| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 2,986,052 | G→T | 100% | L200F (TTG→TTT) | ygeH → | putative transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,986,052 | 0 | G | T | 97.4% | 829.4 / 11.0 | 264 | L200F (TTG→TTT) | ygeH | putative transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (4/3); new base T (148/109); total (152/112) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.90e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 264 total aligned reads displayed.
GTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGGAAGAATAAACCAGAATAATGCAGTGAACACTTTATACATTGAGTTGATCGACGCTAAAAACCTTTTCCTCATCGCCAGTAATCATCTCCCTGTTGATGAACTACATAATACATCACAATTTATTATAGATAATATCCTTCAAACGGTACATAAACCAGAACGATCTGTAAGATTAGCTAAGCAGGACCAA > CP009273/2985907‑2986196 | ataCCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGGAAGAATAAACCAGAATAATGCAGTGAACACTTTATACATTGAGTTTATCGACGc > 2:821885/1‑148 (MQ=255) ccTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGGAAGAATAAACCAGAATAATGCAGTGAACACTTTATACATTGAGTTTATCGACGCTaa > 1:1786952/1‑148 (MQ=255) tATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGGAAGAATAAACCAGAATAATGCAGTGAACACTTTATACATTGAGTTTATCGACGCTaaaa < 2:3153269/148‑1 (MQ=255) ccGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGGAAGAATAAACCAGAATAATGCAGTGAACACTTTATACATTGAGTTTATCGACGCTAAAAAcc > 2:1785435/1‑148 (MQ=255) ccGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGGAAGAATAAACCAGAATAATGCAGTGAACACTTTATACATTGAGTTTATCGACGCTAAAAAcc > 2:301936/1‑148 (MQ=255) gATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGGAAGAATAAACCAGAATAATGCAGTGAACACTTTATACATTGAGTTTATCGACGCTAAAAACCtt > 2:2089960/1‑148 (MQ=255) gATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGGAAGAATAAACCAGAATAATGCAGTGAACACTTTATACATTGAGTTTATCGACGCTAAAAACCtt > 2:1634924/1‑148 (MQ=255) gATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGGAAGAATAAACCAGAATAATGCAGTGAACACTTTATACATTGAGTTTATCGACGCTAAAAACCtt < 1:1482797/148‑1 (MQ=255) ggCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGGAAGAATAAACCAGAATAATGCAGTGAACACTTTATACATTGAGTTTATCGACGCTAAAAACCTTTTc > 2:3125574/1‑148 (MQ=255) gCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGGAAGAATAAACCAGAATAATGCAGTGAACACTTTATACATTGAGTTTATCGACGCTAAAAACCTTTTcc > 1:2102464/1‑148 (MQ=255) gCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGGAAGAATAAACCAGAATAATGCAGTGAACACTTTATACATTGAGTTTATCGACGCTAAAAACCTTTTCCTCa > 2:693570/1‑148 (MQ=255) gCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGGAAGAATAAACCAGAATAATGCAGTGAACACTTTATACATTGAGTTTATCGACGCTAAAAACCTTTTCCTCa > 2:2324362/1‑148 (MQ=255) cGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGGAAGAATAAACCAGAATAATGCAGTGAACACTTTATACATTGAGTTTATCGACGCTAAAAACCTTTTCCTCAt > 2:1045078/1‑148 (MQ=255) cGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGGAAGAATAAACCAGAATAATGCAGTGAACACTTTATACATTGAGTTTATCGACGCTAAAAACCTTTTCCTCAt > 2:1273479/1‑148 (MQ=255) 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atCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGGAAGAATAAACCAGAATAATGCAGTGAACACTTTATACATTGAGTTTATCGACGCTAAAAACCTTTTCCTCATCGCCAGTAATCATCTCCCTGTtgat < 1:1892458/148‑1 (MQ=255) tctcAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGGAAGAATAAACCAGAATAATGCAGTGAACACTTTATACATTGAGTTTATCGACGCTAAAAACCTTTTCCTCATCGCCAGTAATCATCTCCCTGTtgatg > 2:2156671/1‑148 (MQ=255) tcAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGGAAGAATAAACCAGAATAATGCAGTGAACACTTTATACATTGAGTTTATCGACGCTAAAAACCTTTTCCTCATCGCCAGTAATCATCTCCCTGTTGATGaa < 1:22345/148‑1 (MQ=255) cAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGGAAGAATAAACCAGAATAATGCAGTGAACACTTTATACATTGAGTTTATCGACGCTAAAAACCTTTTCCTCATCGCCAGTAATCATCTCCCTGTTGATGAAc < 1:1156732/148‑1 (MQ=255) aaaaTTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGGAAGAATAAACCAGAATAATGCAGTGAACACTTTATACATTGAGTTTATCGACGCTAAAAACCTTTTCCTCATCGCCAGTAATCATCTCCCTGTTGATGAACt < 2:1800149/148‑1 (MQ=255) 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attattTCGTTACAGGAAGAATAAACCAGAATAATGCAGTGAACACTTTATACATTGAGTTTATCGACGCTAAAAACCTTTTCCTCATCGCCAGTAATCATCTCCCTGTTGATGAACTACATAATACATCACAATTTATTATAGataa > 1:3451049/1‑148 (MQ=255) ttattTCGTTACAGGAAGAATAAACCAGAATAATGCAGTGAACACTTTATACATTGAGTTTATCGACGCTAAAAACCTTTTCCTCATCGCCGGTAATCATCTCCCTGTTGATGAACTACATAATACATCACAATTTATTATAGataat > 2:2688360/1‑148 (MQ=255) ttattTCGTTACAGGAAGAATAAACCAGAATAATGCAGTGAACACTTTATACATTGAGTTTATCGACGCTAAAAACCTTTTCCTCATCGCCAGTAATCATCTCCCTGTTGATGAACTACATAATACATCACAATTTATTATATataat > 2:2688581/1‑148 (MQ=255) ttattTCGTTACAGGAAGAATAAACCAGAATAATGCAGTGAACACTTTATACATTGAGTTTATCGACGCTAAAAACCTTTTCCTCATCGCCAGTAATCATCTCCCTGTTGATGAACTACATAATACATCACAATTTATTATAGataat > 2:2023924/1‑148 (MQ=255) tattTCGTTACAGGAAGAATAAACCAGAATAATGCAGTGAACACTTTATACATTGAGTTTATCGACGCTAAAAACCTTTTCCTCATCGCCAGTAATCATCTCCCTGTTGATGAACTACATAATACATCACAATTTATTATAGataata < 2:1786952/148‑1 (MQ=255) attTCGTTACAGGAAGAATAAACCAGAATAATGCAGTGAACACTTTATACATTGAGTTTATCGACGCTAAAAACCTTTTCCTCATCGCCAGTAATCATCTCCCTGTTGATGAACTACATAATACATCACAATTTATTATAGATAatat < 2:2102464/148‑1 (MQ=255) tttCGTTACAGGAAGAATAAACCAGAATAATGCAGTGAACACTTTATACATTGAGTTTATCGACGCTAAAAACCTTTTCCTCATCGCCAGTAATCATCTCCCTGTTGATGAACTACATAATACATCACAATTTATTATAGATAATATc < 2:3105759/148‑1 (MQ=255) tttCGTTACAGGAAGAATAAACCAGAATAATGCAGTGAACACTTTATACATTGAGTTTATCGACGCTAAAAACCTTTTCCTCATCGCCAGTAATCATCTCCCTGTTGATGAACTACATAATACATCACAATTTATTATAGATAATATc < 1:2359465/148‑1 (MQ=255) ttCGTTACAGGAAGAATAAACCAGAATAATGCAGTGAACACTTTATACATTGAGTTTATCGACGCTAAAAACCTTTTCCTCATCGCCAGTAATCATCTCCCTGTTGATGAACTACATAATACATCACAATTTATTATAGATAATATcc > 1:3112499/1‑148 (MQ=255) ttCGTTACAGGAAGAATAAACCAGAATAATGCAGTGAACACTTTATACATTGAGTTTATCGACGCTAAAAACCTTTTCCTCATCGCCAGTAATCATCTCCCTGTTGATGAACTACATAATACATCACAATTTATTATAGATAATATcc < 1:154649/148‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |