| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 2,579,561 | G→T | 100% | G158C (GGC→TGC) | narQ → | sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with NarP (NarL) |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,579,561 | 0 | G | T | 95.1% | 547.3 / 17.1 | 185 | G158C (GGC→TGC) | narQ | sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with NarP (NarL) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (3/6); new base T (83/93); total (86/99) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.07e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 189 total aligned reads displayed.
GAATAATCGGCTCAGCAAGGGCGATTTGCCGTGGTATCAGGCCAATATTAATAATTATGTTAATCAGATAGACCTGTTCGTACTGGCTTTACAGCACTACGCTGAACGCAAAATGCTGCTGGTGGTGGCGATTTCCCTGGCTGGCGGCATCGGTATTTTCACGCTGGTCTTTTTTACTTTGCGCCGCATACGCCATCAGGTGGTTGCCCCGCTGAATCAGCTGGTTACCGCCAGTCAGCGTATTGAACACGGGCAGTTCGACTCGCCGCCGCTGGATACCAACCTGCCGA > CP009273/2579416‑2579705 | gAATAATCGGCTCAGCAAGGGCGATTTGCCGTGGTATCAGGCCAATATTAATAATTATGTTAATCAGATAGACCTGTTCGTACTGGCTTTACAGCACTACGCTGAACGCAAAATGCTGCTGGTGGTGGCGATTTCCCTGGCTggctgc < 1:42229/148‑1 (MQ=255)gAATAATCGGCTCAGCAAGGGCGATTTGCCGTGGTATCAGGCCAATATTAATAATTATGTTAATCAGATAGACCTGTTCGTACTGGCTTTACAGCACTACGCTGAACGCAAAATGCTGCTGGTGGTGGCGATTTCCCTGGCTggctgc < 1:1846899/148‑1 (MQ=255) tCGGCTCAGCAAGGGCGATTTGCCGTGGTATCAGGCCAATATTAATAATTATGTTAATCAGATAGACCTGTTCGTACTGGCTTTACAGCACTACGCTGAACGCAAAATGCTGCTGGTGGTGGCGATTTCCCTGGCTGGCTGCATCGGt > 2:2642855/1‑148 (MQ=255) ggCTCAGCAAGGGCGATTTGCCGTGGTATCAGGCCAATATTAATAATTATGTTAATCAGATAGACCTGTTCGTACTGGCTTTACAGCACTACGCTGAACGCAAAATGCTGCTGGTGGTGGCGATTTCCCTGGCTGGCTGCATCGGTAt < 1:202484/148‑1 (MQ=255) ggCTCAGCAAGGGCGATTTGCCGTGGTATCAGGCCAATATTAATAATTATGTTAATCAGATAGACCTGTTCGTACTGGCTTTACAGCACTACGCTGAACGCAAAATGCTGCTGGTGGTGGCGATTTCCCTGGCTGGCTGCATCGGTAt < 1:962883/148‑1 (MQ=255) cTCAGCAAGGGCGATTTGCCGTGGTATCAGGCCAATATTAATAATTATGTTAATCAGATAGACCTGTTCGTACTGTCTTTACAGCACTACGCTGAACGCAAAATGCTGCTGGTGGTGGCGATTTCCCTGGCTTGCTGCATCGGTAttt < 2:2987158/148‑1 (MQ=255) cTCAGCAAGGGCGATTTGCCGTGGTATCAGGCCAATATTAATAATTATGTTAATCAGATAGACCTGTTCGTACTGGCTTTACAGCACTACGCTGAACGCAAAATGCTGCTGGTGGTGGCGATTTCCCTGGCTGGCTGCATCGGTAttt < 1:1365118/148‑1 (MQ=255) cTCAGCAAGGGCGATTTGCCGTGGTATCAGGCCAATATTAATAATTATGTTAATCAGATAGACCTGTTCGTACTGGCTTTACAGCACTACGCTGAACGCAAAATGCTGCTGGTGGTGGCGATTTCCCTGGCTGGCTGCATCGGTAttt > 1:2570030/1‑148 (MQ=255) aGCAAGGGCGATTTGCCGTGGTATCAGGCCAATATTAATAATTATGTTAATCAGATAGACCTGTTCGTACTGGCTTTACAGCACTACGCTGAACGCAAAATGCTGCTGGTGGTGGCGATTTCCCTGGCTGGCTGCATCGGTATTTTCa < 2:2759705/148‑1 (MQ=255) 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aTTTGCCGTGGTATCAGGCCAATATTAATAATTATGTTAATCAGATAGACCTGTTCGTACTGGCTTTACAGCACTACGCTGAACGCAAAATGCTGCTGGTGGTGGCGATTTCCCTGGCTGGCTGCATCGGTATTTTCACGCTGGTCtt < 1:1591669/148‑1 (MQ=255) tttGCCGTGGTATCAGGCCAATATTAATAATTATGTTAATCAGATAGACCTGTTCGTACTGGCTTTACAGCACTACGCTGAACGCAAAATGCTGCTGGTGGTGGCGATTTCCCTGGCTGGCTGCATCGGTATTTTCACGCTGGTCttt < 1:998403/148‑1 (MQ=255) tttGCCGTGGTATCAGGCCAATATTAATAATTATGTTAATCAGATAGACCTGTTCGTACTGGCTTTACAGCACTACGCTGAACGCAAAATGCTGCTGGTGGTGGCGATTTCCCTGGCTGGCGGCATCGGTATTTTCACGCTGGTCttt < 1:3284774/148‑1 (MQ=255) tttGCCGTGGTATCAGGCCAATATTAATAATTATGTTAATCAGATAGACCTGTTCGTACTGGCTTTACAGCACTACGCTGAACGCAAAATGCTGCTGGTGGTGGCGATTTCCCTGGCTGGCGGCATCGGTATTTTCACGCTGGTCttt < 1:3286505/148‑1 (MQ=255) ttGCCGTGGTATCAGACCAATATTAATAATTATGTTAATCAGATAGACCTGTTCGTACTGGCTTTACAGCACTACGCTGAACGCAAAATGCTGCTGGTGGTGGCGATTTCCCTGGCTGGCTGCATCGGTATTTTCACGCTGGTCtttt > 2:251583/1‑148 (MQ=255) 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cAATATTAATAATTATGTTAATCAGATAGACCTGTTCGTACTGGCTTTACAGCACTACGCTGAACGCAAAATGCTGCTGGTGGTGGCGATTTCCCTGGCTGGCTGCATCGGTATTTTCACGCTGGTCTTTTTTACTTTGCGCCGCATa < 2:2667404/148‑1 (MQ=255) atatTAATAATTATGTTAATCAGATAGACCTGTTCGTACTGGCTTTACAGCACTACGCTGAACGCAAAATGCTGCTGGTGGTGGCGATTTCCCTGGCTGGCTGCATCGGTATTTTCACGCTGGTCTTTTTTACTTTGCGCCGCATACg > 1:1272695/1‑148 (MQ=255) tatTAATAATTATGTTAATCAGATAGACCTGTTCGTACTGGCTTTACAGCACTACGCTGAACGCAAAATGCTGCTGGTGGTGGCGATTTCCCTGGCTGGCTGCATCGGTATTTTCACGCTGGTCTTTTTTACTTTGCGCCGCATACGc > 2:1717075/1‑148 (MQ=255) tatTAATAATTATGTTAATCAGATAGACCTGTTCGTACTGGCTTTACAGCACTACGCTGAACGCAAAATGCTGCTGGTGGTGGCGATTTCCCTGGCTGGCTGCATCGGTATTTTCACGCTGGTCTTTTTTACTTTGCGCCGCATACGc > 1:49715/1‑148 (MQ=255) atTAATAATTATGTTAATCAGATAGACCTGTTCGTACTGGCTTTACAGCACTACGCTGAACGCAAAATGCTGCTGGTGGTGGCGATTTCCCTGGCTGGCTGCATCGGTATTTTCACGCTGGTCTTTTTTACTTTGCGCCGCATACGcc < 2:3260025/148‑1 (MQ=255) atTAATAATTATGTTAATCAGATAGACCTGTTCGTACTGGCTTTACAGCACTACGCTGAACGCAAAATGCTGCTGGTGGTGGCGATTTCCCTGGCTGGCTGCATCGGTATTTTCACGCTGGTCTTTTTTACTTTGCGCCGCATACGcc > 2:65953/1‑148 (MQ=255) atTAATAATTATGTTAATCAGATAGACCTGTTCGTACTGGCTTTACAGCACTACGCTGAACGCAAAATGCTGCTGGTGGTGGCGATTTCCCTGGCTGGCTGCATCGGTATTTTCACGCTGGTCTTTTTTACTTTGCGCCGCATACGcc > 2:409920/1‑148 (MQ=255) aataatTATGTTAATCAGATAGACCTGTTCGTACTGGCTTTACAGCACTACGCTGAACGCAAAATGCTGCTGGTGGTGGCGATTTCCCTGGCTGGCTGCATCGGTATTTTCACGCTGGTCTTTTTTACTTTGCGCCGCATACGCCATc < 2:1922407/148‑1 (MQ=255) ataatTATGTTAATCAGATAGACCTGTTCGTACTGGCTTTACAGCACTACGCTGAACGCAAAATGCTGCTGGTGGTGGCGATTTCCCTGGCTGGCTGCATCGGTATTTTCACGCTGGTCTTTTTTACTTTGCGCCGCATACGCCATCa < 1:3195893/148‑1 (MQ=255) taatTATGTTAATCAGATAGACCTGTTCGTACTGGCTTTACAGCACTACGCTGAACGCAAAATGCTGCTGGTGGTGGCTATTTCCCTGGCTGGCGGCATCGGTATTTTCACGCTGGTCTTTTTTACTTTGCGCCGCATACGCCATCAg > 2:2096280/1‑148 (MQ=255) 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aatTATGTTAATCAGATAGACCTGTTCGTACTGGCTTTACAGCACTACGCTGAACGCAAAATGCTGCTGGTGGTGGCGATTTCCCTGGCTGGCTGCATCGGTATTTTCACGCTGGTCTTTTTTACTTTGCGCCGCATACGCCATCAgg > 1:2952731/1‑148 (MQ=255) ttATGTTAATCAGATAGACCTGTTCGTACTGGCTTTACAGCACTACGCTGAACGCAAAATGCTGCTGGTGGTGGCGATTTCCCTGGCTGGCTGCATCGGTATTTTCACGCTGGTCTTTTTTACTTTGCGCCGCATACGCCATCAggtg > 2:600149/1‑148 (MQ=255) ttATGTTAATCAGATAGACCTGTTCGTACTGGCTTTACAGCACTACGCTGAACGCAAAATGCTGCTGGTGGTGGCGATTTCCCTGGCTGGCTGCATCGGTATTTTCACGCTGGTCTTTTTTACTTTGCGCCGCATACGCCATCAggtg > 1:616920/1‑148 (MQ=255) ttATGTTAATCAGATAGACCTGTTCGTACTGGCTTTACAGCACTACGCTGAACGCAAAATGCTGCTGGTGGTGGCGATTTCCCTGGCTGGCTGCATCGGTATTTTCACGCTGGTCTTTTTTACTTTGCGCCGCATACGCCATCAggtg > 2:2389792/1‑148 (MQ=255) ttATGTTAATCAGATAGACCTGTTCGTACTGGCTTTACAGCACTACGCTGAACGCAAAATGCTGCTGGTGGTGGCGATTTCCCTGGCTGGCTGCATCGGTATTTTCACGCTGGTCTTTTTTACTTTGCGCCGCATACGCCATCAggtg > 1:2408966/1‑148 (MQ=255) 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cAAAATGCTGCTGGTGGTGGCGATTTCCCTGGCTGGCTGCATCGGTATTTTCACGCTGGTCTTTTTTACTTTGCGCCGCATACGCAATCAGGTGGTTGCCCCGCTGAATCAGCTGGTTACCGCCAGTCAGCGTATTGAACACGGGCAg < 2:2291936/148‑1 (MQ=255) aaaaTGCTGCTGGTGGTGGCGATTTCCCTGGCTGGCTGCATCGGTATTTTCACGCTGGTCTTTTTTACTTTGCGCCGCATACGCCATCAGGTGGTTGCCCCGCTGAATCAGCTGGTTACCGCCAGTCAGCGTATTGAACACGGGCAGt < 1:2548579/148‑1 (MQ=255) aaaaTGCTGCTGGTGGTGGCGATTTCCCTGGCTGGCTGCATCGGTATTTTCACGCTGGTCTTTTTTACTTTGCGCCGCATACGCCATCAGGTGGTTGCCCCGCTGAATCAGCTGGTTACCGCCAGTCAGCGTATTGAACACGGGCAGt < 1:760413/148‑1 (MQ=255) aaaTGCTGCTGGTGGTGGCGATTTCCCTGGCTGGCTGCATCGGTATTTTCACGCTGGTCTTTTTTACTTTGCGCCGCATACGCCATCAGGTGGTTGCCCCGCTGAATCAGCTGGTTACCGCCAGTCAGCGTATTGAACACGGGCAGtt < 1:2642855/148‑1 (MQ=255) aaTGCTGCTGGTGGTGGCGATTTCCCTGGCTGGCTGCATCGGTATTTTCACGCTGGTCTTTTTTACTTTGCGCCGCATACGCCATCAGGTGGTTGCCCCGCTGAATCAGCTGGTTACCGCCAGTCAGCGTATTGAACACGGGCAGTTc > 2:1523809/1‑148 (MQ=255) aaTGCTGCTGGTGGTGGCGATTTCCCTGGCTGGCTGCATCGGTATTTTCACGCTGGTCTTTTTTACTTTGCGCCGCATACGCCATCAGGTGGTTGCCCCGCTGAATCAGCTGGTTACCGCCAGTCAGCGTATTGAACACGGGCAGTTc > 2:1523739/1‑148 (MQ=255) aTGCTGCTGGTGGTGGCGATTTCCCTGGCTGGCTGCATCGGTATTTTCACGCTGGTCTTTTTTACTTTGCGCCGCATACGCCATCAGGTGGTTGCACCGCTGAATCAGCTGGTTACCGCCAGTCAGCGTATTGAACACGCGCAGTTCg > 2:2758691/1‑148 (MQ=255) gctgctGGTGGTGGCGATTTCCCTGGCTGGCTGCATCGGTATTTTCACGCTGGTCTTTTTTACTTTGCGCCGCATACGCCATCAGGTGGTTGCCCCGCTGAATCAGCTGGTTACCGCCAGTCAGCGTATTGAACACGGGCAGTTCGAc < 1:186801/148‑1 (MQ=255) ctgctgGTGGTGGCGATTTCCCTGGCTGGCTGCATCGGTATTTTCACGCTGGTCTTTTTTACTTTGCGCCGCATACGCCATCAGGTGGTTGCCCCGCTGAATCAGCTGGTTACCGCCAGTCAGCGTATTGAACACGGGCAGTTCGACt < 2:3051921/148‑1 (MQ=255) ggtggtggCGATTTCCCTGGCTGGCTGCATCGGTATTTTCACGCTGGTCTTTTTTACTTTGCGCCGCATACGCCATCAGGTGGTTGCCCCGCTGAATCAGCTGGTTACCGCCAGTCAGCGTATTGAACACGGGCAGTTCGACTcgccg < 2:1920353/148‑1 (MQ=255) ggCGATTTCCCTGGCTGGCTGCATCGGTATTTTCACGCTGGTCTTTTTTACTTTGCGCCGCATACGCCATCAGGTGGTTGCCCCGCTGAATCAGCTGGTTACCGCCAGTCAGCGTATTGAACACGGGCAGTTCGACTCGCCGCCGCTg > 1:2988476/1‑148 (MQ=255) aTTTCCCTGGCTGGCTGCATCGGTATTTTCACGCTGGTCTTTTTTACTTTGCGCCGCATACGCCATCAGGTGGTTGCCCCGCTGAATCAGCTGGTTACCGCCAGTCAGCGTATTGAACACGGGCAGTTCGACTCGCCGCCGCTGGATa > 2:3299877/1‑148 (MQ=255) aTTTCCCTGGCTGGCTGCATCGGTATTTTCACGCTGGTCTTTTTTACTTTGCGCCGCATACGCCATCAGGTGGTTGCCCCGCTGAATCAGCTGGTTACCGCCAGTCAGCGTATTGAACACGGGCAGTTCGACTCGCCGCCGCTGGATa < 1:2745385/148‑1 (MQ=255) tttCCCTGGCTGGCTGCATCGGTATTTTCACGCTGGTCTTTTTTACTTTGCGCCGCATACGCCATCAGGTGGTTGCCCCGCTGAATCAGCTGGTTACCGCCAGTCAGCGTATTGAACACGGGCAGTTCGACTCGCCGCCGCTGGATAc < 1:1541926/148‑1 (MQ=255) tCCCTGGCTGGCTGCATCGGTATTTTCACGCTGGTCTTTTTTACTTTGCGCCGCATACGCCATCAGGTGGTTGCCCCGCTGAATCAGCTGGTTACCGCCAGTCAGCGTATTGAACACGGGCAGTTCGACTCGCCGCCGCTGGATACCa > 2:341280/1‑148 (MQ=255) ccTGGCTGGCTGCATCGGTATTTTCACGCTGGTCTTTTTTACTTTGCGCCGCATACGCCATCAGGTGGTTGCCCCGCTGAATCAGCTGGTTACCGCCAGTCAGCGTATTGAACACGGGCAGTTCGACTCGCCGCCGCTGGATACCAAc < 1:2832658/148‑1 (MQ=255) | GAATAATCGGCTCAGCAAGGGCGATTTGCCGTGGTATCAGGCCAATATTAATAATTATGTTAATCAGATAGACCTGTTCGTACTGGCTTTACAGCACTACGCTGAACGCAAAATGCTGCTGGTGGTGGCGATTTCCCTGGCTGGCGGCATCGGTATTTTCACGCTGGTCTTTTTTACTTTGCGCCGCATACGCCATCAGGTGGTTGCCCCGCTGAATCAGCTGGTTACCGCCAGTCAGCGTATTGAACACGGGCAGTTCGACTCGCCGCCGCTGGATACCAACCTGCCGA > CP009273/2579416‑2579705 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |