Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 2,921,245 | G→T | 100% | intergenic (+214/‑343) | ygdH → / → sdaC | UPF0717 family protein/putative serine transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 2,921,245 | 0 | G | T | 96.4% | 780.0 / 17.3 | 259 | intergenic (+214/‑343) | ygdH/sdaC | UPF0717 family protein/putative serine transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/9); new base T (130/119); total (131/128) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.60e-03 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 262 total aligned reads displayed.
ATTTGTTATATGAATGTTTCTTACCACCCTCACGCGACAAATATCATCACAGTTAATATGTCATACAATTTATGTTGCAACGCAAACGTTTCCCTATTTTCATAAACCGTATTTTATCGCTATGAAAAAGAAATTATCGCCATGATTAACTAAAAGTATTGATTTTTTCAGTTCAACCTACATATATTGCGCGCCCCGGAAGAAGTCAGATGTCGTTTAATGGGCAAATATTGCCCTTAAATTCTCTTTTACTTTTGATTTACAGAGTAAAGCGTTGGGATAATCTAT > CP009273/2921102‑2921389 | tttGTTATATGAATGTTTCTTACCACCCTCACGCGACAAATATCATCACAGTTAATATGTCATACAATTTATGTTGCAACGCAAACGTTTCCCTATTTTCATAAACCGTATTTTATCGCTATGAAAAAGAAATTATCGCCATTATTaa > 2:2564003/1‑148 (MQ=255) ttGTTATATGAATGTTTCTTACCACCCTCACGCGACAAATATCATCACAGTTAATATGTCATACAATTTATGTTGCAACGCAAACGTTTCCCTATTTTCATAAACCGTATTTTATCGCTATGAAAAAGAAATTATCTCCATTATTaaa > 2:2973003/1‑147 (MQ=255) tGTTATATGAATGTTTCTTACCACCCTCACGCGACAAATATCATCACAGTTAATATGTCATACAATTTATGTTGCAACGCAAACGTTTCCCTATTTTCATAAACCGTATTTTATCGCTATGAAAAAGAAATTATCGCCATTATTAACt > 1:445852/1‑148 (MQ=255) tataTGAATGTTTCTTACCACCCTCACGCGACAAATATCATCACAGTTAATATGTCATACAATTTATGTTGCAACGCAAACGTTTCCCTATTTTCATAAACCGTATTTTATCGCTATGAAAAAGAAATTATCGCCATTATTAACTaaa < 2:1878307/148‑1 (MQ=255) atatGAATGTTTCTTACCACCCTCACGCGACAAATATCATCACAGTTAATATGTCATACAATTTATGTTGCAACGCAAACGTTTCCCTATTTTCATAAACCGTATTTTATCGCTATGAAAAAGAAATTATCGCCATTATTAACTaaaa < 2:2769944/148‑1 (MQ=255) atGAATGTTTCTGACCACCCGCACGCGACAAATATCATCAAAGTTAATATGTCATACAATTTATGTTGCAACGCAAACGTTTCCCTATTTTCATAAACCGTATTTTATCGCTATGAAAAAGAAATTATCGCCATTATTAACTAAAAGt < 2:2895596/148‑1 (MQ=255) tGAATGTTTCTTACCACCCTCACGCGACAAATATCATCACAGTTAATATGTCATACAATTTATGTTGCAACGCAAACGTTTCCCTATTTTCATAAACCGTATTTTATCGCTATGAAAAAGAAATTATCGCCATTATTAACTAAAAGTa < 1:2986033/148‑1 (MQ=255) gAATGTTTCTTACCACCCTCACGCGACAAATATCATCACAGTTAATATGTCATACAATTTATGTTGCAACGCAAACGTTTCCCTATTTTCATAAACCGTATTTTATCGCTATGAAAAAGAAATTATCGCCATTATTAACTAAAAGTAt < 1:3187175/148‑1 (MQ=255) aaTGTTTCTTACCACCCTCACGCGACAAATATCATCACAGTTAATATGTCATACAATTTATGTTGCAACGCAAACGTTTCCCTATTTTCATAAACCGTATTTTATCGCTATGAAAAAGAAATTATCGCCATTATTAACTAAAAGTAtt < 2:269931/148‑1 (MQ=255) aaTGTTTCTTACCACCCTCACGCGACAAATATCATCACAGTTAATATGTCATACAATTTATGTTGCAACGCAAACGTTTCCCTATTTTCATAAACCGTATTTTATCGCTATGAAAAAGAAATTATCGCCATTATTAACTAAAAGTAtt < 2:194835/148‑1 (MQ=255) tGTTTCTTGCCACCCTCACGCGACAAATATCATCACAGTTAATATGTCATACAATTTATGTTGCAACGCAAACGTTTCCCTATTTTCATAAACCGTATTTTATCGCTATGAAAAAGAAATTATCGCCATTATTAACTAAAAGTATTGa > 2:1283429/1‑148 (MQ=255) tGTTTCTTACCACCCTCACGCGACAAATATCATCACAGTTAATATGTCATACAATTTATGTTGCAACGCAAACGTTTCCCTATTTTCATAAACCGTATTTTATCGCTATGAAAAAGAAATTATCGCCATGATTAACTAAAAGTATTGa < 2:42082/148‑1 (MQ=255) gTTTCTTACCACCCTCACGCGACAAATATCATCACAGTTAATATGTCATACAATTTATGTTGCAACGCAAACGTTTCCCTATTTTCATAAACCGTATTTTATCGCTATGAAAAAGAAATTATCGCCATTATTAACTAAAAGTATTGAt > 1:3379735/1‑148 (MQ=255) ttCTTACCACCCTCACGCGACAAATATCATCACAGTTAATATGTCATACAATTTATGTTGCAACGCAAACGTTTCCCTATTTTCATAAACCGTATTTTATCGCTATGAAAAAGAAATTATCGCCATTATTAACTAAAAGTATTGAttt > 1:2197147/1‑148 (MQ=255) tCTTACCACCCTCACGCGACAAATATCATCACAGTTAATATGTCATACAATTTATGTTGCAACGCAAACGTTTCCCTATTTTCATAAACCGTATTTTATCGCTATGAAAAAGAAATTATCGCCATTATTAACTAAAAGTATTGAtttt > 1:2247241/1‑148 (MQ=255) tACCACCCTCACGCGACAAATATCATCACAGTTAATATGTCATACAATTTATGTTGCAACGCAAACGTTTCCCTATTTTCATAAACCGTATTTTATCGCTATGAAAAAGAAATTATCGCCATTATTAACTAAAAGTATTGATTTTTTc < 1:257818/148‑1 (MQ=255) cccTCACGCGACAAATATCATCACAGTTAATATGTCATACAATTTATGTTGCAACGCAAACGTTTCCCTATTTTCATAAACCGTATTTTATCGCTATGAAAAAGAAATTATCGCCATTATTAACTAAAAGTATTGATTTTTTCAGTTc > 2:2093014/1‑148 (MQ=255) ccTCACGCGACAAATATCATCACAGTTAATATGTCATACAATTTATGTTGCAACGCAAACGTTTCCCTATTTTCATAAACCGTATTTTATCGCTATGAAAAAGAAATTATCGCCATTATTAACTAAAAGTATTGATTTTTTCAGTTCa > 2:583843/1‑148 (MQ=255) cACGCGACAAATATCATCACAGTTAATATGTCATACAATTTATGTTGCAACGCAAACGTTTCCCTATTTTCATAAACCGTATTTTATCGCTATGAAAAAGAAATTATCGCCATTATTAACTAAAAGTATTGATTTTTTCAGTTCAAcc < 2:3121356/148‑1 (MQ=255) 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aaTATCATCACAGTTAATATGTCATACAATTTATGTTGCAACGCAAACGTTTCCCTATTTTCATAAACCGTATTTTATCGCTATGAAAAAGAAATTATCGCCATTATTAACTAAAAGTATTGATTTTTTCAGTTCAACCTACatatat > 2:3022378/1‑148 (MQ=255) aaTATCATCACAGTTAATATGTCATACAATTTATGTTGCAACGCAAACGTTTCCCTATTTTCATAAACCGTATTTTATCGCTATGAAAAAGAAATTATCGCCATTATTAACTAAAAGTATTGATTTTTTCAGTTCAACCTACatatat < 1:2520441/148‑1 (MQ=255) aaTATCATCACAGTTAATATGTCATACAATTTATGTTGCAACGCAAACGTTTCCCTATTTTCATAAACCGTATTTTATCGCTATGAAAAAGAAATTATCGCCATTATTAACTAAAAGTATTGATTTTTTCAGTTCAACCTACatatat > 1:6765/1‑148 (MQ=255) tatCATCACAGTTAATATGTCATACAATTTATGTTGCAACGCAAACGTTTCCCTATTTTCATAAACCGTATTTTATCGCTATGAAAAAGAAATTATCGCCATTATTAACTAAAAGTATTGATTTTTTCAGTTCAACCTACATATATTg > 2:2914091/1‑148 (MQ=255) tcatcaCAGTTAATATGTCATACAATTTATGTTGCAACGCAAACGTTTCCCTATTTTCATAAACCGTATTTTATCGCTATGAAAAAGAAATTATCGCCATTATTAACTAAAAGTATTGATTTTTTCAGTTCAACCTACATATATTgcg > 1:180685/1‑148 (MQ=255) tcatcaCAGTTAATATGTCATACAATTTATGTTGCAACGCAAACGTTTCCCTATTTTCATAAACCGTATTTTATCGCTATGAAAAAGAAATTATCGCCATTATTAACTAAAAGTATTGATTTTTTCAGTTCAACCTACATATATTgcg > 2:2908905/1‑148 (MQ=255) tcatcaCAGTTAATATGTCATACAATTTATGTTGCAACGCAAACGTTTCCCTATTTTCATAAACCGTATTTTATCGCTATGAAAAAGAAATTATCGCCATTATTAACTAAAAGTATTGATTTTTTCAGTTCAACCTACATATATTgcg > 2:683825/1‑148 (MQ=255) accgTTAATATGTCATACAATTTATGTTGCAACGCAAACGTTTCCCTATTTTCATAAACCGTATTTTATCGCTATGAAAAAGAAATTATCGCCATTATTAACTAAAAGTATTGATTTTTTCAGTTCAACCTACATATATTGCGCGccc < 1:2425075/145‑1 (MQ=255) ttAATATGTCATACAATTTATGTTGCAACGCAAACGTTTCCCTATTTTCATAAACCGTATTTTATCGCTATGAAAAAGAAATTATCGCCATTATTAACTAAAAGTATTGATTTTTTCAGTTCAACCTACATATATTGCGCGCCCCGga > 2:1081451/1‑148 (MQ=255) tatGTCATACAATTTATGTTGCAACGCAAACGTTTCCCTATTTTCATAAACCGTATTTTATCGCTATGAAAAAGAAATTATCGCCATTATTAACTAAAAGTATTGATTTTTTCAGTTCAACCTACATATATTGCGCGCCCCGgaagaa > 1:547510/1‑148 (MQ=255) 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ttATGTTGCAACGCAAACGTTTCCCTATTTTCATAAACCGTATTTTATCGCTATGAAAAAGAAATTATCGCCATTATTAACTAAAAGTATTGATTTTTTCAGTTCAACCTACATATATTGCGCGCCCCGGAAGAAGTCAGATGTCGtt < 1:1035907/148‑1 (MQ=255) aTGTTGCAACGCAAAGGTTTCCCTATTTTCATAAACCGTATTTTATCGCTATGAAAAAGAAATTATCGCCATTATTAACTAAAAGTATTGATTTTTTCAGTTCAACCTACATATATTGCGCGCCCCGGAAGAAGTCAGATGTCGTTTa < 1:1976172/148‑1 (MQ=255) gTTGCAACGCAAACGTTTCCCTATTTTCATAAACCGTATTTTATCGCTATGAAAAAGAAATTATCGCCATTATTAACTAAAAGTATTGATTTTTTCAGTTCAACCTACATATATTGCGCGCCCCGGAAGAAGTCAGATGTCGTTTAAt < 1:2243727/148‑1 (MQ=255) tGCAACGCAAACGTTTCCCTATTTTCATAAACCGTATTTTATCGCTATGAAAAAGAAATTATCGCCATTATTAACTAAAAGTATTGATTTTTTCAGTTCAACCTACATATATTGCGCGCCCCGGAAGAAGTCAGATGTCGTTTAATgg > 1:423332/1‑148 (MQ=255) tGCAACGCAAACGTTTCCCTATTTTCATAAACCGTATTTTATCGCTATGAAAAAGAAATTATCGCCATGATTAACTAAAAGTATTGATTTTTTCAGTTCAACCTACATATATTGCGCGCCCCGGAAGAAGTCAGATGTCGTTTAATgg < 1:2732635/148‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |