| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 3,238,152 | C→T | 8.6% | intergenic (‑52/‑311) | uxaC ← / → exuT | uronate isomerase/hexuronate transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,238,152 | 0 | C | T | 8.6% | 624.5 / 31.5 | 186 | intergenic (‑52/‑311) | uxaC/exuT | uronate isomerase/hexuronate transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (80/90); new base T (8/8); total (88/98) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.64e-01 | |||||||||||
Only 100 of 187 total aligned reads displayed.
GTAATCGAAAATCGGCTGGTCTTTTGCGTAGTCGTGATACAGACGGCGGGCAAATTCGGTATCTAACAGGAAATCTTCAGTCATAAACGGAGTCATTTTCGTCTTCCTCTCAACGAGTGAGCTAGCTTGCTTATGGTGCGATGCTGACAAAGTTATCACACCAATTTCCAGAGTCCGAAGATATTTTCGTGAGTTAGATCAATAAACGTAGTTAAAAAAATTACTCTCAAAGTGGTAAATCTCGCTGCAGGCCGCGCCAGTACTGGCCTTGCTGTCGTCAGGTAATGTCCCTA > CP009273/3238005‑3238297 | gTAATCGAAAATCGGCTGGTCTTTTGCGTAGTCGTGATACAGACGGCGGGCAAATTCGGTATCTAACAGGAAATCTTCAGTCATAAACGGAGTCATTTTCGTCTTCCTCTCAACGAGTGAGCTAGCTTGCTTATGGTGCGATGCTGAc > 2:688023/1‑148 (MQ=255) aaTCGAAAATCGGCTGGTCTTTTGCGTAGTCGTGATACAGACGGCGGGCAAATTCGGTATCTAACAGGAAATCTTCAGTCATAAACGGAGTCATTTTCGTCTTCCTCTCAACGAGTGAGCTAGCTTGCTTATGGTGCGATGCTGATaa < 1:1837821/148‑1 (MQ=255) aaTCGAAAATCGGCTGGTCTTTTGCGTAGTCGTGATACAGACGGCGGGCAAATTCGGTATCTAACAGGAAATCTTCAGTCATAAACGGAGTCATTTTCGTCTTCCTCTCAACGAGTGAGCTAGCTTGCTTATGGTGCGATGCTGACaa < 2:1033894/148‑1 (MQ=255) aaTCGAAAATCGGCTGGTCTTTTGCGTAGTCGTGATACAGACGGCGGGCAAATTCGGTATCTAACAGGAAATCTTCAGTCATAAACGGAGTCATTTTCGTCTTCCTCTCAACGAGTGAGCTAGCTTGCTTATGGTGCGATGCTGACaa < 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gctagctTGCTTATGGTGCGATGCTGACAAAGTTATCACACCAATTTCCAGAGTCCGAAGATATTTTCGTGAGTTAGATCAATAAACGTAGTTAAAAAAATTACTCTCAAAGTGGTAAATCTCGCTGCAGGCCGCGCCAGTACTGGcc < 1:2384734/148‑1 (MQ=255) gctagctTGCTTATGGTGCGATGCTGACAAAGTTATCACACCAATATCCAGAGTCCGAAGATATTTTCGTGAGTTAGATCAATAAACGTAGTTAAAAAAATTACTCTCAAAGTGGTAAATCTCGCTGCAGGCCGCGCCAGTACTGGcc < 2:3537071/148‑1 (MQ=255) gctagctTGCTTATGGTGCGATGCTGACAAAGTTATCACACCAATATCCAGAGTCCGAAGATATTTTCGTGAGTTAGATCAATAAACGTAGTTAAAAAAATTACTCTCAAAGTGGTAAATCTCGCTGCAGGCCGCGCCAGTACTGGcc < 2:2286929/148‑1 (MQ=255) ctagctTGCTTATGGTGCGATGCTGACAAAGTTATCACACCAATTTCCAGAGTCCGAAGATATTTTCGTGAGTTAGATCAATAAACGTAGTTAAAAAAATTACTCTCAAAGTGGTAAATCTCGCTGCAGGCCGCGCCAGTACTGGCCt > 2:2197338/1‑148 (MQ=255) agctTGCTTATGGTGCGATGCTGACAAAGTTATCACACCAATTTCCAGAGTCCGAAGATATTTTCGTGAGTTAGATCAATAAACGTAGTTAAAAAAATTACTCTCAAAGTGGTAAATCTCGCTGCAGGCCGCGCCAGTACTGGCCTTg > 1:871159/1‑148 (MQ=255) 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ggTGCGATGCTGACAAAGTTATCACACCAATTTCCAGAGTCCGAAGATATTTTCGTGAGTTAGATCAATAAACGTAGTTAAAAAAATTACTCTCAAAGTGGTAAATCTCGCTGCAGGCCGCGCCAGTACTGGCCTTGCTGTCGTAAgg < 1:2594947/148‑1 (MQ=255) tGCGATGCTGACAAAGTTATCACACCAATTTCCAGAGTCCGAAGATATTTTCGTGAGTTAGATCAATAAACGTAGTTAAAAAAATTACTCTCAAAGTGGTAAATCTCGCTGCAGGCCGCGCCAGTACTGGCCTTGCTGTCGTAAGGTa > 2:3084606/1‑148 (MQ=255) aTGCTGACAAAGTTATCACACCAATTTCCAGAGTCCGAAGATATTTTCGTGAGTTAGATCAATAAACGTAGTTAAAAAAATTACTCTCAAAGTGGTAAATCTCGCTGCAGGCCGCGCCAGTACTGGCCTTGCTGTCGTAAGGTAATGt > 2:2026264/1‑148 (MQ=255) gCTGATAAAGTTATCACACCAATTTCCAGAGTCCGAAGATATTTTCGTGAGTTAGATCAATAAACGTAGTTAAAAAAATTACTCTCAAAGTGGTAAATCTCGCTGCAGGCCGCGCCAGTACTGGCCTTGCTGTCGTAAGGTAATGTcc < 1:1610237/148‑1 (MQ=255) gACAAAGTTATCACACCAATTTCCAGAGTCCGAAGATATTTTCGTGAGTTAGATCAATAAACGTAGTTAAAAAAATTACTCTCAAAGTGGTAAATCTCGCTGCAGGCCGCGCCAGTACTGGCCTTGCTGTCGTAAGGTAATGTCCCTa > 2:2861785/1‑148 (MQ=255) | GTAATCGAAAATCGGCTGGTCTTTTGCGTAGTCGTGATACAGACGGCGGGCAAATTCGGTATCTAACAGGAAATCTTCAGTCATAAACGGAGTCATTTTCGTCTTCCTCTCAACGAGTGAGCTAGCTTGCTTATGGTGCGATGCTGACAAAGTTATCACACCAATTTCCAGAGTCCGAAGATATTTTCGTGAGTTAGATCAATAAACGTAGTTAAAAAAATTACTCTCAAAGTGGTAAATCTCGCTGCAGGCCGCGCCAGTACTGGCCTTGCTGTCGTCAGGTAATGTCCCTA > CP009273/3238005‑3238297 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |