| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 2,882,392 | C→A | 18.7% | W356L (TGG→TTG) | cysI ← | sulfite reductase, beta subunit, NAD(P)‑binding, heme‑binding |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,882,392 | 0 | C | A | 18.7% | 519.7 / 72.2 | 189 | W356L (TGG→TTG) | cysI | sulfite reductase, beta subunit, NAD(P)‑binding, heme‑binding |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (71/82); new base A (23/13); total (94/95) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.60e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 189 total aligned reads displayed.
CGGTACACCGGCGATGATCAGATTCTGGTTCGCCGTAATGCGGAAATCGCCTTTGTGGATCTTCGCGATCTCCAGCAGGCCGGTTTTCAGCGGACGCGCCGGATAATCAAGGATGCGACCATTTTCGATAAACAGCGTCAGGTGCCAGTTATCATCAATGCCCTTAACCCAGCCAATACGATCGCCTCGTCCGGTGAACTCATATGGACGGATCGGTTCAAATTTGATCCCCGCGCGACGCTCCACTTCCGCTTTAAACGTCTCAACCCCCACGCGCTCCAGCGTGTATT > CP009273/2882247‑2882536 | tACACCGGCGATGATCAGATTCTGGTTCGCCGTAATGCGGAAATCGCCTTTGTGGATCTTCGCGATCTCCAGCAGGCCGGTTTTCAGCGGACGCGCCGGATAATCAAGGATGCGACCATTTTCGATAAACAGCGTCAGGTGCCAGTTa > 2:324263/1‑148 (MQ=255) acCGGCGATGATCAGATTCTGGTTCGCCGTAATGCGGAAATCGCCTTTGTGGATCTTCGCGATCTCCAGCAGGCCGGTTTTCAGCGGACGCGCCGGATAATCAAGGATGCGACCATTTTCGATAAACAGCGTCAGGTGCCAGTTatca > 1:3062521/1‑148 (MQ=255) acCGGCGATGATCAGATTCTGGTTCGCCGTAATGCGGAAATCGCCTTTGTGGATCTTCGCGATCTCCAGCAGGCCGGTTTTCAGCGGACGCGCCGGATAATCAAGGATGCGACCATTTTCGATAAACAGCGTCAGGTGCCAGTTatca > 1:1287216/1‑148 (MQ=255) ccGGCGATGATCAGATTCTGGTTCGCCGTAATGCGGAAATCGCCTTTGTGGATCTTCGCGATCTCCAGCAGGCCGGTTTTCAGCGGACGCGCCGGATAATCAAGGATGCGACCATTTTCGATAAACAGCGTCAGGTGCCAGTTatcat < 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |