| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 2,869,780 | G→A | 100% | intergenic (‑92/‑160) | cysD ← / → iap | sulfate adenylyltransferase, subunit 2/aminopeptidase in alkaline phosphatase isozyme conversion |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,869,780 | 0 | G | A | 95.9% | 704.2 / 15.6 | 220 | intergenic (‑92/‑160) | cysD/iap | sulfate adenylyltransferase, subunit 2/aminopeptidase in alkaline phosphatase isozyme conversion |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/7); new base A (113/98); total (115/105) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.99e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.69e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 220 total aligned reads displayed.
GTGGATGCTTTCCGCCTCCAGTTGCCGCAGGTGAGTAAGTCGTATTTGATCCATAACCGTTCCTTTGCAATACCGCTATTTTCTTGCCATCAGATGTTTCGACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGCGGTAAAAAAATTTGCATGG > CP009273/2869635‑2869923 | gtgGATGCTTTCCGCCTCCAGTTGCCGCAGGTGAGTAAGTCGTATTTGATCCATAACCGTTCCTTTGCAATACCGCTATTTTCTTGCCATCAGATGTTTCGACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATAag > 1:759883/1‑148 (MQ=255) gATGCTTTCCGCCTCCAGTTGCCGCAGGTGAGTAAGTCGTATTTGATCCATAACCGTTCCTTTGCAATACCGCTATTTTCTTGCCATCAGATGTTTCGACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATAagtag < 2:930445/148‑1 (MQ=255) gATGCTTTCCGCCTCCAGTTGCCGCAGGTGAGTAAGTCGTATTTGATCCATAACCGTTCCTTTGCAATACCGCTATTTTCTTGCCATCAGATGTTTCGACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATAagtag < 2:2395678/148‑1 (MQ=255) aTGCTTTCCGCCTCCAGTTGCCGCAGGTGAGTAAGTCGTATTTGATCCATAACCGTTCCTTTGCAATACCGCTATTTTCTTGCCATCAGATGTTTCGACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATAagtagt < 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |