Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 3,543,190 | C→A | 18.3% | L80L (CTG→CTT) | malQ ← | 4‑alpha‑glucanotransferase (amylomaltase) |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 3,543,190 | 0 | C | A | 18.3% | 525.2 / 70.1 | 184 | L80L (CTG→CTT) | malQ | 4‑alpha‑glucanotransferase (amylomaltase) |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (71/79); new base A (20/14); total (91/93) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.58e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 189 total aligned reads displayed.
TTTCGGGGCGACAATCACCCGGCAATGCGCGCGCTGGTCGTCCTGGGTGAGTGTCAGCGTGTGATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCGGGACTGGCGTTACCGCCACTTTCGTGGCGGTACGTTGATGCATCGCGTCAAGCAAACGCCGTTTGGTTT > CP009273/3543043‑3543335 | ttCGGGGCGACAATCACCCGGCAATGCGCGCGCTGGTCGTCCTGGGTGAGTGTCAGCGTGTGATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTca > 1:77407/1‑148 (MQ=255) tCGGGGCGACAATCACCCGGCAATGCGCGCGCTGGTCGTCCTGGGTGAGTGTCAGCGTGTGATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTaag < 1:3476740/148‑1 (MQ=255) gggCGACAATCACCCGGCAATGCGCGCGCTGGTCGTCCTGGGTGAGTGTCAGCGTGTGATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTcagcag > 2:3368743/1‑148 (MQ=255) gCGACAATCACCCGGCAATGCGCGCGCTGGTCGTCCTGGGTGAGTGTCAGCGTGTGATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTAAGcagcc < 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cAATGCGCGCGCTGGTCGTCCTGGGTGAGTGTCAGCGTGTGATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTAAGCAGCCAGCTATATTcgccgc > 2:188924/1‑148 (MQ=255) cTGGTCGTCCTGGGTGAGTGTCAGCGTGTGATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTAAGCAGCCAGCTCTATTCGCCGCTGCCCTccacc > 2:573233/1‑148 (MQ=255) gtcgtcCTGGGTGAGTGTCAGCGTGTGATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTccaccacc > 1:2951856/1‑148 (MQ=255) tcgtcCTGGGTGAGTGTCAGCGTGTGATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTAAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTccaccacca < 2:1468269/148‑1 (MQ=255) cgtcCTGGGTGAGTGTCAGCGTGTGATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCAt > 2:346751/1‑148 (MQ=255) 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ttcGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACAATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCGGGACTGGCGTTACCGCCACTTTCGTGGCGGTACGTTGATGCATCGCGTCAAGCAAACGCCGt < 1:3279438/148‑1 (MQ=255) ttcGGTGGTAAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCGGGACTGGCGTTACCGCCACTTTCGTGGCGGTACGTTGATGCATCGCGTCAAGCAAACGCCGt > 2:1992997/1‑148 (MQ=255) tcGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCGGGACTGGCGTTACCGCCACTTTCGTGGCGGTACGTTGATGCATCGCGTCAAGCAAACGCCGtt > 2:1849747/1‑148 (MQ=255) cGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCGGGACTGGCGTTACCGCCACTTTCGTGGCGGTACGTTGATGCATCGCGTCAAGCAAACGCCGttt < 2:914900/148‑1 (MQ=255) gtggtCAGCAGCCAGCTGTAGTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCGGGACTGGCGTTACCGCCACTTTCGTGGCGGTACGTTGATGCATCGCGTCAAGCAAACGCCGTTTgg < 2:2282667/148‑1 (MQ=255) gtggtCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCGGGACTGGCGTTACCGCCACTTTCGTGGCGGTACGTTGATGCATCGCGTCAAGCAAACGCCGTTTgg < 1:1803236/148‑1 (MQ=255) gtggtCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCGGGACTGGCGTTACCGCCACTTTCGTGGCGGTACGTTGATGCATCGCGTCAAGCAAACGCCGTTTgg < 2:983002/148‑1 (MQ=255) gtggtCAGCAGCCAGCTATAGTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTTGTATAAACCATGACATTCGGGACTGGCGTTACCGCCACTTTCGTGGCGGTACGTTGATGCATCGCGTCAAGCAAACGCCGTTTgg < 2:2186234/148‑1 (MQ=255) tggtAAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCGGGACTGGCGTTACCGCCACTTTCGTGGCGGTACGTTGATGCATCGCGTCAAGCAAACGCCGTTTGGt > 1:2645648/1‑148 (MQ=255) tggtAAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCGGGACTGGCGTTACCGCCACTTTCGTGGCGGTACGTTGATGCATCGCGTCAAGCAAACGCCGTTTGGt > 1:2645844/1‑148 (MQ=255) gtCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCGGGACTGGCGTTACCGCCACTTTCGTGGCGGTACGTTGATGCATCGCGTCAAGCAAACGCCGTTTGGttt < 1:1001721/148‑1 (MQ=255) | TTTCGGGGCGACAATCACCCGGCAATGCGCGCGCTGGTCGTCCTGGGTGAGTGTCAGCGTGTGATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTCAGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCGGGACTGGCGTTACCGCCACTTTCGTGGCGGTACGTTGATGCATCGCGTCAAGCAAACGCCGTTTGGTTT > CP009273/3543043‑3543335 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |