| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 2,665,772 | G→T | 100% | E123* (GAA→TAA) | hcaD → | phenylpropionate dioxygenase, ferredoxin reductase subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,665,772 | 0 | G | T | 98.2% | 367.7 / ‑1.2 | 127 | E123* (GAA→TAA) | hcaD | phenylpropionate dioxygenase, ferredoxin reductase subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/2); new base T (44/78); total (47/80) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 127 total aligned reads displayed.
CTGCATTCCGGTGTAACCATCAAAACGCTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCAC‑TGGGAGAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGCCAGCGCCACGCAGCGCAGATGTAAGGTG > CP009273/2665628‑2665915 | cTGCATTCCGGTGTAACCATCAAAACGCTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCCGCTCGACCCCGGCCGTTGCTTGATGCAC‑TGGGATaaa > 1:2311372/1‑147 (MQ=255) tGCATTCCGGTGTAACCATCAAAACGCTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCAC‑TGGGATAACg < 1:570304/148‑1 (MQ=255) tGCATTCCGGTGTAACCATCAAAACGCTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCAC‑TGGGATAACg < 2:162832/148‑1 (MQ=255) tGCATTCCGGTGTAACCATCAAAACGCTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCAC‑TGGGATAACg < 1:570870/148‑1 (MQ=255) tGCATTCCGGTGTAACCATCAAAACGCTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCAC‑TGGGATAACg < 2:3068015/148‑1 (MQ=255) tGCATTCCGGTGTAACCATCAAAACGCTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCAC‑TGGGATAACg < 2:163186/148‑1 (MQ=255) gCATTCCGGTGTAACCATCAAAACGCTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGCCCGCTGCCGGTGCTTGTTGCAC‑GGGGATAAAgc > 2:1806479/1‑148 (MQ=255) cATTCCGGTGTAACCATCAAAACGCTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCCC‑TGGGATAACgct < 2:1253780/148‑1 (MQ=255) aTTCCGGTGTAACCATCAAAACGCTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCAC‑TGGGATAACgctg < 1:2355635/148‑1 (MQ=255) ccGGTGTAACCATCAAAACGCTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCAC‑GGGGATAACGCGGCtt > 2:2905508/1‑148 (MQ=255) gtgtAACCATCAAAACGCTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCAC‑TGGGATAACGCTGCTTTAc < 2:2342869/148‑1 (MQ=255) aaCCATCAAAACGCTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCAC‑TGGGATAACGCTGCTTTACCCTa < 1:2116027/148‑1 (MQ=255) cATCAAAACGCTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCAC‑TGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGc < 2:1870116/148‑1 (MQ=255) cATCAAAACGCTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCACCTACACCGCTGCCGGTGATTGGTGCAA‑AGGGATAACGCTGCATTAACCTAcca > 2:1614145/1‑146 (MQ=255) aTCAAAACGCTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATTCAC‑TGGGATAACGCTGCTTTACCCTAAGcc > 2:2597864/1‑148 (MQ=255) aaaaCGCTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCAC‑TGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATg < 2:216126/148‑1 (MQ=255) aaCGCTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCAC‑TGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGcc < 1:2716301/148‑1 (MQ=255) aaCGCTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGGTGCTTGATGCCC‑TGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGcc > 2:3337553/1‑148 (MQ=255) cGCTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCAC‑TGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCgg < 2:2553317/148‑1 (MQ=255) cTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCAC‑TGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTg < 2:3330599/148‑1 (MQ=255) cTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCGTGATGCAC‑TGGGATAACGCGGCGTTACCCTACGCCATGCCGGTg > 2:805892/1‑148 (MQ=255) ggTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCGGCGCGACCGCGGCCCGTGCTTTATGCAC‑TGGGATAAAGCTGCGTTTCCCTACGCCAAGCCCGTGATg > 1:1282139/1‑148 (MQ=255) ggTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCAC‑TGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATg < 1:626589/148‑1 (MQ=255) ggTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCAC‑TGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATg < 2:2032689/148‑1 (MQ=255) gTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCAC‑TGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATgc < 1:2507408/148‑1 (MQ=255) acacacGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCAC‑TGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAg < 1:1549716/148‑1 (MQ=255) acacacGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCGCGACCCCGGCCGGTGGGTGTTGCAC‑AGGGGTAAACCCGCTGTTACCAACGCCAACCCGGGGATGGCGCCAg > 1:2489329/1‑148 (MQ=255) cacacGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCAC‑TGGGAGAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGa < 2:136583/148‑1 (MQ=255) aGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCAC‑TGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGtt < 1:2335071/148‑1 (MQ=255) gtgtTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCAC‑TGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTc < 1:2521739/148‑1 (MQ=255) gtgtTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCAC‑TGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTc < 1:1695978/148‑1 (MQ=255) gtgtTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCAC‑TGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTc < 1:734426/148‑1 (MQ=255) gtTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCAC‑TGGGATAAAGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAACTTCTg > 2:835048/1‑148 (MQ=255) ttAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCAC‑TGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGc < 1:105033/148‑1 (MQ=255) ttAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCAC‑TGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGc < 1:105475/148‑1 (MQ=255) ttAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCAC‑TGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGc < 1:105575/148‑1 (MQ=255) ttAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCAC‑TGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGc < 1:105030/148‑1 (MQ=255) aCGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCAC‑TGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGa < 1:1707409/148‑1 (MQ=255) cGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCAC‑TGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGaa > 2:1477602/1‑148 (MQ=255) ggCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCAC‑TGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAAc < 1:3190366/148‑1 (MQ=255) ggCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCAC‑TGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAAc < 1:733710/148‑1 (MQ=255) cGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCAC‑TGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACgg < 1:2714654/148‑1 (MQ=255) cGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCAC‑TGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACgg < 1:2714454/148‑1 (MQ=255) aaaGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCAC‑TGGGAGAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTc < 1:3530880/148‑1 (MQ=255) aaaGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCCCTGCCCTTGGGTGATTCCCATGGGTAAAC‑CAGGGTTAACCAACGCCAAGCCCGTGTTGGCGCCCCACAGCGAGAAGTTATTCACCCCCAAccggc > 2:1206985/1‑144 (MQ=255) gCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCAC‑TGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGt < 1:2684942/148‑1 (MQ=255) cTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCAC‑TGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTc < 2:3159691/148‑1 (MQ=255) tGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCAC‑TGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCg < 1:2729137/148‑1 (MQ=255) cTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCAC‑TGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGAtt < 1:2711054/148‑1 (MQ=255) tGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGCCCGCGGCCCGTGCTTGATTGAC‑TGGGATAAAGCTGCTTTAACCAACGCCATGCCGGTGATGCCGCCCGACTGCGAGAAGGTCTGCAGCCCGAACGGTGCGTCGTGAttt > 2:401287/1‑147 (MQ=255) gggATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCAC‑TGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTAt < 2:848128/148‑1 (MQ=255) gggATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCAC‑TGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTAt < 1:432730/148‑1 (MQ=255) gATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCAC‑TGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCg < 2:2311372/148‑1 (MQ=255) tCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCGCGACCGCTGCCGTTGGTTGATTCAC‑TGGGATAAAGCAGCTTTACCCTACGCCAAGCCCGTGATGGCGCCAGACAGCGAGAAATTATGCAGCCCGAACGGTCACTGGTGATTATAGGt > 2:2426207/1‑148 (MQ=255) cAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCAC‑TGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTg < 2:1164746/148‑1 (MQ=255) tcTTATTATAGCAACCGCCGCGACAACTCTAACGATCACGTTTCTATATGCCA‑TGGGAAAAACCAACTATAACCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGCGAAGTTCTGCAGCCCGCACGGTCAGTCGTGGTTATCgggggc > 2:2309902/2‑144 (MQ=255) cTTTTTATAGCAACCGGCGCGGGAGCTCGACCGCGGGCGGTGGGTTATGGAC‑AGGGGTAAACCGGCGTTTCCCGAAGCCATGCCCGTGATTCCGCCCGACTGCGCGAAGTTCTGCCGCCCGAACGGGCAGTCGTGGTTTTCGGTGCCg > 2:646199/1‑148 (MQ=255) tttttATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTTGTTGATGCAC‑TGGGATAACGCAGCTTTTCCCAACGCCATGCCGGTGATGCCGCCCGACTGCGAGAAGTTCTGCACCCCGCACCGTCAGTCGTGATTATCGGGGCCgg > 2:845572/1‑148 (MQ=255) ttttATAGCAACCGGCGCGGCCGCGCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCAC‑TGGGGTAACGCAGCTTTACCCTACCCCCTGCCGGTGATGCCGCCACACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGa > 2:2170985/1‑148 (MQ=255) ttttATAGCAACCGGCGCGGCAGCGCGACCGCTGCCGTTGCTTGTTGCAC‑TGGGATAACGCTGCTTTAACCAACGCCAAGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGa > 2:1460395/1‑148 (MQ=255) ataGCAACCGGCGCGGCCGCTAGACCGCTGCCGTTGCTTTATGCAC‑TGGGATAACGCTGCTTTACCCTTCGCCATTCCGGTGATGCCGCCACACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGGTTATCGGTGGCGGAACTa > 2:2617817/1‑148 (MQ=255) aGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGGTTGATGCAC‑TGGGATAACGCAGCTTTACCCAACGCCATGCCGGTGATGCCGCCACACAGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGCACTAtt > 2:1094583/1‑148 (MQ=255) aGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGGTGCAC‑GGGGCTAAAGCGGCTTTAACCTACCCCCAGCCGGGGATTCCCCCCGACTGCGAGAACTTCTGCAGCCCCAACCGGCACGCGGGCTTATCGGTGCCGGAACGAtt > 2:372578/1‑148 (MQ=255) aGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCAC‑TGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTAtt < 2:1650375/148‑1 (MQ=255) aGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCGGCCGTTGCTTGATGCAC‑TGGGATAACGCTGCTTTACCCAACGCCAAGCCCGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCCAACGGTCAGTCGGGATTATCGGTGCCGGAACTAtt > 2:1090517/1‑148 (MQ=255) gCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCCC‑GGGGGTAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCCGACTGCGAGAAGGTCTGCCGCCCGCACGGTCCGGCGTGATTATAGGGGCCGGAACGATTg > 2:3232825/1‑148 (MQ=255) aaCCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCAC‑TGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGt < 2:1985104/148‑1 (MQ=255) aCCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCAC‑TGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTc < 2:2046826/148‑1 (MQ=255) cgcgGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCAC‑TGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGaa < 2:1260680/148‑1 (MQ=255) cgcgGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCAC‑TGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGaa > 2:204459/1‑148 (MQ=255) cgcgGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCAC‑TGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGaa < 2:721220/148‑1 (MQ=255) gCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCAC‑TGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTgg < 1:625118/148‑1 (MQ=255) gCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCAC‑TGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTgg > 1:2352514/1‑148 (MQ=255) gCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCAC‑TGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTgg < 2:2520945/148‑1 (MQ=255) gCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCAC‑TGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTg > 1:1143511/1‑148 (MQ=255) gCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCAC‑TGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTg > 2:1501970/1‑148 (MQ=255) cTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCAC‑TGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGc < 1:535393/148‑1 (MQ=255) cTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCAC‑TGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGc > 1:2495392/1‑148 (MQ=255) cTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCAC‑TGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGc < 1:1617240/148‑1 (MQ=255) cTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCAC‑TGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGc < 1:3177568/148‑1 (MQ=255) tCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCAC‑TGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGcc < 2:619665/148‑1 (MQ=255) aCCGCTGCCGTTGCTTGATGCAC‑TGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGCCAgc > 2:477210/1‑148 (MQ=255) aCCGCTGCCGTTGCTTGATGCAC‑TGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGCCAgc > 2:206700/1‑148 (MQ=255) aCCGCTGCCGTTGCTTGATGCAC‑TGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGCCAgc > 2:477187/1‑148 (MQ=255) aCCGCTGCCGTTGCTTGATGCAC‑TGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGCCAgc > 2:1878588/1‑148 (MQ=255) cGCTGCCGTTGCTTGATGCAC‑TGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGCCAgcgc > 1:335539/1‑148 (MQ=255) gCTGCCGTTGCTTGATGCAC‑TGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGCCAGCGcc < 2:3196826/148‑1 (MQ=255) gCCGTTGCTTGATGCAC‑TGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGCCAGCGCCAcg > 2:181377/1‑148 (MQ=255) gTTGCTTGATGCAC‑TGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAATTTATGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGCCAGCGCCAcgcag < 1:1614145/148‑1 (MQ=255) gTTGCTTGATGCAC‑TGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGCCAGCGCCAcgcag > 2:3287314/1‑148 (MQ=255) tGCTTGATGCAC‑TGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGCCAGCGCCAcgcagcg > 2:330855/1‑148 (MQ=255) ttGATGCAC‑TGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGCCAGCGCCAcgcagcgcag < 1:1581241/148‑1 (MQ=255) tGATGCAC‑TGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGCCAGCGCCACGCAGCGCAGa < 1:2662521/148‑1 (MQ=255) tGATGCAC‑TGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGCCAGCGCCACGCAGCGCAGa < 1:3529974/148‑1 (MQ=255) tGATGCAC‑TGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGCCAGCGCCACGCAGCGCAGa < 1:463216/148‑1 (MQ=255) aTGCAC‑TGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGCCAGCGCCACGCAGCGCAGATg > 1:3232487/1‑148 (MQ=255) aTGCAC‑TGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGCCAGCGCCACGCAGCGCAGATg < 1:1244540/148‑1 (MQ=255) gCAC‑TGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGCCAGCGCCACGCAGCGCAGATGTa < 2:1497125/148‑1 (MQ=255) cAC‑TGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGCCAGCGCCACGCAGCGCAGATGTaa < 2:2024295/148‑1 (MQ=255) c‑TGTGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGNTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGCCAGCGCCACGCAGCGCAGATGTAAgg < 1:1806479/148‑1 (MQ=255) | CTGCATTCCGGTGTAACCATCAAAACGCTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCAC‑TGGGAGAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGCCAGCGCCACGCAGCGCAGATGTAAGGTG > CP009273/2665628‑2665915 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |