| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 3,541,081 | G→T | 6.0% | V388V (GTG→GTT) | gntT → | gluconate transporter, high‑affinity GNT I system |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,541,081 | 0 | G | T | 6.0% | 657.9 / 12.2 | 175 | V388V (GTG→GTT) | gntT | gluconate transporter, high‑affinity GNT I system |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (62/102); new base T (2/9); total (64/111) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.32e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 182 total aligned reads displayed.
GGCCTGGTCGATTGCTGCCGTACTGCGTATCGCGCTGGGTTCCGCAACCGTTGCGGCAATCACTGCGGGTGGTATCGCGGCACCGCTGATTGCAACGACGGGTGTTAGCCCGGAGCTGATGGTTATTGCGGTTGGTTCCGGTAGTGTGATTTTCTCTCATGTGAACGATCCGGGCTTCTGGCTGTTCAAAGAGTACTTTAACCTGACTATCGGCGAGACCATCAAATCCTGGTCGATGCTGGAAACCATTATCTCGGTGTGCGGTCTGGTAGGCTGTCTGCTGCTGAATATGGT > CP009273/3540934‑3541227 | ggCCTGGTCGATTGCTGCCGTACTGCGTATCGCGCTGGGTTCCGCAACCGTTGCGGCAATCACTGCGGGTGGTATCGCGGCACCGCTGATTGCAACGACGGGTGTTAGCCCGGAGCTGATGGTTATTGCGGTTGGTTCCGGTAGtgtg < 1:2897569/148‑1 (MQ=255)ggCCTGGTCGATTGCTGCCGTACTGCGTATCGCGCTGGGTTCCGCAACCGTTGCGGCAATCACTGCGGGTGGTATCGCGGCACCGCTGATTGCAACGACGGGTGTTAGCCCGGAGCTGATGGTTATTGCGGTTGGTTCCGGTAGtgtg < 1:242645/148‑1 (MQ=255) gCCTGGTCGATTGCTGCCGTACTGCGTATCGCGCTGGGTTCCGCAACCGTTGCGGCAATCACTGCGGGTGGTATCGCGGCACCGCTGATTGCAACGACGGGTGTTAGCCCGGAGCTGATGGTTATTGCGGTTGGTTCCGGTAGTGTGa < 1:367146/148‑1 (MQ=255) gCCTGGTCGATTGCTGCCGTACTGCGTATCGCGCTGGGTTCCGCAACCGTTGCGGCAATCACTGCGGGTGGTATCGCGGCACCGCTGATTGCAACGACGGGTGTTAGCCCGGAGCTGATGGTTATTGCGGTTGGTTCCGGTAGTGTGa > 2:3073786/1‑148 (MQ=255) ccTGGTCGATTGCTGCCGTACTGCGTATCGCGCTGGGTTCCGCAACCGTTGCGGCAATCACTGCGGGTGGTATCGCGGCACCGCTGATTGCAACGACGGGTGTTAGCCCAGAGCTGATGGTTATTGCGGTTGGTTCCGGTAGTGTGAt < 1:968362/148‑1 (MQ=255) cTGGTCGATTGCTGCCGTACTGCGTATCGCGCTGGGTTCCGCAACCGTTGCGGCAATCACTGCGGGTGGTATCGCGGCACCGCTGATTGCAACGACGGGTGTTAGCCCGGAGCTGATGGTTATTGCGGTTGGTTCCGGTAGTGTGAtt < 1:300902/148‑1 (MQ=255) cTGGTCGATTGCTGCCGTACTGCGTATCGCGCTGGGTTCCGCAACCGTTGCGGCAATCACTGCGGGTGGTATCGCGGCACCGCTGATTGCAACGACGGGTGTTAGCCCGGAGCTGATGGTTATTGCGGTTGGTTCCGGTAGTGTGAtt < 2:1063916/148‑1 (MQ=255) tGGTCGATTGCTGCCGTACTGCGTATCGCGCTGGGTTCCGCAACCGTTGCGGCAATCACTGCGGGTGGTATCGCGGCACCGCTGATTGCAACGACGGGTGTTAGCCCGGAGCTGATGGTTATTGCGGTTGGTTCCGGTAGTGTGAttt > 2:3393044/1‑148 (MQ=255) tGGTCGATTGCTGCCGTACTGCGTATCGCGCTGGGTTCCGCAACCGTTGCGGCAATCACTGCGGGTGGTATCGCGGCACCGCTGATTGCAACGACGGGTGTTAGCCCGGAGCTGATGGTTATTGCGGTTGGTTCCGGTAGTGTGAttt > 2:3040185/1‑148 (MQ=255) tGGTCGATTGCTGCCGTACTGCGTATCGCGCTGGGTTCCGCAACCGTTGCGGCAATCACTGCGGGTGGTATCGCGGCACCGCTGATTGCAACGACGGGTGTTAGCCCGGAGCTGATGGTTATTGCGGTTGGTTCCGGTAGTGTGAttt < 1:2296724/148‑1 (MQ=255) gTCGATTGCTGCCGTACTGCGTATCGCGCTGGGTTCCGCAACCGTTGCGGCAATCACTGCGGGTGGTATCGCGGCACCGCTGATTGCAACGACGGGTGTTAGCCCGGAGCTGATGGTTATTGCGGTTGGTTCCGGTAGTGTGATTTtc < 2:2475643/148‑1 (MQ=255) aTTGCTGCCGTACTGCGTATCGCGCTGGGTTCCGCAACCGTTGCGGCAATCACTGCGGGTGGTATCGCGGCACCGCTGATTGCAACGACGGGTGTTAGCCCGGAGCTGATGGTTATTGCGGTTGGTTCCGGTAGTGTTATTTtctctc < 2:362359/148‑1 (MQ=255) aTTGCTGCCGTACTGCGTATCGCGCTGGGTTCCGCAACCGTTGCGGCAATCACTGCGGGTGGTATCGCGGCACCGCTGATTGCAACGACGGGTGTTAGCCCGGAGCTGATGGTTATTGCGGTTGGTTCCGGTAGTGTTATTTtctctc < 2:362794/148‑1 (MQ=255) ttGCTGCCGTACTGCGTATCGCGCTGGGTTCCGCAACCGTTGCGGCAATCACTGCGGGTGGTATCGCGGCACCGCTGATTGCAACGACGGGTGTTAGCCCGGAGCTGATGGTTATTGCGGTTGGTTCCGGTAGTGTGATTTTCTCTCa > 1:3131471/1‑148 (MQ=255) ttGCTGCCGTACTGCGTATCGCGCTGGGTTCCGCAACCGTTGCGGCAATCACTGCGGGTGGTATCGCGGCACCGCTGATTGCAACGACGGGTGTTAGCCCGGAGCTGATGGTTATTGCGGTTGGTTCCGGTAGTGTGATTTTCTCTCa > 1:586363/1‑148 (MQ=255) aCTGCGTATCGCGCTGGGTTCCGCAACCGTTGCGGCAATCACTGCGGGTGGTATCGCGGCACCGCTGATTGCAACGACGGGTGTTAGCCCGGAGCTGATGGTTATTGCGGTTGGTTCCGGTAGTGTGATTTTCTCTCATGTGAACGAt < 1:389029/148‑1 (MQ=255) cTGCGTATCGCGCTGGGTTCCGCAACCGTTGCGGCAATCACTGCGGGTGGTATCGCGGCACCGCTGATTGCAACGACGGGTGTTAGCCCGGAGCTGATGGTTATTGCGGTTGGTTCCGGTAGTGTGATTTTCTCTCATGTGAACGATc > 1:3297251/1‑148 (MQ=255) tGCGTATCGCGCTGGGTTCCGCAACCGTTGCGGCAATCACTGCGGGTGGTATCGCGGCACCGCTGATTGCAACGACGGGTGTTAGCCCGGAGCTGATGGTTATTGCGGTTGGTTCCGGTAGTGTGATTTTCTCTCATGTGAACGATcc > 1:2680868/1‑148 (MQ=255) gCGTATCGCGCTGGGTTCCGCAACCGTTGCGGCAATCACTGCGGGTGGTATCGCGGCACCGCTGATTGCAACGACGGGTGTTAGCCCGGAGCTGATGGTTATTGCGGTTGGTTCCGGTAGTGTGATTTTCTCTCATGTGAACGATCCg < 1:2073425/148‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |