Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 248,486 | C→A | 100% | intergenic (+46/‑6) | dinB → / → yafN | DNA polymerase IV/antitoxin of the YafO‑YafN toxin‑antitoxin system |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 248,486 | 0 | C | A | 98.7% | 712.4 / 0.7 | 224 | intergenic (+46/‑6) | dinB/yafN | DNA polymerase IV/antitoxin of the YafO‑YafN toxin‑antitoxin system |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/1); new base A (116/105); total (118/106) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.66e-01 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 226 total aligned reads displayed.
CTGGGATGAACGCCGCGGCGGGCGCGGTGTGCGTCTGGTGGGGCTGCATGTGACGTTGCTTGACCCGCAAATGGAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATACTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATCACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCTAATAATCGCCCCGCAGGATATCTCTTAAGTGCCAGCGCATTCG > CP009273/248341‑248630 | ggATGAACGCCGCGGCGGGCGCGGTGTGCGTCTGGTGGGGCTGCATGTGACGTTGCTTGACCCGCAAATGGAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGt > 2:1019465/1‑148 (MQ=255) ggATGAACGCCGCGGCGGGCGCGGTGTGCGTCTGGTGGGGCTGCATGTGACGTTGCTTGACCCGCAAATGGAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGt < 2:281960/148‑1 (MQ=255) ggATGAACGCCGCGGCGGGCGCGGTGTGCGTCTGGTGGGGCTGCATGTGACGTTGCTTGACCCGCAAATGGAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGt > 2:788333/1‑148 (MQ=255) ggATGAACGCCGCGGCGGGCGCGGTGTGCGTCTGGTGGGGCTGCATGTGACGTTGCTTGACCCGCAAATGGAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCAGTATTATGAGGGTATAACTGt > 2:1767805/1‑148 (MQ=255) gAACGCCGCGGCGGGCGCGGTGTGCGTCTGGTGGGGCTGCATGTGACGTTGCTTGACCCGCAAATGGAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTCTAACTGTATGc > 1:1704777/1‑148 (MQ=255) gAACGCCGCGGCGGGCGCGGTGTGCGTCTGGTGGGGCTGCATGTGACGTTGCTTGACCCGCAAATGGAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGc > 1:1022059/1‑148 (MQ=255) gAACGCCGCGGCGGGCGCGGTGTGCGTCTGGTGGGGCTGCATGTGACGTTGCTTGACCCGCAAATGGAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGc < 1:1153814/148‑1 (MQ=255) aCGCCGCGGCGGGCGCGGTGTGCGTCTGGTGGGGCTGCATGTGACGTTGCTTGACCCGCAAATGGAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCAt < 2:2519350/148‑1 (MQ=255) cgcgGCGGGCGCGGTGTGCGTCTGGTGGGGCTGCATGTGACGTTGCTTGACCCGCAAATGGAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGaa < 1:1397226/148‑1 (MQ=255) gcggcgGGCGCGGTGTGCGTCTGGTGGGGCTGCATGTGACGTTGCTTGACCCGCAAATGGAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAAt < 2:678002/148‑1 (MQ=255) cggcggGCGCGGTGTGCGTCTGGTGGGGCTGCATGTGACGTTGCTTGACCCGCAAATGGAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAAtt < 1:1259090/148‑1 (MQ=255) ggcgggcgCGGTGTGCGTCTGGTGGGGCTGCATGTGACGTTGCTTGACCCGCAAATGGAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATtc < 1:2985529/148‑1 (MQ=255) gggcgCGGTGTGCGTCTGGTGGGGCTGCATGTGACGTTGCTTGACCCGCAAATGGAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCg < 2:3354523/148‑1 (MQ=255) ggcgCGGTGTGCGTCTGGTGGGGCTGCATGTGACGTTGCTTGACCCGCAAATGGAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGc > 1:2820656/1‑148 (MQ=255) cgcgGTGTGCGTCTGGTGGGGCTGCATGTGACGTTGCTTGACCCGCAAATGGAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTg > 1:3396667/1‑148 (MQ=255) gcgGTGTGCGTCTGGTGGGGCTGCATGTGACGTTGCTTGACCCGCAAATGGAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATACTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATCACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGa < 2:2574212/148‑1 (MQ=255) cgGTGTGCGTCTGGTGGGGCTGCATGTGACGTTGCTTGACCCGCAAATGGAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGaa < 2:2347155/148‑1 (MQ=255) cgGTGTGCGTCTGGTGGGGCTGCATGTGACGTTGCTTGACCCGCAAATGGAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGaa < 1:1223678/148‑1 (MQ=255) ggTGTGCGTCTGGTGGGGCTGCATGTGACGTTGCTTGACCCGCAAATGGAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGaaa < 1:859339/148‑1 (MQ=255) 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aTGTGACGTTGCTTGACCCGCAAATGGAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGtt > 2:1487623/1‑148 (MQ=255) gtgACGTTGCTTGACCCGCAAATGGAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTAc > 2:594426/1‑148 (MQ=255) gtgACGTTGCTTGACCCGCAAATGGAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTAc < 1:3327630/148‑1 (MQ=255) tgACGTTGCTTGACCCGCAAATGGAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACg > 1:2146365/1‑148 (MQ=255) ttGACCCGCAAATGGAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAAccc < 2:1088076/148‑1 (MQ=255) 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tgatgTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGttcttt < 1:2459565/148‑1 (MQ=255) gatgTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGttctttc < 2:402125/148‑1 (MQ=255) tgTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCta > 2:2332642/1‑148 (MQ=255) tattattatGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCtaataa > 1:1501725/4‑148 (MQ=255) attattatGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCTaataat > 2:620631/3‑148 (MQ=255) ttatGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCTAATAATCGcc > 2:2300170/1‑148 (MQ=255) tatGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCTAATAATCGccc < 1:2795877/148‑1 (MQ=255) tatGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCTAATAATCGccc > 1:3470932/1‑148 (MQ=255) gTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCTAATAATCGCCCCGc < 2:479097/148‑1 (MQ=255) gTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCTAATAATCGCCCCGc > 2:941541/1‑148 (MQ=255) gTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCTAATAATCGCCCCGc > 1:2342320/1‑148 (MQ=255) tataTTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCATTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCTAATAATCGCCCCGCa > 1:2501979/1‑148 (MQ=255) tataTTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCTAATAATCGCCCCTCa < 2:3396663/148‑1 (MQ=255) tataTTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCTAATAATCGCCCCGCa > 2:3078383/1‑148 (MQ=255) atatTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCTAATAATCGCCCCGCAg > 2:908246/1‑148 (MQ=255) 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gtgtGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCTAATAATCGCCCCGCAGGATAtctt < 1:1906342/148‑2 (MQ=255) gtgtGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCTAATAATCGCCCCGCAGGATAtctc < 2:2630277/148‑1 (MQ=255) gtgtGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGGTGCGGTTCTTTCTAATAATCGCCCCGCAGGATAtctt < 1:1905927/148‑2 (MQ=255) tgCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCTAATAATCGCCCCGCAGGATATCTCTTa > 2:648313/1‑148 (MQ=255) gCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCTAATAATCGCCCCGCAGGATATCTCTTaa < 1:2161394/148‑1 (MQ=255) cATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCTAATAATCGCCCCGCAGGATATCTCTTAAg > 2:1358030/1‑148 (MQ=255) ttattaTGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCTAATAATCGCCCCGCAGGATATCTCTTAAGTg > 2:1596921/1‑148 (MQ=255) ttattaTGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCTAATAATCGCCCCGCAGGATATCTCTTAAGTg < 1:3485278/148‑1 (MQ=255) ttattaTGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCTAATAATCGCCCCGCAGGATATCTCTTAAGTg < 1:36050/148‑1 (MQ=255) tattatGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCTAATAATCGCCCCGCAGGATATCTCTTAAGTGc > 2:711669/1‑148 (MQ=255) ttatGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCTAATAATCGCCCCGCAGGATATCTCTTAAGTGCCa > 2:2939432/1‑148 (MQ=255) tatGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCTAATAATCGCCCCGCAGGATATCTCTTAAGTGCCAg < 2:1022059/148‑1 (MQ=255) tGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCTAATAATCGCCCCGCAGGATATCTCTTAAGTGCCAgcg > 1:3033091/1‑148 (MQ=255) tGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCTAATAATCGCCCCGCAGGATATCTCTTAAGTGCCAgcg < 2:3197315/148‑1 (MQ=255) gAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCTAATAATCGCCCCGCAGGATATCTCTTAAGTGCCAgcgc > 2:2734317/1‑148 (MQ=255) aGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGTTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCTAATAATCGCCCCGCAGGATATCTCTTAAGTGCCAGCGCa > 1:2200786/1‑148 (MQ=255) ggTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCTAATAATCGCCCCGCAGGATATCTCTTAAGTGCCAGCGCAtt > 2:3288314/1‑148 (MQ=255) ggTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCTAATAATCGCCCCGCAGGATATCTCTTAAGTGCCAGCGCAtt > 1:1351599/1‑148 (MQ=255) ggTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCTAATAATCGCCCCGCAGGATATCTCTTAAGTGCCAGCGCAtt < 1:1019465/148‑1 (MQ=255) tataACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTGAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCTAATAATCGCCCCGCAGGATATCTCTTAAGTGCCAGCGCATTCg > 2:3253455/1‑148 (MQ=255) tataACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTGAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCTAATAATCGCCCCGCAGGATATCTCTTAAGTGCCAGCGCATTCg > 2:1298548/1‑148 (MQ=255) | CTGGGATGAACGCCGCGGCGGGCGCGGTGTGCGTCTGGTGGGGCTGCATGTGACGTTGCTTGACCCGCAAATGGAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATACTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATCACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCTAATAATCGCCCCGCAGGATATCTCTTAAGTGCCAGCGCATTCG > CP009273/248341‑248630 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |