New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | ? | CP009273 | = 2283592 | NA (NA) | 9 (0.030) | 3/278 | NT | 2.8% | noncoding (1/1195 nt) | IS5 | repeat region |
? | CP009273 | = 3080037 | 314 (1.010) | intergenic (+276/‑28) | yqgC/metK | uncharacterized protein/S‑adenosylmethionine synthetase | |||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 339 total aligned reads displayed.
AGTGGAAATAGGGTGAAGAATTGACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATATGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTGCTGACCAAATTTCTGATGCCGTTTTAGACGCGATCCTCGAACAGGATCCGAAAGCACGCGTTGC > CP009273/3079888‑3080186 | aGTGGAAATAGGGTGAAGAATTGACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTaa > 1:1510372/1‑150 (MQ=255) tGGAAATAGGGTGAAGAATTGACCTAAATTAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATAACGATTAACAATCAGACTGCCAGTGTGTTTAACCTGCCGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACAACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTCAcc > 2:4410079/1‑150 (MQ=255) ggAAATAGGGTGAAGAATTGACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCa > 1:4856505/1‑150 (MQ=255) aaaTAGGGTGAAGAATTGACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCaaa > 2:1345699/1‑150 (MQ=255) aaTAGGGTGAAGAATTGACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAAt < 1:4687422/150‑1 (MQ=255) tAGGGTGAAGAATTGACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATtc > 2:1855634/1‑150 (MQ=255) tAGGGTGAAGAATTGACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATtc < 2:1046800/150‑1 (MQ=255) tGAAGAATTGACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTACGCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAATTCCACACAACCGTTTGAGCTAACCAAATTCTCttt < 2:1888292/150‑1 (MQ=255) gaagaaTTGACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCCAATTCTCTTTa > 1:5044479/1‑150 (MQ=255) aaTTGACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTg > 1:319066/1‑150 (MQ=255) aaTTGACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAAGTCTCTTTAGGTg > 2:1224208/1‑150 (MQ=255) aTTGACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGa < 1:2164514/150‑1 (MQ=255) tGACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGata > 2:5002337/1‑150 (MQ=255) 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atccatACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATATGGCAAAACACCTTTTTACGTCCg < 2:911786/150‑1 (MQ=255) tccatACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATATGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGa < 1:2039781/150‑1 (MQ=255) atACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATATGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTc < 2:2456406/150‑1 (MQ=255) atACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATATGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTc < 2:770864/150‑1 (MQ=255) cGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATATGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGtc > 1:4770131/1‑150 (MQ=255) 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cacaACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATATGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATAGCTGACCAAATTTCTGATGCCGTTTTAGACGCGATCCTCGAACAGGAt < 1:2249406/150‑1 (MQ=255) acaacaGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATATGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTGCTGACCAAATTTCTGATGCCGTTTTAGACGCGATCCTCGAACAGGATc < 1:1388356/150‑1 (MQ=255) acaGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATATGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTGCTGACCAAATTTCTGATGCCGTTTTAGACGCGATCCTCGAACAGGATCCGa > 1:2644300/1‑150 (MQ=255) aGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATATGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTGCTGACCAAATTTCTGATGCCGTTTTAGACGCGATCCTCGAACAGGATCCGaaa > 1:5070439/1‑150 (MQ=255) tttGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATATGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTGCTGACCAAATTTCTGATGCCGTTTTAGACGCGATCCTCGAACAGGATCCGAAAGc < 2:4907592/150‑1 (MQ=255) tttGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATATGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTGCTGACCAAATTTCTGATGCCGTTTTAGACGCGATCCTCGAACAGGATCCGAAAGc > 2:2644486/1‑150 (MQ=255) tGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATATGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTGCTGACCAAATTTCTGATGCCTTTTTAGACGCGATCCTCGAACAGGATCCGAAAGCAc > 1:3802454/1‑150 (MQ=255) tGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATATGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTGCTGACCAAATTTCTGATGCCGTTTTAGACGCGATCCTCGAACAGGATCCGAAAGCAc < 2:430825/150‑1 (MQ=255) gAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATATGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTGCTGACCAAATTTCTGATGCCGTTTTAGACGCGATCCTCGAACAGGATCCGAAAGCAcg > 1:2994051/1‑150 (MQ=255) gAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATATGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTGCTGACCAAATTTCTGATGCCGTTTTAGACGCGATCCTCGAACAGGATCCGAAAGCAcg > 2:4101486/1‑150 (MQ=255) gCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATATGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTGCTGACCAAATTTCTGATGCCGTTTTAGACGCGATCCTCGAACAGGATCCGAAAGCAcgcg < 2:4604114/150‑1 (MQ=255) tAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATATGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTGCTGACCAAATTTCTGATGCCGTTTTAGACGCGATCCTCGAACAGGATCCGAAAGCACGCGtt > 2:3635579/1‑150 (MQ=255) | AGTGGAAATAGGGTGAAGAATTGACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATATGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTGCTGACCAAATTTCTGATGCCGTTTTAGACGCGATCCTCGAACAGGATCCGAAAGCACGCGTTGC > CP009273/3079888‑3080186 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |