| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 2,801,706 | C→A | 100% | pseudogene (32/1178 nt) | ygaY → | pseudogene, major facilitator transporter superfamily;putative transport; Not classified; putative transport protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,801,706 | 0 | C | A | 95.5% | 667.9 / 20.4 | 224 | pseudogene (32/1178 nt) | ygaY | pseudogene, major facilitator transporter superfamily;putative transport; Not classified; putative transport protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (6/4); new base A (134/80); total (140/84) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 225 total aligned reads displayed.
TTATCATGCCTACAAACCACATCGCACATTTCAACAATCTATCTTTCATCCCATATTCATCAACATCCGCTATTATTGATTTCCAGCTTAATCATCACCTGATGAACAAAAATAATGACTAAACCTAATCATGAGCTTAGCCCGGCGCTGATCGTGCTGATGTCTATCGCCACCGGTCTGGCGGTAGCCAGTAACTATTACGCCCAGCCATTGCTCGACACCATCGCGCGTAACTTTTCCCTTTCCGCCAGTTCGGCAGGCTTTATTGTTACCGCCGCGCAGTTGGGCT > CP009273/2801561‑2801849 | ttATCATGCCTACAAACCACATCGCACATTTCAACAATCTATCTTTCATCCCATATTCATCAACATCCGCTATTATTGATTTCCAGCTTAATCATCACCTGATGAACAAAAATAATGACTAAACCTAATCATGAGCTTAGCCCGgagc < 2:2178821/148‑1 (MQ=255) tATCATGCCTACAAACCACATCGCACATTTCAACAATCTATCTTTCATCCCATATTCATCAACATCCGCTATTATTGATTTCCAGCTTAATCATCACCTGATGAACAAAAATAATGACTAAACCTAATCATGAGCTTAGCCCGGAGCt < 2:1254541/148‑1 (MQ=255) tCATGCCTACAAACCACATCGCACATTTCAACAATCTATCTTTCATCCCATATTCATCAACATCCGCTATTATTGATTTCCAGCTTAATCATCACCTGATGAACAAAAATAATGACTAAACCTAATCATGAGCTTAGCCCGGAGCTGa > 1:239195/1‑148 (MQ=255) tGCCTACAAACCACATCGCACATTTCAACAATCTATCTTTCATCCCATATTCATCAACATCCGCTATTATTGATTTCCAGCTTAATCATCACCTGATGAACAAAAATAATGACTAAACCTACTCATGAGCTTAGCCCGGAGCTGATCg < 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aCCACATCGCACATTTCAACAATCTATCTTTCATCCCATATTCATCAACATCCGCTATTATTGATTTCCAGCTTAATCATCACCTGATGAACAAAAATAATGACTAAACCTAATCATGAGCTTAGCCCGGAGCTGATCGTGCTGATGt < 2:1602768/148‑1 (MQ=255) aCCACATCGCACATTTCAACAATCTATCTTTCATCCCATATTCATCAACATCCGCTATTATTGATTTCCAGCTTAATCATCACCTGATGAACAAAAATAATGACTAAACCTAATCATGAGCTTAGCCCGGAGCTGATAGTGCTGATGt > 2:2995422/1‑148 (MQ=255) ccACATCGCACATTTCAACAATCTATCTTTCATCCCATATTCATCAACATCCGCTATTATTGATTTCCAGCTTAATCATCACCTGATGAACAAAAATAATGACTAAACCTAATCATGAGCTTAGCCCGGAGCTGATCGTGCTGATGTc > 1:1791252/1‑148 (MQ=255) cacaTCGCACATTTCAACAATCTATCTTTCATCCCATATTCATCAACATCCGCTATTATTGATTTCCAGCTTAATCATCACCTGATGAACAAAAATAATGACTAAACCTAATCATGAGCTTAGCCCGGAGCTGATCGTGCTGATGTCt < 1:46379/148‑1 (MQ=255) cacaTCGCACATTTCAACAATCTATCTTTCATCCCATATTCATCAACATCCGCTATTATTGATTTCCAGCTTAATCATCACCTGATGAACAAAAATAATGACTAAACCTAATCATGAGCTTAGCCCGGAGCTGATCGTGCTGATGTCt < 1:3451963/148‑1 (MQ=255) 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ctTTCATCCCATATTCATCAACATCCGCTATTATTGATTTCCAGCTTAATCATCACCTGATGAACAAAAATAATGACTAAACCTAATCATGAGCTTAGCCCGGAGCTGATCGTGCTGATGTCTATCGCCACCGGTCTGGCGGTAGCCa < 2:1131439/148‑1 (MQ=255) ctTTCATCCCATATTCATCAACATCCGCTATTATTGATTTCCAGCTTAATCATCACCTGATGAACAAAAATAATGACTAAACATAATCATGAGCTTAGCCCGGAGCTGATCGTGCTGATGTCTATCGCCACCGGTCTGGCGGTAGCCa > 2:1677841/1‑148 (MQ=255) tttCATCCCATATTCATCAACATCCGCTATTATTGATTTCCAGCTTAATCATCACCTGATGAACAAAAATAATGACTAAACCTAATCATGAGCTTAGCCCGGAGCTGATCGTGCTGATGTCTATCGCCACCGGTCTGGCGGTAGCCAg > 2:1234407/1‑148 (MQ=255) tttCATCCCATATTCATCAACATCCGCTATTATTGATTTCCAGCTTAATCATCACCTGATGAACAAAAATAATGACTAAACCTAATCATGAGCTTAGCCCGGAGCTGATCGTGCTGATGTCTATCGCCACCGGTCTGGCGGTAGCCAg < 1:2299464/148‑1 (MQ=255) cATCCCATATTCATCAACATCCGCTATTATTGATTTCCAGCTTAATCATCACCTGATGAACAAAAATAATGACTAAACCTAATCATGAGCTTAGCCCGGAGCTGATCGTGCTGATGTCTATCGCCACCGGTCTGGCGGTAGCCAGTaa < 1:568296/148‑1 (MQ=255) 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actCATGAGCTTAGCCCGGAGCTGATCGTGCTGATGTCTATCGCCACCGGTCTGGCGGTAGCCAGTAACTATTACGCCCAGCCATTGCTCGACACCATCGCGCGTAACTTTTCCCTTTCCGCCAGTTCGGCAGGCTTTATTGTTAccg < 2:912747/146‑1 (MQ=255) cATGAGCTTAGCCCGGAGCTGATCGTGCTGATGTCTATCGCCACCGGTCTGGCGGTAGCCAGTAACTATTACGCCCAGCCATTGCTCGACACCATCGCGCGTAACTTTTCCCTTTCCGCCAGTTCGGCAGGCTTTATTGTTAccgccg > 1:3164122/1‑148 (MQ=255) gAGCTTAGCCCGGAGCTGATCGTGCTGATGTCTATCGCCACCGGTCTGGCGGTAGCCAGTAACTATTACGCCCAGCCATTGCTCGACACCATCGCGCGTAACTTTTCCCTTTCCGCCAGTTCGGCAGGCTTTATTGTTACCGCCgcgc > 1:2582260/1‑148 (MQ=255) gAGCTTAGCCCGGAGCTGATCGTGCTGATGTCTATCGCCACCGGTCTGGCGGTAGCCAGTAACTATTACGCCCAGCCATTGCTCGACACCATCGCGCGTAACTTTTCCCTTTCCGCCAGTTCGGCAGGCTTTATTGTTACCGCCgcgc > 2:6148/1‑148 (MQ=255) gAGCTTAGCCCGGAGCTGATCGTGCTGATGTCTATCGCCACCGGTCTGGCGGTAGCCAGTAACTATTACGCCCAGCCATTGCTCGACACCATCGCGCGTAACTTTTCCCTTTCCGCCAGTTCGGCAGGCTGTATTGTTACCGCCgcgc > 2:1176582/1‑148 (MQ=255) 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cccGGAGCTGATCGTGCTGATGTCTATCGCCACCGGTCTGGCGGTAGCCAGTAACTATTACGCCCAGCCATTGCTCGACACCATCGCGCGTAACTTTTCCCTTTCCGCCAGTTCGGCAGGCTTTATTGTTACCGCCGCGCAGTTGGGc > 2:1015175/1‑148 (MQ=255) | TTATCATGCCTACAAACCACATCGCACATTTCAACAATCTATCTTTCATCCCATATTCATCAACATCCGCTATTATTGATTTCCAGCTTAATCATCACCTGATGAACAAAAATAATGACTAAACCTAATCATGAGCTTAGCCCGGCGCTGATCGTGCTGATGTCTATCGCCACCGGTCTGGCGGTAGCCAGTAACTATTACGCCCAGCCATTGCTCGACACCATCGCGCGTAACTTTTCCCTTTCCGCCAGTTCGGCAGGCTTTATTGTTACCGCCGCGCAGTTGGGCT > CP009273/2801561‑2801849 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |