| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 3,106,685 | G→T | 100% | S51Y (TCT→TAT) | yghG ← | secretin (GspDbeta) OM localization lipoprotein pilotin |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,106,685 | 0 | G | T | 96.2% | 859.7 / 19.8 | 286 | S51Y (TCT→TAT) | yghG | secretin (GspDbeta) OM localization lipoprotein pilotin |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (7/4); new base T (138/137); total (145/141) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.41e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 289 total aligned reads displayed.
CACCGTCGGGTCAGCGCACATTTGTCGTTGATAGCTGGTTAAAAAGGCGTCAGGCGTCTGCGTGGTTTGTGTACCCGCTTCGCTGATAATGGTCATTTTTACCGTTGTGCCGCTACTTTGCGCCAGCACTAAGGTATATCCCGCAGATTTAATCGGCAGGTTTTGGCTGATATTTTGCGCCTGTTTTTTCGCCAGTAAACTGGCATTTTCATTATGGCTGGCACAGCCACTTAATAATCCTGTAACGCTCAACAATAGCGATATTAATACCCTCCCTGGCATTTGTTTTA > CP009273/3106540‑3106829 | cACCGTCGGGTCAGCGCACATTTGTCGTTGATAGCTGGTTAAAAAGGCGTCAGGCGTCTGCGTGGTTTGTGTACCCGCTTCGCTGATAATGGTCATTTTTACCGTTGTGCCGCTACTTTGCGCCAGCACTAAGGTATATCCCGCatat > 1:983036/1‑148 (MQ=255) gTCGGGTCAGCGCACATTTGTCGTTGATAGCTGGTTAAAAAGGCGTCAGGCGTCTGCGTGGTTTGTGTACCCGCTTCGCTGATAATGGTCATTTTTACCGTTGTGCCGCTACTTTGCGCCAGCACTAAGGTATATCCCGCATATTTaa < 2:1564717/148‑1 (MQ=255) aGCGCACATTTGTCGTTGATAGCTGGTTAAAAAGGCGTCAGGCGTCTGCGTGGTTTGTGTACCCGCTTCGCTGATAATGGTCATTTTTACCGTTGTGCCGCTACTTTGCGCCAGCACTAAGGTATATCCCGCATATTTAATCGGCAgg < 2:2581238/148‑1 (MQ=255) aGCGCACATTTGTCGTTGATAGCTGGTTAAAAAGGCGTCAGGCGTCTGCGTGGTTTGTGTACCCGCTTCGCTGATAATGGTCATTTTTACCGTTGTGCCGCTACTTTGCGCCAGCACTAAGGTATATCCCGCATATTTAATCGGCAgg > 2:3347569/1‑148 (MQ=255) gcgcACATTTGTCGTTGATAGCTGGTTAAAAAGGCGTCAGGCGTCTGCGTGGTTTGTGTACCCGCTTCGCTGATAATGGTCATTTTTACCGTTGTGCCGCTACTTTGCGCCAGCACTAAGGTATATCCCGCATATTTAATCGGCAGGt > 1:349632/1‑148 (MQ=255) cacaTTTGTCGTTGATAGCTGGTTAAAAAGGCGTCAGGCGTCTGCGTGGTTTGTGTACCCGCTTCGCTGATAATGGTCATTTTTACCGTTGTGCCGCTACTTTGCGCCAGCACTAAGGTATATCCCGCATATTTAATCGGCAGGtttt < 2:2349097/148‑1 (MQ=255) cacaTTTGTCGTTGATAGCTGGTTAAAAAGGCGTCAGGCGTCTGCGTGGTTTGTGTACCCGCTTCGCTGATAATGGTCATTTTTACCGTTGTGCCGCTACTTTGCGCCAGCACTAAGGTATATCCCGCATATTTAATCGGCAGGtttt > 2:3017965/1‑148 (MQ=255) acaTTTGTCGTTGATAGCTGGTTAAAAAGGCGTCAGGCGTCTGCGTGGTTTGTGTACCCGCTTCGCTGATAATGGTCATTTTTACCGTTGTGCCGCTACTTTGCGCCAGCACTAAGGTATATCCCGCATATTTAATCGGCAGGTTTTg > 1:44522/1‑148 (MQ=255) acaTTTGTCGTTGATAGCTGGTTAAAAAGGCGTCAGGCGTCTGCGTGGTTTGTGTACCCGCTTCGCTGATAATGGTCATTTTTACCGTTGTGCCGCTACTTTGCGCCAGCACTAAGGTATATCCCGCATATTTAATCGGCAGGTTTTg > 1:1569621/1‑148 (MQ=255) caTTTGTCGTTGATAGCTGGTTAAAAAGGCGTCAGGCGTCTGCGTGGTTTGTGTACCCGCTTCGCTGATAATGGTCATTTTTACCGTTGTGCCGCTACTTTGCGCCAGCACTAAGGTATATCCCGCATATTTAATCGGCAGGTTTTgg > 2:3197541/1‑148 (MQ=255) caTTTGTCGTTGATAGCTGGTTAAAAAGGCGTCAGGCGTCTGCGTGGTTTGTGTACCCGCTTCGCTGATAATGGTCATTTTTACCGTTGTGCCGCTACTTTGCGCCAGCACTAAGGTATATCCCGCATATTTAATCGGCAGGTTTTgg < 1:561720/148‑1 (MQ=255) caTTTGTCGTTGATAGCTGGTTAAAAAGGCGTCAGGCGTCTGCGTGGTTTGTGTACCCGCTTCGCTGATAATGGTCATTTTTACCGTTGTGCCGCTACTTTGCGCCAGCACTAAGGTATATCCCGCATATTTAATCGGCAGGTTTTgg > 2:1864411/1‑148 (MQ=255) cGTTGATAGCTGGTTAAAAAGGCGTCAGGCGTCTGCGTGGTTTGTGTACCCGCTTCGCTGATAATGGTCATTTTTACCGTTGTGCCGCTACTTTGCGCCAGCACTAAGGTATATCCCGCATATTTAATCGGCAGGTTTTGGCTGatat < 1:3224828/148‑1 (MQ=255) gTTGATCGCTGGTTAAAAAGGCGTCAGGCGTCTGCGTGGTTTGTGTACCCGCTTCGCTGATAATGGTCATTTTTACCGTTGTGCCGCTACTTTGCGCCAGCACTAAGGTATATCCCGCATATTTAATCGGCAGGTTTTGGCTGATAtt < 1:3564466/148‑1 (MQ=255) 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gCATATTTAATCGGCAGGTTTTGGCTGATATTTTGCGCCTGTTTTTTCGCCAGTAAACTGGCATTTTCATTATGGCTGGCACAGCCACTTAATAATCCTGTAACGCTCAACAATAGCGATATTAATACCCTCCCTGGCATTTGTTTTa < 2:2614748/148‑1 (MQ=255) | CACCGTCGGGTCAGCGCACATTTGTCGTTGATAGCTGGTTAAAAAGGCGTCAGGCGTCTGCGTGGTTTGTGTACCCGCTTCGCTGATAATGGTCATTTTTACCGTTGTGCCGCTACTTTGCGCCAGCACTAAGGTATATCCCGCAGATTTAATCGGCAGGTTTTGGCTGATATTTTGCGCCTGTTTTTTCGCCAGTAAACTGGCATTTTCATTATGGCTGGCACAGCCACTTAATAATCCTGTAACGCTCAACAATAGCGATATTAATACCCTCCCTGGCATTTGTTTTA > CP009273/3106540‑3106829 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |