| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 3,409,856 | A→C | 100% | T489P (ACC→CCC) | acrF → | multidrug efflux system protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,409,856 | 0 | A | C | 98.3% | 700.6 / ‑1.8 | 184 | T489P (ACC→CCC) | acrF | multidrug efflux system protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (3/1); new base C (101/79); total (104/80) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.34e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 189 total aligned reads displayed.
CGCACTGGTGGGTATCGCGATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCATTCTTCGGCGGTTCTACTGGGGCAATTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTACCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTCTGCTGAGCATCACGAAAATAAGGGCGGTTTCTTCGGTTGGTTTAATACCACCTTCGATCATAGCGTTAACCACTACACCAACAGCGTCGGCAAAATCCTCGGAT > CP009273/3409711‑3409997 | cgcACTGGTGGGTATCGCGATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCATTCTTCGGCGGTTCTACTGGGGCAATTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTccc < 2:2641645/148‑1 (MQ=255) gcACTGGTGGGTATCGCGATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCATTCTTCGGCGGTTCTACTGGGGCAATTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTcccc < 1:2439076/148‑1 (MQ=255) cACTGGTGGGTATCGCGATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCATTCTTCGGCGGTTCTACTGGGGCAATTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCcccc > 1:2877679/1‑148 (MQ=255) ggtggGTATCGCGATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCATTCTTCGGCGGTTCTACTGGGGCAATTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCg < 2:1124824/148‑1 (MQ=255) gtggGTATCGCGATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCATTCTTCGGCGGTTCTACTGGGGCAATTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGt > 2:4319/1‑148 (MQ=255) tggGTATCGCGATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCATTCTTCGGCGGTTCTACTGGGGCAATTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGtt < 2:2967752/148‑1 (MQ=255) tggGTATCGCGATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCATTCTTCGGCGGTTCTACTGGGGCAATTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGtt < 2:2937262/148‑1 (MQ=255) gTATCGCGATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCATTCTTCGGCGGTTCTACTGGGGCAATTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTAtg > 1:1223050/1‑148 (MQ=255) aTCGCGATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCATTCTTCGGCGGTTCTACTGGGGCAATTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTAtgtg > 1:3496017/1‑148 (MQ=255) gcgATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCATTCTTCGGCGGTTCTACTGGGGCAATTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCaa < 2:2247970/148‑1 (MQ=255) gcgATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCATTCTTCGGCGGTTCTACTGGGGCAATTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCaa < 2:2247541/148‑1 (MQ=255) gATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCATTCTTCGGCGGTTCTACTGGGGCAATTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACg < 2:2635171/148‑1 (MQ=255) gATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCATTCTTCGGCGGTTCTACTGGGGCAATTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACg < 1:2813355/148‑1 (MQ=255) aTGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCATTCTTCGGCGGTTCTACTGGGGCAATTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACgc > 1:2980038/1‑148 (MQ=255) tGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCATTCTTCGGCGGTTCTACTGGGGCAATTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACgct > 2:2411364/1‑148 (MQ=255) tGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCATTCTTCGGCGGTTCTACTGGGGCAATTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACgctgct < 1:769981/148‑1 (MQ=255) tGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCATTCTTCGGCGGTTCTACTGGGGCAATTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTaa > 2:2028090/1‑148 (MQ=255) gTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCATTCTTCGGCGGTTCTACTGGGGCAATTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTaaa < 2:2809489/148‑1 (MQ=255) cGGTATTTATTCCGATGGCATTCTTCGGCGGTTCTACTGGGGCAATTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGt < 1:1442276/148‑1 (MQ=255) tatttattCCGATGGCATTCTTCGGCGGTTCTACTGGGGCAATTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGtctc > 1:774898/1‑148 (MQ=255) tatttattCCGATGGCATTCTTCGGCGGTTCTACTGGGGCAATTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGtctc > 2:2930734/1‑148 (MQ=255) tttattCCGATGGCATTCTTCGGCGGTTCTACTGGGGCAATTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTctg < 1:1849790/148‑1 (MQ=255) ttattCCGATGGCATTCTTCGGCGGTTCTACTGGGGCAATTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCACTGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTctgc > 1:3490602/1‑148 (MQ=255) ttattCCGATGGCATTCTTCGGCGGTTCTACTGGGGCAATTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCATACCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGATTAAACCCGTCTctgc > 1:2865481/1‑148 (MQ=255) tGGCATTCTTCGGCGGTTCTACTGGGGCAATTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTCTGCTGAGCATCa < 1:386219/148‑1 (MQ=255) tGGCATTCTTCGGCGGTTCTACTGGGGCAATTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTCTGCTGAGCATCa < 1:927569/148‑1 (MQ=255) ggCATTCTTCGGCGGTTCTACTGGGGCAATTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTCTGCTGAGCATCAc > 2:1765086/1‑148 (MQ=255) ttcttcGGCGGTTCTACTGGGGCAATTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTCTGCTGAGCATCACGaaa > 1:1066951/1‑148 (MQ=255) ttcttcGGCGGTTCTACTGGGGCAATTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTCTGCTGAGCATCACCaaa > 1:336231/1‑148 (MQ=255) tcttcGGCGGTTCTACTGGGGCAATTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTCTGCTGAGCATCACGaaaa < 2:2076857/148‑1 (MQ=255) tcttcGGCGGTTCTACTGGGGCAATTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAAACCGTCTCTGCTGAGCATCACGaaaa > 2:544987/1‑148 (MQ=255) cttcGGCGGTTCTACTGGGGCAATTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTCTGCTGAGCATCACGAAAAt < 2:1586381/148‑1 (MQ=255) cggcggTTCTACTGGGGCAATTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTCTGCTGAGCATCACGAAAATAAg < 2:1311847/148‑1 (MQ=255) cggcggTTCTACTGGGGCAATTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTCTGCTGAGCATCACGAAAATAAg < 2:665258/148‑1 (MQ=255) ggTTCTACTGGGGCAATTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTCTGCTGAGCATCACGAAAATAAGGGCg > 1:2679764/1‑148 (MQ=255) ggTTCTACTGGGGCAATTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTCTGCTGAGCATCACGAAAATAAGGGCg < 1:1727763/148‑1 (MQ=255) ttCTACTGGGGCAATTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTCTGCTGAGCATCACGAAAATAAGGGCGGt > 1:2494241/1‑148 (MQ=255) cTACTGGGGCAATTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTCTGCTGAGCATCACGAAAATAAGGGCGGttt < 2:245954/148‑1 (MQ=255) aCTGGGGCAATTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTCTGCTGAGCATCACGAAAATAAGGGCGGTttct < 1:846603/148‑1 (MQ=255) aCTGGGGCAATTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTCTGCTGAGCATCACGAAAATAAGGGCGGTttct < 1:2396504/148‑1 (MQ=255) cTGGGGCAATTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTCTGCTGAGCATCACGAAAATAAGGGCGGTttctt > 2:2589797/1‑148 (MQ=255) cTGGGGCAATTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTCTGCTGAGCATCACGAAAATAAGGGCGGTttctt > 2:1996917/1‑148 (MQ=255) ggggCAATTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTCTGCTGAGCATCACGAAAATAAGGGCGGTTTCTTCg < 2:3556939/148‑1 (MQ=255) gggCAATTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTCTGCTGAGCATCACGAAAATAAGGGCGGTTTCTTCgg > 2:2822025/1‑148 (MQ=255) gggCAATTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTCTGCTGAGCATCACGAAAATAAGGGCGGTTTCTTCgg > 1:230781/1‑148 (MQ=255) gggCAATTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTCTGCTGAGCATCACGAAAATAAGGGCGGTTTCTTCgg < 2:1504625/148‑1 (MQ=255) cAATTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTCTGCTGAGCATCACGAAAATAAGGGCGGTTTCTTCggttg < 1:2335831/148‑1 (MQ=255) aTTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTCTGCTGAGCATCACGAAAATAAGGGCGGTTTCTTCggttggt < 1:2028090/148‑1 (MQ=255) aTCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTCTGCTGAGCATCACGAAAATAAGGGCGGTTTCTTCGGTTGGTTTaa > 2:885872/1‑148 (MQ=255) gCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTCTGCTGAGCATCACGAAAATAAGGGCGGTTTCTTCGGTTGGTTTAATac > 1:1817923/1‑148 (MQ=255) gCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTCTGCTGAGCATCACGAAAATAAGGGCGGTTTCTTCGGTTGGTTTAATac < 1:2188235/148‑1 (MQ=255) cAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCGTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTCTGCTGAGCATCACGAAAATAAGGGCGGTTTCTTCGGTTGGTTTAATacca > 1:3224711/1‑148 (MQ=255) aGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTCTGCTGAGCATCACGAAAATAAGGGCGGTTTCTTCGGTTGGTTTAATaccac < 1:1325252/148‑1 (MQ=255) gTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTCTGCTGAGCATCACGAAAATAAGGGCGGTTTCTTCGGTTGGTTTAATaccacc < 2:3526653/148‑1 (MQ=255) gTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTCTGCTGAGCATCACGAAAATAAGGGCGGTTTCTTCGGTTGGTTTAATaccacc < 1:2094573/148‑1 (MQ=255) gTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTCTGCTGAGCATCACGAAAATAAGGGCGGTTTCTTCGGTTGGTTTAATaccacc < 1:2177615/148‑1 (MQ=255) gTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGATATGGTGGCATTTATTATTCACCCTGCGTTATGTGCAAAGCTGCTTAAACCCGTCTCTGCTGAGCATCACGAAAATAAGGGCGGTTTCTTAGGTTGGTTTAATaccacc > 1:119611/1‑148 (MQ=255) ttCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTCTGCTGAGCATCACGAAAATAAGGGCGGTTTCTTCGGTTGGTTTAATACCACCt > 2:2941730/1‑148 (MQ=255) tctcTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTCTGCTGAGCATCACGAAAATAAGGGCGGTTTCTTCGGTTGGTTTAATACCACCtt < 2:1357093/148‑1 (MQ=255) ctATCACCATAGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTCTGCTGAGCATCACGAAAATAAGGGCGGTTTCTTCGGTTGGTTTAATACCACCTTCGa > 2:177063/1‑148 (MQ=255) aTCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTCTGCTGAGCATCACGAAAATAAGGGCGGTTTCTTCGGTTGGTTTAATACCACCTTCGATc > 2:2155556/1‑148 (MQ=255) cACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTCTGCTGAGCATCACGAAAATAAGGGCGGTTTCTTCGGTTGGTTTAATACCACCTTCGATCAt < 1:69982/148‑1 (MQ=255) cACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTCTGCTGAGCATCACGAAAATAAGGGCGGTTTCTTCGGTTGGTTTAATACCACCTTCGATCAt > 1:1095263/1‑148 (MQ=255) aCCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTCTGCTGAGCATCACGAAAATAAGGGCGGTTTCTTCGGTTGGTTTAATACCACCTTCGATCATa > 2:1634398/1‑148 (MQ=255) ccATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTCTGATGAGCATCACGAAAATAAGGGCGGTTTCTTCGGTTGGTTTAATACCACCTTCGATCATAg > 1:802881/1‑148 (MQ=255) aTCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTCTGCTGAGCATCACGAAAATAAGGGCGGTTTCTTCGGTTGGTTTAATACCACCTTCGATCATAGCg > 1:3089996/1‑148 (MQ=255) tCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTCTGCTGAGCATCACGAAAATAATGGCGGTTTCTTCGGTTGGTTTAATAACACCTTCGATCATAGCGt > 1:1617924/1‑148 (MQ=255) tCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTCTGCTGAGCATCACGAAAATAAGGGCGGTTTCTTCGGTTGGTTTAATACCACCTTCGATCATAGCGt > 1:1677335/1‑148 (MQ=255) tCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTCTGCTGAGCATCACGAAAATAAGGGCGGTTTCTTCGGTTGGTTTAATACCACCTTCGATCATAGCGt > 1:562348/1‑148 (MQ=255) 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ttCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTCTGCTGAGCATCACGAAAATAAGGGCGGTTTCTTCGGTTGGTTTAATACCACCTTCGATCATAGCGTTAAc > 1:3458343/1‑148 (MQ=255) ttCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTCTGCTGAGCATCACGAAAATAAGGGCGGTTTCTTCGGTTGGTTTAATACCACCTTCGATCATAGCGTTAAc > 1:3458756/1‑148 (MQ=255) gCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTCTGCTGAGCATCACGAAAATAAGGGCGGTTTCTTCGGTTGGTTTAATACCACCTTCGATCATAGCGTTAACCACt > 1:592192/1‑148 (MQ=255) cAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTCTGCTGAGCATCACGAAAATAAGGGCGGTTTCTTCGGTTGGTTTAATACCACCTTCGATCATAGCGTTAACCAcaa > 1:3177450/1‑146 (MQ=255) cAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTCTGCTGAGCATCACGAAAATAAGGGCGGTTTCTTCGGTTGGTTTAATACCACCTTCGATCATAGCGTTAACCACTa > 2:3269437/1‑148 (MQ=255) aaTGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTCTGCTGAGCATCACGAAAATAAGGGCGGTTTCTTCGGTTGGTTTAATACCACCTTCGATCATAGCGTTAACCACTac > 2:463315/1‑148 (MQ=255) gcgcTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTCTGCTGAGCATCACGAAAATAAGGGCGGTTTCTTCGGTTGGTTTAATACCACCTTCGATCATAGCGTTAACCACTACACCa > 2:702250/1‑148 (MQ=255) gcgcTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTCTGCTGAGCATCACGAAAATAAGGGCGGTTTCTTCGGTTGGTTTAATACCACCTTCGATCATAGCGTTAACCACTACACCa < 2:1677335/148‑1 (MQ=255) cgcTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTCTGCTGAGCATCACGAAAATAAGGGCGGTTTCTTCGGTTGGTTTAATACCACCTTCGATCATAGCGTTAACCACTACACCaa < 2:1618780/148‑1 (MQ=255) cTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTCTGCTGAGCATCACGAAAATAAGGGCGGTTTCTTCGGTTGGTTTAATACCACCTTCGATCATAGCGTTAACCACTACACCAACa > 2:1229512/1‑148 (MQ=255) 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gATTCTTCCCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTCTGCTGAGCATCACGAAAATAAGGGCGGTTTCTTCGGTTGGTTTAATACCACCTTCGATCATAGCGTTAACCACTACACCAACAGCGTCGGCAAAATCCTCGGa < 1:1937959/148‑1 (MQ=255) | CGCACTGGTGGGTATCGCGATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCATTCTTCGGCGGTTCTACTGGGGCAATTTATCGCCAGTTCTCTATCACCATCGTTTCGGCAATGGCGCTTTCTGTTCTGGTGGCATTGATTCTTACCCCTGCGTTATGTGCAACGCTGCTTAAACCCGTCTCTGCTGAGCATCACGAAAATAAGGGCGGTTTCTTCGGTTGGTTTAATACCACCTTCGATCATAGCGTTAACCACTACACCAACAGCGTCGGCAAAATCCTCGGAT > CP009273/3409711‑3409997 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |