Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 2,884,385 | G→T | 100% | V291V (GTC→GTA) | cysJ ← | sulfite reductase, alpha subunit, flavoprotein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 2,884,385 | 0 | G | T | 96.4% | 589.3 / 11.8 | 192 | V291V (GTC→GTA) | cysJ | sulfite reductase, alpha subunit, flavoprotein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (5/2); new base T (84/101); total (89/103) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.53e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 192 total aligned reads displayed.
TTCACTGCGGGTAAGCGTGGCGTAATTCTCAACAATGTTGGCGGTGTTGACGGTCAGTTCGAAGTGCCACTGTAGCGCTTCGTTCAGAGGCAACGTTTTGCCCTCGACGGTGACAGGTTCATCGCCTTTCAGCCACAGCAGTTCGACAAGTTCTTTCACCAGTGCCGGATCGTTCTGATACCAGACGCCCAGCGCGTCACCCGGCTGGTAACGCATGCCCGAGTCACCTAAGTCAATTTCGATATGGCGAACGTCTTTTTCAGAGTTACGCCCGGTAATTTTCTGGTTAA > CP009273/2884241‑2884530 | ttCACTGCGGGTAAGCGTGGCGTAATTCTCAACAATGTTGGCGGTGTTGACGGTCAGTTCGAAGTGCCACTGTAGCGCTTCGTTCAGAGGCAACGTTTTGCCCTCGACGGTGACAGGTTCATCGCCTTTCAGCCACAGCAGTTCTAcc > 2:2027271/1‑147 (MQ=255) ttCACTGCGGGTAAGCGTGGCGTAATTCTCAACAATGTTGGCGGTGTTGACGGTCAGTTCGAAGTGCCACTGTAGCGCTTCGTTCAGAGGCAACGTTTTGCCCTCGACGGTGACAGGTTCATCGCCTTTCAGCCACAGCAGTTCTACa > 2:1161730/1‑148 (MQ=255) ttCACTGCGGGTAAGCGTGGCGTAATTCTCAACAATGTTGGCGGTGTTGACGGTCAGTTCGAAGTGCCACTGTAGCGCTTCGTTCAGAGGCAACGTTTTGCCCTCGACGGTGACAGGTTCATCGCCTTTCAGCCACAGCAGTTCTACa > 2:1779563/1‑148 (MQ=255) ttCACTGCGGGTAAGCGTGGCGTAATTCTCAACAATGTTGGCGGTGTTGACGGTCAGTTCGAAGTGCCACTGTAGCGCTTCGTTCAGAGGCAACGTTTTGCCCTCGACGGTGACAGGTTCATCGCCTTTCAGCCACAGCAGTTCTACa < 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cTGCGGGTAAGCGTGGCGTAATTCTCAACAATGTTGGCGGTGTTGACGGTCAGTTCGAAGTGCCACTGTAGCGCTTCGTTCAGAGGCAACGTTTTGCCCTCGACGGTGACAGGTTCATCGCCTTTCAGCCACAGCAGTTCTACAAGtt > 2:1538681/1‑148 (MQ=255) cTGCGGGTAAGCGTGGCGTAATTCTCAACAATGTTGGCGGTGTTGACGGTCAGTTCGAAGTGCCACTGTAGCGCTTCGTTCAGAGGCAACGTTTTGCCCTCAACGGTGACAGGTTCATCGCCTTTCAGCCACAGCAGTTCTACAAGtt < 2:2278092/148‑1 (MQ=255) tGCGGGTAAGCGTGGCGTAATTCTCAACAATGTTGGCGGTGTTGACGGTCAGTTCGAAGTGCCACTGTAGCGCTTCGTTCAGAGGCAACGTTTTGCCCTCGACGGTGACAGGTTCATCGCCTTTCAGCCACAGCAGTTCTACAAGTTc < 1:2321815/148‑1 (MQ=255) gCGGGTAAGCGTGGCGTAATTCTCAACAATGTTGGCGGTGTTGACGGTCAGTTCGAAGTGCCACTGTAGCGCTTCGTTCAGAGGCAACGTTTTGCCCTCGACGGTGACAGGTTCATCGCCTTTCAGCCACAGCAGTTCTACAAGTTCt < 1:616816/148‑1 (MQ=255) cGGGTAAGCGTGGCGTAATTCTCAACAATGTTGGCGGTGTTGACGGTCAGTTCGAAGTGCCACTGTAGCGCTTCGTTCAGAGGCAACGTTTTGCCCTCGACGGTGACAGGTTCATCGCCTTTCAGCCACAGCAGTTCTACAAGTTCtt < 1:2075191/148‑1 (MQ=255) 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aGCGTGGCGTAATTCTCAACAATGTTGGCGGTGTTGACGGTCAGTTCGAAGTGCCACTGTAGCGCTTCGTTCAGAGGCAACGTTTTGCCCTCGACGGTGACAGGTTCATCGCCTTTCAGCCACAGCAGTTCTACAAGTTCTTTCACCa > 1:1143364/1‑148 (MQ=255) gTGGCGTAATTCTCAACAATGTTGGCGGTGTTGACGGTCAGTTCGAAGTGCCACTGTAGCGCTTCGTTCAGAGGCAACGTTTTGCCCTCGACGGTGACAGGTTCATCGCCTTTCAGCCACAGCAGTTCTACAAGTTCTTTCACCAGTg < 1:3318762/148‑1 (MQ=255) gTAATTCTCAACAATGTTGGCGGTGTTGACGGTCAGTTCGAAGTGCCACTGTAGCGCTTCGTTCAGAGGCAACGTTTTGCCCTCGACGGTGACAGGTTCATCGCCTTTCAGCCACAGCAGTTCTACAAGTTCTTTCACCAGTGCCGGa < 2:1060699/148‑1 (MQ=255) aTTCTCAACAATGTTGGCGGTGTTGACGGTCAGTTCGAAGTGCCACTGTAGCGCTTCGTTCAGAGGCAACGTTTTGCCCTCGACGGTGACAGGTTCATCGCCTTTCAGCCACAGCAGTTCTACAAGTTCTTTCACCAGTGCCGGATCg > 1:1625245/1‑148 (MQ=255) aTTCTCAACAATGTTGGCGGTGTTGACGGTCAGTTCGAAGTGCCACTGTAGCGCTTCGTTCAGAGGCAACGTTTTGCCCTCGACGGTGACAGGTTCATCGCCTTTCAGCCACAGCAGTTCTACAAGTTCTTTCACCAGTGCCGGATCg < 1:555983/148‑1 (MQ=255) 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tCGACAAGTTCTTTCACCAGTGCCGGATCGTTCTGATACCAGACGCCCAGCGCGTCACCCGGCTGGTAACGCATGCCCGAGTCACCTAAGTCAATTTCGATATGGCGAACGTCTTTTTCAGAGTTACGCCCGGTAATTTTCTGGTTaa > 1:2433127/1‑148 (MQ=255) | TTCACTGCGGGTAAGCGTGGCGTAATTCTCAACAATGTTGGCGGTGTTGACGGTCAGTTCGAAGTGCCACTGTAGCGCTTCGTTCAGAGGCAACGTTTTGCCCTCGACGGTGACAGGTTCATCGCCTTTCAGCCACAGCAGTTCGACAAGTTCTTTCACCAGTGCCGGATCGTTCTGATACCAGACGCCCAGCGCGTCACCCGGCTGGTAACGCATGCCCGAGTCACCTAAGTCAATTTCGATATGGCGAACGTCTTTTTCAGAGTTACGCCCGGTAATTTTCTGGTTAA > CP009273/2884241‑2884530 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |