| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 3,302,027 | G→T | 100% | S86* (TCG→TAG) | nlpI ← | lipoprotein involved in osmotic sensitivity and filamentation |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,302,027 | 0 | G | T | 100.0% | 789.7 / NA | 238 | S86* (TCG→TAG) | nlpI | lipoprotein involved in osmotic sensitivity and filamentation |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base T (107/131); total (107/131) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 238 total aligned reads displayed.
CAAGTGCGCGTAGTTGTAAGTTGGATCAAGCTCAAGTACAGAATCAAACGCTTCATAGGCAGCATCAAAATTGCCTGCCTGCGTTAAATATATGCCTAAGTAATTGAATACTTCAGGCATATCCGGTCGGATTGCCAGCGCTTGCGAAAAATCGTTACGCGCTAATGCCCTCAGACCGAGACTATCATACAACACTCCGCGCTCATATAAAAGCTGTGCGCGTTCGTCATCGGTTAAAGCCCGACTGGCAAGGATTTGTTCCATACGTGCCAGAATCACTTCCTGCTG > CP009273/3301882‑3302169 | cAAGTGCGCGTAGTTGTAAGTTGGATCAAGCTCAAGTACAGAATCAAACGCTTCATAGGCAGCATCAAAATTGCCTGCCTGCGTTAAATATATGCCTAAGTAATTGAATACTTCAGGCATATCCGGTCGGATTGCCAGCGCTTGCTaa < 1:2604423/148‑1 (MQ=255) aGTGCGCGTAGTTGTAAGTTGGATCAAGCTCAAGTACAGAATCAAACGCTTCATAGGCAGCATCAAAATTGCCTGCCTGCGTTAAATATATGCCTAAGTAATTGAATACTTCAGGCATATCCGGTCGGATTGCCAGCGCTTGCTaaaa < 2:1333249/148‑1 (MQ=255) tGCGCGTAGTTGTAAGTTGGATCAAGCTCAAGTACAGAATCAAACGCATCATAGGCAGCATCAAAATTGCCTGCCTGCGTTAAATATATGCCTAATTAATTGAATACTTCATGCATATCCGGTCGGATTGCCAGCGCTTGCTAAAAAt > 2:2653267/1‑148 (MQ=255) gcgTAGTTGTAAGTTGGATCAAGCTCAAGTACAGAATCAAACGCTTCATAGGCAGCATCAAAATTGCCTGCCTGCGTTAAATATATGCCTAAGTAATTGAATACTTCAGGCATATCCGGTCGGATTGCCAGCGCTTGCTAAAAATCGt < 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aGTTGGATCAAGCTCAAGTACAGAATCAAACGCTTCATAGGCAGCATCAAAATTGCCTGCCTGCGTTAAATATATGCCTAAGTAATTGAATACTTCAGGCATATCCGGTCGGATTGCCAGCGCTTGCTAAAAATCGTTACGCGCTAAt > 2:1045367/1‑148 (MQ=255) gTTGGATCAAGCTCAAGTACAGAATCAAACGCTTCATAGGCAGCATCAAAATTGCCTGCCTGCGTTAAATATATGCCTAAGTAATTGAATACTTCAGGCATATCCGGTCGGATTGCCAGCGCTTGCTAAAAATCGTTACGCGCTAATg > 1:3226517/1‑148 (MQ=255) gTTGGATCAAGCTCAAGTACAGAATCAAACGCTTCATAGGCAGCATCAAAATTGCCTGCCTGCGTTAAATATATGCCTAAGTAATTGAATACTTCAGGCATATCCGGTCGGATTGCCAGCGCTTGCTAAAAATCGTTACGCGCTAATg < 1:3040639/148‑1 (MQ=255) ttGGATCAAGCTCAAGTACAGAATCAAACGCTTCATAGGCAGCATCAAAATTGCCTGCCTGCGTTAAATATATGCCTAAGTAATTGAATACTTCAGGCATATCCGGTCGGATTGCCAGCGCTTGCTAAAAATCGTTACGCGCTAATGc > 1:2848658/1‑148 (MQ=255) ttGGATCAAGCTCAAGTACAGAATCAAACGCTTCATAGGCAGCATCAAAATTGCCTGCCTGCGTTAAATATATGCCTAAGTAATTGAATACTTCAGGCATATCCGGTCGGATTGCCAGCGCTTGCTAAAAATCGTTACGCGCTAATGc > 1:2177036/1‑148 (MQ=255) 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tACTTCAGGCATATCCGGTCGGATTGCCAGCGCTTGCTAAAAATCGTTACGCGCTAATGCCCTCAGACCGAGACTATCATACAACACTCCGCGCTCATATAAAAGCTGTGCGCGTTCGTCATCGGTTAAAGCCCGACTGGCAAGGAtt > 2:1523699/1‑148 (MQ=255) tACTTCAGGCATATCCGGTCGGATTGCCAGCGCTTGCTAAAAATCGTTACGCGCTAATGCCCTCAGACCGAGACTATCATACAACACTCCGCGCTCATATAAAAGCTGTGCGCGTTCGTCATCGGTTAAAGCCCGACTGGCAAGGAtt > 2:2563344/1‑148 (MQ=255) aCTTCAGGCATATCCGGTCGGATTGCCAGCGCTTGCTAAAAATCGTTACGCGCTAATGCCCTCAGACCGAGACTATCATACAACACTCCGCGCTCATATAAAAGCTGTGCGCGTTCGTCATCGGTTAAAGCCCGACTGGCAAGGAttt < 2:854696/148‑1 (MQ=255) ttCAGGCATATCCGGTCGGATTGCCAGCGCGTGCTAAAAATCGTTACGCGCTAATGCCCTCAGACCGAGACTATCATACAACACTCCGCGCTCATATAAAAGCTGTGCGCGTTCGTCATCGGTTAAAGCCCGACTGGCAAGGATTTGt < 1:2570388/148‑1 (MQ=255) tCAGGCATATCCGGTCGGATTGCCAGCGCTTGCTAAAAATCGTTACGCGCTAATGCCCTCAGACCGAGACTATCATACAACACTCCGCGCTCATATAAAAGCTGTGCGCGTTCGTCATCGGTTAAAGCCCGACTGGCAAGGATTTGtt < 1:416042/148‑1 (MQ=255) 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ccGGTCGGATTGCCAGCGCTTGCTAAAAATCGTTACGCGCTAATGCCCTCAGACCGAGACTATCATACAACACTCCGCGCTCATATAAAAGCTGTGCGCGTTCGTCATCGGTTAAAGCCCGACTGGCAAGGATTTGTTCCATACGTGc > 2:2812550/1‑148 (MQ=255) cGGTCGGATTGCCAGCGCTTGCTAAAAATCGTTACGCGCTAATGCCCTCAGACCGAGACTATCATACAACACTCCGCGCTCATATAAAAGCTGTGCGCGTTCGTCATCGGTTAAAGCCCGACTGGCAAGGATTTGTTCCATACGTGcc > 2:1795368/1‑148 (MQ=255) cGGTCGGATTGCCAGCGCTTGCTAAAAATCGTTACGCGCTAATGCCCTCAGACCGAGACTATCATACAACACTCCGCGCTCATATAAAAGCTGTGCGCGTTCGTCATCGGTTAAAGCCCGACTGGCAAGGATTTGTTCCATACGTGcc > 2:1612872/1‑148 (MQ=255) cGGATTGCCAGCGCTTGCTAAAAATCGTTACGCGCTAATGCCCTCAGACCGAGACTATCATACAACACTCCGCGCTCATATAAAAGCTGTGCGCGTTCGTCATCGGTTAAAGCCCGACTGGCAAGGATTTGTTCCATACGTGCCAGaa > 2:24225/1‑148 (MQ=255) ccAGCGCTTGCTAAAAATCGTTACGCGCTAATGCCCTCAGACCGAGACTATCATACAACACTCCGCGCTCATATAAAAGCTGTGCGCGTTCGTCATCGGTTAAAGCCCGACTGGCAAGGATTTGTTCCATACGTGCCAGAATCACTTc < 1:402984/148‑1 (MQ=255) 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cTTGCTAAAAATCGTTACGCGCTAATGCCCTCAGACCGAGACTATCATACAACACTCCGCGCTCATATAAAAGCTGTGCGCGTTCGTCATCGGTTAAAGCCCGACTGGCAAGGATTTGTTCCATACGTGCCAGAATCACTTCctgctg > 2:121438/1‑148 (MQ=255) | CAAGTGCGCGTAGTTGTAAGTTGGATCAAGCTCAAGTACAGAATCAAACGCTTCATAGGCAGCATCAAAATTGCCTGCCTGCGTTAAATATATGCCTAAGTAATTGAATACTTCAGGCATATCCGGTCGGATTGCCAGCGCTTGCGAAAAATCGTTACGCGCTAATGCCCTCAGACCGAGACTATCATACAACACTCCGCGCTCATATAAAAGCTGTGCGCGTTCGTCATCGGTTAAAGCCCGACTGGCAAGGATTTGTTCCATACGTGCCAGAATCACTTCCTGCTG > CP009273/3301882‑3302169 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |