Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 513,720 | T→C | 6.2% | I6V (ATT→GTT) | ybbN ← | DnaK co‑chaperone, thioredoxin‑like protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 513,720 | 0 | T | C | 6.2% | 1051.9 / 42.0 | 306 | I6V (ATT→GTT) | ybbN | DnaK co‑chaperone, thioredoxin‑like protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (145/140); new base C (10/9); total (157/149) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.43e-01 |
Only 100 of 317 total aligned reads displayed.
TTGCCCGTTGTACTGCGCCGCGAGGCTTTCCAGAATTGGGGTTAACTGCAAACAGTGCTGGCTACGTTCAGACCAAAAATAGAACAGCACCGGAGTGGTCATCGACTGTTCAAGAACCTGTTGCAGGTTAGATTCGTTAATGTTGACAATATTTTCTACGGACATGGAGTCGCTCTCTGTTGTCGATATTTTCTTTGACATGGGGGCTTAAGCGCGCGCTTCAACTCACCCCTGCAATATTTTGTCCATCACGCGCCCCGGCAGCAGGCGCTTAAGCACCATTACCGCCCAGGTCACCA > CP009273/513571‑513869 | gCCCGTTGTACTGCGCCGCGAGGCTTTCCAGAATTGGGGTTAACTGCAAACAGTGCTGGCTACGTTCAGACCAAAAATAGAACAGCACCGGAGTGGTCATCGACTGTTCAAGAACCTGTTGCAGGTTAGATTCGTTAATGTTGACAatat < 2:1115026/150‑1 (MQ=255) cccGTTGTACTGCGCCGCGAGGCTTTCCAGAATTGGGGTTAACTGCAAACAGTGCTGGCTACGTTCAGACCAAAAATAGAACAGCACCGGAGTGGTCATCGACTGTTCAAGAACCTGTTGCAGGTTAGATTCGTTAATGTTGACAATAtt < 2:1791792/150‑1 (MQ=255) ccGTTGTACTGCGCCGCGAGGCTTTCCAGAATTGGGGTTAACTGCAAACAGTGCTGGCTACGTTCAGACCAAAAATAGAACAGCACCGGAGTGGTCATCGACTGTTCAAGAACCTGTTGCAGGTTAGATTCGTTAATGTTGACAATAttt < 2:2595487/150‑1 (MQ=255) ccGTTGTACTGCGCCGCGAGGCTTTCCAGAATTGGGGTTAACTGCAAACAGTGCTGGCTACGTTCAGACCAAAAATAGAACAGCACCGGAGTGGTCATCGACTGTTCAAGAACCTGTTGCAGGTTAGAGTCGTTAATGTTGACAATAttt > 1:2932319/1‑150 (MQ=255) ccGTTGTACTGCGCCGCGAGGCTGTCCAGAATTGGGGTTAACTGCAAACAGTGCTGTATACGTTCAGACCAAAAATAGAACAGCACCGGAGTGGTCATCGACTGTTCAAGAACCTGTTGCAGGTTAGATTCGTTAATGTTGACAATAttt < 1:3813563/150‑1 (MQ=255) ccGTTGGACTGCGCCGCGAGGCTTTCCAGAATTGGGGTTAACTGCAAACAGTGCTGGCTACGTTCAGACCAAAAATAGAACAGCACCGGAGTGGTCATCGACTGTTCAAGAACCTGTTGCAGGTTAGATTCGTTAATGTTGACAACAttt < 2:4674541/150‑1 (MQ=255) gTTGTACTGCGCCGCGAGGCTTTCCAGAATTGGGGTTAACTGCAAACAGTGCTGGCTACGTTCAGACCAAAAATAGAACAGCACCGGAGTGGTCATCGACTGTTCAAGAACCTGTTGCAGGTTAGATTCGTTAATGTTGACAATATTTTc > 1:2365438/1‑150 (MQ=255) tACTGCGCCGCGAGGCTTTCCAGAATTGGGGTTAACTGCAAACAGTGCTGGCTACGTTCAGACCAAAAATAGAACAGCACCGGAGTGGTCATCGACTGTTCAAGAACCTGTTGCAGGTTAGATTCGTTAATGTTGACAATATTTTCTACg < 1:296076/150‑1 (MQ=255) tACTGCGCCGCGAGGCTTTCCAGAATTGGGGTTAACTGCAAACAGTGCTGGCTACGTTCAGACCAAAAATAGAACAGCACCGGAGTGGTCATCGACTGTTCAAGAACCTGTTGCAGGTTAGATTCGTTAATGTTGACAATATTTTCTACg < 1:2562659/150‑1 (MQ=255) tACTGCGCCGCGAGGCTTTCCAGAATTGGGGTTAACTGCAAACAGTGCTGGCTACGTTCAGACCAAAAATAGAACAGCACCGGAGTGGTCATCGACTGTTCAAGAACCTGTTGCAGGTTAGATTCGTTAATGTTGACAACATTTTCTACg < 1:812576/150‑1 (MQ=255) cgccgcGAGGCTTTCCAGAATTGGGGTTAACTGCAAACAGTGCTGGCTACGTTCAGACCAAAAATAGAACAGCACCGGAGTGGTCATCGACTGTTCAAGAACCTGTTGCAGGTTAGATTCGTTAATGTTGACAATATTTTCTACGGACAt < 1:1416195/150‑1 (MQ=255) cgccgcGAGGCTTTCCAGAATTGGGGTTAACTGCAAACAGTGCTGGCTACGTTCAGACCAAAAAAAAAACACCACCGGACTGCTCATCGACTGTACAAGAACCTGTAGCAGGTAAGATTCGATAATGTTGACAATATTTTCTACGGACaa > 2:1398258/1‑149 (MQ=255) cgAGGCTTTCCAGAATTGGGGTTAACTGCAAACAGTGCTGGCTACGTTCAGACCAAAAATAGAACAGCACCGGAGTGGTCATCGACTGTTCAAGAACCTGTTGCAGGTTAGATTCGTTAATGTTGACAATATTTTCTACGGACATGGAGt < 2:1484995/150‑1 (MQ=255) 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cAATATTTTCTACGGACATGGAGTCGCTCTCTGTTGTCGATATTTTCTTTGACATGGGGGCTTAAGCGCGCGCTTCAACTCACCCCTGCAATATTTTGTCCATCACGCGCCCCGGCAGCAGGCGCTTAAGCACCATTACCGCCCAGGTCa < 2:2365438/150‑1 (MQ=255) aaTATTTTCTACGGACATGGAGTCGCTATCTGTTGTCGATATTTTATTTGACATTGGGGCTTAAGCGCGCGCTTCAACTAACCCCTGCAATATTTTTTCCATCACGCGCCCCCGCAGCAGGCGCTTAAGCAACATTAACGCCCAGGTCAc > 1:1237084/1‑150 (MQ=255) | TTGCCCGTTGTACTGCGCCGCGAGGCTTTCCAGAATTGGGGTTAACTGCAAACAGTGCTGGCTACGTTCAGACCAAAAATAGAACAGCACCGGAGTGGTCATCGACTGTTCAAGAACCTGTTGCAGGTTAGATTCGTTAATGTTGACAATATTTTCTACGGACATGGAGTCGCTCTCTGTTGTCGATATTTTCTTTGACATGGGGGCTTAAGCGCGCGCTTCAACTCACCCCTGCAATATTTTGTCCATCACGCGCCCCGGCAGCAGGCGCTTAAGCACCATTACCGCCCAGGTCACCA > CP009273/513571‑513869 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |