| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 252,850 | C→T | 9.8% | I129I (ATC→ATT) | gpt → | xanthine phosphoribosyltransferase; xanthine‑guanine phosphoribosyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 252,850 | 0 | C | T | 9.8% | 605.0 / 37.9 | 184 | I129I (ATC→ATT) | gpt | xanthine phosphoribosyltransferase; xanthine‑guanine phosphoribosyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (78/88); new base T (8/10); total (86/98) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 190 total aligned reads displayed.
TGGCGAAGGCTTCATCGTTATTGATGACCTGGTGGATACCGGTGGTACTGCGGTTGCGATTCGTGAAATGTATCCAAAAGCGCACTTTGTCACCATCTTCGCAAAACCGGCTGGTCGTCCGCTGGTTGATGACTATGTTGTTGATATCCCGCAAGATACCTGGATTGAACAGCCGTGGGATATGGGCGTCGTATTCGTCCCGCCAATCTCCGGTCGCTAATCTTTTCAACGCCTGGCACTGCCGGGCGTTGTTCTTTTTAACTTCAGGCGGGTTACAATAGTTTCCAGTAAGTA > CP009273/252703‑252996 | tGGCGAAGGCTTCATCGTTATTGATGACCTGGTGGATACCGGTGGTACTGCGGTTGCGATTCGTGAAATGTATCCAAAAGCGCACTTTGTCACCATCTTCGCAAAACCGGCTGGTCGTCCGCTGGTTGATGACTATGTTGTTGATATc > 1:3413350/1‑148 (MQ=255)tGGCGAAGGCTTCATCGTTATTGATGACCTGGTGGATACCGGTGGTACTGCGGTTGCGATTCGTGAAATGTATCCAAAAGCGCACTTTGTCACCATCTTCGCAAAACCGGCTGGTCGTCCGCTGGTTGATGACTATGTTGTTGATATc > 1:3410418/1‑148 (MQ=255)tGGCGAAGGCTTCATCGTTATTGATGACCTGGTGGATACCGGTGGTACTGCGGTTGCGATTCGTGAAATGTATCCAAAAGCGCACTTTGTCACCATCTTCGCAAAACCGGCTGGTCGTCCGCTGGTTGATGACTATGTTGTTGATATc < 2:2848246/148‑1 (MQ=255) gCGAAGGCTTCATCGTTATTGATGACCTGGTGGATACCGGTGGTACTGCGGTTGCGATTCGTGAAATGTATCCAAAAGCGCACTTTGTCACCATCTTCGCAAAACCGGCTGGTCGTCCGCTGGTTGATGACTATGTTGTTGATATccc > 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |