| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 3,415,112 | C→A | 11.7% | G143G (GGC→GGA) | yhdY → | putative amino‑acid transporter subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,415,112 | 0 | C | A | 11.7% | 692.9 / 43.6 | 215 | G143G (GGC→GGA) | yhdY | putative amino‑acid transporter subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (81/108); new base A (10/15); total (92/123) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.33e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 217 total aligned reads displayed.
ACCAACGCTGGCGAATTAACCTCGCATTACTGATTGGGCTTGTGTCGATCGCACCAATGTTCTGGAAAATACTCCCGCATCGCGGTCGCTATATTGCGGCCTGGGCGGTGATTTACCCACTGATTGTCTGGTGGCTGATGTATGGCGGTTTTTTTGCTCTTGAGCGGGTTGAAACCCGGCAATGGGGCGGGCTGACGCTAACTTTAATTATTGCATCAGTTGGGATTGCGGGGGCGCTACCGTGGGGGATCTTACTGGCGTTAGGTCGCCGCTCCCATATGCCGATTGTGCGT > CP009273/3414967‑3415259 | aCCAACGCTGGCGAATTAACCTCGCATTACTGATTGGGCTTGTGTCGATCGCACCAATGTTCTGGAAAATACTCCCGCATCGCGGTCGCTATATTGCGGCCTGGGCGGTGATTTACCCACTGATTGTCTGGTGGCTGATGTATGGCgg < 1:3276857/148‑1 (MQ=255)aCCAACGCTGGCGAATTAACCTCGCATTACTGATTGGGCTTGTGTCGATCGCACCAATGTTCTGGAAAATACTCCCGCATCGCGGTCGCTATATTGCGGCCTGGGCGGTGATTTACCCACTGATTGTCTGGGGGCTGATGTCTGGCgg > 2:3337295/1‑148 (MQ=255) ccAACGCTGGCGAATTAACCTCGCATTACTGATTGGGCTTGTGTCGATCGCACCAATGTTCTGGAAAATACTCCCGCATCGCGGTCGCTATATTGCGGCCTGGGCGGTGATTTACCCACTGATTGTCTGGTGGCTGATGTATGGCGGt < 1:1161314/148‑1 (MQ=255) ccAACGCTGGCGAATTAACCTCGCATTACTGATTGGGCTTGTGTCGATCGCACCAATGTTCTGGAAAATACTCCCGCATCGCGGTCGCTATATTGCGGCCTGGGCGGTGATTTACCCACTGATTGTCTGGTGGCTGATGTATGGCGGt < 1:124030/148‑1 (MQ=255) ccAACGCTGGCGAATTAACCTCGCATTACTGATTGGGCTTGTGTCGATCGCACCAATGTTCTGGAAAATACTCCCGCATCGCGGTCGCTATATTGCGGCCTGGGCGGTGATTTACCCACTGATTGTCTGGTGGCTGATGTATGGCGGt < 1:1956744/148‑1 (MQ=255) cAACGCTGGCGAATTAACCTCGCATTACTGATTGGGCTTGTGTCGATCGCACCAATGTTCTGGAAAATACTCCCGCATCGCGGTCGCTATATTGCGGCCTGGGCGGTGATTTACCCACTGATTGTCTGGTGGCTGATGTATGGCGGtt > 2:1718228/1‑148 (MQ=255) aaCGCTGGCGAATTAACCTCGCATTACTGATTGGGCTTGTGTCGATCGCACCAATGTTCTGGAAAATACTCCCGCATCGCGGTCGCTATATTGCGGCCTGGGCGGTGATTTACCCACTGATTGTCTGGTGGCTGATGTATGGAGGttt > 1:844090/1‑148 (MQ=255) aaCGCTGGCGAATTAACCTCGCATTACTGATTGGGCTTGTGTCGATCGCACCAATGTTCTGGAAAATACTCCCGCATCGCGGTCGCTATATTGCGGCCTGGGCGGTGATTTACCCACAGATAGTCTGTTGGCTGATGTATGGCGGttt > 2:3002512/1‑148 (MQ=255) aaCGCTGGCGAATTAACCTCGCATTACTGATTGGGCTTGTGTCGATCGCACCAATGTTCTGGAAAATACTCCCGCATCGCGGTCGCTATATTGCGGCCTGGGCGGGGATTTACCCACTGATTGTCTGGTGGCTGTTGTATGGAGGttt > 1:723442/1‑148 (MQ=255) aCGCTGGCGAATTAACCTCGCATTACTGATTGGGCTTGTGTCGATCGCACCAATGTTCTGGAAAATACTCCCGCATCGCGGTCGCTATATTGCGGCCTGGGCGGTGATTTACCCACTGATTGTCTGGTGGCTGATGTATGGCGGtttt > 1:2060190/1‑148 (MQ=255) cGCTGGCGAATTAACCTCGCATTACTGATTGGGCTTGTGTCGATCGCACCAATGTTCTGGAAAATACTCCCGCATCGCGGTCGCTATATTGCGGCCTGGGCGGTGATTTACCCACTGATTGTCTGGTGGCTGATGTATGGCGGttttt > 1:1651988/1‑148 (MQ=255) cGCTGGCGAATTAACCTCGCATTACTGATTGGGCTTGTGTCGATCGCACCAATGTTCTGGAAAATACTCCCGCATCGCGGTCGCTATATTGCGGCCTGGGCGGTGATTTACCCACTGATTGTCTGGTGGCTGATGTATGGCGGttttt < 1:1115251/148‑1 (MQ=255) gCTGGCGAATTAACCTCGCATTACTGATTGGGCTTGTGTCGATCGCACCAATGTTCTGGAAAATACTCCCGCATCGCGGTCGCTATATTGCGGCCTGGGCGGTGATTTACCCACTGATTGTCTGGTGGCTGATGTATGGCGGtttttt < 2:2300727/148‑1 (MQ=255) cTGGCGAATTAACCTCGCATTACTGATTGGGCTTGTGTCGATCGCACCAATGTTCTGGAAAATACTCCCGCATCGCGGTCGCTATATTGCGGCCTGGGCGGTGATTTACCCACTGATTGTCTGGTGGCTGATGTATGGCGGttttttt < 1:527046/148‑1 (MQ=255) cTGGCGAATTAACCTCGCATTACTGATTGGGCTTGTGTCGATCGCACCAATGTTCTGGAAAATACTCCCGCATCGCGGTCGCTATATTGCGGCCTGGGCGGTGATTTACCCACTGATTGTCTGGTGGCTGATGTATGGCGGttttttt < 1:526967/148‑1 (MQ=255) tGGCGAATTAACCTCGCATTACTGATTGGGCTTGTGTCGATCGCACCAATGTTCTGGAAAATACTCCCGCATCGCGGTCGCTATATTGCGGCCTGGGCGGTGATTTACCCACTGATTGTCTGGTGGCTGATGTATGGCGGTTTTTTTg < 2:2116994/148‑1 (MQ=255) gCGAATTAACCTCGCATTACTGATTGGGCTTGTGTCGATCGCACCAATGTTCTGGAAAATACTCCCGCATCGCGGTCGCTATATTGCGGCCTGGGCGGTGATTTACCCACTGATTGTCTGGTGGCTGATGTATGGCGGTTTTTTTGct < 2:1974193/148‑1 (MQ=255) gCGAATTAACCTCGCATTACTGATTGGGCTTGTGTCGATCGCACCAATGTTCTGGAAAATACTCCCGCATCGCGGTCGCTATATTGCGGCCTGGGCGGTGATTTACCCACTGATTGTCTGGTGGCTGATGTATGGCGGTTTTTTTGct < 2:1015977/148‑1 (MQ=255) gCGAATTAACCTCGCATTACTGATTGGGCTTGTGTCGATCGCACCAATGTTCTGGAAAATACTCCCGCATCGCGGTCGCTATATTGCGGCCTGGGCGGTGATTTACCCACTGATTGTCTGGTGGCTGATGTATGGAGGTTTTTTTGct < 2:702948/148‑1 (MQ=255) 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ttGCGGCCTGGGCGGTGATTTACCCACTGATTGTCTGGTGGCTGATGTATGGCGGTTTTTTTGCTCTTGAGCGGGTTGAAACCCGGCAATGGGGCGGGCTGACGCTAACTTTAATTATTGCATCAGTTGGGATTGCGGGGGCGCTAcc > 2:2711724/1‑148 (MQ=255) cGGCCTGGGCGGTGATTTACCCACTGATTGTCTGGTGGCTGATGTATGGCGGTTTTTTTGCTCTTGAGCGGGTTGAAACCCGGCAATGGGGCGGGCTGACGCTAACTTTAATTATTGCATCAGTTGGGATTGCGGGGGCGCTACCGTg > 2:1066720/1‑148 (MQ=255) ggCCTGGGCGGTGATTTACCCACTGATTGTCGGGTGGCTGATGGAGGGCGGTTTTTTTGCTCTTGAGCGGGTGGAAACCCGGCAATGGGGCGGGCTGACGCTAACTTTAATTATTGCATCAGTTGGGATTGCGGGGGCGCTACCGTgg < 2:2731466/148‑1 (MQ=255) gCCTGGGCGGTGATTTACCCACTGATTGTCTGGTGGCTGATGTATGGCGGTTTTTTTGCTCTTGAGCGGGTTGAAACCCGGCAATGGGGCGGGCTGACGCTAACTTTAATTATTGCATCAGTTGGGATTGCGGGGGCGCTACCGTggg < 2:2814683/148‑1 (MQ=255) gTGATTTACCCACTGATTGTCTGGTGGCTGATGTATGGCGGTTTTTTTGCTCTTGAGCGGGTTGAAACCCGGCAATGGGGCGGGCTGACGCTAACTTTAATTATTGCATCAGTTGGGATTGCGGGGGCGCTACCGTGGGGGATCTTAc < 2:835043/148‑1 (MQ=255) 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ttGTCTGGTGGCTGATGTATGGCGGTTTTTTTGCTCTTGAGCGGGTTGAAACCCGGCAATGGGGCGGGCTGACGCTAACTTTAATTATTGCATCAGTTGGGATTGCGGGGGCGCTACCGTGGGGGATCTTACTGGCGTTAGGTcgccg > 2:745347/1‑148 (MQ=255) gTCTGGTGGCTGATGTATGGAGGTTTTTTTGCTCTTGAGCGGGTTGAAACCCGGCAATGGGGCGGGCTGACGCTAACTTTAATTATTGCATCAGTTGGGATTGCGGGGGCGCTACCGTGGGGGATCTTACTGGCGTTAGGTCGCCGCt > 2:2898832/1‑148 (MQ=255) tggtggCTGATGTATGGCGTTTTTTTTGCTCTTGAGCGGGTTGAATCGCGTCAATGGGGCGGGCTGACGCTAACTTTTATTATTGCATCAGTTGGGATTGCGGTGGCGCTACCGTGGGGGATCTTACTTGCGTTAGGTCGCCGCTccc < 1:1528037/148‑1 (MQ=255) gtggCTGATGTATGGCGGTTTTTTTGCTCTTGAGCGGGTTGAAACCCGGCAATGGGGCGGGCTGACGCTAACTTTAATTATTGCATCAGTTGGGATTGCGGGGGCGCTACCGTGGGGGATCTTACTGGCGTTAGGTCGCCGCTCCCat < 1:2712269/148‑1 (MQ=255) gtggCTGATGTATGGCGGTTTTTTTGCTCTTGAGCGGGTTGAAACCCGGCAATGGGGCGGGCTGACGCTAACTTTAATTATTGCATCAGTTGGGATTGCGGGGGCGCTACCGTGGGGGATCTTACTGGCGTTAGGTCGCCGCTCCCat < 1:3145138/148‑1 (MQ=255) 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cGGTTTTGTTGCTCTTGAGCGGGTTGAAACCCGGCAATGGGGCGGGCTGACGCTAACTTTAATTATTGCATCAGTTGGGATTGCGGGGGCGCTACCGTGGGGGATCTTACTGGCGTTAGGTCGCCGCTCCCATATGCCGATTGTGCGt < 2:2589041/148‑1 (MQ=255) | ACCAACGCTGGCGAATTAACCTCGCATTACTGATTGGGCTTGTGTCGATCGCACCAATGTTCTGGAAAATACTCCCGCATCGCGGTCGCTATATTGCGGCCTGGGCGGTGATTTACCCACTGATTGTCTGGTGGCTGATGTATGGCGGTTTTTTTGCTCTTGAGCGGGTTGAAACCCGGCAATGGGGCGGGCTGACGCTAACTTTAATTATTGCATCAGTTGGGATTGCGGGGGCGCTACCGTGGGGGATCTTACTGGCGTTAGGTCGCCGCTCCCATATGCCGATTGTGCGT > CP009273/3414967‑3415259 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |