| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 4,510,428 | G→T | 6.3% | intergenic (‑287/+60) | yjhU ← / ← yjhF | putative DNA‑binding transcriptional regulator; KpLE2 phage‑like element/putative transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,510,428 | 0 | G | T | 6.3% | 1137.4 / 46.1 | 299 | intergenic (‑287/+60) | yjhU/yjhF | putative DNA‑binding transcriptional regulator; KpLE2 phage‑like element/putative transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (152/128); new base T (7/12); total (159/140) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.59e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 | |||||||||||
Only 100 of 305 total aligned reads displayed.
CGATCGCCCGCTGTTCCCCCATACTGTAAAGCCGGAGACATGCTCCGGCTTTACAGTATTACTGAGAATACACCCATCAAGCATAATCGAAGGTTCAATATCGCCCCTTTTTGATCGCCAGCGATTCGTCACCGTGCAGACGGTTGCCGTCACTCACTAAATTATGGGGGACAGTGAACAACAGGTTGGCTCACTGGCAAGAACCCGATTATAAAACTAAGCTGGCGAGCAGAATAAAAATCAGCCCACTGATGGATAAGAGTGTGGACATCAGCGTCCAGGATAACAGCGTTTCTTT > CP009273/4510280‑4510577 | cGATCGCCCGCTGTTCCCCCATACTGTAAAGCCGGAGACATGCTCCGGCTTTACAGTATTACTGAGAATACACCCATCAAGCATAATCGAAGGTTCAATATCGCCCCTTTTTGATCGCCAGCGATTCGTCACCGTGCAGACGGTTGCCGt > 1:4831439/1‑150 (MQ=255) tCGCCCGCTGTTCCCCCATACTGTAAAGCCGGAGACATGCTCCGGCTTTACAGTATTACTGAGAATACACCCATCAAGCATAATCGAAGGTTCAATATCGCCCCTTTTTGATCGCCAGCGATTCGTCACCGTGCAGACGGTTGCCGtcac > 2:190085/1‑150 (MQ=255) cGCCCGCTGTTCCCCCATACTGTAAAGCCGGAGACATGCTCCGGCTTTACAGTATTACTGAGAATACACCCATCAAGCATAATCGAAGGTTCAATATCGCCCCTTTTTGATCGCCAGCGATTCGTCACCGTGCAGACGGTTGCCGtcact > 2:5109890/1‑150 (MQ=255) 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tCGTCACCGTGCAGACGGTTGCCGTCACTCACTAAATTATGGGGGACAGTGAACAACAGGTTGGCTCACTGGCAAGAACCCGATTATAAAACTAAGCTGGCGAGCAGAATAAAAATCAGCCCACTGATGGATAAGAGTGTGGACATCAGc < 2:2960603/150‑1 (MQ=255) cGTCACCGTGCAGACGGTTGCCGTCACTCACTAAATTATGGGGGACAGTGAACAACAGGTTGGCTCACTGGCAAGAACCCGATTATAAAACTAAGCTGGCGAGCAGAATAAAAATCAGCCCACTGATGGATAAGAGTGTGGACATCAGCg > 2:1931295/1‑150 (MQ=255) tCACCGTGCAGACGGTTGCCGTCACTCACTAAATTATGGGGGACAGTGAACAACAGGTTGGCTCACTGGCAAGAACCCGATTATAAAACTAAGCTGGCGAGCAGAATAAAAATCAGCCCACTGATGGATAAGAGTGTGGACATCAGCGTc > 2:1306727/1‑150 (MQ=255) cACCGTGCAGACGGTTGCCGTCACTCACTAAATTATGGGGGACAGTGAACAACAGGTTGGCTCACTGGCAAGAACCCGATTATAAAACTAAGCTGGCGAGCAGAATAAAAATCAGCCCACTGATGGATAAGAGTGTGGACATCAGCGTcc < 2:303332/150‑1 (MQ=255) aCCGTGCAGACGGTTGCCGTCACTCACTAAATTATGGGGGACAGTGAACAACAGGTTGGCTCACTGGCAAGAACCCGATTATAAAACTAAGCTGGCGAGCAGAATAAAAATCAGCCCACTGATGGATAAGAGTGTGGACATCAGCGTCCa < 2:4528585/150‑1 (MQ=255) gTGCAGACGGTTGCCGTCACTCACTAAATTATGGGGGACAGTGAACAACAGGTTGGCTCACTGGCAAGAACCCGATTATAAAACTAAGCTGGCGAGCAGAATAAAAATCAGCCCACTGATGGATAAGAGTGTGGACATCAGCGTCCAGGa < 2:4251810/150‑1 (MQ=255) tGCAGACGGTTGCCGTCACTCACTAAATTATGGGGGACAGTGAACAACAGGTTGGCTCACTGGCAAGAACCCGATTATAAAACTAAGCTGGCGAGCAGAATAAAAATCAGCCCACTGATGGATAAGAGTGTGGACATCAGCGTCCAGGAt < 1:5114897/150‑1 (MQ=255) tGCAGACGGTTGCCGTCACTCACTAAATGATGGGGGACAGTGAACAACAGGTTGGCTCACTGGCAAGAACCCGATTATAAAACTAAGCGGGCGAGCAGAATAAAAATCAGCCCACTGATGGATAAGAGTGTGGACATCAGCGTCCAGGAt < 2:687743/150‑1 (MQ=255) gCAGACGGTTGCCTTCACTCACTAAAGTATGGGGGACAGTGAACAACAGGTTGGCTCACTGGCAAGAACCCGATTATAAAACTAAGCTGGCGAGCAGAATAAAAATCAGCCCACTGATGGATAAGAGTGTGGACATCAGCGTCCAGGATa < 1:2522558/150‑1 (MQ=255) cAGACGGTTGCCGTCACTCACTAAATTATGGGGGACAGTGAACAACAGGTTGGCTCACTGGCAAGAACCCGATTATAAAACTAAGCTGGCGAGCAGAATAAAAATCAGCCCACTGATGGATAAGAGTGTGGACATCAGCGTCCAGGATaa < 1:4287611/150‑1 (MQ=255) gACGGTTGCCGTCACTCACTAAATTATGGGGGACAGTGAACAACAGGTTGGCTCACTGGCAAGAACCCGATTATAAAACTAAGCTGGCGAGCAGAATAAAAATCAGCCCACTGATGGATAAGAGTGTGGACATCAGCGTCCAGGATAACa > 2:243345/1‑150 (MQ=255) cGGTTGCCGTCACTCACTAAATTATGGGGGACAGTGAACAACAGGTTGGCTCACTGGCAAGAACCCGATTATAAAACTAAGCTGGCGAGCAGAATAAAAATCAGCCCACTGATGGATATGAGTGTGGACATCAGCGTCCAGGATAACAGc > 2:2557336/1‑150 (MQ=255) cGGTTGCCGTCACTCACTAAATTATGGGGGACAGTGAACAACAGGTTGGCTCACTGGCAAGAACCCGATTATAAAACTAAGCTGGCGAGCAGAATAAAAATCAGCCCACTGATGGATAAGAGTGTGGACATCAGCGTCCAGGATAACAGc < 2:4459878/150‑1 (MQ=255) cGGTTGCCGTCACTCACTAAATTATGGGGGACAGTGAACAACAGGTTGGCTCACTGGCAAGAACCCGATTATAAAACTAAGCTGGCGAGCAGAATAAAAATCAGCCCACTGATGGATAAGAGTGTGGACATCAGCGTCCAGGATAACAGc < 2:1794410/150‑1 (MQ=255) gTTGCCGTCACTCACTAAATTATGGGGGACAGTGAACAACAGGTTGGCTCACTGGCAAGAACCCGATTATAAAACTAAGCTGGCGAGCAGAATAAAAATCAGCCCACTGATGGATAAGAGTGTGGACATCAGCGTCCAGGATAACAGCGt > 2:427118/1‑150 (MQ=255) ccGTCACTCACTAAATTATGGGGGACAGTGAACAACAGGTTGGCTCACTGGCAAGAACCCGATTATAAAACTAAGCTGGCGAGCAGAATAAAAATCAGCCCACTGATGGATAAGAGTGTGGACATCAGCGTCCAGGATAACAGCGTTTCt > 1:803648/1‑150 (MQ=255) cGTCACTCACTAAATTATGGGGGACAGTGAACAACAGGTTGGCTCACTGGCAAGAACCCGATTATAATACTAAGCTGGCGAGCAGAATAAAAATCAGCCCACTGATGGATAAGAGTGTGGACATCAGCGTCCAGGATAACAGCGTTTCtt > 1:179959/1‑150 (MQ=255) | CGATCGCCCGCTGTTCCCCCATACTGTAAAGCCGGAGACATGCTCCGGCTTTACAGTATTACTGAGAATACACCCATCAAGCATAATCGAAGGTTCAATATCGCCCCTTTTTGATCGCCAGCGATTCGTCACCGTGCAGACGGTTGCCGTCACTCACTAAATTATGGGGGACAGTGAACAACAGGTTGGCTCACTGGCAAGAACCCGATTATAAAACTAAGCTGGCGAGCAGAATAAAAATCAGCCCACTGATGGATAAGAGTGTGGACATCAGCGTCCAGGATAACAGCGTTTCTTT > CP009273/4510280‑4510577 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |