| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 3,334,940 | T→G | 64.5% | S106A (TCT→GCT) | kdsD → | D‑arabinose 5‑phosphate isomerase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,334,940 | 0 | T | G | 64.5% | 269.4 / 150.1 | 174 | S106A (TCT→GCT) | kdsD | D‑arabinose 5‑phosphate isomerase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (28/34); new base G (66/46); total (94/80) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.12e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 176 total aligned reads displayed.
ATGGGAAAATCGGGGCATATTGGGCGAAAAATGGCGGCAACGTTTGCCAGCACCGGTACACCTTCATTTTTCGTCCATCCTGGTGAAGCCGCGCATGGTGATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACTCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTCCAGTGCTTAAGCGTCTTCACGTACCGTTAATCTGCATCACCGGTCGCCCGGAGAGCAGCATGGCGCGCGCCGCAGATGTGCATCTGTGTGTTAAAGTAGCGAAAGAAGCCTGT > CP009273/3334793‑3335086 | gAAAATCGGGGCATATTGGGCGAAAAATGGCGGCAACGTTTGCCAGCACCGGTACACCTTCATTTTTCGTCCATCCTGGTGAAGCCGCGCCTGGTGATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACTCTgg > 1:3279490/1‑148 (MQ=255) aaaaTCGGGGCATATTGGGCGAAAAATGGCGGCAACGTTTGCCAGCACCGGTACACCTTCATTTTTCGTCCATCCTGGTGAAGCCGCGCATGGTGATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACTCTGGt < 2:2779234/148‑1 (MQ=255) aaaaTCGGGGCATATTGGGCGAAAAATGGCGGCAACGTTTGCCAGCACCGGTACACCTTCATTTTTCGTCCATCCTGGTGAAGCCGCGCATGGTGATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACTCTGGt < 1:2535360/148‑1 (MQ=255) cGGGGCATATTGGGCGAAAAATGGCGGCAACGTTTGCCAGCACCGGTACACCTTCATTTTTCGTCCATCCTGGTGAAGCCGCGCATGGTGATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACGCTGGTGAATc > 2:2873129/1‑148 (MQ=255) cGGGGCATATTGGGCGAAAAATGGCGGCAACGTTTGCCAGCACCGGTACACCTTCATTTTTCGTCCATCCTGGTGAAGCCGCGCATGGTGATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACGCTGGTGAATc < 1:305496/148‑1 (MQ=255) ggCATATTGGGCGAAAAATGGCGGCAACGTTTGCCAGCACCGGTACACCTTCATTTTTCGTCCATCCTGGTGAAGCCGCGCATGGTGATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACTCTGGTGAATCCAg > 2:709787/1‑148 (MQ=255) atatTGGGCGAAAAATGGCGGCAACGTTTGCCAGCACCGGTACACCTTCATTTTTCGTCGATCCTGGTGAAGCCGCGCATGGTGATTTAGGCATGGTTACCACACCGGATGTGGTGATTGGTATCTCTAACGCTGGTGAATCCAGCGa > 2:2600968/1‑148 (MQ=255) tatTGGGCGAAAAATGGCGGCAACGTTTGCCAGCACCGGTACACCTTCATTTTTCGTCCATCCTGGTGAAGCCGCGCATGGTGATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACTCTGGTGAATCCAGCGaa < 2:174490/148‑1 (MQ=255) ttGGGCGAAAAATGGCGGCAACGTTTGCCAGCACCGGTACACCTTCATTTTTCGTCCATCCTGGTGAAGCCGCGCATGGTGATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACGCTGGTGAATCCAGCGaact > 2:975321/1‑146 (MQ=255) gggCGAAAAATGGCGGCAACGTTTGCCAGCACCGGTACACCTTCATTTTTCGTCCATCCTGGTGAAGCCGCGCATGGTGATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACTCTGGTGAATCCAGCGAAATCa < 1:2365281/148‑1 (MQ=255) cGAAAAATGGCGGCAACGTTTGCCAGCACCGGTACACCTTCATTTTTCGTCCATCCTGGTGAAGCCGCGCATGGTGATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACTCTGGTGAATCCAGCGAAATCACgg < 2:2010572/148‑1 (MQ=255) aaaaaTGGCGGCAACGTTTGCCAGCACCGGTCCACCTTCATTTTTCGTCCATCCTGGTGAAGCCGCGCATGGTGATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACGCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGcc > 1:1682772/1‑148 (MQ=255) aaaaaTGGCGGCAACGTTTGCCAGCACCGGTACACCTTCATTTTTCGTCCATCCTGGTGAAGCCGCGCATGGTGATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACGCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGcc < 1:3111516/148‑1 (MQ=255) tGGCGGCAACGTTTGCCAGCACCGGTACACCTTCATTTTTCGTCCATCCTGGTGAAGCCGCGCATGGTGATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACTCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAAt > 2:361687/1‑148 (MQ=255) gcggcAACGTTTGCCAGCACCGGTACACCTTCATTTTTCGTCCATCCTGGTGAAGCCGCGCATGGTGATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACGCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTc > 1:769620/1‑148 (MQ=255) ggcAACGTTTGCCAGCACCGGTACACCTTCATTTTTCGTCCATCCTGGTGAAGCCGCGCATGGTGATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACGCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTCCa < 1:1172755/148‑1 (MQ=255) ggcAACGTTTGCCAGCACCGGTACACCGTCATTTTTCGTCCATCCTGGTGAAGCCGCGCATGGTGATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACGCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTCCa < 2:2648994/148‑1 (MQ=255) gcAACGTTTGCCAGCACCGGTACACCTTCATTTTTCGTCCATCCTGGTGAAGCCGCGCATGGTGATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACTCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTCCAg < 1:3481574/148‑1 (MQ=255) cAACGTTTGCCAGCACCGGTACACCTTCATTTTTCGTCCATCCTGGTGAAGCCGCGCATGGTGATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACGCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTCCAGt > 1:936143/1‑148 (MQ=255) cAACGTTTGCCAGCACCGGTACACCTTCATTTTTCGTCCATCCTGGTGAAGCCGCGCATGGTGATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACGCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTCCAGt > 1:2800490/1‑148 (MQ=255) cAACGTTTGCCAGCACCGGTACACCTTCATTTTTCGTCCATCCTGGTGAAGCCGCGCATGGTGATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACGCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTCCAGt > 2:1879543/1‑148 (MQ=255) cAACGTTTGCCAGCACCGGTACACCTTCATTTTTCGTCCATCCTGGTGAAGCCGCGCATGGTGATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACGCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTCCAGt > 1:1018194/1‑148 (MQ=255) aaCGTTTGCCAGCACCGGTACACCTTCATTTTTCGTCCATCCTGGTGAAGCCGCGCATGGTGATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACTCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTCCAGTg < 2:1236145/148‑1 (MQ=255) aCGTTTGCCAGCACCGGTACACCTTCATTTTTCGTCCATCCTGGTGAAGCCGCGCATGGTGATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACGCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTCCAGTGc < 1:2633969/148‑1 (MQ=255) aCGTTTGCCAGCACCGGTACACCTTCATTTTTCGTCCATCCTGGTGAAGCCGCGCATGGTGATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACGCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTCCAGTGc < 1:2634568/148‑1 (MQ=255) aCGTTTGCCAGCACCGGTACACCTTCATTTTTCGTCCATCCTGGTGAAGCCGCGCATGGTGATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACGCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTCCAGTGc < 1:2634590/148‑1 (MQ=255) aCGTTTGCCAGCACCGGTACACCTTCATTTTTCGTCCATCCTGGTGAAGCCGCGCATGGTGATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACGCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTGAATTCCAGTGc > 1:1605601/1‑148 (MQ=255) cAGCACCGGTACACCTTCATTTTTCGTCCATCCTGGTGAAGCCGCGCATGGTGATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACTCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTCCAGTGCTTAAGCGt < 2:1382166/148‑1 (MQ=255) aGCACCGGTACACCTTCATTTTTCGTCCATCCTGGTGAAGCCGCGCATGGTGATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACGCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTCCAGTGCTTAAGCGTc < 1:2298729/148‑1 (MQ=255) aGCACCGGTACACCTTCATTTTTCGTCCATCCTGGTGAAGCCGCGCATGGTGATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACGCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTCCAGTGCTTAAGCGTc < 1:2298723/148‑1 (MQ=255) aGCACCGGTACACCTTCATTTTTCGTCCATCCTGGTGAAGCCGCGCATGGTGATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACGCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTCCAGTGCTTAAGCGTc < 1:2485401/148‑1 (MQ=255) gCACCGGTACACCTTCATTTTTCGTCCATCCTGGTGAAGCCGCGCATGGTGATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACGCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTCCAGTGCTTAAGCGTCt > 2:2604822/1‑148 (MQ=255) gCACCGGTACACCTTCATTTTTCGTCCATCCTGGTGAAGCCGCGCATGGTGATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACGCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTCCAGTGCTTAAGCGTCt > 2:3192978/1‑148 (MQ=255) cACCGGTACACCTTCATTTTTCGTCCATCCTGGTGAAGCCGCGCATGGTGATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACGCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTCCAGTGCTTAAGCGTCtt > 1:1932788/1‑148 (MQ=255) cACCGGTACACCTTCATTTTTCGTCCATCCTGGTGAAGCCGCGCATGGTGATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACGCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTCCAGTGCTTAAGCGTCtt > 1:1933103/1‑148 (MQ=255) ccGGTACACCTTCATTTTTCGTCCATCCTGGTGAAGCCGCGCATGGTGATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACGCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTCCAGTGCTTAAGCGTCTTCa < 1:208687/148‑1 (MQ=255) ccGGTACACCTTCATTTTTCGTCCATCCTGGTGAAGCCGCGCATGGTGATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACGCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTCCAGTGCTTAAGCGTCTTCa < 1:2007847/148‑1 (MQ=255) ccTTCATTTTTCGTCCATCCTGGTGAAGCCGCGCATGGTGATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACGCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTCCAGTGCTTAAGCGTCTTCACGTACCGt > 1:2195146/1‑148 (MQ=255) ttttCGTCCATCCTGGTGAAGCCGCGCATGGTGATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACTCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTCCAGTGCTTAAGCGTCTTCACGTACCGTTAATCTg > 1:2018282/1‑148 (MQ=255) tCGTCCATCCTGGTGAAGCCGCGCATGGTGATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACTCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTCCAGTGCTTAAGCGTCTTCACGTACCGTTAATCTGCAt < 2:2583312/148‑1 (MQ=255) gTCCATCCTGGTGAAGCCGCGCATGGTGATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACGCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTCCAGTGCTTAAGCGTCTTCACGTACCGTTAATCTGCATCa < 2:161749/148‑1 (MQ=255) ccATCCTGGTGAAGCCGCGCATGGTGATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACGCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTCCAGTGCTTAAGCGTCTTCACGTACCGTTAATCTGCATCAcc > 1:2283398/1‑148 (MQ=255) aTCCTGGTGAAGCCGCGCATGGTGATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACTCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTCCAGTGCTTAAGCGTCTTCACGTACCGTTAATCTGCATCACCgg < 2:1497164/148‑1 (MQ=255) tGGTGAAGCCGCGCATGGTGATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACGCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTCCAGTGCTTAAGCGTCTTCACGTACCGTTAATCTGCATCACCGGTCGc > 2:3061972/1‑148 (MQ=255) gTGAAGCCGCGCCTGGTGATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACGCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTCCAGTGCTTAAGCGTCTTCACGTACCGTTAATCTGCATCACCGGTCGccc < 2:19199/148‑1 (MQ=255) gTGAAGCCGCGCATGGTGATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACGCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTCCAGTGCTTAAGCGTCTTCACGTACCGTTAATCTGCATCACCGGTCGccc < 2:2570442/148‑1 (MQ=255) gTGAAGCCGCGCATGGTGATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACGCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTCCAGTGCTTAAGCGTCTTCACGTACCGTTAATCTGCATCACCGGTCGccc < 2:2570453/148‑1 (MQ=255) gAAGCCGCGCATGGTGATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACTCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTCCAGTGCTTAAGCGTCTTCACGTACCGTTAATCTGCATCACCGGTCGCCCgg < 2:1441678/148‑1 (MQ=255) gAAGCCGCGCATGGTGATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACGCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTCCAGTGCTTAAGCGTCTTCACGTACCGTTAATCTGCATCACCGGTCGCCCgg > 2:239513/1‑148 (MQ=255) aaGCCGCGCATGGTGATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACTCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTCCAGTGCTTAAGCGTCTTCACGTACCGTTAATCTGCATCACCGGTCGCCCGga < 2:2721154/148‑1 (MQ=255) aaGCCGCGCATGGTGATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACGCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTCCAGTGCTTAAGCGTCTTCACGTACCGTTAATCTGCATCACCGGTCGCCCGga > 1:2553198/1‑148 (MQ=255) aaGCCGCGCATGGTGATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACGCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTCCAGTGCTTAAGCGTCTTCACGTACCGTTAATCTGCATCACCGGTCGCCCGga > 1:3271755/1‑148 (MQ=255) aGCCGCGCATGGTGATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACTCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTCCAGTGCTTAAGCGTCTTCACGTACCGTTAATCTGCATCACCGGTCGCCCGgag < 1:883166/148‑1 (MQ=255) gCCGCGCATGGTGATTTAGTCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACGCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTCCAGTGCTTAAGCGTCTTCACGTACCGTTAATCTGCATCACCGGTCGCCCGgaga < 1:1356176/148‑1 (MQ=255) gCCGCGCATGGTGATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACGCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTCCAGTGCTTAAGCGTCTTCACGTACCGTTAATCTGCATCACCGGTCGCCCGgaga > 1:1581329/1‑148 (MQ=255) ccGCGCATGGTGATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACTCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTCCAGTGCTTAAGCGTCTTCACGTACCGTTAATCTGCATCACCGGTCGCCCGGagag < 1:593463/148‑1 (MQ=255) gcgcATGGTGATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACGCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTCCAGTGCTTAAGCGTCTTCACGTACCGTTAATCTGCATCACCGGTCGCCCGGAGagca > 1:1460709/1‑148 (MQ=255) gcgcATGGTGATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACGCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTCCAGTGCTTAAGCGTCTTCACGTACCGTTAATCTGCATCACCGGTCGCCCGGAGagca > 1:1460270/1‑148 (MQ=255) gcATGGTGATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACTCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTCCAGTGCTTAAGCGTCTTCACGTACCGTTAATCTGCATCACCGGTCGCCCGGAGagcagc < 2:657802/148‑1 (MQ=255) cATGGTGATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACTCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTCCAGTGCTTAAGCGTCTTCACGTACCGTTAATCTGCATCACCGGTCGCCCGGAGAgcagca < 2:108374/148‑1 (MQ=255) cATGGTGATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACTCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTCCAGTGCTTAAGCGTCTTCACGTACCGTTAATCTGCATCACCGGTCGCCCGGAGAgcagca < 2:1540723/148‑1 (MQ=255) ttAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACGCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTCCAGTGCTTAAGCGTCTTCACGTACCGTTAATCTGCATCACCGGTCGCCCGGAGAGCAGCATGgcgcgcg > 2:1900645/1‑148 (MQ=255) gCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACTCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTCCAGTGCTTAAGCGTCTTCACGTACCGTTAATCTGCATCACCGGTCGCCCGGAGAGCAGCATGGCGCGcgccgc > 1:2357214/1‑148 (MQ=255) gCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACGCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTCCAGTGCTTAAGCGTCTTCACGTACCGTTAATCTGCATCACCGGTCGCCCGGAGAGCAGCATGGCGCGcgccgc > 1:2656678/1‑148 (MQ=255) gCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACGCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTCCAGTGCTTAAGCGTCTTCACGTACCGTTAATCTGCATCACCGGTCGCCCGGAGAGCAGCATGGCGCGcgccgc > 2:412658/1‑148 (MQ=255) gCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACGCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTCCAGTGCTTAAGCGTCTTCACGTACCGTTAATCTGCATCACCGGTCGCCCGGAGAGCAGCATGGCGCGcgccgc > 2:2207149/1‑148 (MQ=255) tGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACGCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTCCAGTGCTTAAGCGTCTTCACGTACCGTTAATCTGCATCACCGGTCGCCCGGAGAGCAGCATGGCGCGCGCCGCAGa < 1:1512286/148‑1 (MQ=255) tGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACGCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTCCAGTGCTTAAGCGTCTTCACGTACCGTTAATCTGCATCACCGGTCGCCCGGAGAGCAGCATGGCGCGCGCCGCAGa < 1:1512185/148‑1 (MQ=255) ggTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACGCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTCCAGTGCTTAAGCGTCTTCACGTACCGTTAATCTGCATCACCGGTCGCCCGGAGAGCAGCCTGGCGCGCGCCGCAGAt > 1:3299518/1‑148 (MQ=255) cccACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACTCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTCCAGTGCTTAAGCGTCTTCACGTACCGTTAATCTGCATCACCGGTCGCCCGGAGAGCAGCATGGCGCGCGCCGCAGATGTGCAt > 2:3254917/1‑148 (MQ=255) cccACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACTCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTCCAGTGCTTAAGCGTCTTCACGTACCGTTAATCTGCATCACCGGTCGCCCGGAGAGCAGCATGGCGCGCGCCGCAGATGTGCAt < 1:2683298/148‑1 (MQ=255) cccACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACTCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTCCAGTGCTTAAGCGTCTTCACGTACCGTTAATCTGCATCACCGGTCGCCCGGAGAGCAGCATGGCGCGCGCCGCAGATGTGCAt < 2:2035163/148‑1 (MQ=255) cccACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACGCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTCCAGTGCTTAAGCGTCTTCACGTACCGTTAATCTGCATCACCGGTCGCCCGGAGAGCAGCATGGCGCGCGCCGCAGATGTGCAt < 1:2572111/148‑1 (MQ=255) ccACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACGCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTCCAGTGCTTAAGCGTCTTCACGTACCGTTAATCTGCATCACCGGTCGCCCGGAGAGCAGCATGGCGCGCGCCGCAGATGTGCATc < 2:1581329/148‑1 (MQ=255) cacaGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACTCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTCCAGTGCTTAAGCGTCTTCACGTACCGTTAATCTGCATCACCGGTCGCCCGGAGAGCAGCATGGCGCGCGCCGCAGATGTGCATCt > 2:21244/1‑148 (MQ=255) acaGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACTCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTCCAGTGCTTAAGCGTCTTCACGTACCGTTAATCTGCATCACCGGTCGCCCGGAGAGCAGCATGGCGCGCGCCGCAGATGTGCATCtg < 2:2362363/148‑1 (MQ=255) caGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACGCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTCCAGTGCTTAAGCGTCTTCACGTACCGTTAATCTGCATCACCGGTCGCCCGGAGAGCAGCATGGCGCGCGCCGCAGATGTGCATCtgt > 2:2457762/1‑148 (MQ=255) ggATGTGGTGATTGCTATCTCTAACGCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTCCAGTGCTTAAGCGTCTTCACGTACCGTTAATCTGCATCACCGGTCGCCCGGAGAGCAGCATGGCGCGCGCCGCAGATGTGCATCtgtgt > 1:2539487/1‑148 (MQ=255) gATGTGGTGATTGCTATCTCTAACGCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTCCAGTGCTTAAGCGTCTTCACGTACCGTTAATCTGCATCACCGGTCGCCCGGAGAGCAGCATGGCGCGCGCCGCAGATGTGCATCtgtgtg > 1:282661/1‑148 (MQ=255) gATGTGGTGATTGCTATCTCTAACGCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTCCAGTGCTTAAGCGTCTTCACGTACCGTTAATCTGCATCACCGGTCGCCCGGAGAGCAGCATGGCGCGCGCCGCAGATGTGCATCtgtgtg > 1:995805/1‑148 (MQ=255) aTGTGGTGATTGCTATCTCTAACTCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTCCAGTGCTTAAGCGTCTTCACGTACCGTTAATCTGCATCACCGGTCGCCCGGAGAGCAGCATGGCGCGCGCCGCAGATGTGCATCTgtgtgt < 2:3279556/148‑1 (MQ=255) aTGTGGTGATTGCTATCTCTAACGCTGGTGAATCCAGCGAACTCACGGCCTTAATTCCAGTGCTTAAGCGTCTTCACGTACCGTTAATCTGCATCACCGGTCGCCCGGAGAGCAGCATGGCGCGCGCCGCAGATGTGCATCTgtgtgt < 2:1961169/148‑1 (MQ=255) tgtgGTGATTGCTATCTCTAACTCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTCCAGTGCTTAAGCGTCTTCACGTACCGTTAATCTGCATCACCGGTCGCCCGGAGAGCAGCATGGCGCGCGCCGCAGATGTGCATCTGTGTGtt < 2:347796/148‑1 (MQ=255) tgATTGCTATCTCTAACGCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTCCAGTGCTTAAGCGTCTTCACGTACCGTTAATCTGCATCACCGGTCGCCCGGAGAGCAGCATGGTGCGCGCCGCAGATGTGCATCTGTGTGTTAAAGt < 2:600175/148‑1 (MQ=255) tgATTGCTATCTCGAACGCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTCCAGTGCTTAAGCGTCTTCACGTACCGTTAATCTGCATCACCGGTCGCCCGGAGAGCAGCATGGCGCGCGCCGCAGATGTGCATCTGTGTGTTAAAGt < 1:1970732/148‑1 (MQ=255) gATTGCTATCTCTAACGCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTCCAGTGCTTAAGCGTCTTCACGTACCGTTAATCTGCATCACCGGTCGCCCGGAGAGCAGCATGGCGCGCGCCGCAGATGTGCATCTGTGTGTTAAAGTa > 2:2020958/1‑148 (MQ=255) gATTGCTATCTCTAACGCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTCCAGTGCTTAAGCGTCTTCACGTACCGTTAATCTGCATCACCGGTCGCCCGGAGAGCAGCATGGCGCGCGCCGCAGATGTGCATCTGTGTGTTAAAGTa > 2:3457986/1‑148 (MQ=255) gATTGCTATCTCTAACGCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTCCAGTGCTTAAGCGTCTTCACGTACCGTTAATCTGCATCACCGGTCGCCCGGAGAGCAGCATGGCGCGCGCCGCAGATGTGCATCTGTGTGTTAAAGTa > 1:1255439/1‑148 (MQ=255) aTTGCTATCTCTAACTCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTCCAGTGCTTAAGCGTCTTCACGTACCGTTAATCTGCATCACCGGTCGCCCGGAGAGCAGCATGGCTCGCGCCGCAGATGTGCATCTGTGTGTTAAAGTAg > 1:1759528/1‑148 (MQ=255) aTTGCTATCTCTAACGCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTCCAGTGCTTAAGCGTCTTCACGTACCGTTAATCTGCATCACCGGTCGCCCGGAGAGCAGCATGGCGCGCGCCGCAGATGTGCATCTGTGTGTTAAAGTAg < 2:2195146/148‑1 (MQ=255) ttGCTATCTCTAACGCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTCCAGTGCTTAAGCGTCTTCACGTACCGTTAATCTGCATCACCGGTCGCCCGGAGAGCAGCATGGCGCGCGCCGCAGATGTGCATCTGTGTGTTAAAGTAGc < 2:3463042/148‑1 (MQ=255) tGCTATCTCTAACTCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTCCAGTGCTTAAGCGTCTTCACGTACCGTTAATCTGCATCACCGGTCGCCCGGAGAGCAGCATGGCGCGCGCCGCAGATGTGCATCTGTGTGTTAAAGTAGCg > 1:2438720/1‑148 (MQ=255) tGCTATCTCTAACGCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTCCAGTGCTTAAGCGTCTTCACGTACCGTTAATCTGCATCACCGGTCGCCCGGAGAGCAGCATGGCGCGCGCCGCAGATGTGCATCTGTGTGTTAAAGTAGCg > 2:635239/1‑148 (MQ=255) tATCTCTAACGCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTCCAGTGCTTAAGCGTCTTCACGTACCGTTAATCTGCATCACCGGTCGCCCGGAGAGCAGCATGGCGCGCGCCGCAGATGTGCATCTGTGTGTTAAAGTAGCGaaa > 1:2407373/1‑148 (MQ=255) tctcTAACTCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTCCAGTGCTTAAGCGTCTTCACGTACCGTTAATCTGCATCACCGGTCGCCCGGAGAGCAGCATGGCGCGCGCCGCAGATGTGCATCTGTGTGTTAAAGTAGCGAaaga > 2:3199681/1‑148 (MQ=255) tctcTAACTCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTCCAGTGCTTAAGCGTCTTCACGTACCGTTAATCTGCATCACCGGTCGCCCGGAGAGCAGCATGGCGCGCGCCGCAGATGTGCATCTGTGTGTTAAAGTAGCGAaaga > 1:358244/1‑148 (MQ=255) ctctAACGCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTCCAGTGCTTAAGCGTCTTCACGTACCGTTAATCTGCATCACCGGTCGCCCGGAGAGCAGCATGGCGCGCGCCGCAGATGTGCATCTGTGTGTTAAAGTAGCGAaagaa > 2:2114724/1‑148 (MQ=255) tctAACGCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTCCAGTGCTTAAGCGTCTTCACGTACCGTTAATCTGCATCACCGGTCGCCCGGAGAGCAGCATGGCGCGCGCCGCAGATGTGCATCTGTGTGTTAAAGTAGCGAaagaag < 1:669123/148‑1 (MQ=255) tctAACGCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTCCAGTGCTTAAGCGTCTTCACGTACCGTTAATCTGCATCACCGGTCGCCCGGAGAGCAGCATGGCGCGCGCCGCAGATGTGCATCTGTGTGTTAAAGTAGCGAaagaag < 1:2457762/148‑1 (MQ=255) ctctGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTCCAGTGCTTAAGCGTCTTCACGTACCGTTAATCTGCATCACCGGTCGCCCGGAGAGCAGCATGGCGCGCGCCGCAGATGTGCATCTGTGTGTTAAAGTAGCGAAAGAAGCCTGt < 1:361687/148‑1 (MQ=255) | ATGGGAAAATCGGGGCATATTGGGCGAAAAATGGCGGCAACGTTTGCCAGCACCGGTACACCTTCATTTTTCGTCCATCCTGGTGAAGCCGCGCATGGTGATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACTCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTCCAGTGCTTAAGCGTCTTCACGTACCGTTAATCTGCATCACCGGTCGCCCGGAGAGCAGCATGGCGCGCGCCGCAGATGTGCATCTGTGTGTTAAAGTAGCGAAAGAAGCCTGT > CP009273/3334793‑3335086 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |