| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 3,513,424 | A→T | 100% | V213V (GTT→GTA) | hofQ ← | DNA catabolic putative fimbrial transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,513,424 | 0 | A | T | 98.0% | 647.5 / 2.0 | 201 | V213V (GTT→GTA) | hofQ | DNA catabolic putative fimbrial transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/3); new base T (112/85); total (113/88) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.21e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.84e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 201 total aligned reads displayed.
GCGATAATATCCAGCTGCTGTTTTTGTTCGAGCGCGGAAAGCTCAAGATCCAGCAAGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCAACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATGGTGACAATATGCGCCGACAGCTCAACCTGCCCGACCGGCAGATCCATTTGCGCTACCCACTGTTCAAGCGCG > CP009273/3513281‑3513568 | gCGATAATATCCAGCTGCTGTTTTTGTTCGAGCGCGGAAAGCTCAAGATCCAGCAAGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGc < 2:3118630/148‑1 (MQ=255)gCGATAATATCCAGCTGCTGTTTTTGTTCGAGCGCGGAAAGCTCAAGATCCAGCAAGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGc < 2:1564866/148‑1 (MQ=255) taataTCCAGCTGCTGTTTTTGTTCGAGCGCGGAAAGCTCAAGATCCAGCAAGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGccacc > 1:1571516/1‑148 (MQ=255) aataTCCAGCTGCTGTTTTTGTTCGAGCGCGGAAAGCTCAAGATCCAGCAAGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGccacca > 1:2392309/1‑148 (MQ=255) atCCAGCTGCTGTTTTTGTTCGAGCGCGGAAAGCTCAAGATCCAGCAAGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCg > 2:3331911/1‑148 (MQ=255) tCCAGCTGCTGTTTTTGTTCGAGCGCGGAAAGCTCAAGATCCAGCAAGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCgt > 1:757084/1‑148 (MQ=255) tCCAGCTGCTGTTTTTGTTCGAGCGCGGAAAGCTCAAGATCCAGCAAGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCgt > 1:2966368/1‑148 (MQ=255) tCCAGCTGCTGTTTTTGTTCGAGCGCGGAAAGCTCAAGATCCAGCAAGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCgt > 1:2609096/1‑148 (MQ=255) cAGCTGCTGTTTTTGTTCGAGCGCGGAAAGCTCAAGATCCAGCAAGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCgtgt < 2:1200047/148‑1 (MQ=255) aGCTGCTGTTTTTGTTCGAGCGCGGAAAGCTCAAGATCCAGCAAGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGtt > 1:442618/1‑148 (MQ=255) aGCTGCTGTTTTTGTTCGAGCGCGGAAAGCTCAAGATCCAGCAAGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGtt > 1:1901833/1‑148 (MQ=255) aGCTGCTGTTTTTGTTCGAGCGCGGAAAGCTCAAGATCCAGCAAGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGtt > 1:2431700/1‑148 (MQ=255) tgctgTTTTTGTTCGAGCGCGGAAAGCTCAAGATCCAGCAAGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTgcg < 2:407516/148‑1 (MQ=255) gctgTTTTTGTTCGAGCGCGGAAAGCTCAAGATCCAGCAAGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTgcgc > 1:3329504/1‑148 (MQ=255) ctgTTTTTGTTCGAGCGCGGAAAGCTCAAGATCCAGCAAGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCa > 2:1466929/1‑148 (MQ=255) tgTTTTTGTTCGAGCGCGGAAAGCTCAAGATCCAGCAAGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCAt > 2:2762687/1‑148 (MQ=255) tgTTTTTGTTCGAGCGCGGAAAGCTCAAGATCCAGCAAGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCAt < 1:2594224/148‑1 (MQ=255) tgTTTTTGTTCGAGCGCGGAAAGCTCAAGATCCAGCAAGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCAt < 2:1908405/148‑1 (MQ=255) tttttGTTCGAGCGCGGAAAGCTCAAGATCCAGCAAGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCg > 1:3388873/1‑148 (MQ=255) tttGTTCGAGCGCGGAAAGCTCAAGATCCAGCAAGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGc < 1:1096613/148‑1 (MQ=255) tttGTTCGAGCGCGGAAAGCTCAAGATCCAGCAAGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGc < 1:1597126/148‑1 (MQ=255) ttCGAGCGCGGAAAGCTCAAGATCCAGCAAGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGc > 2:572881/1‑148 (MQ=255) tCGAGCGCGGAAAGCTCAAGATCCAGCAAGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCg > 2:2791677/1‑148 (MQ=255) aGCGCGGAAAGCTCAAGATCCAGCAAGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTcc > 1:3030581/1‑148 (MQ=255) aGCGCGGAAAGCTCAAGATCCAGCAAGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTcc < 2:797050/148‑1 (MQ=255) aGCGCGGAAAGCTCAAGATCCAGCAAGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATAGGCCAGCGTcc > 1:1677132/1‑148 (MQ=255) cgGAAAGCTCAAGATCCAGCAAGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCAttt < 1:2572096/148‑1 (MQ=255) aaaGCTCAAGATCCAGCAAGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCAc > 2:3137274/1‑148 (MQ=255) aaGCTCAAGATCCAGCAAGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACg < 2:2284565/148‑1 (MQ=255) gCTCAAGATCCAGCAAGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGcc < 1:3112567/148‑1 (MQ=255) cAAGATCCAGCAAGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTaa < 1:1239378/148‑1 (MQ=255) cAAGATCCAGCAAGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTaa < 2:2698487/148‑1 (MQ=255) cAAGATCCAGCAAGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTaa < 1:2468375/148‑1 (MQ=255) gATCCAGCAAGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTc > 2:453827/1‑148 (MQ=255) aTCCAGCAAGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCa > 1:3249212/1‑148 (MQ=255) aGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACt > 2:3126792/1‑148 (MQ=255) aGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACt < 2:1063378/148‑1 (MQ=255) cGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACttt > 1:2207361/1‑148 (MQ=255) gTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACtttt < 1:2905450/148‑1 (MQ=255) tCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACttttt < 2:2998046/148‑1 (MQ=255) tCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACttttt < 1:2082338/148‑1 (MQ=255) ccGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACtttttt > 1:1440325/1‑148 (MQ=255) cGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTc < 1:818560/148‑1 (MQ=255) gATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTa < 1:3390867/148‑1 (MQ=255) aTGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTaa > 1:2322343/1‑148 (MQ=255) tGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAAt < 1:2279787/148‑1 (MQ=255) gcgcCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATg < 2:1967121/148‑1 (MQ=255) gcgcCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATg < 1:2994064/148‑1 (MQ=255) gcgcCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCAACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATg > 1:974265/1‑148 (MQ=255) cgcCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATgg < 1:234847/148‑1 (MQ=255) cgcCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATgg < 1:1003077/148‑1 (MQ=255) cgcCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATgg > 2:2099584/1‑148 (MQ=255) gcCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATGGt < 2:2835303/148‑1 (MQ=255) gcCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATGGt < 2:160187/148‑1 (MQ=255) cccAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATGGTg < 1:3371905/148‑1 (MQ=255) aaTGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATGGTGACa < 2:2633430/148‑1 (MQ=255) aTGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATGGTGACaa > 2:393467/1‑148 (MQ=255) tGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATGGTGACAat < 2:2493391/148‑1 (MQ=255) gTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATGGTGACAata < 2:3062225/148‑1 (MQ=255) ttAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATGGTGACAatat > 1:2462476/1‑148 (MQ=255) aaaCCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATGGTGACAATATgcg > 2:3420406/1‑148 (MQ=255) aaaCCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCAACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATGGTGACAATATgcg < 2:2038271/148‑1 (MQ=255) ccGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATGGTGACAATATGCGCCg > 2:766049/1‑148 (MQ=255) cGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATGGTGACAATATGCGCCGa > 1:2792957/1‑148 (MQ=255) 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gACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATGGTGACAATATGCGCCGAc > 2:2421388/1‑148 (MQ=255) aCATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATGGTGACAATATGCGCCGACa > 2:3222754/1‑148 (MQ=255) aTGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATGGTGACAATATGCGCCGACAGc > 1:2390906/1‑148 (MQ=255) tGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATGGTGACAATATGCGCCGACAGCt > 2:2616470/1‑148 (MQ=255) gCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATGGTGACAATATGCGCCGACAGCTc > 1:823774/1‑148 (MQ=255) cGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCACGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTGTTTCATTAATGGTGACAATCTGCGCCGACAGCTCa > 2:2028005/1‑148 (MQ=255) gTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATGGTGACAATATGCGCCGACAGCTCaa < 2:820502/148‑1 (MQ=255) gTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATGGTGACAATATGCGCCGACAGCTCaa < 1:2543287/148‑1 (MQ=255) tGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATGGTGACAATATGCGCCGACAGCTCAAcc > 1:994447/1‑148 (MQ=255) tGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATGGTGACAATATGCGCCGACAGCTCAAcc > 1:1272836/1‑148 (MQ=255) gTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATGGTGACAATATGCGCCGACAGCTCAACCt > 2:1775854/1‑148 (MQ=255) cGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATGGTGACAATATGCGCCGACAGCTCAACCTGc > 1:1156698/1‑148 (MQ=255) gCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATGGTGACAATATGCGCCGACAGCTCAACCTGcc < 1:3222754/148‑1 (MQ=255) gCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATGGTGACAATATGCGCCGACAGCTCAACCTGcc < 1:282876/148‑1 (MQ=255) ccGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATGGTGACAATATGCGCCGACAGCTCAACCTGccc > 1:3075976/1‑148 (MQ=255) ccGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATGGTGACAATATGCGCCGACAGCTCAACCTGccc > 1:3075347/1‑148 (MQ=255) gTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATGGTGACAATATGCGCCGACAGCTCAACCTgacaga > 1:160943/1‑143 (MQ=255) aCGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATGGTGACAATATGCGCCGACAGCTCAACCTGCCCGACCGGCa > 2:1517408/1‑148 (MQ=255) agagGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATGGTGACAATATGCGCCGACAGCTCAACCTGCCCGACCGGCAGATc > 2:2741589/1‑148 (MQ=255) agagGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATGGTGACAATATGCGCCGACAGCTCAACCTGCCCGACCGGCAGATc < 2:1375417/148‑1 (MQ=255) agagGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATGGTGACAATATGCGCCGACAGCTCAACCTGCCCGACCGGCAGATc < 2:554180/148‑1 (MQ=255) gagGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATGGTGACAATATGCGCCGACAGCTCAACCTGCCCGACCGGCAGATcc > 1:263408/1‑148 (MQ=255) agGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATGGTGACAATATGCGCCGACAGCTCAACCTGCCCGACCGGCAGATCCa > 2:1844428/1‑148 (MQ=255) ggTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGAAAACTTTTTTCATTAATGGTGACAATATGCGCCGACAGCTCAACCTGCCCGACCGGCAGATCCAt < 2:2609096/148‑1 (MQ=255) cAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATGGTGACAATATGCGCCGACAGCTCAACCTGCCCGACCGGCAGATCCATTTGCGCTAc > 2:133160/1‑148 (MQ=255) cAAGCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATGGTGACAATATGCGCCGACAGCTCAACCTGCCCGACCGGCAGATCCATTTGCGCTAc > 2:894733/1‑148 (MQ=255) gCGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATGGTGACAATATGCGCCGACAGCTCAACCTGCCCGACCGGCAGATCCATTTGCGCTACCCa < 2:3080315/148‑1 (MQ=255) cGTGGTGACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATGGTGACAATATGCGCCGACAGCTCAACCTGCCCGACCGGCAGATCCATTTGCGCTACCCAc < 1:3530971/148‑1 (MQ=255) tggtgACTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATGGTGACAATATGCGCCGACAGCTCAACCTGCCCGACCGGCAGATCCATTTGCGCTACCCACTg < 2:2162000/148‑1 (MQ=255) aCTTGCCCTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATGGTGACAATATGCGCCGACAGCTCAACCTGCCCGACCGGCAGATCCATTTGCGCTACCCACTGTTCaa < 1:2791677/148‑1 (MQ=255) cccTACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATGGTGACAATATGTGCCGACAGCTCAACCTGCCCGACCGGCAGATCCATTTGCGCTACCCACTGTTCAAgcgcg < 2:1653570/148‑1 (MQ=255) | GCGATAATATCCAGCTGCTGTTTTTGTTCGAGCGCGGAAAGCTCAAGATCCAGCAAGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTGGTGACTTGCCCAACGCCACCAGCGTGTTGCGCATCGGCCAGCGTCCATTTCACGCCTAACTCACGCAAACTTTTTTCATTAATGGTGACAATATGCGCCGACAGCTCAACCTGCCCGACCGGCAGATCCATTTGCGCTACCCACTGTTCAAGCGCG > CP009273/3513281‑3513568 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |