| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 838,658 | G→T | 7.8% | A291S (GCC→TCC) | rlmF → | 23S rRNA m(6)A1618 methyltransferase, SAM‑dependent |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 838,658 | 0 | G | T | 7.8% | 837.3 / 12.8 | 259 | A291S (GCC→TCC) | rlmF | 23S rRNA m(6)A1618 methyltransferase, SAM‑dependent |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (112/119); new base T (26/2); total (138/121) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.41e-06 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 259 total aligned reads displayed.
AGGCTTCGCGAAGCAGGTGATGTGGTTTACATCACTGGTATCTCGTGGTGAAAACTTACCGCCGTTGTATCGTGCCCTGACGGACGTGGGCGCGGTGAAGGTGGTTAAAAAAGAGATGGCCCAGGGGCAAAAGCAGAGTCGCTTTATTGCCTGGACCTTTATGAACGACGAGCAGCGCCGCCGTTTTGTCAATCGCCAGCGTTAAAGCGTTGGTTCCCCCGGCGGTAACGGTTCAGCCGGGGTCGCGCCCGGAGCAGGCAGCACCTGATAAGTCTGCACTGGCGCGCGAACGCCCGC > CP009273/838510‑838806 | ggCTTCGCGAAGCAGGTGATGTGGTTTACATCACTGGTATCTCGTGGTGAAAACTTACCGCCGTTGTATCGTGCCCTGACGGACGTGGGCGCGGTGAAGGTGGTTAAAAAAGAGATGGCCCAGGGGCAAAAGCAGAGTCGCTTTATTGcc < 2:4164170/150‑1 (MQ=255) ggCTTCGCGAAGCAGGTGATGTGGTTTACATCACTGGTATCTCGTGGTGAAAACTTACCGCCGTTGTATCGTGCCCTGACGGACGTGGGCGCGGTGAAGGTGGTTAAAAAAGAGATGGCCCAGGGGCAAAAGCAGAGTCGCTTTATTGcc < 1:4002645/150‑1 (MQ=255) gCTTCGCGAAGCAGGTGATGTGGTTTACATCACTGGTATCTCGTGGTGAAAACTTACCGCCGTTGTATCGTGCCCTGACGGACGTGGGCGCGGTGAAGGTGGTTAAAAAAGAGATGGCCCAGGGGCAAAAGCAGAGTCGCTTTATTGCCt < 2:730292/150‑1 (MQ=255) 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ttGCCTGGACCTTTATGAACGACGAGCAGCGCCGCCGTTTTGTCAATCGCCAGCGTTAAAGCGTTGGTTCCCCCGGCGGTAACGGTTCAGCCGGGGTCGCGCCCGGAGCAGGCAGCACCTGATAAGTCTGCACTGGCGCGCGAAcgcccg > 1:2752623/1‑150 (MQ=255) tGCCTGGACCTTTATGAACGACGAGCAGCGCCGCCGTTTTGTCAATCGCCAGCGTTAAAGCGTTGGTTCCCCCGGCGGTAACGGTTCAGCCGGGGTCGCGCCCGGAGCAGGCAGCACCTGATAAGTCTGCACTGGCGCGCGAAcgcccgc > 1:3989943/1‑150 (MQ=255) | AGGCTTCGCGAAGCAGGTGATGTGGTTTACATCACTGGTATCTCGTGGTGAAAACTTACCGCCGTTGTATCGTGCCCTGACGGACGTGGGCGCGGTGAAGGTGGTTAAAAAAGAGATGGCCCAGGGGCAAAAGCAGAGTCGCTTTATTGCCTGGACCTTTATGAACGACGAGCAGCGCCGCCGTTTTGTCAATCGCCAGCGTTAAAGCGTTGGTTCCCCCGGCGGTAACGGTTCAGCCGGGGTCGCGCCCGGAGCAGGCAGCACCTGATAAGTCTGCACTGGCGCGCGAACGCCCGC > CP009273/838510‑838806 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |