| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 652,865 | Δ1 bp | 100% | coding (118/210 nt) | cspE → | constitutive cold shock family transcription antitermination protein; negative regulator of cspA transcription; RNA melting protein; ssDNA‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 652,865 | 0 | G | . | 96.5% | 1135.4 / 29.4 | 226 | coding (118/210 nt) | cspE | constitutive cold shock family transcription antitermination protein; negative regulator of cspA transcription; RNA melting protein; ssDNA‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/6); new base . (104/114); total (106/120) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.88e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 230 total aligned reads displayed.
TGTCTATTTTTCATGTAAAGGTAATTTTGATGTCTAAGATTAAAGGTAACGTTAAGTGGTTTAATGAGTCCAAAGGATTCGGTTTCATTACTCCGGAAGACGGCAGCAAAGACGTGTTCGTACACTTCTCTGCAATCCAGACTAATGGTTTTAAAACTCTTGCTGAAGGTCAGCGCGTAGAGTTCGAAATCACTAACGGTGCCAAAGGCCCTTCTGCTGCAAACGTAATCGCTCTGTAAGATACGTCAGCAAGAATTCAAAACCCGCTTAATCAGCGGGTTTTTTTT > CP009273/652719‑653005 | tgtCTATTTTTCATGTAAAGGTAATTTTGATGTCTAAGATTAAAGGTAACGTTAAGTGGTTTAATGAGTCCAAAGGATTCGGTTTCATTACTCCGGAAGACGGCAGCAAAGACGTGTTCGTACACTTCTCTGCAATCCAGACTAATgt < 2:3094246/148‑2 (MQ=255)tgtCTATTTTTCATGTAAAGGTAATTTTGATGTCTAAGATTAAAGGTAACGTTAAGTGGTTTAATGAGTCCAAAGGATTCGGTTTCATTACTCCGGAAGACGGCAGCAAAGACGTGTTCGTACACTTCTCTGCAATCCAGACTAATgt < 1:3156300/148‑2 (MQ=255) tCTATTTTTCATGTAAAGGTAATTTTGATGTCTAAGATTAAAGGTAACGTTAAGTGGTTTAATGAGTCCAAAGGATTCGGTTTCATTACTCCGGAAGACGGCAGCAAAGACGTGTTCGTACACTTCTCTGCAATCCAGACTAATGttt < 1:1131050/148‑1 (MQ=255) tCTATTTTTCATGTAAAGGTAATTTTGATGTCTAAGATTAAAGGTAACGTTAAGTGGTTTAATGAGTCCAAAGGATTCGGTTTCATTACTCCGGAAGACGGCAGCAAAGACGTGTTCGTACACTTCTCTGCAATCCAGACTAATGttt < 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |