New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP009273 | = 1190836 | 267 (0.860) | 14 (0.040) | 9/278 | NT | 5.0% | coding (258/1251 nt) | icd | e14 prophage; isocitrate dehydrogenase, specific for NADP+ |
? | CP009273 | 1462167 = | NA (NA) | noncoding (1331/1331 nt) | IS2 | repeat region | |||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 326 total aligned reads displayed.
ATCGGTGTAGATGTAACCCCAGCCATGCTGAAAGTGGTCGACGCTGCAGTCGAGAAAGCCTATAAAGGCGAGCGTAAAATCTCCTGGATGGAAATTTACACCGGTGAAAAATCCACACAGGTTTATGGTCAGGACGTCTGGCTGCCTGCTGAAACTCTTGATCTGATTCGTGAATATCGCGTTGCCATTAAAGGTCCGCTGACCACTCCGGTTGGTGGCGGTATTCGCTCTCTGAACGTTGCCCTGCGCCAGGAACTGGATCTCTACATCTGCCTGCGTCCGGTACGTTACTATCAGGG > CP009273/1190687‑1190985 | tCGGTGTAGATGTAACCCCAGCCATGCTGAAAGTGGTCGACGCTGCAGTCGAGAAAGCCTATAAAGGCGAGCGTAAAATCTCCTGGATGGAAATTTACACCGGTGAAAAATCCACACAGGTTTATGGTCAGGACGTCTGGCTGCctgctg < 2:4344693/150‑1 (MQ=255) tCGGTGTAGATGTAACCCCAGCCATGCTGAAAGTGGTCGACGCTGCAGTCGAGAAAGCCTATAAAGGCGAGCGTAAAATCTCCTGGATGGAAATTTACACCGGTGAAAAATCCACACAGGTTTATGGTCAGGACGTCTGGCTGCctgctg > 2:4145651/1‑150 (MQ=255) cGGTGTAGATGTAACCCCAGCCATGCTGAAAGTGGTCGACGCTGCAGTCGAGAAAGCCTATAAAGGCGAGCGTAAAATCTCCTGGATGGAAATTTACACCGGTGAAAAATCCACACAGGTTTATGGTCAGGACGTCTGGCTGCCTGCTGa < 1:1618726/150‑1 (MQ=255) ggTGTAGATGTAACCCCAGCCATGCTGAAAGTGGTCGACGCTGCAGTCGAGAAAGCCTATAAAGGCGAGCGTAAAATCTCCTGGATGGACATTTACACCGGTGAAAAATCCACACAGGTTTATGGTCAGGACGTCTGGCTGCCTGCTGag > 2:2783186/1‑149 (MQ=255) ggTGTAGATGTAACCCCAGCCATGCTGAAAGTGGTCGACGCTGCAGTCGAGAAAGCCTATAAAGGCGAGCGTAAAATCTCCTGGATGGAAATTTACACCGGTGAAAAATCCACACAGGTTTATGGTCAGGACGTCTGGCTGCCTGCTGaa > 2:5391123/1‑150 (MQ=255) tgtAGATGTAACCCCAGCCATGCTGAAAGTGGTCGACGCTGCAGTCGAGAAAGCCTATAAAGGCGAGCGTAAAATCTCCTGGATGGAAATTTACACCGGTGAAAAATCCACACAGGTTTATGGTCAGGACGTCTGGCTGCCTGCTGAAAc < 1:4951137/150‑1 (MQ=255) gtAGATGTAACCCCAGCCATGCTGAAAGTGGTCGACGCTGCAGTCGAGAAAGCCTATAAAGGCGAGCGTAAAATCTCCTGGATGGAAATTTACACCGGTGAAAAATCCACACAGGTTTATGGTCAGGACGTCTGGCTGCCTGCTGAAAct < 2:4200924/150‑1 (MQ=255) gtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCTGCTGAAActct > 2:1410821‑M1/138‑150 (MQ=255) gATGTAACCCCAGCCATGCTGAAAGTGGTCGACGCTGCAGTCGAGAAAGCCTATAAAGGCGAGCGTAAAATCTCCTGGATGGAAATTTACACCGGTGAAAAATCCACACAGGTTTATGGTCAGGACGTCTGGCTGCCTGCTGAAACTCtt > 2:5454406/1‑150 (MQ=255) gATGTAACCCCAGCCATGCTGAAAGTGGTCGACGCTGCAGTCGAGAAAGCCTATAAAGGCGAGCGTAAAATCTCCTGGATGGAAATTTACACCGGTGAAAAATCCACACAGGTTTATGGTCAGGACGTCTGGCTGCCTGCTGAAACTCtt > 2:5167154/1‑150 (MQ=255) tAACCCCAGCCATGCTGAAAGTGGTCGACGCTGCAGTCGAGAAAGCCTATAAAGGCGAGCGTAAAATCTCCTGGATGGAAATTTACACCGGTGAAAAATCCACACAGGTTTATGGTCAGGACGTCTGGCTGCCTGCTGAAACTCTTGATc > 2:2401483/1‑150 (MQ=255) aaCCCCAGCCATGCTGAAAGTGGTCGACGCTGCAGTCGAGAAAGCCTATAAAGGCGAGCGTAAAATCTCCTGGATGGAAATTTACACCGGTGAAAAATCCACACAGGTTTATGGTCAGGACGTCTGGCTGCCTGCTtggatttgccccta > 1:5440483‑M1/1‑136 (MQ=255) ccccAGCCATGCTGAAAGTGGTCGACGCTGCAGTCGAGAAAGCCTATAAAGGCGAGCGTAAAATCTCCTGGATGGAAATTTACACCGGTGAAAAATCCACACAGGTTTATGGTCAGGACGTCTGGCTGCCTGCTGAAACTCTTGATCTGa < 1:3442323/150‑1 (MQ=255) ccAGCCATGCTGAAAGTGGTCGACGCTGCAGTCGAGAAAGCCTATAAAGGCGAGCGTAAAATCTCCTGGATGGAAATTTACACCGGTGAAAAATCCACACAGGTTTATGGTCAGGACGTCTGGCTGCCTGCTGAAACTCTTGATCTGAtt < 1:4430688/150‑1 (MQ=255) ccATGCTGAAAGTGGTCGACGCTGCAGTCGAGAAAGCCTATAAAGGCGAGCGTAAAATCTCCTGGATGGAAATTTACACCGGTGAAAAATCCACACAGGTTTATGGTCAGGACGTCTGGCTGCCTGCTGAAACTCTTGATCTGATTCGTg > 2:1890112/1‑150 (MQ=255) gAAAGTGGTCGACGCTGCAGTCGAGAAAGCCTATAAAGGCGAGCGTAAAATCTCCTGGATGGAAATTTACACCGGTGAAAAATCCACACAGGTTTATGGTCAGGACGTCTGGCTGCCTGCTtggatttgcccctatatttccagacatct > 1:4240147‑M1/1‑121 (MQ=255) gAAAGTGGTCGACGCTGCAGTCGAGAAAGCCTATAAAGGCGAGCGTAAAATCTCCTGGATGGAAATTTACACCGGTGAAAAATCCACACAGGTTTATGGTCAGGACGTCTGGCTGCCTGCTGAAACTCTTGATCTGATTCGTGAATATcg > 1:4640248/1‑150 (MQ=255) aaGTGGTCGACGCTGCAGTCGAGAAAGCCTATAAAGGCGAGCGTAAAATCTCCTGGATGGAAATTTACACCGGTGAAAAATCCACACAGGTTTATGGTCAGGACGTCTGGCTGCCTGCTGAAACTCTTGATCTGATTCGTGAATATcgcg > 1:1014468/1‑150 (MQ=255) 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aaaTCTCCTGGATGGAAATTTACACCGGTGAAAAATCCACACAGGTTTATGGTCAGGACGTCTGGCTGCCTGCTGAAACTCTTGATCTGATTCGTGAATATCGCGTTGCCATTAAAGGTCCGCTGACCACTCCGGTTGGTGGCGGTATTc < 2:2152688/150‑1 (MQ=255) aaTCTCCTGGATGGAAATTTACACCGGTGAAAAATCCACACAGGTTTATGGTCAGGACGTCTGGCTGCCTGCTGAAACTCTTGATCTGATTCGTGAATATCGCGTTGCCATTAAAGGTCCGCTGACCACTCCGGTTGGTGGCGGTATTCg > 2:3761668/1‑150 (MQ=255) aTCTCCTGGATGGAAATTTACACCGGTGAAAAATCCACACAGGTTTATGGTCAGGACGTCTGGCTGCCTGCTGAAACTCTTGATCTGATTCGTGAATATCGCGTTGCCATTAAAGGTCCGCTGACCACTCCGGTTGGTGGCGGTATTCGc > 2:3629937/1‑150 (MQ=255) aTCTCCTGGATGGAAATTTACACCGGTGAAAAATCCACACAGGTTTATGGTCAGGACGTCTGGCTGCCTGCTGAAACTCTTGATCTGATTCGTGAATATCGCGTTGCCATTAAAGGTCCGCTGACCACTCCGGTTGGTGGCGGTATTCGc > 2:698875/1‑150 (MQ=255) tctcCTGGATGGAAATTTACACCGGTGAAAAATCCACACAGGTTTATGGTCAGGACGTCTGGCTGCCTGCTGAAACTCTTGATCTGATTCGTGAATATCGCGTTGCCATTAAAGGTCCGCTGACCACTCCGGTTGGTGGCGGTATTCGct < 1:2596147/150‑1 (MQ=255) 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acacaGGTTTATGGTCAGGACGTCTGGCTGCCTGCTtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcg < 2:1512961‑M1/150‑115 (MQ=255) caGGTTTATGGTCAGGACGTCTGGCTGCCTGCTGAAACTCTTGATCTGATTCGTGAATATCGCGTTGCCATTAAAGGTCCGCTGACCACTCCGGTTGGTGGCGGTATTCGCTCTCTGAACGTTGCCCTGCGCCAGGAACTGGATCTCTAc > 2:3551790/1‑150 (MQ=255) aGGTTTATGGTCAGGACGTCTGGCTGCCTGCTGAAACTCTTGATCTGATTCGTGAATATCGCGTTGCCATTAAAGGTCCGCTGACCACTCCGGTTGGTGGCGGTATTCGCTCTCTGAACGTTGCCCTGCGCCAGGAACTGGATCTCTACa > 1:3424113/1‑150 (MQ=255) tttATGGTCAGGACGTCTGGCTGCCTGCTGAAACTCTTGATCTGATTCGTGAATATCGCGTTGCCATTAAAGGTCCGCTGACCACTCCGGTTGGTGGCGGTATTCGCTCTCTGAACGTTGCCCTGCGCCAGGAACTGGATCTCTACATct < 2:4512988/150‑1 (MQ=255) aTGGTCAGGACGTCTGGCTGCCTGCTGAAACTCTTGATCTGATTCGTGAATATCGCGTTGCCATTAAAGGTCCGCTGACCACTCCGGTTGGTGGCGGTATTCGCTCTCTGAACGTTGCCCTGCGCCAGGAACTGGATCTCTACATctgcc > 2:1213383/1‑150 (MQ=255) tCAGGACGTCTGGCTGCCTGCTGAAACTATTGATCTGATTCGTGAATATCGCGTTGCCATTAAAGGTCCGCTGACCACTCCGGTTGGTGGCGGTATTCGCTCTCTGAACGTTGCCCTGCGCCAGGAACTGGATCTCTACATCTGCCTGCg < 1:2414550/150‑1 (MQ=255) cAGGACGTCTGGCTGCCTGCTGAAACTCTTGATCTGATTCGTGAATATCGCGTTGCCATTAAAGGTCCGCTGACCACTCCGGTTGGTGGCGGTATTCGCTCTCTGAACGTTGCCCTGCGCCAGGAACTGGATCTCTACATCTGCCTGCGt > 2:5083404/1‑150 (MQ=255) ggACGTCTGGCTGCCTGCTGAAACTCTTGATCTGATTCGTGAATATCGCGTTGCCATTAAAGGTCCGCTGACCACTCCGGTTGGTGGCGGTATTCGCTCTCTGAACGTTGCCCTGCGCCAGGAACTGGATCTCTACATCTGCCTGCGTcc < 1:831209/150‑1 (MQ=255) ggACGTCTGGCTGCCTGCTGAAACTCTTGATCTGATTCGTGAATATCGCGTTGCCATTAAAGGTCCGCTGACCACTCCGGTTGGTGGCGGTATTCGCTCTCTGAACGTTGCCCTGCGCCAGGAACTGGATCTCTACATCTGCCTGCGTcc > 2:5011369/1‑150 (MQ=255) gACGTCTGGCTGCCTGCTGAAACTCTTGATCTGATTCGTGAATATCGCGTTGCCATTAAAGGTCCGCTGACCACTCCGGTTGGTGGCGGTATTCGCTCTCTGAACGTTGCCCTGCGCCAGGAACTGGATCTCTACATCTGCCTGCGTCCg < 1:3918468/150‑1 (MQ=255) gACGTCTGGCTGCCTGCTGAAACTCTTGATCTGATTCGTGAATATCGCGTTGCCATTAAAGGTCCGCTGACCACTCCGGTTGGTGGCGGTATTCGCTCTCTGAACGTTGCCCTGCGCCAGGAACTGGATCTCTACATCTGCCTGCGTCCg < 1:2921208/150‑1 (MQ=255) gACGTCTGGCTGCCTGCTGAAACTCTTGATCTGATTCGTGAATATCGCGTTGCCATTAAAGGTCCGCTGACCACTCCGGTTGGTGGCGGTATTCGCTCTCTGAACGTTGCCCTGCGCCAGGAACTGGATCTCTACATCTGCCTGCGTCCg < 1:1188096/150‑1 (MQ=255) gggccagtctaCTGCTGAAACTCTTGATCTGATTCGTGAATATCGCGTTGCCATTAAAGGTCCGCTGACCACTCCGGTTGGTGGCGGTATTCGCTCTCTGAACGTTGCCCTGCGCCAGGAACTGGATCTCTACATCTGCCTGCGTCCGGt < 2:2689855‑M1/139‑1 (MQ=255) cGTCTGGCTGCCTGCTGAAACTCTTGATCTGATTCGTGAATATCGCGTTGCCATTAAAGGTCCGCTGACCACTCCGGTTGGTGGCGGTATTCGCTCTCTGAACGTTGCCCTGCGCCAGGAACTGGATCTCTACATCTGCCTGCGTCCGGt < 1:2743256/150‑1 (MQ=255) ggCTGCCTGCTGAAACTCTTGATCTGATTCGTGAATATCGCGTTGCCATTAAAGGTCCGCTGACCACTCCGGTTGGTGGCGGTATTCGCTCTCTGAACGTTGCCCTGCGCCAGGAACTGGATCTCTACATCTGCCTGCGTCCGGTACGtt < 1:2572192/150‑1 (MQ=255) ggCTGCCTGCTGAAACTCTTGATCTGATTCGTGAATATCGCGTTGCCATTAAAGGTCCGCTGACCACTCCGGTTGGTGGCGGTATTCGCTCTCTGAACGTTGCCCTGCGCCAGGAACTGGATCTCTACATCTGCCTGCGTCCGGTACGtt > 2:576706/1‑150 (MQ=255) ctgctgAAACTCTTGATCTGATTCGTGAATATCGCGTTGCCATTAAAGGTCCGCTGACCACTCCGGTTGGTGGCGGTATTCGCTCTCTGAACGTTGCCCTGCGCCAGGAACTGGATCTCTACATCTGCCTGCGTCCGGTACGTTACTATc < 1:1894880/150‑1 (MQ=255) ctgctgAAACTCTTGATCTGATTCGTGAATATCGCGTTGCCATTAAAGGTCCGCTGACCACTCCGGTTGGTGGCGGTATTCGCTCTCTGAACGTTGCCCTGCGCCAGGAACTGGATCTCTACATCTGCCTGCGTCCGGTACGTTACTATc > 1:1234487/1‑150 (MQ=255) gctgAAACTCTTGATCTGATTCGTGAATATCGCGTTGCCATTAAAGGTCCGCTGACCACTCCGGTTGGTGGCGGTATTCGCTCTCTGAACGTTGCCCTGCGCCAGGAACTGGATCTCTACATCTGCCTGCGTCCGGTACGTTACTATCAg > 1:1798790/1‑150 (MQ=255) ctgAAACTCTTGATCTGATTCGTGAATATCGCGTTGCCATTAAAGGTCCGCTGACCACTCCGGTTGGTGGCGGTATTCGCTCTCTGAACGTTGCCCTGCGCCAGGAACTGGATCTCTACATCTGCCTGCGTCCGGTACGTTACTATCAgg > 2:1629440/1‑150 (MQ=255) tgAAACTCTTGATCTGATTCGTGAATATCGCGTTGCCATTAAAGGTCCGCTGACCACTCCGGTTGGTGGCGGTATTCGCTCTCTGAACGTTGCCCTGCGCCAGGAACTGGATCTCTACATCTGCCTGCGTCCGGTACGTTACTATCAggg < 1:4773149/150‑1 (MQ=255) tgAAACTCTTGATCTGATTCGTGAATATCGCGTTGCCATTAAAGGTCCGCTGACCACTCCGGTTGGTGGCGGTATTCGCTCTCTGAACGTTGCCCTGCGCCAGGAACTGGATCTCTACATCTGCCTGCGTCCGGTACGTTACTATCAggg > 1:3957347/1‑150 (MQ=255) | ATCGGTGTAGATGTAACCCCAGCCATGCTGAAAGTGGTCGACGCTGCAGTCGAGAAAGCCTATAAAGGCGAGCGTAAAATCTCCTGGATGGAAATTTACACCGGTGAAAAATCCACACAGGTTTATGGTCAGGACGTCTGGCTGCCTGCTGAAACTCTTGATCTGATTCGTGAATATCGCGTTGCCATTAAAGGTCCGCTGACCACTCCGGTTGGTGGCGGTATTCGCTCTCTGAACGTTGCCCTGCGCCAGGAACTGGATCTCTACATCTGCCTGCGTCCGGTACGTTACTATCAGGG > CP009273/1190687‑1190985 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |