Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 3,212,264 | G→T | 24.5% | H58N (CAC→AAC) | aer ← | fused signal transducer for aerotaxis sensory component/methyl accepting chemotaxis component |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 3,212,264 | 0 | G | T | 24.5% | 505.6 / 120.3 | 216 | H58N (CAC→AAC) | aer | fused signal transducer for aerotaxis sensory component/methyl accepting chemotaxis component |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (87/76); new base T (29/24); total (116/100) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.76e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.30e-01 |
Only 100 of 217 total aligned reads displayed.
TTCCCTCGCGCACCATCGGTACCGCATTGGCCCGCACCCAATAATGGTCACCATTTTTGCGGCGATTTTTCACGATGCCGCTCCAGGGCTCCCCTTTTTTCAGGGTGAACCACATATCCGCAAACGCCGCTTTTGGCATATCCGGGTGACGCACCATGTTGTGCGGCTGCCCTTGTAACTCTTGCAAGGTATAGCCGCTCACCTGCACAAAAGTGTCATTAGCATGAGTGATATAGCTTTGCAGATCGGTAGTGGACATCAGAGTGGTATCGTCCGCCAGCGGGGTATTTTGCT > CP009273/3212117‑3212410 | cTCGCGCACCATCGGTACCGCATTGGCCCGCACCCAATAATGGTCACCATTTTTGCGGCGATTTTTCACGATGCCGCTCCAGGGCTCCCCTTTTTTCAGGGTGAACCACATATCCGCAAACGCCGCTTTTGGCATATCCGGGTTACGc > 1:208747/1‑148 (MQ=255) cTCGCGCACCATCGGTACCGCATTGGCCCGCACCCAATAATGGTCACCATTTTTGCGGCGATTTTTCACGATGCCGCTCCAGGGCTCCCCTTTTTTCAGGGTGAACCACATATCCGCAAACGCCGCTTTTGGCATATCCGGGTGACGc < 2:1836701/148‑1 (MQ=255) cgcgCACCATCGGTACCTCATTGGCCCGCACCCAATAATGGTCACCATTTTTGCGGGTATTTTTCACGATGCCGCTCCAGGGCTCCCCTTTTTTCAGGGTGAACAACTTATCCGCAAACGCCGCTTTTGGCATATCCGGGTTACGCAc < 1:1348266/148‑1 (MQ=255) cACCATCGGTACCGCATTGGCCCGCACCCAATAATGGTCACCATTTTTGCGGCGATTTTTCACGATGCCGCTCCAGGGCTCCCCTTTTTTCAGGGTGAACCACATATCCGCAAACGCCGCTTTTGGCATATCCGGGTGACGCACCAtg < 1:43020/148‑1 (MQ=255) aCCATCGGTCCCGCATTGGCCCGCACCCAATAATGGTCACCATTTTTGCGGCGATTTTTCACGATGCCGCTCCAGGGCTCCCCTTTTTTCAGGGTGAACCACATATCCGCAAACGCCGCTTTTGGCATATCCGGGGTACGCACCAggt > 2:1536129/1‑148 (MQ=255) aCCATCGGTACCGCATTGGCCCGCACCCAATAATGGTCACCATTTTTGCGGCGATTTTTCACGATGCCGCTCCAGGGCTCCCCTTTTTTCAGGGTGAACCACATATCCGCAAACGCCGCTTTTGGCATATCCGGGTGACGCACCAtgt < 1:2044931/148‑1 (MQ=255) cATCGGTACCGCATTGGCCCGCACCCAATAATGGTCACCATTTTTGCGGCGATTTTTCACGATGCCGCTCCAGGGCTCCCCTTTTTTCAGGGTGAACCACATATCCGCAAACGCCGCTTTTGGCATATCCGGGTTACGCACCAtgttg < 2:2767794/148‑1 (MQ=255) cATCGGTACCGCATTGGCCCGCACCCAATAATGGTCACCATTTTTGCGGCGATTTTTCACGATGCCGCTCCAGGGCTCCCCTTTTTTCAGGGTGAACCACATATCCGCAAACGCCGCTTTTGGCATATCCGGGTGACGCACCAtgttg > 2:543226/1‑148 (MQ=255) cATCGGTACCGCATTGGCCCGCACCCAATAATGGTCACCATTTTTGCGGCGATTTTTCACGATGCCGCTCCAGGGCTCCCCTTTTTTCAGGGTGAACCACATATCCGCAAACGCCGCTTTTGGCATATCCGGGTGACGCACCAtgttg > 2:543208/1‑148 (MQ=255) tCGGTACCGCATTGGCCCGCACCCAATAATGGTCACCATTTTTGCGGCGATTTTTCACGATGCCGCTCCAGGGCTCCCCTTTTTTCAGGGTGAACCACATATCCGCAAACGCCGCTTTTGGCATATCCGGGTTACGCACCATGTtgtg < 1:2296095/148‑1 (MQ=255) tCGGTACCGCATTGGCCCGCACCCAATAATGGTCACCATTTTTGCGGCGATTTTTCACGATGCCGCTCCAGGGCTCCCCTTTTTTCAGGGTGAACCACATATCCGCAAACGCCGCTTTTGGCATATCCGGGTGACGCACCATGTtgtg > 1:1641371/1‑148 (MQ=255) tCGGTACCGCATTGGCCCGCACCCAATAATGGTCACCATTTTTGCGGCGATTTTTCACGATGCCGCTCCAGGGCTCCCCTTTTTTCAGGGTGAACCACATATCCGCAAACGCCGCTTTTGGCATATCCGGGTGACGCACCATGTtgtg < 1:3370524/148‑1 (MQ=255) ttACAGCATTTGCCCGGACCCAATATTTGTCACCATTTTTTAGGGGATTTTTCACTATGCAGCTCCATGGCTCCCCTTTTTTCTTGGTGAACCACATATCCGCATACGCCGCTTTTGGCATATCCGGGTGACGCACCATGTTGTGCgg < 2:1345906/147‑1 (MQ=255) gTACCGCATTGGCCCGCACCCAATAATGGTCACCATTTTTGCGGCGATTTTTCACGATGCCGCTCCAGGGCTCCCCTTTTTTCAGGGTGAACCACATATCCGCAAACGCCGCTTTTGGCATATCCGGGTGACGCACCATGTTGTGCgg < 1:874082/148‑1 (MQ=255) gCATTGGCCCGCACCCAATAATGGTCACCATTTTTGCGGCGATTTTTCACGATGCCGCTCCAGGGCTCCCCTTTTTTCAGGGTGAACCACATATCCGCAAACGCCGCTTTTGGCATATCCGGGTGACGCACCATGTTGTGCGGCTGcc < 2:2486293/148‑1 (MQ=255) cATTGGCCCGCACCCAATAATGGTCACCATTTTTGCGGCGATTTTTCACGATGCCGCTCCAGGGCTCCCCTTTTTTCAGGGTGAACCACATATCCGCACACGCCGCTTTTGGCATATCCGGGTGACGCACCATGTTGTGCGGCTGccc < 1:2406232/148‑1 (MQ=255) aTTGGCCCGCACCCAATAATGGTCACCATTTTTGCGGCGATTTTTCACGATGCCGCTCCAGGGCTCCCCTTTTTTCAGGGTGAACCACATATCCGCAAACGCCGCTTTTGGCATATCCGGGTGACGCACCATGTTGTGCGGCTGCCCt < 2:921891/148‑1 (MQ=255) tGGCCCGCACCCAATAATGGTCACCATTTTTGCGGCGATTTTTCACGATGCCGCTCCAGGGCTCCCCTTTTTTCAGGGTGAACCACATATCCGCAAACGCCGCTTTTGGCATATCCGGGTGACGCACCATGTTGTGCGGCTGCCCTTg > 1:2491991/1‑148 (MQ=255) gCCCGCACCCAATAATGGTCACCATTTTTGCGGCGATTTTTCACGATGCCGCTCCAGGGCTCCCCTTTTTTCAGGGTGAACCACATATCCGCAAACGCCGCTTTTGGCATATCCGGGTGACGCACCATGTTGTGCGGCTGCCCTTGTa > 1:830439/1‑148 (MQ=255) aataatGGTCACCATTTTTGCGGCGATTTTTCACGATGCCGCTCCAGGGCTCCCCTTTTTTCAGGGTGAACCACATATCCGCAAACGCCGCTTTTGGCATATCCGGGTTACGCACCATGTTGTGCGGCTGCCCTTGTAACTCTTGCaa > 2:645842/1‑148 (MQ=255) aatGGTCACCATTTTTGCGGCGATTTTTCACGATGCCGCTCCAGGGCTCCCCTTTTTTCAGGGTGAACCACATATCCGCAAACGCCGCTTTTGGCATATCCGGGTGACGCACCATGTTGTGCGGCTGCCCTTGTAACTCTTGCAAGGt > 2:91931/1‑148 (MQ=255) aatGGTCACCATTTTTGCGGCGATTTTTCACGATGCCGCTCCAGGGCTCCCCTTTTTTCAGGGTGAACCACATATCCACAAACGCCGCTTTTGGCATATCCGGGTTACGCACCATGTTGTGCGGCTGCCCTTGTAACTCTTGCAAGGt > 1:1335261/1‑148 (MQ=255) ggTCACCATTTTTGCGGCGATTTTTCACGATGCCGCTCCAGGGCTCCCCTTTTTTCAGGGTGAACCACATATCCGCAAACGCCGCTTTTGGCATATCCGGGTGACGCACTATGTTGTGCGGCTGCCCTTGTAACTCTTGCAAGGtata > 1:2962120/1‑148 (MQ=255) ggTCACCATTTTTGCGGCGATTTTTCACGATGCCGCTCCAGGGCTCCCCTTTTTTCAGGGTGAACCACATATCCGCAAACGCCGCTTTTGGCATATCCGGGTGACGCACTATGTTGTGCGGCTGCCCTTGTAACTCTTGCAAGGtata > 1:2860366/1‑148 (MQ=255) ggTCACCATTTTTGCGGCGATTTTTCACGATGCCGCTCCAGGGCTCCCCTTTTTTCAGGGTGAACCACATATCCGCAAACGCCGCTTTTGGCATATCCGGGTGACGCACCATGTTGTGCGGCTGCCCTGGTAACTCTTGCAAGGtata > 2:3407735/1‑148 (MQ=255) aCCATTTTTGCGGCGATTTTTCACGATGCCGCTCCATGGCTCCCCTTTTTTCAGGGTGAACCACATATCCGCAAACGCCGCTTTTGGCATATCCGGGTGACGCACCATGTTGTGCGGCTGCCCTTGTAACTCTTGCAAGGTATAGCCg > 1:3007783/1‑148 (MQ=255) aCCATTTTTGCGGCGATTTTTCACGATGCCGCTCCAGGGCTCCCCTTTTTTCAGGGTGAACCACATATCCGCAAACGCCGCTTTTGGCATATCCGGGTGACGCACCATGTTGTGCGGCTGCCCTTGTAACTCTTGCAAGGTATAGCCg < 1:3085718/148‑1 (MQ=255) aCCATTTTTGCGGCGATTTTTCACGATGCCGCTCCAGGGCTCCCCTTTTTTCAGGGTGAACCACATATCCGCAAACGCCGCTTTTGGCATATCCGGGTGACGCACCATGTTGTGCGGCTGCCCTTGTAACTCTTGCAAGGTATAGCCg < 1:259779/148‑1 (MQ=255) cATTTTTGCGGCGATTTTTCACGATGCCGCTCCAGGGCTCCCCTTTTTTCAGGGTGAACCACATATCCGCAAACGCCGCTTTTGGCATATCCGGGTGACGCACCATGTTGTGCGGCTGCCCTTGTAACTCTTGCAAGGTATAGCCGCt > 1:1027947/1‑148 (MQ=255) aTTTTTGCGGCGATTTTTCACGATGCCGCTCCAGGGCTCCCCTTTTTTCCGGGTGAACCACATATCCGCAAACGCCGCTTTTGGCATATCCGGGTGACGCACCATGTTGTGCGGCTGCCCTTGTAACTCTTGCAAGGTATAGCCACTc < 2:2860089/148‑1 (MQ=255) ttttGCGGCGATTTTTCACGATGCCGCTCCAGGGCTCCCCTTTTTTCAGGGTGAACCACATATCCGCAAACGCCGCTTTTGGCATATCCGGGTGACGCACCATGTTGTGCGGCTGCCCTTGTAACTCTTGCAAGGTATAGCCGCTCaa > 2:777529/1‑147 (MQ=255) ttttGCGGCGATTTTTCACGATGCCGCTCCAGGGCTCCCCTTTTTTCAGGGTGAACCACATATCCGCAAACGCCGCTTTTGGCATATCCGGGTGACGCACCATGTTGTGCGGCTGCCCTTGTAACTCTTGCAAGGTATAGCCGCTCAc < 2:489771/148‑1 (MQ=255) cggcgATTTTTCACGATGCCGCTCCAGGGCTCCCCTTTTTTCAGGGTGAACCACATATCCGCAAACGCCGCTTTTGGCATATCCGGGTGACGCACCATGTTGTGCGGCTGCCCTTGTAACTCTTGCAAGGTATAGCCGCTCACCTGca < 2:1953981/148‑1 (MQ=255) cgATTTTTCACGATGCCGCTCCAGGGCTCCCCTTTTTTCAGGGTGAACCACATATCCGCAAACGCCGCTTTTGGCATATCCGGGTTACGCACCATGTTGTGCGGCTGCCCTTGTAACTCTTGCAAGGTATAGCCGCTCACCTGCACaa > 2:2707817/1‑148 (MQ=255) tttttCACGATGCCGCTCCAGGGCTCCCCTTTTTTCAGGGTGAACCACATATCCGCAAACGCCGCTTTTGGCATATCCGGGTTACGCACCATGTTGTGCGGCTGCCCTTGTAACTCTTGCAAGGTATAGCCGCTCCCCTGCACAAAAg > 1:336380/1‑148 (MQ=255) tttttCACGATGCCGCTCCAGGGCTCCCCTTTTTTCAGGGTGAACCACATATCCGCAAACGCCGCTTTTGGCATATCCGGGTGACGCACCATGTTGTGCGGCTGCCCTTGTAACTCTTGCAAGGTATAGCCGCTCACCTGCACACAAg < 2:2439196/148‑1 (MQ=255) ttttCACGATGCCGCTCCAGGGCTCCCCTTTTTTCAGGGTGAACCACATATCCGCAAACGCCGCTTTTGGCATATCCGGGTGACGCACCATGTTGTGCGGCTGCCCTTGTAACTCTTGCAAGGTATAGCCGCTCACCTGCACAAAAgt < 2:1511147/148‑1 (MQ=255) ttttCACGATGCCGCTCCAGGGCTCCCCTTTTTTCAGGGTGAACCACATATCCGCAAACGCCGCTTTTGGCATATCCGGGTGACGCACCATGTTGTGCGGCTGCCCTTGTAACTCTTGCAAGGTATAGCCGCTCACCTGCACAAAAgt > 1:3268057/1‑148 (MQ=255) tttCACGATGCCGCTCCAGGGCTCCCCTTTTTTCAGGGTGAACCACATATCCGCAAACGCCGCTTTTGGCATATCCGGGTGACGCACCATGTTGTGCGGCTGCCCTTGTAACTCTTGCAAGGTATAGCCGCTCACCTGCACAAAAgtg < 1:1197706/148‑1 (MQ=255) tCACGATGCCGCTCCAGGGCTCCCCTTTTTTCAGGGTGAACCACATATCCGCAAACGCCGCTTTTGGCATATCCGGGTGACGCACCATGTTGTGCGGCTGCCCTTGTAACTCTTGCAAGGTATAGCCGCTCACCTGCACAAAAGTGTc > 1:2884497/1‑148 (MQ=255) aCGATGCCGCTCCAGGGCTCCCCTTTTTTCAGGGTGAACCACATATCCGCAAACGCCGCTTTTGGCATATCCGGGTGACGCACCATGTTGTGCGGCTGCCCTTGTAACTCTTGCAAGGTATAGCCGCTCACCTGCACAAAAGTGTCAt > 2:2213461/1‑148 (MQ=255) aTGCCGCTCCAGGGCTCCCCTTTTTTCAGGGTGAACCACATATCCGCAAACGCCGCTTTTGGCATATCCGGGTTACGCACCATGTTGTGCGGCTGCCCTTGTAACTCTTGCAAGGTATAGCCGCTCACCTGCACAAAAGTGTCATTAg > 1:404211/1‑148 (MQ=255) gCCGCTCCAGGGCTCCCCTTTTTTCAGGGTGAACCACATATCCGCAAACGCCGCTGTTGGCATATCCGGGTGACGCACCATGTTGTGCGGCTGCCCTTGTAACTCTTGCAAGGTATAGCCGCTCACCTGCACAAAAGTGTCATTAGCa > 1:666875/1‑148 (MQ=255) ccGCTCCAGGGCTCCCCTTTTTTCAGGGTGAACCACATATCCGCAAACGCCGCTTTTGGCATATCCGGGTGACGCACCATGTTGTGCGGCTGCCCTTGTAACTCTTGCAAGGTATAGCCGCTCACCTGCACAAAAGTGTCATTAGCAt < 1:2258803/148‑1 (MQ=255) 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atCCGCAAACGCCGCTTTTGGCATATCCGGGTGACGCACCATGTTGTGCGGCTGCCCTTGTAACTCTTGCAAGGTATAGCCGCTCACCTGCACAAAAGTGTCATTAGCATGAGTGATATAGCTTTGCAGATCGGTAGTGGACATCaga < 1:156633/148‑1 (MQ=255) atCCGCAAACGCCGCTTTTGGCATATCCGGGTGACGCACCATGTTGTGCGGCTGCCCTTGTAACTCTTGCAAGGTATAGCCGCTCACCTGCACAAAAGTGTCATTAGCATGAGTGATATAGCTTTGCAGATCGGTAGTGGACATCaga > 1:1527280/1‑148 (MQ=255) ccGCAAACGCCGCTTTTGGCATATCCGGGTTACGCACCATGTTGTGCGGCTGCCCTTGTAACTCTTGCAAGGTATAGCCGCTCACCTGCACAAAAGTGTCATTAGCATGAGTGATATAGCTTTGCAGATCGGTAGTGGACATCAGAGt < 2:3202708/148‑1 (MQ=255) ccGCAAACGCCGCTTTTGGCATATCCGGGTGACGCACCATGTTGTGCGGCTGCCCTTGTAACTCTTGCAAGGTATAGCCGCTCACCTGCACAAAAGTGTCATTAGCATGAGTGATATAGCTTTGCAGATCGGTAGTGGACATCAGAGt < 2:519100/148‑1 (MQ=255) ccGCAAACGCCGCTTTTGGCATATCCGGGTGACGCACCATGTTGTGCGGCTGCCCTTGTAACTCTTGCAAGGTATAGCCGCTCACCTGCACAAAAGTGTCATTAGCATGAGTGATATAGCTTTGCAGATCGGTAGTGGACATCAGAGt < 2:3142173/148‑1 (MQ=255) 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aaCGCCGCTTTTGGCATATCCGGGTGACGCACCATGTTGTGCGGCTGCCCTTGTAACTCTTGCAAGGTATAGCCGCTCACCTGCACAAAAGTGTCATTAGCATGAGTGATATAGCTTTGCAGATCGGTAGTGGACATCAGAGTGGTAt > 2:1615151/1‑148 (MQ=255) aCGCCGCTTTTGGCATATCCGGGTGACGCACCATGTTGTGCGGCTGCCCTTGTAACTCTTGCAAGGTATAGCCGCTCACCTGCACAAAAGTGTCATTAGCATGAGTGATATAGCTTTGCAGATCGGTAGTGGACATCAGAGTGGTATc > 2:2536399/1‑148 (MQ=255) ccgcTTTTGGCATATCCGGGTGACGCACCATGTTGTGCGGCTGCCCTTGTAACTCTTGCAAGGTATAGCCGCTCACCTGCACAAAAGTGTCATTAGCATGAGTGATATAGCTTTGCAGATCGGTAGTGGACATCAGAGTGGTATCGTc > 2:1877130/1‑148 (MQ=255) cTTTTGGCATATCCGGGTGACGCACCATGTTGTGCGGCTGCCCTTGTAACTCTTGCAAGGTATAGCCGCTCACCTGCACAAAAGTGTCATTAGCATGAGTGATATAGCTTTGCAGATCGGTAGTGGACATCAGAGTGGTATCGTCCGc > 2:301131/1‑148 (MQ=255) ttGGCATATCCGGGTGACGCACCATGTTGTGCGGCTGCCCTTGTAACTCTTGCAAGGTATAGCCGCTCACCTGCACAAAAGTGTCATTAGCATGAGTGATATAGCTTTGCAGATCGGTAGTGGACATCAGAGTGGTATCGTCCGCCAg < 2:3279294/148‑1 (MQ=255) atCCGGGTGACGCACCATGTTGTGCGGCTGCCCTTGTAACTCTTGCAAGGTATAGCCGCTCACCTGCACAAAAGTGTCATTAGCATGAGTGATATAGCTTTGCAGATCGGTAGTGGACATCAGAGTGGTATCGTCCGCCAGCGGGGTa > 2:3498095/1‑148 (MQ=255) tCCGGGTGACGCACCATGTTGTGCGGCTGCCCTTGTAACTCTTGCAAGGTATAGCCGCTCACCTGCACAAAAGTGTCATTAGCATGAGTGATATAGCTTTGCAGATCGGTAGTGGACATCAGAGTGGTATCGTCCGCCAGCGGGGTAt < 1:1173802/148‑1 (MQ=255) ccGGGTTACGCACCATGTTGTGCGGCTGCCCTTGTAACTCTTGCAAGGTATAGCCGCTCACCTGCACAAAAGTGTCATTAGCATGAGTGATATAGCTTTGCAGATCGGTAGTGGACATCAGAGTGGTATCGTCCGCCAGCGGGGTAtt > 1:828353/1‑148 (MQ=255) ccGGGTGACGCACCATGTTGTGCGGCTGCCCTTGTAACTCTTGCAAGGTATAGCCGCTCACCTGCACAAAAGTGTCATTAGCATGAGTGATATAGCTTTGCAGATCGGTAGTGGACATCAGAGTGGTATCGTCCGCCAGCGGGGTAtt > 1:247573/1‑148 (MQ=255) ggTGACGCACCATGTTGTGCGGCTGCCCTTGTAACTCTTGCAAGGTATAGCCGCTCACCTGCACAAAAGTGTCATTAGCATGAGTGATATAGCTTTGCAGATCGGTAGTGGACATCAGAGTGGTATCGTCCGCCAGCGGGGTATTTTg < 1:2319458/148‑1 (MQ=255) tGACGCACCATGTTGTGCGGCTGCCCTGGTAACTCTTGCACGGGATAGCCGCTCACCTGCACAAAAGTGTCATTAGCATGAGTGAGATCGGTGTGGCGGTCGGGCGTGGCCAGCGGGGTGGTCTGGTCCGCCCGGGGGGGAGTTTggg > 1:2440341/1‑146 (MQ=255) | TTCCCTCGCGCACCATCGGTACCGCATTGGCCCGCACCCAATAATGGTCACCATTTTTGCGGCGATTTTTCACGATGCCGCTCCAGGGCTCCCCTTTTTTCAGGGTGAACCACATATCCGCAAACGCCGCTTTTGGCATATCCGGGTGACGCACCATGTTGTGCGGCTGCCCTTGTAACTCTTGCAAGGTATAGCCGCTCACCTGCACAAAAGTGTCATTAGCATGAGTGATATAGCTTTGCAGATCGGTAGTGGACATCAGAGTGGTATCGTCCGCCAGCGGGGTATTTTGCT > CP009273/3212117‑3212410 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |