| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 1,704,060 | A→T | 6.6% | Q221L (CAA→CTA) | rsxD → | SoxR iron‑sulfur cluster reduction factor component; putative membrane protein of electron transport complex |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,704,060 | 0 | A | T | 6.6% | 1164.0 / 54.8 | 317 | Q221L (CAA→CTA) | rsxD | SoxR iron‑sulfur cluster reduction factor component; putative membrane protein of electron transport complex |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (150/145); new base T (15/6); total (166/151) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.46e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.64e-01 | |||||||||||
Only 100 of 324 total aligned reads displayed.
TGATATGAACACACTACGCTTAGGTATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAACCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAGCGGTATTCTGGCGGGCGCTGGTTGGCAATGGGTAAATCTCGCCTGGCTGGCTGGCGGCGTATGGTTGCTATGGCAGAAAGCGATTCGCTGGCATATTCCCCTCAGCTTCTTAGTAACGCTGGCGTTATGCGCAATGTTGGGCTGGTTGTTCTCACCAGAAACACTGGCAGCACCGC > CP009273/1703911‑1704209 | tgATAAGAACACACTACGCTTAGGTATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAGCCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAGCGGTATTCTGGCGGGCGCTGGTTGGCa < 1:2950333/150‑1 (MQ=255) tatGAACACACTACGCTTAGGTATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAACCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAGCGGTATTCTGGCGGGCGCTGGTTGGCAATg < 1:1118276/150‑1 (MQ=255) tGAACACACTACGCTTAGGTATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAACCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCAGATCTACAGCGGTATTCTGGAGGGCGCTGGTTGGCAATggg > 2:1644416/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |