Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 3,525,950 | C→T | 5.9% | intergenic (‑152/‑227) | yhgE ← / → pck | DUF4153 family putative inner membrane protein/phosphoenolpyruvate carboxykinase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 3,525,950 | 0 | C | T | 5.9% | 911.5 / 26.6 | 252 | intergenic (‑152/‑227) | yhgE/pck | DUF4153 family putative inner membrane protein/phosphoenolpyruvate carboxykinase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (113/124); new base T (4/11); total (117/135) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.81e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.60e-01 |
Only 100 of 254 total aligned reads displayed.
GTTATCCAGAATCAAAAGGTGGGTTAATTATCGCATCCGGGCAGTAGTATTTTGCTTTTTTCAGAAAATAATCAAAAAAAGTTAGCGTGGTGAATCGATACTTTACCGGTTGAATTTGCATCAATTTCATTCAGGAATGCGATTCCACTCACAATATTCCCGCCATATAAACCAAGATTTAACCTTTTGAGAACATTTTCCACACCTAAAATGCTATTTCTGCGATAATAGCAACCGTTTCGTGACAGGAATCACGGAGTTTTTTGTCAAATATGAATTTCTCCAGATACGTAA > CP009273/3525803‑3526096 | ttATCCAGAATCAACAGGTGGGTTAATTATCGCATCCGGGCAGTAGTATTTTGCTTTTTTCAGAAAATAATCAAAAAAAGTTAGCGTGGTGAATCGATACTTTACCGGTTGAATTTGCATCAATTTCATTCAGGAATGCGATTCCACt < 1:2310738/148‑1 (MQ=255) ttATCCAGAATCAAAAGGTGGGTTAATTATCGCATCCGGGCAGTAGTATTTTGCTTTTTTCAGAAAATAATCAAAAAAAGTTAGCGTGGTGAATCGATACTTTACCGGTTGAATTTGCATCAATTTCATTCAGGAATGCGATTCCACt > 2:683155/1‑148 (MQ=255) ttATCCAGAAACAAAAGGTGGGTTAATTATCGCATCCGGGCAGTAGTATTTTGCTTTTTTCAGAAAATAATCAAAAAAAGTAAGCGAGGTGACTCGATACTGTACCGGTTGACTTTGCATCAATTTCATTCAGGAATGCGATTCCACt > 1:766434/1‑148 (MQ=255) tATCCAGAATCAAAAGGTGGGTTAATTATCGCATCCGGGCAGTAGTATTTTGCTTTTTTCAGAAAATAATCAAAAAAAGTTAGCGTGGTGAATCGATACTTTACCGGTTGAATTTGCATCAATTTCATTCAGGAATGCGATTACACTc > 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |