Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 2,894,388 | C→A | 47.8% | V146V (GTC→GTA) | yqcE → | MFS transporter family protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 2,894,388 | 0 | C | A | 47.8% | 139.4 / 291.6 | 228 | V146V (GTC→GTA) | yqcE | MFS transporter family protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (48/71); new base A (49/60); total (97/131) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.05e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 228 total aligned reads displayed.
TGTGGGTAATGCTCTGTATTCAGATCGCCTTTGCGATAACGACGATTTTAATGCTGTGGTCGGTGTCGATTAAAGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTGGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCACCGGATGACAGCACCAGCCTGAAAACGGTCATTATCATCTATAGTGTGGTTTACATCTTGTTGGGGATTCTGTGCTGGTTTTTTGTTAGCGATAA > CP009273/2894243‑2894534 | tgGGTAATGCTCTGTATTCAGATCGCCTTTGCGATAACGACGATTTTAATGCTGTGGTCGGTGTCGATTAAAGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTGGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGgtg < 2:1816207/148‑1 (MQ=255) ggTAATGCTCTGTATTCAGATCGCCTTTGCGATAACGACGATTTTAATGCTGTGGTCGGTGTCGATTAAAGCTGCATCCTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTGGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTAGGTGTa > 1:3423782/1‑148 (MQ=255) aaTGCTCTGTATTCAGATCGCCTTTGCGATAACGACGATTTTAATGCTGTGGTCGGTGTCGATTAAAGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTGGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATg < 1:2080932/148‑1 (MQ=255) aaTGCTCTGTATTCAGATCGCCTTTGCGATAACGACGATTTTAATGCTGTGGTCGGTGTCGATTAAAGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTGGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTAGGTGTAATg > 2:711363/1‑148 (MQ=255) aTGCTCTGTATTCAGATCGCCTTTGCGATAACGACGATTTTAATGCTGTGGTCGGTGTCGATTAAAGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTGGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGt > 2:2417434/1‑148 (MQ=255) tGCTCTGTATTCAGATCGCCTTTGCGATAACGACGATTTTAATGCTGTGGTCGGTGTCGATTAAAGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTGGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTc > 2:2530981/1‑148 (MQ=255) gCTCTGTATTCAGATCGCCTTTGCGATAACGACGATTTTAATGCTGTGGTCGGTGTCGATTAAAGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTGGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCg < 2:1201729/148‑1 (MQ=255) ctctGTATTCAGATCGCCTTTGCGATAACGACGATTTTAATGCTGTGGTCGGTGTCGATTAAAGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTGGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTAGGTGTAATGTCGc > 1:2245011/1‑148 (MQ=255) tctGTATTCAGATCGCCTTTGCGATAACGACGATTTTAATGCTGTGGTCGGTGTCGATTAAAGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTGGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTAGGTGTAATGTCGCt > 2:891787/1‑148 (MQ=255) tGTATTCAGATCGCCTTTGCGATAACGACGATTTTAATGCTGTGGTCGGTGTCGATTAAAGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTGGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTgg > 1:3254704/1‑148 (MQ=255) tGTATTCAGATCGCCTTTGCGATAACGACGATTTTAATGCTGTGGTCGGTGTCGATTAAAGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTGGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTAGGTGTAATGTCGCTgg < 1:93403/148‑1 (MQ=255) aTTCAGATCGCCTTTGCGATAACGACGATTTTAATGCTGTGGTCGGTGTCGATTAAAGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTGGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCgg < 2:306864/148‑1 (MQ=255) ttCAGATCGCCTTTGCGATAACGACGATTTTAATGCTGTGGTCGGTGTCGATTAAAGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGCAAATTATGGGCTGGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGgt > 2:3127083/1‑148 (MQ=255) tCAGATCGCCTTTGCGATAACGACGATTTTAATGCTGTGGTCGGTGTCGATTAAAGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTGGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGgtg > 2:605536/1‑148 (MQ=255) cAGATCGCCTTTGCGATAACGACGATTTTAATGCTGTGGTCGGTGTCGATTAAAGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTGGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGgtgt < 2:1312450/148‑1 (MQ=255) gATCGCCTTTGCGATAACGACGATTTTAATGCTGTGGTCGGTGTCGATTAAAGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTGGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTAGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGttt < 2:105761/148‑1 (MQ=255) aTCGCCTTTGCGATAACGACGATTTTAATGCTGTGGTCGGTGTCGATTAAAGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTGGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTAGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTa < 2:433242/148‑1 (MQ=255) ccTTTGCGATAACGACGATTTTAATGCTGTGGTCGGTGTCGATTAAAGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTGGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCAt < 1:1104302/148‑1 (MQ=255) tttGCGATAACGACGATTTTAATGCTGTGGTCGGTGTCGATTAAAGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTGGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTAGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCAtgt < 1:3073778/148‑1 (MQ=255) tGCGATAACGACGATTTTAATGCTGTGGTCGGTGTCGATTAAAGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTGGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTAGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTgg < 1:1431747/148‑1 (MQ=255) cGATAACGACGATTTTAATGCTGTGGTCGGTGTCGATTAAAGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTGGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGt < 1:3303945/148‑1 (MQ=255) gATAACGACGATTTTAATGCTGTGGTCGGTGTCGATTAAAGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTGGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTc < 2:2587138/148‑1 (MQ=255) gATAACGACGATTTTAATGCTGTGGTCGGTGTCGATTAAAGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTGGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTAGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTc < 2:69313/148‑1 (MQ=255) tAACGACGATTTTAATGCTGTGGTCGGTGTCGATTAAAGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTGGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCtt < 2:1160155/148‑1 (MQ=255) aaCGACGATTTTAATGCTGTGGTCGGTGTCGATTAAAGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTGGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCttt < 1:1735984/148‑1 (MQ=255) aaCGACGATTTTAATGCTGTGGTCGGTGTCGATTAAAGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTGGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCttt < 2:2855110/148‑1 (MQ=255) acgacgATTTTAATGCTGTGGTCGGTGTCGATTAAAGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTGGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTAGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCtttt > 1:835467/1‑148 (MQ=255) cgacgaTTTTAATGCTGTGGTCGGTGTCGATTAAAGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTGGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTtc > 2:879165/1‑148 (MQ=255) cgacgaTTTTAATGCTGTGGTCGGTGTCGATTAAAGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTGGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTAGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTtc > 1:2139695/1‑148 (MQ=255) gaTTTTAATGCTGTGGTCGGTGTCGATTAAAGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTGGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTAGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGc < 1:675884/148‑1 (MQ=255) aTTTTAATGCTGTGGTCGGTGTCGATTAAAGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTGGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTAGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCt > 1:1366058/1‑148 (MQ=255) ttttAATGCTGTGGTCGGTGTCGATTAAAGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTGGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTAGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCtt < 2:2698901/148‑1 (MQ=255) gCTGTGGTCGGTGTCGATTAAAGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTGGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCACCg > 2:2556482/1‑148 (MQ=255) gCTGTGGTCGGTGTCGATTAAAGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTGGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCACCg < 1:3290416/148‑1 (MQ=255) tgGTCGGTGTCGATTAAAGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTGGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCACCGGATg < 1:2634855/148‑1 (MQ=255) gTCGGTGTCGATTAAAGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTGGATGGAAGGTCTGCGCGGCGTAGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCACCGGATGAc > 1:1021637/1‑148 (MQ=255) gTCGGTGTCGATTAAAGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTGGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTAGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCACCGGATGAc < 1:2967624/148‑1 (MQ=255) cGGTGTCGATTAAAGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTGGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCACCGGATGACAg > 1:2099076/1‑148 (MQ=255) ggTGTCGATTAAAGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTGGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTAGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCACCGGATGACAGc > 1:2763660/1‑148 (MQ=255) aTTAAAGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTGGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCACCGGATGACAGCACCAGcc < 2:256878/148‑1 (MQ=255) aTTAAAGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTGGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCACCGGATGACAGCACCAGcc < 1:1071643/148‑1 (MQ=255) ttAAAGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTGGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCACCGGATGACAGCACCAGCCt < 2:2822687/148‑1 (MQ=255) aaGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTGGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTAGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCACCGGATGACAGCACCAGCCTGaa > 2:431177/1‑148 (MQ=255) aGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTGGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCACCGGATGACAGCACCAGCCTGaaa > 1:2567096/1‑148 (MQ=255) cTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTGGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTAGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCACCGGATGACAGCACCAGCCTGAAAAc > 2:2172279/1‑148 (MQ=255) gCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTGGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTAGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCACCGGATGACAGCACCAGCCTGAAAACgg > 2:3302038/1‑148 (MQ=255) cATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTGGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTAGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCACCGGATGACAGCACCAGCCTGAAAACGGt < 2:3525176/148‑1 (MQ=255) aTCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTGGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTTTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCACCGGATGACAGCACCAGCCTGAAAACGGTc < 2:201791/148‑1 (MQ=255) aTCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTGGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCACCGGATGACAGCACCAGCCTGAAAACGGTc > 1:2882843/1‑148 (MQ=255) tGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTGGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCACCGGATGACAGCACCAGCCTGAAAACGGTCATTat > 2:1646997/1‑148 (MQ=255) gCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTGGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTAGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCACCGGATGACAGCACCAGCCTGAAAACGGTCATTatc > 1:3543797/1‑148 (MQ=255) gCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTGGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTAGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCACCGGATGACAGCACCAGCCTGAAAACGGTCATTatc < 2:1583773/148‑1 (MQ=255) gCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTGGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTAGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCACCGGATGACAGCACCAGCCTGAAAACGGTCATTatc > 1:3000504/1‑148 (MQ=255) gCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTGGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTAGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCACCGGATGACAGCACCAGCCTGAAAACGGTCATTatc > 1:166330/1‑148 (MQ=255) tGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTGGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCACCGGATGACAGCACCAGCCTGAAAACGGTCATTatcatc > 2:486392/1‑148 (MQ=255) ggCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTGGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTAGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCACCGGATGACAGCACCAGCCTGAAAACGGTCATTATCATCt < 1:950759/148‑1 (MQ=255) gCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTGGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTAGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCACCGGATGACAGCACCAGCCTGAAAACGGTCAGTATCATCta > 2:84647/1‑148 (MQ=255) gCGATCATAGCGAGAAAGGGAAAATTATGGGCTGGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCTGTGTAATGTCGCTGGCGGGGTATACCAAGTGGCTCTTTTCTCGCTTTGCACAGGATGACAGCACCAGACTGAAAACGGTCATAATCATCta > 2:3215841/1‑148 (MQ=255) aTCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTGGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCACCGGATGACAGCACCAGCCTGAAAACGGTCATTATCATCTATAg < 2:2446888/148‑1 (MQ=255) aTCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTGGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTAGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCACCGGATGACAGCACCAGCCTGAAAACGGTCATTATCATCTATAg < 2:3423782/148‑1 (MQ=255) tCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTGGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCACCGGATGACAGCACCAGCCTGAAAACGGTCATTATCATCTATAgt > 1:1721257/1‑148 (MQ=255) cATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTGGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTAGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCACCGGATGACAGCACCAGCCTGAAAACGGTCATTATCATCTATAgtg < 2:2546407/148‑1 (MQ=255) aGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTGGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCACCGGATGACAGCACCAGCCTGAAAACGGTCATTATCATCTATAGTGTgg > 1:3007035/1‑148 (MQ=255) aGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTGGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCACCGGATGACAGCACCAGCCTGAAAACGGTCATTATCATCTATAGTGTgg < 1:1090625/148‑1 (MQ=255) aGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTGGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCACCGGATGACAGCACCAGCCTGAAAACGGTCATTATCATCTATAGTGTgg > 1:1231102/1‑148 (MQ=255) gCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTGGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCACCGGATGACAGCACCAGCCTGAAAACGGTCATTATCATCTATAGTGTGGt < 1:863762/148‑1 (MQ=255) gAGCAAGGGAAAATTATGGGCTGGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCACCGGATGACAGCACCAGCCTGAAAACGGTCATTATCATCTATAGTGTGGttt < 1:2082575/148‑1 (MQ=255) aGGGAAAATTATGGGCTGGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTAGGTGTAATGTAGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCACCGGATGACAGCACCAGCCTGAAAACGGTCATTATCATCTATAGTGTGGTTTACATc < 1:891780/148‑1 (MQ=255) gggAAAATTATGGGCTGGATGGAAGGTCTGCGCGGCGTAGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCACCGGATGACAGCACCAGCCTGAAAACGGTCATTATCATCTATAGTGTGGTTTACATCt < 2:1021637/148‑1 (MQ=255) gggAAAATTATGGGCTGGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCACCGGATGACAGCACCAGCCTGAAAACGGTCATTATCATCTATAGTGTGGTTTACATCt > 2:2212160/1‑148 (MQ=255) gggAAAATTATGGGCTGGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCACCGGATGACAGCACCAGCCTGAAAACGGTCATTATCATCTATAGTGTGGTTTACATCt > 2:2268623/1‑148 (MQ=255) ggAAAATTATGGGCTGGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCACCGGATGACAGCACCAGCCTGAAAACGGTCATTATCATCTATAGTGTGGTTTACATCtt > 2:1712081/1‑148 (MQ=255) gAAAATTATGGGCTGGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCACCGGATGACAGCACCAGCCTGAAAACGGTCATTATCATCTATAGTGTGGTTTACATCttg < 2:2012411/148‑1 (MQ=255) gAAAATTATGGGCTGGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCACCGGATGACAGCACCAGCCTGAAAACGGTCATTATCATCTATAGTGTGGTTTACATCttg < 1:3465983/148‑1 (MQ=255) gAAAATTATGGGCTGGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCACCGGATGACAGCACCAGCCTGAAAACGGTCATTATCATCTATAGTGTGGTTTACATCttg < 2:1775065/148‑1 (MQ=255) gAAAATTATGGGCTGGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTAGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCACCGGATGACAGCACCAGCCTGAAAACGGTCATTATCATCTATAGTGTGGTTTACATCttg < 1:1829985/148‑1 (MQ=255) tATGGGCTGGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCACCGGATGACAGCACCAGCCTGAAAACGGTCATTATCATCTATAGTGTGGTTTACATCTTGTTgggg > 1:493146/1‑148 (MQ=255) aTGGGCTGGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCACCGGATGACAGCACCAGCCTGAAAACGGTCATTATCATCTATAGTGTGGTTTACATCTTGTTGGGGa < 1:2312327/148‑1 (MQ=255) tGGGCTGGATGGACGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTTATGTCGCTTGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCACCGGATGACAGCACCAGCCTGAAAACGGTCATTATCATCTATAGTGTGGTTTACATCTTGTTGGGGAt < 2:3229005/148‑1 (MQ=255) tGGGCTGGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTAGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCACCGGATGACAGCACCAGCCTGAAAACGGTCATTATCATCTATAGTGTGGTTTACATCTTGTTGGGGAt < 2:2622753/148‑1 (MQ=255) gggCTGGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCACCGGATGACAGCACCAGCCTGAAAACGGTCATTATCATCTATAGTGTGGTTTACATCTTGTTGGGGAtt < 1:2502456/148‑1 (MQ=255) gggCTGGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTAGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTTCACCGGATGACAGCACCAGCCTGAAAACGGTCATTATCATCTATAGTGTGGTTTACATCTTGTTGGGGAtt > 1:1975739/1‑148 (MQ=255) gatggaAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCACCGGATGACAGCACCAGCCTGAAAACGGTCATTATCATCTATAGTGTGGTTTACATCTTGTTGGGGATTCTGTGc < 1:2212155/148‑1 (MQ=255) atggaAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCACCGGATGACAGCACCAGCCTGAAAACGGTCATTATCATCTATAGTGTGGTTTACATCTTGTTGGGGATTCTGTGCt < 2:29264/148‑1 (MQ=255) ggaAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCACCGGATGACAGCACCAGCCTGAAAACGGTCATTATCATCTATAGTGTGGTTTACATCTTGTTGGGGATTCTGTGCTgg < 1:2669743/148‑1 (MQ=255) gaAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCACCGGATGACAGCACCAGCCTGAAAACGGTCATTATCATCTATAGTGTGGTTTACATCTTGTTGGGGATTCTGTGCTGGt > 2:1473140/1‑148 (MQ=255) gaAGGGCTGCGCGGCGTAGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCACCGGATGACAGCACCAGCCTGAAAACGGTCATTATCATCTATAGTGTGGTTTACATCTTGTTGGGGATTCTGTGCTGGt > 1:600736/1‑148 (MQ=255) aaGGGCTGCGCGGCGTAGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCACCGGATGACAGCACCAGCCTGAAAACGGTCATTATCATCTATAGTGTGGTTTACATCTTGTTGGGGATTCTGTGCTGGtt < 1:3188056/148‑1 (MQ=255) aaGGGCTGCGCGGCGTAGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCACCGGATGACAGCACCAGCCTGAAAACGGTCATTATCATCTATAGTGTGGTTTACATCTTGTTGGGGATTCTGTGCTGGtt < 1:2191776/148‑1 (MQ=255) aGGGCTGCGCGGCGTAGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCACCGGATGACAGCACCAGCCTGAAAACGGTCATTATCATCTATAGTGTGGTTTACATCTTGTTGGGGATTCTGTGCTGGttt < 2:3290161/148‑1 (MQ=255) cTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCACCGGATGACAGCACCAGCCTGAAAACGGTCATTATCATCTATAGTGTGGTTTACATCTTGTTGGGGATTCTGTGCTGGttttttt > 1:76390/1‑147 (MQ=255) tGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCACCGGATGACAGCACCAGCCTGAAAACGGTCATTATCATCTATAGTGTGGTTTACATCTTGTTGGGGATTCTGTGCTGGTTTTTTGt < 1:2831243/148‑1 (MQ=255) gcgcGGCGTAGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCACCGGATGACAGCACCAGCCTGAAAACGGTCATTATCATCTATAGTGTGGTTTACATCTTGTTGGGGATTCTGTGCTGGTTTTTTGtt < 2:3373103/148‑1 (MQ=255) gcgcGGCGTAGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCACCGGATGACAGCACCAGCCTGAAAACGGTCATTATCATCTATAGTGTGGTTTACATCTTGTTGGGGATTCTGTGCTGGTTTTTTGtt < 2:1366058/148‑1 (MQ=255) cggcgTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCACCGGATGACAGCACCAGCCTGAAAACGGTCATTATCATCTATAGTGTGGTTTACATCTTGTTGGGGATTCTGTGCTGGTTTTTTGTTAGc < 1:2417434/148‑1 (MQ=255) cggcgTAGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCACCGGATGACAGCACCAGCCTGAAAACGGTCATTATCATCTATAGTGTGGTTTACATCTTGTTGGGGATTCTGTGCTGGTTTTTTGTTAGc > 1:3078915/1‑148 (MQ=255) ggcgTAGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCACCGGATGACAGCACCAGCCTGAAAACGGTCATTATCATCTATAGTGTGGTTTACATCTTGTTGGGGATTCTGTGCTGGTTTTTTGTTAGCg < 1:2756307/148‑1 (MQ=255) cgTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCACCGGATGACAGCACCAGCCTGAAAACGGTCATTATCATCTATAGTGTGGTTTACATCTTGTTGGGGATTCTGTGCTGGTTTTTTGTTAGCGAt < 1:567156/148‑1 (MQ=255) cgTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCACCGGATGACAGCACCAGCCTGAAAACGGTCATTATCATCTATAGTGTGGTTTACATCTTGTTGGGGATTCTGTGCTGGTTTTTTGTTAGCGAt < 1:2581810/148‑1 (MQ=255) gTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCACCGGATGACAGCACCAGCCTGAAAACGGTCATTATCATCTATAGTGTGGTTTACATCTTGTTGGGGATTCTGTGCTGGTTTTTTGTTAGCGATa < 2:1423325/148‑1 (MQ=255) | TGTGGGTAATGCTCTGTATTCAGATCGCCTTTGCGATAACGACGATTTTAATGCTGTGGTCGGTGTCGATTAAAGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTGGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCACCGGATGACAGCACCAGCCTGAAAACGGTCATTATCATCTATAGTGTGGTTTACATCTTGTTGGGGATTCTGTGCTGGTTTTTTGTTAGCGATAA > CP009273/2894243‑2894534 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |