| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 3,334,464 | C→A | 100% | S277R (AGC→AGA) | yrbG → | putative calcium/sodium:proton antiporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,334,464 | 0 | C | A | 97.1% | 674.2 / 9.2 | 222 | S277R (AGC→AGA) | yrbG | putative calcium/sodium:proton antiporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (5/2); new base A (116/99); total (121/101) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.59e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 222 total aligned reads displayed.
TAGCGGGGGTTCGCAAAGGTGAAAACGACATTGCTGTCGGAAATATCATTGGCGCAAACATTTTTAATATTGTCATCGTGTTGGGTTTACCCGCGCTGATAACGCCAGGAGAGATTGATCCACTGGCGTACAGTCGTGACTACAGCGTGATGTTGCTGGTGAGCATTATTTTTGCGTTGCTGTGCTGGCGGCGCTCCCCGCAACCGGGCCGTGGTGTAGGGGTATTATTAACTGGCGGATTTATCGTATGGCTGGCGATGTTGTACTGGTTATCGCCAATACTCGTTGAA > CP009273/3334319‑3334608 | tAGCGGGGGTTCGCTAAGGTGAAAACGACATTGCTGTCGGAAATATCATTGGCGCAAACATTTTTAATATTGTCATCGTGTTGGGTTTACCCGCGCTGATAACGCCAGGAGAGATTGATCCACTGGCGTACAGTCGTGACTACAGAGt < 2:1693314/148‑1 (MQ=255) cGGGGGTTCGCAAAGGTGAAAACGACATTGCTGTCGGAAATATCATTGGCGCAAACATTTTTAATATTGTCATCGTGTTGGGTTTACCCGCGCTGATAACGCCAGGAGAGATTGATCCACTGGCGTACAGTCGTGACTACAGAGTGAt > 1:1499445/1‑148 (MQ=255) ggggTTCGCAAAGGTGAAAACGACATTGCTGTCGGAAATATCATTGGCGCAAACATTTTTAATATTGTCATCGTGTTGGGTTTACCCGCGCTGATAACGCCAGGAGAGATTGATCCACTGGCGTACAGTCGTGACTACAGAGTGATGt < 1:2828185/148‑1 (MQ=255) ggggTTCGCAAAGGTGAAAACGACATTGCTGTCGGAAATATCATTGGCGCAAACATTTTTAATATTGTCATCGTGTTGGGTTTACCCGCGCTGATAACGCCAGGAGAGATTGATCCACTGGCGTACAGTCGTGACTACAGAGTGATGt > 2:802709/1‑148 (MQ=255) gggTTCGCAAAGGTGAAAACGACATTGCTGTCGGAAATATCATTGGCGCAAACATTTTTAATATTGTCATCGTGTTGGGTTTACCCGCGCTGATAACGCCAGGAGAGATTGATCCACTGGCGTACAGTCGTGACTACAGAGTGATGtt > 1:2255515/1‑148 (MQ=255) gCAAAGGTGAAAACGACATTGCTGTCGGAAATATCATTGGCGCAAACATTTTTAATATTGTCATCGTGTTGGGTTTACCCGCGCTGATAACGCCAGGAGAGATTGATCCACTGGCGTACAGTCGTGACTACAGAGTGATGTTGCTGGt < 1:2935728/148‑1 (MQ=255) ggTGAAAACGACATTGCTGTCGGAAATATCATTGGCGCAAACATTTTTAATATTGTCATCGTGTTGGGTTTACCCGCGCTGATAACGCCAGGAGAGATTGATCCACTGGCGTACAGTCGTGACTACAGAGTGATGTTGCTGGTGAGCa < 2:2089939/148‑1 (MQ=255) ggTGAAAACGACATTGCTGTCGGAAATATCATTGGCGCAAACATTTTTAATATTGTCATCGTGTTGGGTTTACCCGCGCTGATAACGCCAGGAGAGATTGATCCACTGGCGTACAGTCGTGACTACAGAGTGATGTTGCTGGTGAGCa < 1:2092824/148‑1 (MQ=255) aaCGACATTGCTGTCGGAAATATCATTGGCGCAAACATTTTTAATATTGTCATCGTGTTGGGTTTACCCGCGCTGATAACGCCAGGAGAGATTGATCCACTGGCGTACAGTCGTGACTACAGAGTGATGTTGCTGGTGAGCATTAttt > 2:2385523/1‑148 (MQ=255) aCGACATTGCTGTCGGAAATATCATTGGCGCAAACATTTTTAATATTGTCATCGTGTTGGGTTTACCCGCGCTGATAACGCCAGGAGAGATTGATCCACTGGCGTACAGTCGTGACTACAGAGTGATGTTGCTGGTGAGCATTAtttt < 1:374137/148‑1 (MQ=255) cGACATTGCTGTCGGAAATATCATTGGCGCAAACATTTTTAATATTGTCATCGTGTTGGGTTTACCCGCGCTGATAACGCCAGGAGAGATTGATCCACTGGCGTACAGTCGTGACTACAGAGTGATGTTGCTGGTGAGCATTAttttt < 2:2210842/148‑1 (MQ=255) cGACATTGCTGTCGGAAATATCATTGGCGCAAACATTTTTAATATTGTCATCGTGTTGGGTTTACCCGCGCTGATAACGCCAGGAGAGATTGATCCACTGGCGTACAGTCGTGACTACAGAGTGATGTTGCTGGTGAGCATTAttttt > 2:1659331/1‑148 (MQ=255) aCATTGCTGTCGGAAATATCATTGGCGCAAACATTTTTAATATTGTCATCGTGTTGGGTTTACCCGCGCTGATAACGCCAGGAGAGATTGATCCACTGGCGTACAGTCGTGACTACAGAGTGATGTTGCTGGTGAGCATTATTTTTGc > 1:1924984/1‑148 (MQ=255) cATTGCTGTCGGAAATATCATTGGCGCAAACATTTTTAATATTGTCATCGTGTTGGGTTTACCCGCGCTGATAACGCCAGGAGAGATTGATCCACTGGCGTACAGTCGTGACTACAGAGTGATGTTGCTGGTGAGCATTATTTTTGCg < 1:764229/148‑1 (MQ=255) ttGCTGTCGGAAATATCATTGGCGCAAACATTTTTAATATTGTCATCGTGTTGGGTTTACCCGCGCTGATAACGCCAGGAGAGATTGATCCACTGGCGTACAGTCGTGACTACAGAGTGATGTTGCTGGTGAGCATTATTTTTGAGtt > 2:2119817/1‑148 (MQ=255) tGCTGTCGGAAATATCATTGGCGCAAACATTTTTAATATTGTCATCGTGTTGGGTTTACCCGCGCTGATAACGCCAGGAGAGATTGATCCACTGGCGTACAGTCGTGACTACAGAGTGATGTTGCTGGTGAGCATTATTTTTGCGTtg < 1:3027523/148‑1 (MQ=255) gCTGTCGGAAATATCATTGGCGCAAACATTTTTAATATTGTCATCGTGTTGGGTTTACCCGCGCTGATAACGCCAGGAGAGATTGATCCACTGGCGTACAGTCGTGACTACAGAGTGATGTTGCTGGTGAGCATTATTTTTGCGTtgc > 2:1885742/1‑148 (MQ=255) cTGTCGGAAATATCATTGGCGCAAACATTTTTAATATTGTCATCGTGTTGGGTTTACCCGCGCTGATAACGCCAGGAGAGATTGATCCACTGGCGTACAGTCGTGACTACAGAGTGATGTTGCTGGTGAGCATTATTTTTGCGTtgct < 1:561119/148‑1 (MQ=255) tGTCGGAAATATCATTGGCGCAAACATTTTTAATATTGTCATCGTGTTGGGTTTACCCGCGCTGATAACGCCAGGAGAGATTGATCCACTGGCGTACAGTCGTGACTACAGAGTGATGTTGCTGGTGAGCATTATTTTTGCGTtgctg > 2:2700284/1‑148 (MQ=255) 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atatCATTGGCGCAAACATTTTTAATATTGTCATCGTGTTGGGTTTACCCGCGCTGATAACGCCAGGAGAGATTGATCCACTGGCGTACAGTCGTGACTACAGAGTGATGTTGCTGGTGAGCATTATTTTTGCGTTGCTGTGCTggcg > 1:2243404/1‑148 (MQ=255) tCATTGGCGCAAACATTTTTAATATTGTCATCGTGTTGGGTTTACCCGCGCTGATAACGCCAGGAGAGATTGATCCACTGGCGTACAGTCGTGACTACAGAGTGATGTTGCTGGTGAGCATTATTTTTGCGTTGCTGTGCTGgcggcg < 2:857405/148‑1 (MQ=255) tCATTGGCGCAAACATTTTTAATATTGTCATCGTGTTGGGTTTACCCGCGCTGATAACGCCAGGAGAGATTGATCCACTGGCGTACAGTCGTGACTACAGAGTGATGTTGCTGGTGAGCATTATTTTTGCGTTGCTGTGCTGgcggcg > 2:792760/1‑148 (MQ=255) cATTGGCGCAAACATTTTTAATATTGTCATCGTGTTGGGGTTACCCGCGCTGATAACGCCAGGAGAGATTGATCCACTGGCGTACAGTCGTGACTACAGAGTGATGTTGCTGGTGAGCATTATTTTTGCGTTGCTGTGCTGGCGgcgc > 1:3303201/1‑148 (MQ=255) gcgcAAACATTTTTAATATTGTCATCGTGTTGGGTTTACCCGCGCTGATAACGCCAGGAGAGATTGATCCACTGGCGTACAGTCGTGACTACAGAGTGATGTTGCTGGTGAGCATTATTTTTGCGTTGCTGTGCTGGCGGCGCTcccc > 1:1344585/1‑148 (MQ=255) 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ttttAATATTGTCATCGTGTTGGGTTTACCCGCGCTGATAACGCCAGGAGAGATTGATCCACTGGCGTACAGTCGTGACTACAGAGTGATGTTGCTGGTGAGCATTATTTTTGCGTTGCTGTGCTGGCGGCGCTCCCCGCAACCGGGc > 1:3549006/1‑148 (MQ=255) tttAATATTGTCATCGTGTTGGGTTTACCCGCGCTGATAACGCCAGGAGAGATTGATCAACTGGCGTACAGTCGTGACTACAGAGTGATGTTTCTGGTGAGCATTATTTTTGCGTTGCTGTGCTGGCGGCGCTCACCGCAACCGGGcc > 2:1827965/1‑148 (MQ=255) ttAATATTGTCATCGTGTTGGGTTTACCCGCGCTGATAACGCCAGGAGAGATTGATCCACTGGCGTACAGTCGTGACTACAGAGTGATGTTGCTGGTGAGCATTATTTTTGCGTTGCTGTGCTGGCGGCGCTCCCCGCAACCGGGCCg < 1:2797901/148‑1 (MQ=255) ttAATATTGTCATCGTGTTGGGTTTACCCGCGCTGATAACGCCAGGAGAGATTGATCCACTGGCGTACAGTCGTGACTACAGAGTGATGTTGCTGGTGAGCATTATTTTTGCGTTGCTGTGCTGGCGGCGCTCCCCGCAACCGGGCCg > 2:3043914/1‑148 (MQ=255) tAATATTGTCATCGTGTTGGGTTTACCCGCGCTGATAACGCCAGGAGAGATTGATCCACTGGCGTACAGTCGTGACTACAGAGTGATGTTGCTGGTGAGCATTATTTTTGCGTTGCTGTGCTGGCGGCGCTCCCCGCAACCGGGCCgt > 2:1389039/1‑148 (MQ=255) 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tatTGTCATCGTGTTGGGTTTACCCGCGCTGATAACGCCAGGAGAGATTGATCCACTGGCGTACAGTCGTGACTACAGAGTGATGTTGCTGGTGAGCATTATTTTTGCGTTGCTGTGCTGGCGGCGCTCCCCGCAACCGGGCCgtggt > 2:641147/1‑148 (MQ=255) tatTGTCATCGTGTTGGGTTTACCCGCGCTGATAACGCCAGGAGAGATTGATCCACTGGCGTACAGTCGTGACTACAGAGTGATGTTGCTGGTGAGCATTATTTTTGCGTTGCTGTGCTGGCGGCGCTCCCCGCAACCGGGCCgtggt > 1:1160978/1‑148 (MQ=255) atTGTCATCGTGTTGGGTTTACCCGCGCTGATAACGCCAGGAGAGATTGATCCACTGGCGTACAGTCGTGACTACAGAGTGATGTTGCTGGTGAGCATTATTTTTGCGTTGCTGTGCTGGCGGCGCTCCCCGCAACCGGGCCgtggtg < 1:845389/148‑1 (MQ=255) ttGTCATCGTGTTGGGTTTACCCGCGCTGATAACGCCAGGAGAGATTGATCCACTGGCGTACAGTCGTGACTACAGAGTGATGTTGCTGGTGAGCATTATTTTTGCGTTGCTGTGCTGGCGGCGCTCCCCGCAACCGGGCCGTGgtgt < 2:2932775/148‑1 (MQ=255) ttGTCATCGTGTTGGGTTTACCCGCGCTGATAACGCCAGGAGAGATTGATCCACTGGCGTACAGTCGTGACTACAGAGTGATGTTGCTGGTGAGCATTATTTTTGCGTTGCTGTGCTGGCGGCGCTCCCCGCAACCGGGCCGTGgtgt > 1:3454643/1‑148 (MQ=255) 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aCGCCAGGAGAGATTGATCCACTGGCGTACAGTCGTGACTACAGAGTGATGTTGCTGGTGAGCATTATTTTTGCGTTGCTGTGCTGGCGGCGCTCCCCGCAACCGGGCCGTGGTGTAGGGGTATTATTAACTGGCGGATTTATCGTAt > 1:1875137/1‑148 (MQ=255) ccAGGAGAGATTGATCCACTGGCGTACAGTCGTGACTACAGAGTGATGTTGCTGGTGAGCATTATTTTTGCGTTGCTGTGCTGGCGGCGCTCCCCGCAACCGGGCCGTGGTGTAGGGGTATTATTAACTGGCGGATTTATCGTAtggc < 2:123441/148‑1 (MQ=255) cAGGAGAGATTGATCCACTGGCGTACAGTCGTGACTACAGAGTGATGTTGCTGGTGAGCATTATTTTTGCGTTGCTGTGCTGGCGGCGCTCCCCGCAACCGGGCCGTGGTGTAGGGGTATTATTAACTGGCGGATTTATCGTAtggct < 1:1086113/148‑1 (MQ=255) ggAGAGATTGATCCACTGGCGTACAGTCGTGACTACAGAGTGATGTTGCTGGTGAGCATTATTTTTGCGTTGCTGTGCTGGCGGCGCTCCCCGCAACCGGGCCGTGGTGTAGGGGTATTATTAACTGGCGGATTTATCGTAtggctgg > 2:2294710/1‑148 (MQ=255) gagagaTTGATCCACTGGCGTACAGTCGTGACTACAGCGTGATGTTGCTGGTGAGCATTATTTTTGCGTTGCTGTGCTGGCGGCGCTCCCCGCAACCGGGCCGTGGTGTAGGGGTATTATTAACTGGCGGATTTATCGTAtggctggc > 2:2636314/1‑148 (MQ=255) gagaTTGATCCACTGGCGTACAGTCGTGACTACAGAGTGATGTTGCTGGTGAGCATTATTTTTGCGTTGCTGTGCTGGCGGCGCTCCCCGCAACCGGGCCGTGGTGTAGGGGTATTATTAACTGGCGGATTTATCGTATGGCTGGCGa > 1:2926793/1‑148 (MQ=255) ttGATCCACTGGCGTACAGTCGTGACTACAGAGTGATGTTGCTGGTGAGCATTATTTTTGCGTTGCTGTGCTGGCGGCGCTCCCCGCAACCGGGCCGTGGTGTAGGGGTATTATTAACTGGCGGATTTATCGTATGGCTGGCGAtgtt > 2:1327925/1‑148 (MQ=255) aTCCACTGGCGTACAGTCGTGACTACAGAGTGATGTTGCTGGTGAGCATTATTTTTGCGTTGCTGTGCTGGCGGCGCTCCCCGCAACCGGGCCGTGGTGTAGGGGTATTATTAACTGGCGGATTTATCGTATGGCTGGCGATGTTGTa > 2:1062960/1‑148 (MQ=255) aTCCACTGGCGTACAGTCGTGACTACAGAGTGATGTTGCTGGTGAGCATTATTTTTGCGTTGCTGTGCTGGCGGCGCTCCCCGCAACCGGGCCGTGGTGTAGGGGTATTATTAACTGGCGGATTTATCGTATGGCTGGCGATGTTGTa < 2:324831/148‑1 (MQ=255) aTCCACTGGCGTACAGTCGTGACTACAGAGTGATGTTGCTGGTGAGCATTATTTTTGCGTTGCTGTGCTGGCGGCGCTCCCCGCAACCGGGCCGTGGTGTAGGGGTATTATTAACTGGCGGATTTATCGTATGGCTGGCGATGTTGTa > 2:1061394/1‑148 (MQ=255) cTGGCGTACAGTCGTGACTACAGAGTGATGTTGCTGGTGAGCATTATTTTTGCGTTGCTGTGCTGGCGGCGCTCCCCGCAACCGGGCCGTGGTGTAGGGGTATTATTAACTGGCGGATTTATCGTATGGCTGGCGATGTTGTACTGGt < 1:2385523/148‑1 (MQ=255) cTGGCGTACAGTCGTGACTACAGAGTGATGTTGCTGGTGAGCATTATTTTTGCGTTGCTGTGCTGGCGGCGCTCCCCGCAACCGGGCCGTGGTGTAGGGGTATTATTAACTGGCGGATTTATCGTATGGCTGGCGATGTTGTACTGGt > 1:1494800/1‑148 (MQ=255) ggCGTACAGTCGTGACTACAGCGTGATGTTGCTGGTGAGCATTATTTTTGCGTTGCTGTGCTGGCGGCGCTCCCCGCAACCGGGCCGTGGTGTAGGGGTATTATTAACTGGCGGATTTATCGTATGGCTGGCGATGTTGTACTGGTTa > 2:37693/1‑148 (MQ=255) gCGTACAGTCGTGACTACAGAGTGATGTTGCTGGTGAGCATTATTTTTGCGTTGCTGTGCTGGCGGCGCTCCCCGCAACCGGGCCGTGGTGTAGGGGTATTATTAACTGGCGGATTTATCGTATGGCTGGCGATGTTGTACTGGTTAt < 1:1651157/148‑1 (MQ=255) cAGTCGTGACTACAGAGTGATGTTGCTGGTGAGCATTATTTTTGCGTTGCTGTGCTGGCGGCGCTCCCCGCAACCGGGCCGTGGTGTAGGGGTATTATTAACTGGCGGATTTATCGTATGGCTGGCGATGTTGTACTGGTTATCGCCa < 2:39656/148‑1 (MQ=255) gTGACTACAGAGTGATGTTGCTGGTGAGCATTATTTTTGCGTTGCTGTGCTGGCGGCGCTCCCCGCAACCGGGCCGTGGTGTAGGGGTATTATTAACTGGCGGATTTATCGTATGGCTGGCGATGTTGTACTGGTTATCGCCAATACt < 1:3043914/148‑1 (MQ=255) tGACTACAGAGTGATGTTGCTGGTGAACATTATTTTTGCGTTGCTGTGCTGGCGGCGCTCCCCGCAACCGGGCCGTGGTGTAGGGGTATTATTAACTGGCGGATTTATCGTATGGCTGGCGATGTTGTACTGGTTATCGCCAATACTc > 1:1639273/1‑148 (MQ=255) gACTACAGAGTGATGTTGCTGGTGAGCATTATTTTTGCGTTGCTGTGCTGGCGGCGCTCCCCGCAACCGGGCCGTGGTGTAGGGGTATTATTAACTGGCGGATTTATCGTATGGCTGGCGATGTTGTACTGGTTATCGCCAATACTCg > 2:3181575/1‑148 (MQ=255) aCTACAGAGTGATGTTGCTGGTGAGCATTATTTTTGCGTTGCTGTGCTGGCGGCGCTCCCCGCAACCGGGCCGTGGTGTAGGGGTATTATTAACTGGCGGATTTATCGTATGGCTGGCGATGTTGTACTGGTTATCGCCAATACTCGt < 1:792760/148‑1 (MQ=255) aCTACAGAGTGATGTTGCTGGTGAGCATTATTTTTGCGTTGCTGTGCTGGCGGCGCTCCCCGCAACCGGGCCGTGGTGTAGGGGTATTATTAACTGGCGGATTTATCGTATGGCTGGCGATGTTGTACTGGTTATCGCCAATACTCGt < 2:1947477/148‑1 (MQ=255) cAGAGTGATGTTGCTGGTGAGCATTATTTTTGCGTTGCTGTGCTGGCGGCGCTCCCCGCAACCGGGCCGTGGTGTAGGGGTATTATTAACTGGCGGATTTATCGTATGGCTGGCGATGTTGTACTGGTTATCGCCAATACTCGTTGaa < 1:1928448/148‑1 (MQ=255) | TAGCGGGGGTTCGCAAAGGTGAAAACGACATTGCTGTCGGAAATATCATTGGCGCAAACATTTTTAATATTGTCATCGTGTTGGGTTTACCCGCGCTGATAACGCCAGGAGAGATTGATCCACTGGCGTACAGTCGTGACTACAGCGTGATGTTGCTGGTGAGCATTATTTTTGCGTTGCTGTGCTGGCGGCGCTCCCCGCAACCGGGCCGTGGTGTAGGGGTATTATTAACTGGCGGATTTATCGTATGGCTGGCGATGTTGTACTGGTTATCGCCAATACTCGTTGAA > CP009273/3334319‑3334608 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |