| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 3,202,860 | C→A | 6.4% | intergenic (+14/+29) | ttdT → / ← tsaD | L‑tartrate/succinate antiporte/tRNA(ANN) t(6)A37 threonylcarbamoyladenosine modification protein; glycation binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,202,860 | 0 | C | A | 6.4% | 524.1 / 11.1 | 141 | intergenic (+14/+29) | ttdT/tsaD | L‑tartrate/succinate antiporte/tRNA(ANN) t(6)A37 threonylcarbamoyladenosine modification protein; glycation binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (77/55); new base A (6/3); total (83/58) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.37e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.66e-01 | |||||||||||
Only 100 of 144 total aligned reads displayed.
CCAGTCCGATTTACTACGGCAGTGGTTATCTGCCAACGGCGGATTACTGGCGACTGGGGGCGATTTTTGGGCTGATATTCCTCGTATTGCTGGTGATTACCGGCTTACTGTGGATGCCCGTGGTGTTGCTTTAAGTGAGGACGGTGCCGGAAATTGCTCTCCGGCACCCAATAGTTTTACGCAGCCGGTAACTCCGCCAGCGGCCAGCGCGGACGCACGCTAACGCCGAGATCCGCCGTCGCGCCTGCTTTAAACCGCACCATTCCGGCATAGGCGATCATCGCGCCGTTATCA > CP009273/3202713‑3203006 | ccAGTCCGATTTACTACGGCAGTGGTTATCTGCCAACGGCGGATTACTGGCGACTGGGGGCGATTTTTGGGCTGATATTCCTCGTATTGCTGGTGATTACCGGCTTACTGTGGATGCCCGTGGTGTTGCTTTAAGTGAGGACGGTGcc > 2:2794815/1‑148 (MQ=255)ccAGTCCGATTTACTACGGCAGTGGTTATCTGCCAACGGCGGATTACTGGCGACTGGGGGCGATTTTTGGGCTGATATTCCTCGTATTGCTGGTGATTACCGGCTTACTGTGGATGCCCGTGGTGTTGCTTTAAGTGAGGACGGTGcc > 2:376570/1‑148 (MQ=255) cAGTCCGATTTACTACGGCAGTGGTTATCTGCCAACGGCGGATTACTGGCGACTGGGGGCGATTTTTGGGCTGATATTCCTCGTATTGCTGGTGATTACCGGCTTACTGTGGATGCCCGTGGTGTTGCTTTAAGTGAGGACGGTGCCg > 2:1843213/1‑148 (MQ=255) gTCCGATTTACTACGGCAGTGGTTATCTGCCAACGGCGGATTACTGGCGACTGGGGGCGATTTTTGGGCTGATATTCCTCGTATTGCTGGTGATTACCGGCTTACTGTGGATGCCCGTGGTGTTGCTTTAAGTGAGGACGGTGCCGGa > 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aaGTGAGGACGGTGCCGGAAATTGCTCTCCGGCACCCAATAGTTTTACGCAGCCGGTAACTCCGCCAGCGGCCAGCGCGGACGCACGCTAACGCCGAGATCCGCCGTCGCGCCTGCTTTAAACCGCACCATTCCGGCATAGGCGatca < 2:914249/148‑1 (MQ=255) aaGTGAGGACGGTGCCGGAAATTGCTCTCCGGCACCCAATAGTTTTACGCAGCCGGTAACTCCGCCAGCGGCCAGCGCGGACGCACGCTAACGCCGAGATCCGCCGTCGCGCCTGCTTTAAACCGCACCATTCCGGCATAGGCGatca < 1:3522733/148‑1 (MQ=255) aGTGAGGACGGTGCCGGAAATTGCTCTCCGGCACCCAATAGTTTTACGCAGCCGGTAACTCCGCCAGCGGCCAGCGCGGACGCACGCTAACGCCGAGATCCGCCGTCGCGCCTGCTTTAAACCGCACCATTCCGGCATAGGCGatcat > 2:1985895/1‑148 (MQ=255) aGTGAGGACGGTGCCGGAAATTGCTCTCCGGCACCCAATAGTTTTACGCAGCCGGTAACTCCGCCAGCGGCCAGCGCGGACGCACGCTAACGCCGAGATCCGCCGTCGCGCCTGCTTTAAACCGCACCATTCCGGCATAGGCGatcat < 2:674967/148‑1 (MQ=255) aGTGAGGACGGTGCCGGAAATTGCTCTCCGGCACCCAATAGTTTTACGCAGCCGGTAACTCCGCCAGCGGCCAGCGCGGACGCACGCTAACGCCGAGATCCGCCGTCGCGCCTGCTTTAAACCGCACCATTCCGGCATAGGCGatcat < 2:3262677/148‑1 (MQ=255) tGAGGACGGTGCCGGAAATTGCTCTCCGGCACCCAATAGTTTTACGCAGCCGGTAACTCCGCCAGCGGCCAGCGCGGACGCACGCTAACGCCGAGATCCGCCGTCGCGCCTGCTTTAAACCGCACCATTCCGGCATAGGCGATCATcg > 1:1588775/1‑148 (MQ=255) gAGGACGGTGCCGGAAATTGCTCTCAGGCACCCAATAGTTTTACGCAGCCGGTAACTCCGCCAGCGGCCAGCGCGGACGCACGCTAACGCCGAGATCCGCCGTCGCGCCTGCTTTAAACCGCACCATTCCGGCATAGGCGATCATcgc > 2:1699481/1‑148 (MQ=255) aGGACGGTGCCGGAAATTGCTCTCCGGCACCCAATAGTTTTACGCAGCCGGTAACTCCGCCAGCGGCCAGCGCGGACGCACGCTAACGCCGAGATCCGCCGTCGCGCCTGCTTTAAACCGCACCATTCCGGCATAGGCGATCATcgcg < 2:3168667/148‑1 (MQ=255) aGGACGGTGCAGGAAATTGCTCTCCGGCACCCAATAGTTTTACGCAGCCGGTAACTCCGCCAGCGGCCAGCGCGGACGCACGCTAACGCCGAGATCCGCCTTCGCGCCTGCTTTAAACCGCACCATTCCGGCATAGGCGATCATcgcg > 1:217904/1‑148 (MQ=255) ggACGGTGCCGGAAATTGCTCTCCGGCACCCAATAGTTTTACGCAGCCGGTAACTCCGCCAGCGGCCAGCGCGGACGCACGCTAACGCCGAGATCCGCCGTCGCGCCTGCTTTAAACCGCACCATTCCGGCATAGGCGATCATCgcgc > 2:2902583/1‑148 (MQ=255) ccGGAAATTGCTCTCCGGCACCCAATAGTTTTACGCAGCCGGTAACTCCGCCAGCGGCCAGCGCGGACGCACGCTAACGCCGAGATCCGCCGTCGCGCCTGCTTTAAACCGCACCATTCCGGCATAGGCGATCATCGCGCCGTTATCa < 1:1732168/148‑1 (MQ=255) | CCAGTCCGATTTACTACGGCAGTGGTTATCTGCCAACGGCGGATTACTGGCGACTGGGGGCGATTTTTGGGCTGATATTCCTCGTATTGCTGGTGATTACCGGCTTACTGTGGATGCCCGTGGTGTTGCTTTAAGTGAGGACGGTGCCGGAAATTGCTCTCCGGCACCCAATAGTTTTACGCAGCCGGTAACTCCGCCAGCGGCCAGCGCGGACGCACGCTAACGCCGAGATCCGCCGTCGCGCCTGCTTTAAACCGCACCATTCCGGCATAGGCGATCATCGCGCCGTTATCA > CP009273/3202713‑3203006 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |