Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 3,238,283 | C→A | 100% | intergenic (‑183/‑180) | uxaC ← / → exuT | uronate isomerase/hexuronate transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 3,238,283 | 0 | C | A | 99.5% | 663.6 / ‑4.1 | 201 | intergenic (‑183/‑180) | uxaC/exuT | uronate isomerase/hexuronate transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base A (105/95); total (106/95) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 206 total aligned reads displayed.
GGTGCGATGCTGACAAAGTTATCACACCAATTTCCAGAGTCCGAAGATATTTTCGTGAGTTAGATCAATAAACGTAGTTAAAAAAATTACTCTCAAAGTGGTAAATCTCGCTGCAGGCCGCGCCAGTACTGGCCTTGCTGTCGTCAGGTAATGTCCCTACAAATATTCCCACATTTGTGATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGACAAGTTATCTTTCTGCCGTCGCAAATCATAAGTCGACGGAATGCAAATTGCCGATTCATTCATTTGTTAGATGAATCGGGTT > CP009273/3238139‑3238427 | ggTGCGATGCTGACAAAGTTATCACACCAATTTCCAGAGTCCGAAGATATTTTCGTGAGTTAGATCAATAAACGTAGTTAAAAAAATTACTCTCAAAGTGGTAAATCTCGCTGCAGGCCGCGCCAGTACTGGCCTTGCTGTCGTAAgg < 2:1240614/148‑1 (MQ=255) ggTGCGATGCTGACAAAGTTATCACACCAATTTCCAGAGTCCGAAGATATTTTCGTGAGTTAGATCAATAAACGTAGTTAAAAAAATTACTCTCAAAGTGGTAAATCTCGCTGCAGGCCGCGCCAGTACTGGCCTTGCTGTCGTAAgg < 1:2594947/148‑1 (MQ=255) aTGCTGACAAAGTTATCACACCAATTTCCAGAGTCCGAAGATATTTTCGTGAGTTAGATCAATAAACGTAGTTAAAAAAATTACTCTCAAAGTGGTAAATCTCGCTGCAGGCCGCGCCAGTACTGGCCTTGCTGTCGTAAGGTAATGt > 2:2026264/1‑148 (MQ=255) gCTGATAAAGTTATCACACCAATTTCCAGAGTCCGAAGATATTTTCGTGAGTTAGATCAATAAACGTAGTTAAAAAAATTACTCTCAAAGTGGTAAATCTCGCTGCAGGCCGCGCCAGTACTGGCCTTGCTGTCGTAAGGTAATGTcc < 1:1610237/148‑1 (MQ=255) gACAAAGTTATCACACCAATTTCCAGAGTCCGAAGATATTTTCGTGAGTTAGATCAATAAACGTAGTTAAAAAAATTACTCTCAAAGTGGTAAATCTCGCTGCAGGCCGCGCCAGTACTGGCCTTGCTGTCGTAAGGTAATGTCCCTa > 2:192122/1‑148 (MQ=255) gACAAAGTTATCACACCAATTTCCAGAGTCCGAAGATATTTTCGTGAGTTAGATCAATAAACGTAGTTAAAAAAATTACTCTCAAAGTGGTAAATCTCGCTGCAGGCCGCGCCAGTACTGGCCTTGCTGTCGTAAGGTAATGTCCCTa > 2:2861785/1‑148 (MQ=255) aaaGTTATCACACCAATTTCCAGAGTCCGAAGATATTTTCGTGAGTTAGATCAATAAACGTAGTTAAAAAAATTACTCTCAAAGTGGTAAATCTCGCTGCAGGCCGCGCCAGTACTGGCCTTGCTGTCGTAAGGTAATGTCCCTACaa < 2:2799579/148‑1 (MQ=255) aaGTTATCACACCAATTTCCAGAGTCCGAAGATATTTTCGTGAGTTAGATCAATAAACGTAGTTAAAAAAATTACTCTCAAAGTGGTAAATCTCGCTGCAGGCCGCGCCAGTACTGGCCTTGCGGTCGTAAGGTAATGTCCCTACaaa > 1:849573/1‑148 (MQ=255) aGTTATCACACCAATTTCCAGAGTCCGAAGATATTTTCGTGAGTTAGATCAATAAACGTAGTTAAAAAAATTACTCTCAAAGTGGTAAATCTCGCTGCAGGCCGCGCCAGTACTGGCCTTGCTGTCGTAAGGTAATGTCCCTACAAat < 2:2642977/148‑1 (MQ=255) 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ctcGCTGCAGGCCGCGCCAGTACTGGCCTTGCTGTCGTAAGGTAATGTCCCTACAAATATTCCCACATTTGTGATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGACAAGTTATCTTTCTGCCGTCGCAAATCATAAGTCGACGGAATGCaaa > 2:206494/1‑148 (MQ=255) ctcGCTGCAGGCCGCGCCAGTACTGGCCTTGCTGTCGTAAGGTAATGTCCCTACAAATATTCCCACATTTGTGATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGACAAGTTATCTTTCTGCCGTCGCAAATCATAAGTCGACGGAATGCaaa > 1:2421522/1‑148 (MQ=255) ctcGCTGCAGGCCGCGCCAGTACTGGCCTTGCTGTCGTAAGGTAATGTCCCTACAAATATTCCCACATTTGTGATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGACAAGTTATCTTTCTGCCGTCGCAAATCATAAGTCGACGGAATGCaaa < 1:24536/148‑1 (MQ=255) tcGCTGCAGGCCGCGCCAGTACTGGCCTTGCTGTCGTAAGGTAATGTCCCTACAAATATTCCCACATTTGTGATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGACAAGTTATCTTTCTGCCGTCGCAAATCATAAGTCGACGGAATGCAAAt > 1:2905296/1‑148 (MQ=255) gCTGCAGGCCGCGCCAGTACTGGCCTTGCTGTCGTAAGGTAATGTCCCTACAAATATTCCCACATTTGTGATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGACAAGTTATCTTTCTGCCGTCGCAAATCATAAGTCGACGGAATGCACATTg > 2:1379516/1‑148 (MQ=255) 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gtcgtaAGGTAATGTCCCTACAAATATTCCCACATTTGTGATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGACAAGTTATCTTTCTGCCGTCGCAAATCATAAGTCGACGGAATGAAAATTGCCGATTCATTCATTTGTTAGATGAATCggg > 2:2244236/1‑148 (MQ=255) | GGTGCGATGCTGACAAAGTTATCACACCAATTTCCAGAGTCCGAAGATATTTTCGTGAGTTAGATCAATAAACGTAGTTAAAAAAATTACTCTCAAAGTGGTAAATCTCGCTGCAGGCCGCGCCAGTACTGGCCTTGCTGTCGTCAGGTAATGTCCCTACAAATATTCCCACATTTGTGATGGCTCTCACCTTTTAAAGTTGTATGACAAGTTATCTTTCTGCCGTCGCAAATCATAAGTCGACGGAATGCAAATTGCCGATTCATTCATTTGTTAGATGAATCGGGTT > CP009273/3238139‑3238427 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |