| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 2,846,112 | C→A | 100% | I206I (ATC→ATA) | hypD → | hydrogenase maturation protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,846,112 | 0 | C | A | 95.8% | 564.1 / 14.6 | 192 | I206I (ATC→ATA) | hypD | hydrogenase maturation protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (3/5); new base A (86/98); total (89/103) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.27e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.03e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 192 total aligned reads displayed.
TGCAACAGGCGAAAGCGCGTGATGTGCAGAATTTTTACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATCGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGAACCCCTTGATCTACTACAAGGCGTGGTCATGCTGGTGCAGCAGAAAATAGCGGCCCACAGCAAGGTAGAGAATCAGTA > CP009273/2845967‑2846255 | aCAGGCGAAAGCGCGTGATGTGCAGAATTTTTACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCAcc < 2:2306124/148‑1 (MQ=255) aCAGGCGAAAGCGCGTGATGTGCAGAATTTTTACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCAcc < 2:3413646/148‑1 (MQ=255) cAGGCGAAAGCGCGTGATGTGCAGAATTTTTACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCg > 2:863417/1‑148 (MQ=255) cAGGCGAAAGCGCGTGATGTGCAGAATTTTTACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCg > 2:164433/1‑148 (MQ=255) aGGCGAAAGCGCGTGATGTGCAGAATTTTTACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGa > 1:2424436/1‑148 (MQ=255) aGGCGAAAGCGCGTGATGTGCAGAATTTTTACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGa > 1:2423813/1‑148 (MQ=255) aaaGCGCGTGATGTGCAGAATTTTTACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCATTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCt < 2:3097589/148‑1 (MQ=255) aaGCGCGTGATGTGCAGAATTTTTACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCta < 1:3445355/148‑1 (MQ=255) gcgcGTGATGTGCAGAATTTTTACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCAACGACGCCtata > 2:515893/1‑148 (MQ=255) cgTGATGTGCAGAATTTTTACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAAtt > 1:36150/1‑148 (MQ=255) cgTGATGTGCAGAATTTTTACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAAtt > 1:1852008/1‑148 (MQ=255) tGATGTGCAGAATTTTTACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAAtttt < 1:3416286/148‑1 (MQ=255) gtgCAGAATTTTTACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCg < 2:2424436/148‑1 (MQ=255) gtgCAGAATTTTTACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCg < 2:2423813/148‑1 (MQ=255) gtgCAGAATTTTTACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCg < 1:1479968/148‑1 (MQ=255) gCAGAATTTTTACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGcc < 1:3552161/148‑1 (MQ=255) gCAGAATTTTTACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGcc > 1:2882036/1‑148 (MQ=255) aaTTTTTACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCg > 2:3283429/1‑148 (MQ=255) aaTTTTTACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCg > 2:676771/1‑148 (MQ=255) 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ttATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCTGGAtt < 2:146469/148‑1 (MQ=255) ttATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCTGGAtt > 2:1267353/1‑148 (MQ=255) ttATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCTGGAtt < 2:1158586/148‑1 (MQ=255) ttATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCTGGAtt > 1:1597296/1‑148 (MQ=255) ttATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCTGGAtt < 2:2936291/148‑1 (MQ=255) tCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGa > 2:3114540/1‑148 (MQ=255) cccGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGaa > 1:3496124/1‑148 (MQ=255) cccGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGaa < 2:3450658/148‑1 (MQ=255) aCGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGAAcccc < 1:79355/148‑1 (MQ=255) aCGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGAAcccc < 2:788356/148‑1 (MQ=255) 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ttATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGTTTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGAACCCCTTGATCTACTACAAGGCGTGGTCATGCTGGTGCAGCAGAAAATAGCGGCCCACAGCAAGGTAGAGAATCAGTa < 1:164433/148‑1 (MQ=255) | TGCAACAGGCGAAAGCGCGTGATGTGCAGAATTTTTACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATCGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGAACCCCTTGATCTACTACAAGGCGTGGTCATGCTGGTGCAGCAGAAAATAGCGGCCCACAGCAAGGTAGAGAATCAGTA > CP009273/2845967‑2846255 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |