| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 2,302,650 | C→A | 6.5% | M57I (ATG→ATT) | alkB ← | oxidative demethylase of N1‑methyladenine or N3‑methylcytosine DNA lesions |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,302,650 | 0 | C | A | 6.5% | 1053.6 / 36.1 | 276 | M57I (ATG→ATT) | alkB | oxidative demethylase of N1‑methyladenine or N3‑methylcytosine DNA lesions |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (122/136); new base A (10/8); total (132/144) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.27e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.92e-01 | |||||||||||
Only 100 of 276 total aligned reads displayed.
CCGCCGTAGCCGCACGTTGACATAAATTATGAAAACTCTGTGGCATGGCGGGCCACGGTTTATTTGTTTGCGGATCAATGGGCGAATAGAGATAACCTTGCCGATGGGTCGTCCAGCCCAGATGCCCACAGTTGGTCATCGCCACCGACATGGTATATCCCCCGGGGGTGACCATCTGGCGAAACGGCGACTGGCTGGCAACGTCATTAATATCGCGGATCAGTTGCTCCGCAGCGTTAAAAGCAAAACGCCGTAAAATTACCGCACCAGCCGCCAGTGGCTCTTGCCACGGTTC > CP009273/2302502‑2302796 | ccgccgTAGCCGCACGTTGACATAAATTATGAAAACTCTGTGGCATGGCGGGCCACGGTTTATTTGTTTGCGGATCAATGGGCGAATAGAGATAACCTTGCCGATGGGTCGTCCAGCCCAGATGCCCACAGTTGGTCATCGCCACCGACa < 1:5321406/150‑1 (MQ=255) ccgTAGCCGCACGTTGACATAAATTATGAAAACTCTGTGGCATGGCGGGCCACGGTTTATTTGTTTGCGGATCAATGGGCGAATAGAGATAACCTTGCCGATGGGTCGTCCAGCCCAGATGCCCACAGTTGGTCATCGCCACCGACATgg < 1:2259538/150‑1 (MQ=255) ggaGCCGCACGTTGACATCAATTATGAAAACTCTGTGGCATGGCGGGCCACGGTTTATTTGTTTGCGGATCAATGGGCGAATAGAGATAACCTTGCCGATGGGTCGTCCAGCCCAGATGCCCACAGTTGGTCATCGCCACCGACATGGta < 2:2901169/148‑1 (MQ=255) 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aTAAATTATGAAAACTCTGTGGCATGGCGGGCCACGGTTTATTTGTTTGCGGATCAATGGGCGAATAGAGATAACCTTGCCGATGGGTCGTCCAGCCCAGATGCCCACAGTTGGTCATCGCCACCGACATGGTATATCCCCCGGGGGTGa < 1:837861/150‑1 (MQ=255) tAAATTATGAAAACTCTGTGGCATGGCGGGCCACGGTTTATTTGTTTGCGGATCAATGGGCGAATAGAGATAACCTTGCCGATGGGTCGTCCAGCCCAGATGCCCACAGTTGGTCATCGCCACCGACATGGTATATCCCCCGGGGGTGAc < 2:741852/150‑1 (MQ=255) aaaTTATGAAAACTCTGTGGCATGGCGGGCCACGGTTTATTTGTTTGCGGATCAATGGGCGAATAGAGATAACCTTGCCGATGGGTCGTCCAGCCCAGATGCCCACAGTTGGTCATCGCCACCGACATGGTATATCCCCCGGGGGTGAcc > 1:4275732/1‑150 (MQ=255) aaTTATGAAAACTCTGTGGCATGGCGGGCCACGGTTTATTTGTTTGCGGATCAATGGGCGAATAGAGATAACCTTGCCGATGGGTCGTCCAGCCCAGATGCCCACAGTTGGTCATCGCCACCGACATGGTATATCCCCCGGGGGTGACCa > 1:2948278/1‑150 (MQ=255) tATGAAAACTCTGTGGCATGGCGGGCCACGGTTTATTTGTTTGCGGATCAATGGGCGAATAGAGATAACCTTGCCGATGGGTCGTCCAGCCCAGATGCCCACAGTTGGTCATCGCCACCGACATGGTATATCCCCCGGGGGTGACCATCt > 2:1890021/1‑150 (MQ=255) 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acaGTAGGTCATCGCCACCGACATGGTATATCCCCCGGGGGTGACCATCTGGCGAAACGGCGACTGGCTGGCAACGTCATTAATATCGCGGATCAGTTGCTCCGCAGCGTTAAAAGCAAAACGCCGTAAAATTACCGCACCAGCCGCCAg < 2:94817/150‑1 (MQ=255) ttGGTCATCGCCACCGACATGGTATATCCCCCGGGGGTGACCATCTGGCGAAACGGCGACTGGCTGGCAACGTCATTAATATCGCGGATCAGTTGCTCCGCAGCGTTAAAAGCAAAACGCCGTAAAATTACCGCACCAGCCGCCAGTGGc < 2:2357397/150‑1 (MQ=255) gTCATCGCCACCGACATGGTATATCCACCGGGGGTGACCATCTGGCGAAACGGCGTCTGGCTGGCAACGTCATTAATATCGCGGATCAGTTGCTCCGCAGCGTTAAAAGCAAAACGCCGTAAAATTACCGCACCAGCCGACAGTGGctct < 2:4566654/150‑1 (MQ=255) tCATCGCCACCGACATGGTATATCCCCCGGGGGTGACCATCTGGCGAAACGGCGACTGGCTGGCAACGTCATTAATATCGCGGATCAGTTGCTCCGCAGCGTTAAAAGCAAAACGCCGTAAAATTACCGCACCAGCCGCCAGTGGCTCtt < 2:3706181/150‑1 (MQ=255) tCATCGCCACCGAAATGGTATATCCCCCGGGGGTGACCATCTGGCGAAACGGCGACTGGCTGGCAACGTCATTAATATCGCGGATCAGTTGCTCCGCAGCGTTAAAAGCAAAACGCCGTAAAATTACCGCACCAGCCGCCAGTGGCTCtt > 2:4367452/1‑150 (MQ=255) aTCGCCACCGACATGGTATATCCCCCGGGGGTGACCATCTGGCGAAACGGCGACTGGCTGGCAACGTCATTAATATCGCGGATCAGTTGCTCCGCAGCGTTAAAAGCAAAACGCCGTAAAATTACCGCACCAGCCGCCAGTGGCTCTTGc > 1:4346367/1‑150 (MQ=255) aTCGCCACCGACATGGTATATCCCCCGGGGGTGACCATCTGGCGAAACGGCGACTGGCTGGCAACGTCATTAATATCGCGGATCAGTTGCTCCGCAGCGTTAAAAGCAAAACGCCGTAAAATTACCGCACCAGCCGCCAGTGGCTCTTGc > 2:2265697/1‑150 (MQ=255) ccACCGACATGGTATATCCCCCGGGGGTGACCATCTGGCGAAACGGCGACTGGCTGGCAACGTCATTAATATCGCGGATCAGTTGCTCCGCAGCGTTAAAAGCAAAACGCCGTAAAATTACCGCACCAGCCGCCAGTGGCTCTTGCCACg > 2:1516813/1‑150 (MQ=255) ccGACATGGTATATCCCCCGGGGGTGACCATCTGGCGAAACGGCGACTGGCTGGCAACGTCATTAATATCGCGGATCAGTTGCTCCGCAGCGTTAAAAGCAAAACGCCGTAAAATTACCGCACCAGCCGCCAGTGGCTCTTGCCACGGtt < 1:4106832/150‑1 (MQ=255) cGACATGGTATATCCCCCGGGGGTGACCATCTGGCGAAACGGCGACTGGCTGGCAACGTCATTAATATCGCGGATCAGTTGCTCCGCAGCGTTAAAAGCAAAACGCCGTAAAATTACCGCACCAGCCGCCAGTGGCTCTTGCCACGGTTc > 1:5261641/1‑150 (MQ=255) cGACATGGTATATCCCCCGGGGGTGACCATCTGGCGAAACGGCGACTGGCTGGCAACGTCATTAATATCGCGGATCAGTTGCTCCGCAGCGTTAAAAGCAAAACGCCGTAAAATTACCGCACCAGCCGCCAGTGGCTCTTGCCACGGTTc < 1:879145/150‑1 (MQ=255) cGACATGGTATATCCCCCGGGGGTGACCATCTGGCGAAACGGCGACTGGCTGGCAACGTCATTAATATCGCGGATCAGTTGCTCCGCAGCGTTAAAAGCAAAACGCCGTAAAATTACCGCACCAGCCGCCAGTGGCTCTTGCCACGGTTc > 1:2551870/1‑150 (MQ=255) | CCGCCGTAGCCGCACGTTGACATAAATTATGAAAACTCTGTGGCATGGCGGGCCACGGTTTATTTGTTTGCGGATCAATGGGCGAATAGAGATAACCTTGCCGATGGGTCGTCCAGCCCAGATGCCCACAGTTGGTCATCGCCACCGACATGGTATATCCCCCGGGGGTGACCATCTGGCGAAACGGCGACTGGCTGGCAACGTCATTAATATCGCGGATCAGTTGCTCCGCAGCGTTAAAAGCAAAACGCCGTAAAATTACCGCACCAGCCGCCAGTGGCTCTTGCCACGGTTC > CP009273/2302502‑2302796 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |