| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 3,258,871 | G→T | 100% | L173I (CTC→ATC) | tdcB ← | L‑threonine dehydratase, catabolic |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,258,871 | 0 | G | T | 96.9% | 706.1 / 11.4 | 228 | L173I (CTC→ATC) | tdcB | L‑threonine dehydratase, catabolic |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (5/2); new base T (107/114); total (112/116) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.74e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.82e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 235 total aligned reads displayed.
TGGAAAGAAGCCGCCATGCCGTGAACGTTTTCAGACTGTACGCCAATAACACGAATGGTCGGGTTAATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGAGATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTCCATTTCGACAATTTCGCTCACTTTAGCGATAGTGTCGTTGAAGTTATCACCATGCAGAAC > CP009273/3258726‑3259015 | tGGAAAGAAGCCGCCATGCCGTGAACGTTTTCAGACTGTACGCCAATAACACGAATGGTCGGGTTAATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGatat < 1:2609598/148‑1 (MQ=255)tGGAAAGAAGCCGCCATGCCGTGAACGTTTTCAGACTGTACGCCAATAACACGAATGGTCGGGTTAATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGatat < 2:1328336/148‑1 (MQ=255) gAAAGAAGCCGCCATGCCGTGAACGTTTTCAGACTGTACGCCAATAACACGAATGGTCGGGTTAATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCt < 1:1989863/148‑1 (MQ=255) aaaGAAGCCGCCATGCCGTGAACGTTTTCAGACTGTACGCCAATAACACGAATGGTCGGGTTAATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCtt < 2:37785/148‑1 (MQ=255) aaaGAAGCCGCCATGCCGTGAACGTTTTCAGACTGTACGCCAATAACACGAATGGTCGGGTTAATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCtt > 2:653033/1‑148 (MQ=255) aagaagCCGCCATGCCGTGAACGTTTTCAGACTGTACGCCAATAACACGAATGGTCGGGTTAATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTc > 1:3174596/1‑148 (MQ=255) agaagCCGCCATGCCGTGAACGTTTTCAGACTGTACGCCAATAACACGAATGGTCGGGTTAATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCAGAGATATCTTca > 2:2878931/1‑147 (MQ=255) gaagCCGCCATGCCGTGAACGTTTTCAGACTGTACGCCAATAACACGAATGGTCGGGTTAATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGAGATCTTCCa > 2:92670/1‑148 (MQ=255) aagCCGCCATGCCGTGAACGTTTTCAGACTGTACGCCAATAACACGAATGGTCGGGTTAATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCAt > 2:448478/1‑148 (MQ=255) agCCGCCATGCCGTGAACGTTTTCAGACTGTACGCCAATAACACGAATGGTCGGGTTAATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATa > 2:1599589/1‑148 (MQ=255) gccgccATGCCGTGAACGTTTTCAGACTGTACGCCAATAACACGAATGGTCGGGTTAATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATaa > 1:1371131/1‑148 (MQ=255) gccgccATGCCGTGAACGTTTTCAGACTGTACGCCAATAACACGAATGGTCGGGTTAATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATaa < 2:3218816/148‑1 (MQ=255) gccgccATGCCGTGAACGTTTTCAGACTGTACGCCAATAACACGAATGGTCGGGTTAATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATaa > 1:3447779/1‑148 (MQ=255) gccATGCCGTGAACGTTTTCAGACTGTACGCCAATAACACGAATGGTCGGGTTAATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGAGATCTTCCATAAttt < 1:1424614/148‑1 (MQ=255) gccATGCCGTGAACGTTTTCAGACTGTACGCCAATAACACGAATGGTCGGGTTAATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGAGATCTTCCATAAttt < 1:1159793/148‑1 (MQ=255) ccATGCCGTGAACGTTTTCAGACTGTACGCCAATAACACGAATGGTCGGGTTAATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTc < 2:2507942/148‑1 (MQ=255) tGAACGTTTTCAGACTGTACGCCAATAACACGAATGGTCGGGTTAATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCaa > 2:2699995/1‑148 (MQ=255) aaCGTTTTCAGACTGTACGCCAATAACACGAATGGTCGGGTTAATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCACTc < 2:1361666/148‑1 (MQ=255) aaCGTTTTCAGACTGTACGCCAATAACACGAATGGTCGGGTTAATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATc > 2:1132610/1‑148 (MQ=255) aaCGTTTTCAGACTGTACGCCAATAACACGAATGGTCGGGTTAATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATc > 2:1132935/1‑148 (MQ=255) gTTTTCAGACTGTACGCCAATAACACGAATGGTCGGGTTAATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGtt < 1:97966/148‑1 (MQ=255) tttCAGACTGTACGCCAATAACACGAATGGTCGGGTTAATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTcc < 1:2145132/148‑1 (MQ=255) tttCAGACTGTACGCCAATAACACGAATGGTCGGGTTAATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTcc < 1:2442884/148‑1 (MQ=255) ttCAGACTGTACGCCAATAACACGAATGGTCGGGTTAATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTccc < 1:168560/148‑1 (MQ=255) tACGCCAATAACACGAATGGTCGGGTTAATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCa < 1:1243009/148‑1 (MQ=255) cGCCAATAACACGAATGGTCGGGTTAATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAAt > 2:1576059/1‑148 (MQ=255) aaTAACACGAATGGTCGGGTTAATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACt < 1:1127389/148‑1 (MQ=255) aaTAACACGAATGGTCGGGTTAATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACt > 1:1981612/1‑148 (MQ=255) aTAACACGAATGGTCGGGTTAATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACtt < 2:2053547/148‑1 (MQ=255) tAACACGAATGGTCGGGTTAATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACttt > 1:2921184/1‑148 (MQ=255) acacGAATGGTCGGGTTAATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCg > 1:1023680/1‑148 (MQ=255) acacGAATGGTCGGGTTAATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCg > 2:105548/1‑148 (MQ=255) cacGAATGGTCGGGTTAATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCgg < 1:1538195/148‑1 (MQ=255) cacGAATGGTCGGGTTAATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCgg < 2:3118899/148‑1 (MQ=255) acGAATGGTCGGGTTAATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGa < 2:2119913/148‑1 (MQ=255) gAATGGTCGGGTTAATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGatc < 1:2304866/148‑1 (MQ=255) aaTGGTCGGGTTAATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGatca > 1:3141874/1‑148 (MQ=255) aTGGTCGGGTTAATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGatcat < 1:653033/148‑1 (MQ=255) ggTTAATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAgg > 1:801269/1‑148 (MQ=255) gTTAATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGt > 2:3526001/1‑148 (MQ=255) ttAATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTg > 1:3420315/1‑148 (MQ=255) ttAATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTACATGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTg < 1:2661684/148‑1 (MQ=255) tAATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTgg < 2:746998/148‑1 (MQ=255) aaTAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTggg < 2:1023821/148‑1 (MQ=255) aTAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGa < 1:1823467/148‑1 (MQ=255) tAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGAt > 2:2410546/1‑148 (MQ=255) tAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGAt > 1:1931503/1‑148 (MQ=255) aGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATa > 2:1994224/1‑148 (MQ=255) aTTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATaaa > 2:1431649/1‑148 (MQ=255) tAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAAt < 1:551497/148‑1 (MQ=255) tAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAAt < 2:2938228/148‑1 (MQ=255) tAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAAt < 2:2940539/148‑1 (MQ=255) tAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAAt < 1:203697/148‑1 (MQ=255) aTTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATAc > 1:2938484/1‑148 (MQ=255) ccGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTc > 1:720937/1‑148 (MQ=255) ccGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTc > 1:3027902/1‑148 (MQ=255) ccGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTc < 1:1853703/148‑1 (MQ=255) gCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTCCa < 1:776553/148‑1 (MQ=255) cAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTCCAt < 1:1599589/148‑1 (MQ=255) tACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTCCATTTc > 1:2815839/1‑148 (MQ=255) cAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTCCATTTCGAc < 1:105548/148‑1 (MQ=255) aGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTCCATTTCGACa > 1:1030853/1‑148 (MQ=255) gCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTCCATTTCGACaa > 2:2808148/1‑148 (MQ=255) cAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTCCATTTCGACAAt < 2:837666/148‑1 (MQ=255) cAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTCCATTTCGACAAt > 1:3108801/1‑148 (MQ=255) cAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTCCATTTCGACAAt > 2:2441893/1‑148 (MQ=255) aaTTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTCCATTTCGACAAtt < 1:939890/148‑1 (MQ=255) aCCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTCCATTTCGACAATTTCGCTc > 2:2449303/1‑148 (MQ=255) ccaccaccaATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTACGGTGGGATAAAAATACGGCCTTCCATTTCGACAATTTCGCTCACtt > 2:1823368/1‑148 (MQ=255) ccaccaccaATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTCCATTTCGACAATTTCGCTCACtt < 2:2583332/148‑1 (MQ=255) caccaccaATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTCCATTTCGACAATTTCGCTCACttt > 2:3068166/1‑148 (MQ=255) accaccaATTGGCACAAACACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCACTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTCCATTTCGACAATTTCGCTCACTTTa > 2:2971322/1‑148 (MQ=255) ccaccaATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTCCATTTCGACAATTTCGCTCACTTTAg > 2:1988570/1‑148 (MQ=255) caccaATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTCCATTTCGACAATTTCGCTCACTTTAGc < 1:152446/148‑1 (MQ=255) accaATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTCCATTTCGACAATTTCGCTCACTTTAGCg < 1:1414537/148‑1 (MQ=255) accaATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTCCATTTCGACAATTTCGCTCACTTTAGCg < 1:448478/148‑1 (MQ=255) ggCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTCCATTTCGACAATTTCGCTCACTTTAGCGATAgtgt < 2:1383942/148‑1 (MQ=255) ggCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTCCATTTCGACAATTTCGCTCACTTTAGCGATAgtgt > 2:3142352/1‑148 (MQ=255) gCACAATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTCCATTTCGACAATTTCGCTCACTTTAGCGATAGTGTc < 1:2361267/148‑1 (MQ=255) cacaATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTCCATTTCGACAATTTCGCTCACTTTAGCGATAGTGTCg > 2:2162012/1‑148 (MQ=255) cacaATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTCCATTTCGACAATTTCGCTCACTTTAGCGATAGTGTCg < 2:1569558/148‑1 (MQ=255) caATCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTCCATTTCGACAATTTCGCTCACTTTAGCGATAGTGTCGtt < 1:3233802/148‑1 (MQ=255) aaTCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTCCATTTCGACAATTTCGCTCACTTTAGCGATAGTGTCGTTg > 2:1891946/1‑148 (MQ=255) aTCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTCCATTTCGACAATTTCGCTCACTTTGGCGATAGTGTCGTTGa < 2:801269/148‑1 (MQ=255) aTCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTCCATTTCGACAATTTCGCTCACTTTAGCGATAGTGTCGTTGa > 1:2755426/1‑148 (MQ=255) tCACGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTCCATTTCGACAATTTCGCTCACTTTAGCGATAGTGTCGTTGaa > 1:3139203/1‑148 (MQ=255) cGTTATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTCCATTTCGACAATTTCGCTCACTTTAGCGATAGTGTCGTGGAAGtt > 1:3418147/1‑148 (MQ=255) ttATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTCCATTTCGACAATTTCGCTCACTTTAGCGATAGTGTCGTTGAAGTTAt > 2:1799109/1‑148 (MQ=255) tATCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTCCATTTCGACAATTTCGCTCACTTTAGCGATAGTGTCGTTGAAGTTATc < 1:3197220/148‑1 (MQ=255) tCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTCCATTTCGACAATTTCGCTCACTTTAGCGATAGTGTCGTTGAAGTTATCAc < 1:2251241/148‑1 (MQ=255) tCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTCCATTTCGACAATTTCGCTCACTTTAGCGATAGTGTCGTTGAAGTTATCAc < 1:1653031/148‑1 (MQ=255) tCGACATCATAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTCCATTTCGACAATTTCGCTCACTTTAGCGATAGTGTCGTTGAAGTTATCAc > 2:2019495/1‑148 (MQ=255) atcatAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTCCATTTCGACAATTTCGCTCACTTTAGCGATAGTGTCGTTGAAGTTATCACCAttc > 1:753021/1‑146 (MQ=255) atcatAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTCCATTTCGACAATTTCGCTCACTTTAGCGATAGTGTCGTTGAAGTTATCACCATGc < 2:3169691/148‑1 (MQ=255) atcatAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTCCATTTCGACAATTTCGCTCACTTTAGCGATAGTGTCGTTGAAGTTATCACCATGc < 1:3079347/148‑1 (MQ=255) atcatAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTCCATTTCGACAATTTCGCTCACTTTAGCGATAGTGTCGTTGAAGTTATCACCATGc < 1:1567855/148‑1 (MQ=255) tAGATATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTCCATTTCGACAATTTCGCTCACTTTAGCGATAGTGTCGTTGAAGTTATAACCATGCAGaa > 2:1231193/1‑148 (MQ=255) agatATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTCCATTTCGACAATTTCGCTCACTTTAGCGATAGTGTCGTTGAAGTTATCACCATGCAGAAc > 1:852246/1‑148 (MQ=255) agatATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTCCATTTCGACAATTTCGCTCACTTTAGCGATAGTGTCGTTGAAGTTATCACCATGCAGAAc > 2:1118675/1‑148 (MQ=255) agatATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTCCATTTCGACAATTTCGCTCACTTTAGCGATAGTGTCGTGGAATTTATCACCAATCAGAAc > 2:325795/1‑148 (MQ=255) | TGGAAAGAAGCCGCCATGCCGTGAACGTTTTCAGACTGTACGCCAATAACACGAATGGTCGGGTTAATAGATTTAATTGCCACCGCAATACCAGCAATTAAACCGCCACCACCAATTGGCACAATCACGTTATCGACATCATAGAGATCTTCCATAATTTCCAGACCAATCGTTCCCTGGCCAGCAATCACTTTCGGATCATCGTAAGGTGGGATAAAAATACGGCCTTCCATTTCGACAATTTCGCTCACTTTAGCGATAGTGTCGTTGAAGTTATCACCATGCAGAAC > CP009273/3258726‑3259015 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |