Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 2,679,371 | G→T | 8.4% | A60S (GCT→TCT) | hmp → | fused nitric oxide dioxygenase/dihydropteridine reductase 2 |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 2,679,371 | 0 | G | T | 8.4% | 622.9 / 23.7 | 177 | A60S (GCT→TCT) | hmp | fused nitric oxide dioxygenase/dihydropteridine reductase 2 |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (64/98); new base T (6/9); total (70/107) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.15e-01 |
Only 100 of 177 total aligned reads displayed.
AAGCCACCATCCCTTTACTGGTGGAAACGGGGCCAAAGTTAACCGCCCATTTCTACGACCGTATGTTTACTCATAACCCAGAACTCAAAGAAATTTTTAACATGAGTAACCAGCGTAATGGCGATCAACGTGAAGCCCTGTTTAACGCTATTGCCGCCTACGCCAGTAATATTGAAAACCTGCCTGCGCTGCTGCCAGCGGTAGAAAAAATCGCGCAGAAGCACACCAGCTTCCAGATCAAACCGGAACAGTACAACATCGTCGGTGAACACCTGTTGGCAACGCTGGACGAA > CP009273/2679225‑2679517 | aaGCCACCATCCCTTTACTGGTGGAAACGGGGCCAAAGTTAACCGCCCATTTCTACGACCGTATGTTTACTCATAACCCAGAACTCAAAGAAATTTTTAACATGAGTAACCAGCGTAATGGCGATCAACGTGAAGCCCTGTTTAACGc > 1:338099/1‑148 (MQ=255) aGCCACCATCCCTTTACTGGTGGAAACGGGGCCAAAGTTAACCGCCCATTTCTACGACCGTATGTTTACTCATAACCCAGAACTCAAAGAAATTTTTAACATGAGTAACCAGCGTAATGGCGATCAACGTGAAGCCCTGTTTAACGCt < 1:1841380/148‑1 (MQ=255) aGCCACCATCCCTTTACTGGTGGAAACGGGGCCAAAGTTAACCGCCCATTTCTACGACCGTATGTTTACTCATAACCCAGAACTCAAAGAAATTTTTAACATGAGTAACCAGCGTAATGGCGATCAACGTGAAGCCCTGTTTAACGCt < 1:1841390/148‑1 (MQ=255) gCCACCATCCCTTTACTGGTGGAAACGGGGCCAAAGTTAACCGCCCATTTCTACGACCGTATGTTTACTCATAACCCAGAACTCAAAGAAATTTTTAACATGAGTAACCAGCGTAATGGCGATCAACGTGAAGCCCTGTTTAACGCTa < 1:3281261/148‑1 (MQ=255) cccTTTACTGGTGGAAACGGGGCCAAAGTTAACCGCCCATTTCTACGACCGTATGTTTACTCATAACCCAGAACTCAAAGAAATTTTTAACATGAGTAACCAGCGTAATGGCGATCAACGTGAAGCCCTGTTTAACGCTATTgccgcc < 2:1391823/148‑1 (MQ=255) cccTTTACTGGTGGAAACGGGGCCAAAGTTAACCGCCCATTTCTACGACCGTATGTTTACTCATAACCCAGAACTCAAAGAAATTTTTAACATGAGTAACCAGCGTAATGGCGATCAACGTGAAGCCCTGTTTAACGCTATTgccgcc < 2:392247/148‑1 (MQ=255) cccTTTACTGGTGGAAACGGGGCCAAAGTTAACCGCCCATTTCTACGACCGTATGTTTACTCATAACCCAGAACTCAAAGAAATTTTTAACATGAGTAACCAGCGTAATGGCGATCAACGTGAAGCCCTGTTTAACGCTATTgccgcc < 2:2186651/148‑1 (MQ=255) ttACTGGTGGAAACGGGGCCAAAGTTAACCGCCCATTTCTACGACCGTATGTTTACTCATAACCCAGAACTCAAAGAAATTTTTAACATGAGTAACCAGCGTAATGGCGATCAACGTGAAGCCCTGTTTAACGCTATTGCCGCCTACg < 1:607084/148‑1 (MQ=255) aCTGGTGGAAACGGGGCCAAAGTTAACCGCCCATTTCTACGACCGTATGTTTACTCATAACCCAGAACTCAAAGAAATTTTTAACATGAGTAACCAGCGTAATGGCGATCAACGTGAAGCCCTGTTTAACGCTATTGCCGCCTACGcc > 1:2759656/1‑148 (MQ=255) 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tAATGGCGATCAACGTGAAGCCCTGTTTAACGCTATTGCCGCCTACGCCAGTAATATTGAAAACCTGCCTGCGCTGCTGCCAGCGGTAGAAAAAATCGCGCAGAAGCACACCAGCTTCCAGATCAAACCGGAACAGTACAACAtcgtc > 2:187650/1‑148 (MQ=255) aaTGGCGATCAACGTGAAGCCCTGTTTAACGCTATTGCCGCCTACGCCAGTAATATTGAAAACCTGCCTGCGCTGCTGCCAGCGGTAGAAAAAATCGCGCAGAAGCACACCAGCTTCCAGATCAAACCGGAACAGTACAACAtcgtcg < 1:577190/148‑1 (MQ=255) aTGGCGATCAACGTGAAGCCCTGTTTAACGCTATTGCCGCCTACGCCAGTAATATTGAAAACCTGCCTGCGCTGCTGCCAGCGGTAGAAAAAATCGCGCAGAAGCACACCAGCTTCCAGATCAAACCGGAACAGTACAACATCGTCgg > 2:2862092/1‑148 (MQ=255) tGGCGATCAACGTGAAGCCCTGTTTAACGCTATTGCCGCCTACGCCAGTAATATTGAAAACCTGCCTGCGCTGCTGCCAGCGGTAGAAAAAATCGCGCAGAAGCACACCAGCTTCCAGATCAAACCGGAACAGTACAACATCGTCGGt > 1:3146221/1‑148 (MQ=255) gATCAACGTGAAGCCCTGTTTAACGCTATTGCCGCCTACGCCAGTAATATTGAAAACCTGCCTGCGCTGCTGCCAGCGGTAGAAAAAATCGCGCAGAAGCACACCAGCTTCCAGATCAAACCGGAACAGTACAACATCGTCGGTGAac < 1:2873206/148‑1 (MQ=255) aTCAACGTGAAGCCCTGTTTAACGCTATTGCCGCCTACGCCAGTAATATTGAAAACCTGCCTGCGCTGCTGCCAGCGGTAGAAAAAATCGCGCAGAAGCACACCAGCTTCCAGATCAAACCGGAACAGTACAACATCGTCGGTGAaca < 2:618763/148‑1 (MQ=255) aaCGTGAAGCCCTGTTTAACTCTATTGCCGCCTACGCCAGTAATATTGAAAACCTGCCTGCGCTGCTGCCAGCGGTAGAAAAAATCGCGCAGAAGCACACCAGCTTCCAGATCAAACCGGAACAGTACAACATCGTCGGTGAACACCt > 1:1232384/1‑148 (MQ=255) aCGTGAAGCCCTGTTTAACTCTATTGCCGCCTACGCCAGTAATATTGAAAACCTGCCTGCGCTGCTGCCAGCGGTAGAAAAAATCGCGCAGAAGCACACCAGCTTCCAGATCAAACCGGAACAGTACAACATCGTCGGTGAACACCTg > 1:2793416/1‑148 (MQ=255) aCGTGAAGCCCTGTTTAACGCTATTGCCGCCTACGCCAGTAATATTGAAAACCTGCCTGCGCTGCTCCCAGCGGTAGAAAAAATCGCGCAGAAGCACACCAGCTTCCAGATCAAACCGGAACAGTACAACATCGTCGGTGAACACCTg < 1:1811859/148‑1 (MQ=255) cGTGAAGCCCTGTTTAACTCTATTGCCGCCTACGCCAGTAATATTGAAAACCTGCCTGCGCTGCTGCCAGCGGTAGAAAAAATCGCGCAGAAGCACACCAGCTTCCAGATCAAACCGGAACAGTACAACATCGTCGGTGAACACCTGt < 1:995327/148‑1 (MQ=255) gTGAAGCCCTGTTTAACGCTATTGCCGCCTACGCCAGTAATATTGAAAACCTGCCTGCGCTGCTGCCAGCGGTAGAAAAAATCGCGCAGAAGCACACCAGCTTCCAGATCAAACCGGAACAGTACAACATCGTCGGTGAACACCTGtt < 2:3303135/148‑1 (MQ=255) tGAAGCCCTGTTTAACGCTATTGCCGCCTACGCCAGTAATATTGAAAACCTGCCTGCGCTGCTGCCAGCGGTAGAAAAAATCGCGCAGAAGCACACCAGCTTCCAGATCAAACCGGAACAGTACAACATCGTCGGTGAACACCTGTTg < 2:2246759/148‑1 (MQ=255) gAAGCCCTGTTTAACGCTATTGCCGCCTACGCCAGTAATATTGAAAACCTGCCTGCGCTGCTGCCAGCGGTAGAAAAAATCGCGCAGAAGCACACCAGCTTCCAGATCAAACCGGAACAGTACAACATCGTCGGTGAACACCTGTTgg < 1:2786754/148‑1 (MQ=255) aGCCCTGTTTAACGCTATTGCCGCCTACGCCAGTAATATTGAAAACCTGCCTGCGCTGCTGCCAGCGGTAGAAAAAATCGCGCAGAAGCACACCAGCTTCCAGATCAAACCGGAACAGTACAACATCGTCGGTGAACACCTGTTGGCa < 1:2339690/148‑1 (MQ=255) tAACTCTATTGCCGCCTACGCCAGTAATATTGAAAACCTGCCTGCGCTGCTGCCAGCGGTAGAAAAAATCGCGCAGAAGCACACCAGCTTCCAGATCAAACCGGAACAGTACAACATCGTCGGTGAACACCTGTTGGCAACGCTGGAc > 2:2367756/1‑148 (MQ=255) cGCTATTGCCGCCTACGCCAGTAATATTGAAAACCTGCCTGCGCTGCTGCCAGCGGTAGAAAAAATCGCGCAGAAGCACACCAGCTTCCAGATCAAACCGGAACAGTACAACATCGTCGGTGAACACCTGTTGGCAACGCTGGACGaa < 1:974034/148‑1 (MQ=255) | AAGCCACCATCCCTTTACTGGTGGAAACGGGGCCAAAGTTAACCGCCCATTTCTACGACCGTATGTTTACTCATAACCCAGAACTCAAAGAAATTTTTAACATGAGTAACCAGCGTAATGGCGATCAACGTGAAGCCCTGTTTAACGCTATTGCCGCCTACGCCAGTAATATTGAAAACCTGCCTGCGCTGCTGCCAGCGGTAGAAAAAATCGCGCAGAAGCACACCAGCTTCCAGATCAAACCGGAACAGTACAACATCGTCGGTGAACACCTGTTGGCAACGCTGGACGAA > CP009273/2679225‑2679517 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |