Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 3,373,457 | C→A | 100% | intergenic (‑101/‑93) | yhcM ← / → yhcB | putative AFG1‑like family P‑loop ATPase/DUF1043 family inner membrane‑anchored protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 3,373,457 | 0 | C | A | 97.3% | 672.8 / 9.0 | 221 | intergenic (‑101/‑93) | yhcM/yhcB | putative AFG1‑like family P‑loop ATPase/DUF1043 family inner membrane‑anchored protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (5/1); new base A (117/98); total (122/99) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.28e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.13e-01 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 221 total aligned reads displayed.
ATTAAGCGCCTTCAGGTATTGCGATGTTGGGGTAACGCTTTGCATGATCTTATTGTTATTCCTTGAATAATCGGTGCGCCGTTGTTCACGGTTGACGAAAAAAAGGCCGTTCTACACTACGCGATATGCAGTCGGGATTCCACTTCTGTGGAATTAACGGTTATAGTGGCATAATCAGCCGCAGGCATGGAGCCTGAAGCCAACACCCTACGGAAACAAAAGACAACGGGAGATGTTCATGACCTGGGAATATGCGCTAATTGGGTTAGTCGTCGGCATCATTATTGGTG > CP009273/3373312‑3373601 | tAAGCGCCTTCAGGTATTGCGATGTTGGGGTAACGCTTTGCATGATCTTATTGTTATTCCTTGAATAATCGGTGCGCCGTTGTTCACGGTTGACGAAAAAAAGGCCGTTCTACACTACGCGATATGCAGTCGGGATTCCACTTAtgtg < 2:218146/148‑1 (MQ=255) tAAGCGCCTTCAGGTATTGCGATGTTGGGGTAACGCTTTGCATGATCTTATTGTTATTCCTTGAATAATCGGTGCGCCGTTGTTCACGGTTGACGAAAAAAAGGCCGTTCTACACTACGCGATATGCAGTCGGGATTCCACTTAtgtg > 1:3507995/1‑148 (MQ=255) tAAGCGCCTTCAGGTATTGCGATGTTGGGGTAACGCTTTGCATGATCTTATTGTTATTCCTTGAATAATCGGTGCGCCGTTGTTCACGGTTGACGAAAAAAAGGCCGTTCTACACTACGCGATATGCAGTCGGGATTCCACTTAtgtg < 2:2009987/148‑1 (MQ=255) aaGCGCCTTCAGGTATTGCGATGTTGGGGTAACGCTTTGCATGATCTTATTGTTATTCCTTGAATAATCGGTGCGCCGTTGTTCACGGTTGACGAAAAAAAGGCCGTTCTACACTACGCGATATGCAGTCGGGATTCCACTTATGTgg < 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tATTCCTTGAATAATCGGTACGCCGTTGTTCACGGTTGACGACAAAAAGGCCGTTCTACAATACGCGATATGCAGTCGGGATTCCACTTATGTGGAATTAACGGTTATAGTGGCATAATCAGCCGCAGGCATGGAGCCTGAAGCCAac > 2:1307644/1‑148 (MQ=255) ttCCTTGAATAATCGGTGCGCCGTTGTTCACGGTTGACGAAAAAAAGGCCGTTCTACACTACGCGATATGCAGTCGGGATTCCACTTATGTGGAATTAACGGTTATAGTGGCATAATCAGCCGCAGGCATGGAGCCTGAAGCCAacac > 1:1568204/1‑148 (MQ=255) ccTTGAATAATCGGTGCGCCGTTGTTCACGGTTGACGAAAAAAAGGCCGTTCTACACTACGCGATATGCCGTCGGGATTCCACTTATGTGGAATTAACGGTTATAGTGGCATAATCAGCCGCAGGCATGGAGCCTGAAGCCAACAccc > 1:696124/1‑148 (MQ=255) cTTGAATAATCGGTGCGCCGTTGTTCACGGTTGACGAAAAAAAGGCCGTTCTACACTACGCGATATGCCGTCGGGATTCCACTTATGTGGAATTAACGGTTATAGTGGCATAATCAGCCGCAGGCATGGAGCCTGAAGCCAACACCCt > 1:2936074/1‑148 (MQ=255) cTTGAATAATCGGTGCGCCGTTGTTCACGGTTGACGAAAAAAAGGCCGTTCTACACTACGCGATATGCCGTCGGGATTCCACTTATGTGGAATTAACGGTTATAGTGGCATAATCAGCCGCAGGCATGGAGCCTGAAGCCAACACCCt > 1:1157860/1‑148 (MQ=255) aataatCGGTGCGCCGTTGTTCACGGGTGACGAAAAAAAGGCCGTTCTACACTACGCGATATGCAGTCGGGATTCCACTTATGTGGAATTAACGGTTATAGTGGCATAATCAGCCGCAGGCATGGAGCCTGAAGCCAACACCCTACgg > 1:3013121/1‑148 (MQ=255) taatCGGTGCGCCGTTGTTCACGGTTGACGAAAAAAAGGCCGTTCTACACTACGCGATATGCAGTCGGGATTCCACTTATGTGGAATTAACGGTTATAGTGGCATAATCAGCCGCAGGCATGGAGCCTGAAGCCAACACCCTACGGaa > 2:533212/1‑148 (MQ=255) taatCGGTGCGCCGTTGTTCACGGTTGACGAAAAAAAGGCCGTTCTACACTACGCGATATGCAGTCGGGATTCCACTTATGTGGAATTAACGGTTATAGTGGCATAATCAGCCGCAGGCATGGAGCCTGAAGCCAACACCCTACGGaa < 2:1667189/148‑1 (MQ=255) taatCGGTGCGCCGTTGTTCACGGTTGACGAAAAAAAGGCCGTTCTACACTACGCGATATGCAGTCGGGATTCCACTTATGTGGAATTAACGGTTATAGTGGCATAATCAGCCGCAGGCATGGAGCCTGAAGCCAACACCCTACGGaa < 1:2867064/148‑1 (MQ=255) taatCGGTGCGCCGTTGTTCACGGTTGACGAAAAAAAGGCCGTTCTACACTACGCGATATGCAGTCGGGATTCCACTTATGTGGAATTAACGGTTATAGTGGCATAATCAGCCGCAGGCATGGAGCCTGAAGCCAACACCCTACGGaa > 2:3478666/1‑148 (MQ=255) 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cTTATGTGGAATTAACGGTTATAGTGGCATAATCAGCCGCAGGCATGGAGCCTGAAGCCAACACCCTACGGAAACAAAAGACAACGGGAGATGTTCATGACCTGGGAATATGCGCTAATTGGGTTAGTCGTCGGCATCATTATTGGTg < 2:1552761/148‑1 (MQ=255) | ATTAAGCGCCTTCAGGTATTGCGATGTTGGGGTAACGCTTTGCATGATCTTATTGTTATTCCTTGAATAATCGGTGCGCCGTTGTTCACGGTTGACGAAAAAAAGGCCGTTCTACACTACGCGATATGCAGTCGGGATTCCACTTCTGTGGAATTAACGGTTATAGTGGCATAATCAGCCGCAGGCATGGAGCCTGAAGCCAACACCCTACGGAAACAAAAGACAACGGGAGATGTTCATGACCTGGGAATATGCGCTAATTGGGTTAGTCGTCGGCATCATTATTGGTG > CP009273/3373312‑3373601 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |