAACGCTGGACAAACACATAGCTGCCGCCCGCATCCACGCCGTCTTTGATAACCGCCACTTCGCGACGCGTCTCTTCACCCGCCGGGTTTTCCGTACCGTCAACAAAGCCGCTCAGGTCACGCT > CP009273/2543209‑2543501 | cAATCTTCAGCCCTTTGCCATCTTCTTTCAGATCAACGCGGGTGAGGTGAGAGGTTTCCGGACGTTCGTCGCCGTCGATCTCTTCGTTGGCCTCTTTGGTGCGCCCGATCACCATCTCCTGATCGTGAACGCTCATCCGGTTGAgctg > 2:1267899/1‑148 (MQ=255) cAATCTTCAGCCCTTTGCCATCTTCTTTCAGATCAACGCGGGTGAGGTGAGAGGTTTCCGGACGTTCGTCGCCGTCGATCTCTTCGTTGGCCTCTTTGGTGCGCCCGATCACCATCTCCTGATCGTGAACGCTCATCCGGTTGAgctg > 1:1273206/1‑148 (MQ=255) aaTCTTCAGCCCTTTGCCATCTTCTTTCAGATCAACGCGGGTGAGGTGAGAGGTTTCCGGACGTTCGTCGCCGTCGATCTCTTCGTTGGCCTCTTTGGTGCGCCCGATCACCATCTCCTGATCGTGAACGCTCATCCGGTTGAgctgc < 1:1658406/148‑1 (MQ=255) aTCTTCAGCCCTTTGCCATCTTCTTTCAGATCAACGCGGGTGAGGTGAGAGGTTTCCGGACGTTCGTCGCCGTCGATCTCTTCGTTGGCCTCTTTGGTGCGCCCGATCACCATCTCCTGATCGTGAACGCTCATCCGGTTGAgctgct < 2:665308/148‑1 (MQ=255) tCAGCCCTTTGCCATCTTCTTTCAGATCAACGCGGGTGAGGTGAGAGGTTTCCGGACGTTCGTCGCCGTCGATCTCTTCGTTGGCCTCTTTGGTGCGCCCGATCACCATCTCCTGATCGTGAACGCTCATCCGGTTGAGCTGCTTCAg > 2:926776/1‑148 (MQ=255) cAGCCCTTTGCCATCTTCTTTCAGATCAACGCGGGTGAGGTGAGAGGTTTCCGGACGTTCGTCGCCGTCGATCTCTTCGTTGGCCTCTTTGGTGCGCCCGATCACCATCTCCTGATCGTGAACGCTCATCCGGTTGAGCTGCTTCAgg < 2:2196707/148‑1 (MQ=255) aGCCCTTTGCCATCTTCTTTCAGATCAACGCGGGTGAGGTGAGAGGTTTCCGGACGTTCGTCGCCGTCGATCTCTTCGTTGGCCTCTTTGGTGCGCCCGATCACCATCTCCTGATCGTGAACGCTCATCCGGTTGAGCTGCTTCAGGt > 2:3129500/1‑148 (MQ=255) gCCCTTTGCCATCTTCTTTCAGATCTTGGCGGGTGAGGTGAGAGGTTTCCGGACGTTCGTCGCCGTCGATCTCTTCGTTGGCCTCTTTGGTGCGCCCGATCACCATCTCCTGATCGTGAACGCTCATCCGGTTGAGCTGCTTCAGGtt > 2:1629743/1‑148 (MQ=255) gCCCTTTGCCATCTTCTTTCAGATCAACGCGGGTGAGGTGAGAGGTTTCCGGACGTTCGTCGCCGTCGATCTCTTCGTTGGCCTCTTTGGTGCGCCCGATCACCATCTCCTGATAGTGAACGCTCATCCGGTTGAGCTGCTTCAGGtt > 2:1623533/1‑148 (MQ=255) cTTTGCCATCTTCTTTCAGATCAACGCGGGTGAGGTGAGAGGTTTCCGGACGTTCGTCGCCGTCGATCTCTTCGTTGGCCTCTTTGGTGCGCCCGATCACCATCTCCTGATCGTGAACGCTCATCCGGTTGAGCTGCTTCAGGTtgtg > 2:1963913/1‑148 (MQ=255) gCCATCTTCTTTCAGATCAACGCGGGTGAGGTGAGAGGTTTCCGGACGTTCGTCGCCGTCGATCTCTTCGTTGGCCTCTTTGGTGCGCCCGATCACCATCTCCTGATCGTGAACGCTCATCCGGTTGAGCTGCTTCAGGTTGTGTTcc < 1:484343/148‑1 (MQ=255) cATCTTCTTTCAGATCAACGCGGGTGAGGTGAGAGGTTTCCGGACGTTCGTCGCCGTCGATCTCTTCGTTGGCCTCTTTGGTGCGCCCGATCACCATCTCCTGATCGTGAACGCTCATCCGGTTGAGCTGCTTCAGGTTGTGTTCCCa < 2:2336941/148‑1 (MQ=255) cttcttTCAGATCAACGCGGGTGAGGTGAGAGGTTTCCGGACGTTCGTCGCCGTCGATCTCTTCGTTGGCCTCTTTGGTGCGCCCGATCACCATCTCCTGATCGTGAACGCTCATCCGGTTGAGCTGCTTCAGGTTGTGTTCCCAACg > 2:1335861/1‑148 (MQ=255) cttcttTCAGATCAACGCGGGTGAGGTGAGAGGTTTCCGGACGTTCGTCGCCGTCGATCTCTTCGTTGGCCTCTTTGGTGCGCCCGATCACCATCTCCTGATCGTGAACGCTCATCCGGTAGAGCTGCTTCAGGTTGTGTTCCCAACg < 1:1853705/148‑1 (MQ=255) 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ttGAGCTGCTTCAGGTTGTGTTCCCAACGCTGGACAAACACATAGCTGCCGCCCGCATCCACGCCGTCTTTGATAACCGCCACTTCGCGACGCGTCTCTTCACCCGCCGGGTTTTCCGTACCGTCAACAAAGCCGCTCAGGTCACGct > 2:3198905/1‑148 (MQ=255) | GCGAACAATCTTCAGCCCTTTGCCATCTTCTTTCAGATCAACGCGGGTGAGGTGAGAGGTTTCCGGACGTTCGTCGCCGTCGATCTCTTCGTTGGCCTCTTTGGTGCGCCCGATCACCATCTCCTGATCGTGAACGCTCATCCGGTTGAGCTGCTTCAGGTTGTGTTCCCAACGCTGGACAAACACATAGCTGCCGCCCGCATCCACGCCGTCTTTGATAACCGCCACTTCGCGACGCGTCTCTTCACCCGCCGGGTTTTCCGTACCGTCAACAAAGCCGCTCAGGTCACGCT > CP009273/2543209‑2543501 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |